Rebuild site

sbalci · Feb 17, 2024 · 0a3617d · 0a3617d
1 parent 67437ba
commit 0a3617d
Show file tree

Hide file tree

Showing 20 changed files with 245 additions and 120 deletions.
diff --git a/_custom_2.html b/_custom_2.html
@@ -4,10 +4,10 @@
 <br>
 <br>
 <br>
-<br><iframe src='https://images.patolojiatlasi.com/brain-invasive-meningioma/HE.html' style='width:200px;' data-external='1'></iframe><br>
+<br><iframe src='https://images.patolojiatlasi.com/brain-arteriovenous-malformation/HE.html' style='width:200px;' data-external='1'></iframe><br>
 <br>
 <br><br>
 <br>
-<br>2024-02-10<br>
+<br>2024-02-17<br>
 <br>
 <br>
diff --git a/_posts/patolojide-bilisim/patolojide-bilisim.Rmd b/_posts/patolojide-bilisim/patolojide-bilisim.Rmd
@@ -27,7 +27,7 @@ knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE)
 
 # Patoloji ve Bilişim
 Serdar Balcı
-2024-01-30
+2024-02-16
 
 - [Patoloji ve Bilişim](#sec-patoloji-ve-bilisim)
   - [Patolojide Bilişimin yeri
@@ -499,6 +499,9 @@ Intraoperative Diagnosis of CNS Tumors”. *Modern Pathology*, Mayıs,
 - [From Samples to Knowledge
   2020](https://www.youtube.com/playlist?list=PLlGXRBscPbCD89fRULm4peopF57qugciN)
 
+- [From Zero to QuPath
+  Hero](https://www.youtube.com/playlist?list=PLSCpSsEmyRpANBGQXB_oGslW9NIJz4A12)
+
 - [PathLAKE Masterclasses
   2021](https://www.youtube.com/playlist?list=PL33zGSM6CfFB_rezhCamTceNVZ0xazMSp)
 
@@ -520,6 +523,37 @@ Intraoperative Diagnosis of CNS Tumors”. *Modern Pathology*, Mayıs,
 - [Breast Cancer KI67 assessment using with the open source
   QuPath](https://www.youtube.com/watch?v=Yemx9tIqRs0&ab_channel=Victor)
 
+#### QuPath
+
+<iframe width="560" height="315" src="https://www.youtube.com/embed/videoseries?si=qeAWY4If6EQbC99p&amp;list=PLSCpSsEmyRpANBGQXB_oGslW9NIJz4A12" title="YouTube video player" frameborder="0" allow="accelerometer; autoplay; clipboard-write; encrypted-media; gyroscope; picture-in-picture; web-share" allowfullscreen>
+</iframe>
+
+##### Proje Oluşturma
+
+[QuPath
+projects](https://www.youtube.com/watch?v=kCEp89ypmAY&ab_channel=QuPath)
+
+{{ video https://www.youtube.com/embed/wo9vZccmqwc title=“QuPath
+projects” }}
+
+##### Renkleri Ayırma
+
+{{ video https://www.youtube.com/embed/Oe0rfzLtTO0 }}
+
+{{ video https://www.youtube.com/embed/IpCDnPnFvDc }}
+
+##### Dokuların Tespiti
+
+{{ video https://www.youtube.com/embed/B03-TlH-yVU }}
+
+##### Segment Anything
+
+{{ video https://www.youtube.com/embed/J_ubK5x1vcU }}
+
+##### wsinfer
+
+{{ video https://www.youtube.com/embed/0Z589zWlFQQ }}
+
 [^1]: <img src="resimler/patoloji-laboratuvarini-anlama-kilavuzu-1.jpg"
     style="width:25.0%"
     alt="Sağlık Bilimleri için Patoloji ve Patoloji Laboratuvarını Anlama Kılavuzu" />

diff --git a/_posts/patolojide-bilisim/patolojide-bilisim.html b/_posts/patolojide-bilisim/patolojide-bilisim.html
@@ -115,8 +115,8 @@
 
 
   <!--  https://schema.org/Article -->
-  <meta property="article:published" itemprop="datePublished" content="2024-02-10"/>
-  <meta property="article:created" itemprop="dateCreated" content="2024-02-10"/>
+  <meta property="article:published" itemprop="datePublished" content="2024-02-17"/>
+  <meta property="article:created" itemprop="dateCreated" content="2024-02-17"/>
   <meta name="article:author" content="Serdar Balci"/>
 
   <!--  https://developers.facebook.com/docs/sharing/webmasters#markup -->
@@ -134,7 +134,7 @@
   <!--radix_placeholder_rmarkdown_metadata-->
 
   <script type="text/json" id="radix-rmarkdown-metadata">
-  {"type":"list","attributes":{"names":{"type":"character","attributes":{},"value":["title","description","author","date","doi","slug","output","categories"]}},"value":[{"type":"character","attributes":{},"value":["Patolojide Bilişim"]},{"type":"character","attributes":{},"value":["Bu yazı *Prof. Dr. Alp Usubütün* editörlüğünde hazırlanan *\"Sağlık Bilimleri İçin Patoloji ve Patoloji Laboratuvarını Anlama Kılavuzu 2. Baskı - Ekim 2022 Ankara Nobel Tıp Kitabevleri ISBN: 978-625-7564-70-0\"* adlı kitaptaki *\"8. Bölüm: Patolojide Yeni Yöntemler ve Gelecek\"* için hazırlanmıştır. Ancak bu alanın çok hızlı ilerlemesi nedeniyle bu metni güncel tutmak (ve bir sonraki baskı için gerekirse hazır bulunmak için) metin içeriği burada güncellenecektir.\n"]},{"type":"list","attributes":{},"value":[{"type":"list","attributes":{"names":{"type":"character","attributes":{},"value":["first_name","last_name","url","affiliation","affiliation_url","orcid_id"]}},"value":[{"type":"character","attributes":{},"value":["Serdar"]},{"type":"character","attributes":{},"value":["Balci"]},{"type":"character","attributes":{},"value":["https://github.com/sbalci"]},{"type":"character","attributes":{},"value":["serdarbalci.com"]},{"type":"character","attributes":{},"value":["https://www.serdarbalci.com"]},{"type":"character","attributes":{},"value":["0000-0002-7852-3851"]}]}]},{"type":"character","attributes":{},"value":["2024-02-10"]},{"type":"character","attributes":{},"value":["10.17605/OSF.IO/BRZUF"]},{"type":"character","attributes":{},"value":["patolojide-bilisim"]},{"type":"list","attributes":{"names":{"type":"character","attributes":{},"value":["distill::distill_article"]}},"value":[{"type":"list","attributes":{"names":{"type":"character","attributes":{},"value":["self_contained"]}},"value":[{"type":"logical","attributes":{},"value":[false]}]}]},{"type":"character","attributes":{},"value":["patoloji","bilişim","patolojinin geleceği","yapay zeka","otomasyon","bilgi yönetim sistemi","dijital patoloji"]}]}
+  {"type":"list","attributes":{"names":{"type":"character","attributes":{},"value":["title","description","author","date","doi","slug","output","categories"]}},"value":[{"type":"character","attributes":{},"value":["Patolojide Bilişim"]},{"type":"character","attributes":{},"value":["Bu yazı *Prof. Dr. Alp Usubütün* editörlüğünde hazırlanan *\"Sağlık Bilimleri İçin Patoloji ve Patoloji Laboratuvarını Anlama Kılavuzu 2. Baskı - Ekim 2022 Ankara Nobel Tıp Kitabevleri ISBN: 978-625-7564-70-0\"* adlı kitaptaki *\"8. Bölüm: Patolojide Yeni Yöntemler ve Gelecek\"* için hazırlanmıştır. Ancak bu alanın çok hızlı ilerlemesi nedeniyle bu metni güncel tutmak (ve bir sonraki baskı için gerekirse hazır bulunmak için) metin içeriği burada güncellenecektir.\n"]},{"type":"list","attributes":{},"value":[{"type":"list","attributes":{"names":{"type":"character","attributes":{},"value":["first_name","last_name","url","affiliation","affiliation_url","orcid_id"]}},"value":[{"type":"character","attributes":{},"value":["Serdar"]},{"type":"character","attributes":{},"value":["Balci"]},{"type":"character","attributes":{},"value":["https://github.com/sbalci"]},{"type":"character","attributes":{},"value":["serdarbalci.com"]},{"type":"character","attributes":{},"value":["https://www.serdarbalci.com"]},{"type":"character","attributes":{},"value":["0000-0002-7852-3851"]}]}]},{"type":"character","attributes":{},"value":["2024-02-17"]},{"type":"character","attributes":{},"value":["10.17605/OSF.IO/BRZUF"]},{"type":"character","attributes":{},"value":["patolojide-bilisim"]},{"type":"list","attributes":{"names":{"type":"character","attributes":{},"value":["distill::distill_article"]}},"value":[{"type":"list","attributes":{"names":{"type":"character","attributes":{},"value":["self_contained"]}},"value":[{"type":"logical","attributes":{},"value":[false]}]}]},{"type":"character","attributes":{},"value":["patoloji","bilişim","patolojinin geleceği","yapay zeka","otomasyon","bilgi yönetim sistemi","dijital patoloji"]}]}
   </script>
   <!--/radix_placeholder_rmarkdown_metadata-->
 
@@ -1542,7 +1542,7 @@
 <!--radix_placeholder_front_matter-->
 
 <script id="distill-front-matter" type="text/json">
-{"title":"Patolojide Bilişim","description":"Bu yazı *Prof. Dr. Alp Usubütün* editörlüğünde hazırlanan *\"Sağlık Bilimleri İçin Patoloji ve Patoloji Laboratuvarını Anlama Kılavuzu 2. Baskı - Ekim 2022 Ankara Nobel Tıp Kitabevleri ISBN: 978-625-7564-70-0\"* adlı kitaptaki *\"8. Bölüm: Patolojide Yeni Yöntemler ve Gelecek\"* için hazırlanmıştır. Ancak bu alanın çok hızlı ilerlemesi nedeniyle bu metni güncel tutmak (ve bir sonraki baskı için gerekirse hazır bulunmak için) metin içeriği burada güncellenecektir.","doi":"10.17605/OSF.IO/BRZUF","authors":[{"author":"Serdar Balci","authorURL":"https://github.com/sbalci","affiliation":"serdarbalci.com","affiliationURL":"https://www.serdarbalci.com","orcidID":"0000-0002-7852-3851"}],"publishedDate":"2024-02-10T00:00:00.000+03:00","citationText":"Balci, 2024"}
+{"title":"Patolojide Bilişim","description":"Bu yazı *Prof. Dr. Alp Usubütün* editörlüğünde hazırlanan *\"Sağlık Bilimleri İçin Patoloji ve Patoloji Laboratuvarını Anlama Kılavuzu 2. Baskı - Ekim 2022 Ankara Nobel Tıp Kitabevleri ISBN: 978-625-7564-70-0\"* adlı kitaptaki *\"8. Bölüm: Patolojide Yeni Yöntemler ve Gelecek\"* için hazırlanmıştır. Ancak bu alanın çok hızlı ilerlemesi nedeniyle bu metni güncel tutmak (ve bir sonraki baskı için gerekirse hazır bulunmak için) metin içeriği burada güncellenecektir.","doi":"10.17605/OSF.IO/BRZUF","authors":[{"author":"Serdar Balci","authorURL":"https://github.com/sbalci","affiliation":"serdarbalci.com","affiliationURL":"https://www.serdarbalci.com","orcidID":"0000-0002-7852-3851"}],"publishedDate":"2024-02-17T00:00:00.000+03:00","citationText":"Balci, 2024"}
 </script>
 
 <!--/radix_placeholder_front_matter-->
@@ -1572,13 +1572,13 @@ <h1>Patolojide Bilişim</h1>
 
   true
 
-<br/>2024-02-10
+<br/>2024-02-17
 </div>
 
 <div class="d-article">
 <h1 id="patoloji-ve-bilişim">Patoloji ve Bilişim</h1>
 <p>Serdar Balcı
-2024-01-30</p>
+2024-02-16</p>
 <ul>
 <li><a href="#sec-patoloji-ve-bilisim">Patoloji ve Bilişim</a>
 <ul>
@@ -1979,6 +1979,8 @@ <h3 id="videolar">Videolar</h3>
 2022</a></p></li>
 <li><p><a href="https://www.youtube.com/playlist?list=PLlGXRBscPbCD89fRULm4peopF57qugciN">From Samples to Knowledge
 2020</a></p></li>
+<li><p><a href="https://www.youtube.com/playlist?list=PLSCpSsEmyRpANBGQXB_oGslW9NIJz4A12">From Zero to QuPath
+Hero</a></p></li>
 <li><p><a href="https://www.youtube.com/playlist?list=PL33zGSM6CfFB_rezhCamTceNVZ0xazMSp">PathLAKE Masterclasses
 2021</a></p></li>
 <li><p><a href="https://www.youtube.com/playlist?list=PL33zGSM6CfFCN3gbUFfZ5S0R1HrnMQS7-">TIA Centre Seminar
@@ -1994,6 +1996,23 @@ <h3 id="videolar">Videolar</h3>
 <li><p><a href="https://www.youtube.com/watch?v=Yemx9tIqRs0&amp;ab_channel=Victor">Breast Cancer KI67 assessment using with the open source
 QuPath</a></p></li>
 </ul>
+<h4 id="qupath-1">QuPath</h4>
+<iframe width="560" height="315" src="https://www.youtube.com/embed/videoseries?si=qeAWY4If6EQbC99p&amp;list=PLSCpSsEmyRpANBGQXB_oGslW9NIJz4A12" title="YouTube video player" frameborder="0" allow="accelerometer; autoplay; clipboard-write; encrypted-media; gyroscope; picture-in-picture; web-share" allowfullscreen>
+</iframe>
+<h5 id="proje-oluşturma">Proje Oluşturma</h5>
+<p><a href="https://www.youtube.com/watch?v=kCEp89ypmAY&amp;ab_channel=QuPath">QuPath
+projects</a></p>
+<p>{{ video <a href="https://www.youtube.com/embed/wo9vZccmqwc" class="uri">https://www.youtube.com/embed/wo9vZccmqwc</a> title=“QuPath
+projects” }}</p>
+<h5 id="renkleri-ayırma">Renkleri Ayırma</h5>
+<p>{{ video <a href="https://www.youtube.com/embed/Oe0rfzLtTO0" class="uri">https://www.youtube.com/embed/Oe0rfzLtTO0</a> }}</p>
+<p>{{ video <a href="https://www.youtube.com/embed/IpCDnPnFvDc" class="uri">https://www.youtube.com/embed/IpCDnPnFvDc</a> }}</p>
+<h5 id="dokuların-tespiti">Dokuların Tespiti</h5>
+<p>{{ video <a href="https://www.youtube.com/embed/B03-TlH-yVU" class="uri">https://www.youtube.com/embed/B03-TlH-yVU</a> }}</p>
+<h5 id="segment-anything">Segment Anything</h5>
+<p>{{ video <a href="https://www.youtube.com/embed/J_ubK5x1vcU" class="uri">https://www.youtube.com/embed/J_ubK5x1vcU</a> }}</p>
+<h5 id="wsinfer">wsinfer</h5>
+<p>{{ video <a href="https://www.youtube.com/embed/0Z589zWlFQQ" class="uri">https://www.youtube.com/embed/0Z589zWlFQQ</a> }}</p>
 <section id="footnotes" class="footnotes footnotes-end-of-document" role="doc-endnotes">
 <hr />
 <ol>

diff --git a/_posts/patolojide-bilisim/updated_text.md b/_posts/patolojide-bilisim/updated_text.md
@@ -1,6 +1,6 @@
 # Patoloji ve Bilişim
 Serdar Balcı
-2024-01-30
+2024-02-16
 
 - [Patoloji ve Bilişim](#sec-patoloji-ve-bilisim)
   - [Patolojide Bilişimin yeri
@@ -472,6 +472,9 @@ Intraoperative Diagnosis of CNS Tumors”. *Modern Pathology*, Mayıs,
 - [From Samples to Knowledge
   2020](https://www.youtube.com/playlist?list=PLlGXRBscPbCD89fRULm4peopF57qugciN)
 
+- [From Zero to QuPath
+  Hero](https://www.youtube.com/playlist?list=PLSCpSsEmyRpANBGQXB_oGslW9NIJz4A12)
+
 - [PathLAKE Masterclasses
   2021](https://www.youtube.com/playlist?list=PL33zGSM6CfFB_rezhCamTceNVZ0xazMSp)
 
@@ -493,6 +496,37 @@ Intraoperative Diagnosis of CNS Tumors”. *Modern Pathology*, Mayıs,
 - [Breast Cancer KI67 assessment using with the open source
   QuPath](https://www.youtube.com/watch?v=Yemx9tIqRs0&ab_channel=Victor)
 
+#### QuPath
+
+<iframe width="560" height="315" src="https://www.youtube.com/embed/videoseries?si=qeAWY4If6EQbC99p&amp;list=PLSCpSsEmyRpANBGQXB_oGslW9NIJz4A12" title="YouTube video player" frameborder="0" allow="accelerometer; autoplay; clipboard-write; encrypted-media; gyroscope; picture-in-picture; web-share" allowfullscreen>
+</iframe>
+
+##### Proje Oluşturma
+
+[QuPath
+projects](https://www.youtube.com/watch?v=kCEp89ypmAY&ab_channel=QuPath)
+
+{{ video https://www.youtube.com/embed/wo9vZccmqwc title=“QuPath
+projects” }}
+
+##### Renkleri Ayırma
+
+{{ video https://www.youtube.com/embed/Oe0rfzLtTO0 }}
+
+{{ video https://www.youtube.com/embed/IpCDnPnFvDc }}
+
+##### Dokuların Tespiti
+
+{{ video https://www.youtube.com/embed/B03-TlH-yVU }}
+
+##### Segment Anything
+
+{{ video https://www.youtube.com/embed/J_ubK5x1vcU }}
+
+##### wsinfer
+
+{{ video https://www.youtube.com/embed/0Z589zWlFQQ }}
+
 [^1]: <img src="resimler/patoloji-laboratuvarini-anlama-kilavuzu-1.jpg"
     style="width:25.0%"
     alt="Sağlık Bilimleri için Patoloji ve Patoloji Laboratuvarını Anlama Kılavuzu" />

diff --git a/docs/BlogPosts.html b/docs/BlogPosts.html
@@ -2701,7 +2701,7 @@ <h1 class="posts-list-caption" data-caption="Blog Posts">Blog Posts</h1>
 <a href="posts/patolojide-bilisim/" class="post-preview">
 <script class="post-metadata" type="text/json">{"categories":["patoloji","bilişim","patolojinin geleceği","yapay zeka","otomasyon","bilgi yönetim sistemi","dijital patoloji"]}</script>
 <div class="metadata">
-<div class="publishedDate">Feb. 10, 2024</div>
+<div class="publishedDate">Feb. 17, 2024</div>
 <div class="dt-authors">
 <div class="dt-author">Serdar Balci</div>
 </div>

diff --git a/docs/BlogPosts.xml b/docs/BlogPosts.xml
@@ -7,7 +7,7 @@
     <description>Serdar Balci, MD Pathologist
 </description>
     <generator>Distill</generator>
-    <lastBuildDate>Sat, 10 Feb 2024 00:00:00 +0000</lastBuildDate>
+    <lastBuildDate>Sat, 17 Feb 2024 00:00:00 +0000</lastBuildDate>
     <item>
       <title>Patolojide Bilişim</title>
       <dc:creator>Serdar Balci</dc:creator>
@@ -21,7 +21,7 @@
       <category>bilgi yönetim sistemi</category>
       <category>dijital patoloji</category>
       <guid>https://www.serdarbalci.com/posts/patolojide-bilisim</guid>
-      <pubDate>Sat, 10 Feb 2024 00:00:00 +0000</pubDate>
+      <pubDate>Sat, 17 Feb 2024 00:00:00 +0000</pubDate>
     </item>
     <item>
       <title>Rutinde Dijital Patoloji: Zorluklar ve Kolaylıklar</title>

diff --git a/docs/index.html b/docs/index.html
@@ -2701,7 +2701,7 @@ <h1 class="posts-list-caption" data-caption="Serdar Balci, MD, Pathologist">Serd
 <a href="posts/patolojide-bilisim/" class="post-preview">
 <script class="post-metadata" type="text/json">{"categories":["patoloji","bilişim","patolojinin geleceği","yapay zeka","otomasyon","bilgi yönetim sistemi","dijital patoloji"]}</script>
 <div class="metadata">
-<div class="publishedDate">Feb. 10, 2024</div>
+<div class="publishedDate">Feb. 17, 2024</div>
 <div class="dt-authors">
 <div class="dt-author">Serdar Balci</div>
 </div>

diff --git a/docs/index.xml b/docs/index.xml
@@ -7,7 +7,7 @@
     <description>Serdar Balci, MD Pathologist
 </description>
     <generator>Distill</generator>
-    <lastBuildDate>Sat, 10 Feb 2024 00:00:00 +0000</lastBuildDate>
+    <lastBuildDate>Sat, 17 Feb 2024 00:00:00 +0000</lastBuildDate>
     <item>
       <title>Patolojide Bilişim</title>
       <dc:creator>Serdar Balci</dc:creator>
@@ -21,7 +21,7 @@
       <category>bilgi yönetim sistemi</category>
       <category>dijital patoloji</category>
       <guid>https://www.serdarbalci.com/posts/patolojide-bilisim</guid>
-      <pubDate>Sat, 10 Feb 2024 00:00:00 +0000</pubDate>
+      <pubDate>Sat, 17 Feb 2024 00:00:00 +0000</pubDate>
     </item>
     <item>
       <title>Rutinde Dijital Patoloji: Zorluklar ve Kolaylıklar</title>