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Error in cleanContrast (DESeq2) #60

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snow-46 opened this issue May 26, 2023 · 0 comments
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Error in cleanContrast (DESeq2) #60

snow-46 opened this issue May 26, 2023 · 0 comments

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@snow-46
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snow-46 commented May 26, 2023

TCC-GUI Standalone versionでDESeq2でTCC Computationを実行しようとすると固まってしまうのでご相談です。
一週間前に同じデータセットで、できていた処理ができなくなりました。
mac OS Monterey(12.6.3)、R version 4.2.2を使用しております。
本日TCC-GUIおよび周辺パッケージを再度インストールし直しましたが、同じエラーがでました。
以下がRの実行画面と、Chromeのスクリーンショットです。
hot, coldの付与におけるタイプミスがないことは確認しています。
非エンジニアなので、初歩的な間違いがあるのかもしれませんが、解決策をご教授いただければ幸いです。
よろしくお願いいたします。

shiny::runApp(appDir = "TCC-GUI/")

 次のパッケージを付け加えます: 'MASS' 

 以下のオブジェクトは 'package:dplyr' からマスクされています:

    select

 以下のオブジェクトは 'package:plotly' からマスクされています:

    select


Listening on http://127.0.0.1:7449
 RColorBrewer::brewer.pal(N, "Set2") で警告がありました: 
  minimal value for n is 3, returning requested palette with 3 different levels

 RColorBrewer::brewer.pal(N, "Set2") で警告がありました: 
  minimal value for n is 3, returning requested palette with 3 different levels

TCC::INFO: Calculating normalization factors using DEGES
TCC::INFO: (iDEGES pipeline : tmm - [ deseq2 - tmm ] X 3 )
 警告:  Error in cleanContrast: as cold is the reference level, was expecting group_hot_vs_cold to be present in 'resultsNames(object)'
  1: shiny::runApp
スクリーンショット 2023-05-26 16 36 50
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