Serdar Balcı -2024-07-28
+2024-12-01Serdar Balcı -2024-07-28
+2024-12-01Text and figures are licensed under Creative Commons Attribution CC BY 4.0. Source code is available at https://github.com/sbalci/sbalci.github.io, unless otherwise noted. The figures that have been reused from other sources don't fall under this license and can be recognized by a note in their caption: "Figure from ...".
For attribution, please cite this work as
-Balci (2024, Dec. 1). Serdar Balci MD Pathologist: Patolojide Bilişim. Retrieved from https://www.serdarbalci.com/posts/patolojide-bilisim/+
Balci (2024, Dec. 7). Serdar Balci MD Pathologist: Patolojide Bilişim. Retrieved from https://www.serdarbalci.com/posts/patolojide-bilisim/
BibTeX citation
@misc{patolojide-bilisim,
author = {Balci, Serdar},
diff --git a/docs/posts/posts.json b/docs/posts/posts.json
index 84580f5..021e68a 100644
--- a/docs/posts/posts.json
+++ b/docs/posts/posts.json
@@ -9,7 +9,7 @@
"url": "https://github.com/sbalci"
}
],
- "date": "2024-12-01",
+ "date": "2024-12-07",
"categories": [
"patoloji",
"bilişim",
@@ -19,9 +19,9 @@
"bilgi yönetim sistemi",
"dijital patoloji"
],
- "contents": "\nPatoloji ve Bilişim\nSerdar Balcı\n2024-07-28\nPatoloji ve Bilişim\nPatolojide Bilişimin yeri\nnedir?\nPatolojideki Bilgi Türleri\nNelerdir?\nDijital Patoloji Nedir?\nDijital Patolojinin Geleceği\nYapay Zekanın Dijital Patolojideki\nYeri\nİlginç ve örnek çalışmalar\n\nReferanslar ve okuma Önerileri\nReferanslar\nOkuma önerileri:\nAçık kaynak kodlu veya ücretsiz dijital patoloji\nprogramları:\nVideolar\n\nPatoloji ve Bilişim\n\nhttps://zenodo.org/badge/latestdoi/594820002\nDOI 10.17605/OSF.IO/BRZUF\n\nBu yazı Prof. Dr. Alp Usubütün editörlüğünde hazırlanan “Sağlık\nBilimleri İçin Patoloji ve Patoloji Laboratuvarını Anlama Kılavuzu 2.\nBaskı - Ekim 2022 Ankara Nobel Tıp Kitabevleri ISBN:\n978-625-7564-70-0”\n1 2 adlı kitaptaki “8. Bölüm: Patolojide Yeni Yöntemler ve\nGelecek”3 için hazırlanmıştı r. Ancak bu alanın çok hızlı\nilerlemesi nedeniyle bu metni güncel tutmak (ve bir sonraki baskı için\ngerekirse hazır bulunmak için) metin içeriği burada güncellenecekti r.\nDoç. Dr. Serdar Balcı\n\n\nPatolojide Bilişimin yeri nedir?\nPatologları, hastanın klinik bilgilerini, makroskopi ve mikroskopik\ngörüntüler ile işleyip, literatür ve bilimsel bilgiler ışığında\nyorumlayan ve rapor adlı yazılı bilgiyi üreten bilgi uzmanları olarak\ntanımlayabiliriz. Abartılı bir tarif gibi görünse de çoğu hasta\ndosyasında, hasta hakkında en çok ve en doğru (hatta hala daha altın\nstandart) bilgiler patologların ürettiği patoloji raporlarında yer\nalmaktadır.\nBilginin teknoloji kullanılarak işlenmesindeki gelişmeleri, patoloji\ndisiplini, bazen geriden bazen öncü olarak, ama emin adımlarla takip\netmekte ve kendi işleyişine katmaktadır. (Computational Pathology: A\nPath Ahead https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26098131/)\nBilimsel bilginin sürekli artması,\nhemen her yıl yeni bir DSÖ sınıflama kitabının çıkması,\nyeni çıkan antikorların ve yöntemlerin tanısal test olarak\nkullanımındaki istatistiksel yöntemler,\ntümörlerin taksonomisi,\n“ben buna displazi derim” gibi sezgisel yaklaşımlar,\nklinik bilgilerin elde edilmesi,\nmakroskopik ve mikroskopik görüntülerin elde edilmesi, işlenmesi ve\nsaklanması,\nrapor yazılması,\ndiktasyon,\nraporların saklanması,\narşivleme,\nlaboratuvar iş akışının düzenlenmesi ve takibi\ngibi bir çok basamakta yer alan bilişim teknolojileri, dijital\npatolojinin yaygınlaşması ile makina öğrenmesi, derin öğrenme ve yapay\nzeka ile karar destek sistemleri olarak günlük pratiğe daha da\ngirmektedir.\nPatoloji raporları ve görüntüleri için kullanılan yazılımlar (Rosai 1.\nchapter)’da belirtildiği gibi çoğu zaman diğer laboratuvar branşları ya\nda radyoloji için hazırlanmış platformlara eklemlenmiş gibidirler.\nPatolojinin işleyişi ile çoğu zaman örtüşmeyen yazılımlar, çoğu zaman\nbir metin işlemcisi ve faturalandırma aracı olarak kalmaktadırlar.\nPatoloji raporları ve görüntüleri için kullanılan yazılımlar (Rosai 1.\nchapter)’da belirtildiği gibi çoğu zaman diğer laboratuvar branşları ya\nda radyoloji için hazırlanmış platformlara eklemlenmiş gibidirler.\nPatolojinin işleyişi ile çoğu zaman örtüşmeyen yazılımlar, çoğu zaman\nbir metin işlemcisi ve faturalandırma aracı olarak\nkalmaktadırlar.Patolojideki Bilgi Türleri Nelerdir?\nPatolojide bilgi türleri temel olarak laboratuvar iş akışı, metin ve\ngörüntülerden oluşmaktadır.\nLaboratuvar İş Akışı\nMetin Bilgileri\nPatolojideki metin bilgilerini:\npatoloğa\nklinikten ve\nliteratürden gelen bilgiler ile\n\npatoloğun ürettiği raporlar oluşturmaktadır.\nBu bilgi türlerine belki sosyal medyayı da eklemek uygun olacaktır.\nSosyal medyada paylaşılan rutin ya da ilginç patoloji vakaları\nderlendiğinde bir patoloji kitabı oluşturmak mümkün olabilir 4.\nAyrıca bu veriler görüntü analizleri için bile kullanılabilmektedir\nPMID:37592105.\nGörüntüler\nMorfolojik analize dayanan anatomik patolojideki bilgilerden biri de\ngörüntülerdir. Makroskopik ve mikroskopik görüntüler mevcuttur.\n“Makroskopik” görüntülerin net bir şekilde elde edilmesi ve\nsaklanması giderek önem kazanmaktadır. Tariflenen bazı bulguların\n(mezorektal bütünlük gibi) daha sonra tekrar değerlendirilmesi, delici\nkesici yaralanmalar gibi mikroskopla belirlenemeyecek medikolegal\ndökümantasyonun sağlanması gibi nedenlerle, patoloji ve hastane bilgi\nsistemlerine entegre makroskopi resim saklama gerekliliği giderek\nartmaktadır.\nMakroskopik görüntülerin radyoloji ile korelasyonu ve üç boyutlu\ngörüntülerle sanal gerçeklik uygulamaları makroskopik görüntü arşivinin\nönemini giderek artırmaktadır.\n“Mikroskopik” görüntülerin tam yüzey taranması (whole slide\nimaging) ile hızlanan dijital patolojiye bir sonraki bölümde detaylı\ndeğinilecektir. Artık günümüzde;\ndokunun kesit almadan üç boyutlu haritalandırılması,\nfiziksel olarak boyanmadan sanal boyalar ile incelenmesi\nve bunların örnek yeterliliğinde ve hızlı tanıda kullanılması oldukça\nsık yapılan ve pratiğe geçeceği umulan çalışmalardır.\nİki boyutlu klasik mikroskopik görüntülerin çokça kesit alınarak 3\nboyutlu (3D) rekonstriksiyonu ile yapılan tümör modelleri, hastalıkların\npatofizyolojisinin anlaşılmasında yeni olanaklar sunacaktır.\nPatolojinin gelecegindeki yeni teknikler arasında\nüç boyutlu görüntüleme 5,\nRaman spektroskopisi (Movahed-Ezazi vd. 2023),\nFTIR (infrared spectroskop),\nsanal HE boyama,\nve konfokal mikroskopi gibi tekniklerin yer alması beklenmektedir.\nDijital Patoloji Nedir?\nDijital Patolojinin Kullanım Alanları Nelerdir?\nTanı\nEğitim\nKonsültasyon\nRutin Raporlama {rutin-raporlama}\nŞu an kullanılan ara yüzlerdeki farklılıklar da kullanım alışkanlığı\ngeliştirmeyi zorlaştırmaktadır.\n<–WIP–>\nBilgisayar fare orta tuş kilidi olan ve olmayan arayüzler\n(https://middleclick.app/), büyütme ve küçültme (zoom in/out)\nhızlarının klasik mikroskoplardan farklı olması yanısıra klavye ve\nbilgisayar bileşenlerine (oyunlara) aşina neslin kullandığı oklar,\naswd tuşlarının …\nnavigasyon ok tuşları, aswdrz, +- middle click scroll resim, görüntü\nkaydetme\nSectra, ViraSoft ve OpenSeaDragon arayüzlerindeki farklılıklar.\n<–WIP–>\nNasıl bir ekran kullanılacağı ve ekranın “tıbbi ekran” kategorisinde\nolup olmaması gerektiği de süregiden bir tartışma konusudur (Bkz. Leeds\nekran testi)\n<–WIP–>\nTek ya da çoklu monitörde çalışma, dokunmatik ekranlar\nekran çözünürlüğü, tepki süresi\nsanal mape çeşitleri\nlamın vertikal ya da horizontal taranması\ntaranan alanların işaretlenmesi (heatmap)\n<–WIP–>\nGünümüzde kaset, immünohistokimya ve tayarıcılardaki farklı barkod /\nkarekod / datamatrix kullanımı ve bu içeriğin firmalara özgün ve\ndeğiştirilemez olarak tanımlanması, kesintisiz bir laboratuvar iş akışı\nönündeki önemli engellerden biridir. Bu konuda firmalar arası\nentegrasyonun sağlanabilmesi oldukça önemlidir. Yakın zamanda Memorial\nPatoloji’de tüm basamaklardaki datamatrix kodları birleştirilmiş olup,\nimmünohistokimya cihazındaki entegrasyon da tamamlanmak üzeredir.\nDijital Patoloji İçin Tarayıcıya İhtiyacımız Var Mı?\nDijital Patolojinin Geleceği\nDijital patoloji hızla gelişen bir alan olduğundan patologların\nkendilerini bu gelişmelere hazırlamaları gerekmektedir.\nAltyapı yatırımları sırasında geliştirilebilir modüler yapıların tercih\nedilmesi; basit ekran paylaşımından öteye gitmeyen ve açık kaynak ile\nulaşılabilecek programlar için masraf yapmadan önce yetkin görüş\nalınması önerilmektedir.\nDijital patoloji görüntüleri şu an farklı firmalara ait farklı formatlar\nhalindedir. Ancak yakın zamanda ortak bir format olan DICOM’a\ngeçilmesi ile cihazlar arasındaki uyum da artacaktır. Bu ortak formata\ngeçilmesi ile görüntülerin daha uygun saklanabilmesi için de\ngeliştirmeler hızlanacaktır.\nDijital patoloji sadece mikroskopik görüntülerin bilgisayar ortamına\naktarılması olarak düşünülmemeli. Dijital patoloji ile tüm patolojide\nüretilen tüm bilginin kullanılabilir veri haline getirilmesi ve\nbunların hastanın diğer bilgileri ile entegre edilmesi\nhedeflenmelidir.\nYöneticilerin dijital patoloji kurulum hevesleri sırasında, patologlar\nfırsatı ganimet bilip laboratuvarın eksiklerini tamamlatmalı ve\nkaliteyi artırıcı düzenlemeleri uygulatmalıdırlar.\nYeni çıkan immünohistokimyasal tetkiklerin belli bir süre sonra\ntanısal özgünlüklerini kaybetmeleri patologları yeni testlere karşı\nşüpheli yaklaşmaya zorlamıştır. Aynı şüpheyi yapay zeka algoritmaları\niçin de kullanmak gereklidir. Yakın zamanda çok sayıda başarılı olduğu\niddia edilen algoritma yayınlanmış olmasına karşın bunların kliniğe\naktarımı hala kısıtlıdır. Yayın ve araştırma bolluğu ile birlikte;\nyapay zeka modellerinin aynı laboratuvardaki tekrarlanabilirlikleri ve\nbaşka laboratuvar verilerine aktarılabilirlikleri çok önemli bir\nproblem olarak ortaya çıkmaya başlamıştır.\nPatoloji asistanları açık kaynak kodlu dijital patoloji programlarını\nkullanmayı öğrenmeli ve açık kaynak kodlu yazılımlar konusunda dijital\nokur yazarlıklarını geliştirmelidirler.\nMeslek örgütleri radyolojide yaşanan “hizmet alımı” süreci ile\n“uzaktan tanı” adı altında düşürülen sağlık hizmeti kalitesi ve\ndeğersizleştirilen hekim emeğinin farkında olmalı ve buna yönelik\ntedbir ve tavsiyeler için hazırlanmalıdırlar.\nTarayıcıların, PACS depolarının ve arayüzlerin birbiri ile uyumu\noldukça önemlidir. ICC profillerinin 6 7 uyumu görüntülerin son\nkullanıcı olan patolog tarafından değerlendirmesinde önem taşımaktadır\n.\nYapay zeka algoritma sağlayıcılarının, laboratuvarda hali hazırda\nbulunan PACS ve arayüz ile uyum sağlayamaması ve entegrasyon için ayrı\nemek ve maliyet gerekmesi de dijital patolojinin gelişimindeki\nengellerdendir.\nÜretilen yapay zeka algoritmaları firmaların sadece kendi\narayüzlerinde ve bulut sistemlerinde çalışmaktadır. Bu sistemler\n“vendor agnostic” hale henüz gelememişlerdir.\nYapay Zekanın Dijital Patolojideki Yeri\nYapay zekanın görüntüler üzerindeki tecrübesinin patolojiye aktarılması\nile bilimsel çalışmalarda sık görmeye başladığımız yapay zeka (makina\nöğrenmesi, derin öğrenme) kullanımı giderek günlük pratiğe de\nuygulanabilecek özellikler kazanmaktadır. Yapay zeka ile ilgili\nçalışmalar literatürde hesaplamalı/sayısal patoloji (computational\npathology), matematiksel patoloji olarak da geçmektedir.\nYapay zeka ile ilgili beklentilerin realist olması, algoritmaların ise\ntekrarlanabilir (kendi içinde ve dışarıyla tutarlı),\nteknik olarak uygulanabilir,\nklinik pratiğe aktarılabilir ve\nyeni bilgiler ışığında güncellenebilir olması gerekmektedir.\nYapay zeka modellerinin nasıl geliştirildiği oldukça önemlidir.\nTCGA verisinde hatalar olduğu (Murat 2024 USCAP abstract)\nDoku bulaşlarının model başarılarını etkilediği Irmakci vd. (2024)\nunutulmamalıdır.\nGeliştirilmekte olan, temel modeller (foundation models) üzerine inşa\nedilen modeller (fine-tuning) ile patolojide yapay zeka uygulamaları\nyaygınlaşacaktır. 8\nhttps://doi.org/10.1016/j.jpi.2024.100375\nhttps://arxiv.org/abs/2312.07814\nÇok modlu bir üretken yapay zeka modeli olan “PathChat 2”9 de\npatolojiye özel bir chatGPT10 olarak hayatımızda yer almaya aday\nmodellerdendir .\nTowards a general-purpose foundation model for computational pathology\nhttps://www.nature.com/articles/s41591-024-02857-3\nA visual-language foundation model for computational pathology\nhttps://www.nature.com/articles/s41591-024-02856-4\nA Multimodal Generative AI Copilot for Human Pathology\nhttps://www.nature.com/articles/s41586-024-07618-3\nGelecekte her mikroskopta bir kameranın olduğu, masabaşında hemen\nulaşılabilecek tarama cihazlarının olduğu çalışma ortamı yanısıra,\ntamamen mikroskopsuz patoloji iş istasyonları da olacaktır.\nAlgoritma destekli patoloji pratiğinde ‘Bu vakayı Alp Hoca’ya danışalım’\nyerine ‘Bu vakayı AlpApp v25’e yükleyelim’ gibi cümleler yer alacağı\ngibi, ihtiyaca göre uygulama indirilen / geliştirilen PathAppStore’ları\nda hayatımızdaki yeniliklerden olacaktır.\nTüm bu gelişmeler ışığında gelecekte, bilişimin, metin-görüntü işleme ve\nyapay zekanın patoloji bölümleri içinde bir alt grup olarak\nyerleşeceğini ve patoloji laboratuvarlarında bilişim sektöründen de\nçalışanlar olacağı tahmin edilmektedir.\nİlginç ve örnek çalışmalar\nQuPath\nQuPath’ın WSinfer adlı eklentisi ile literatürdeki yapay zeka\nmodellerini kendi vakalarımızda kolayca uygulamak mümkün. 11\n\nI am really enthusiastic about the #wsinfer plugin of #qupath Now it\nwill be possible to try published models of digital pathology on my\ncases without having to find data or code “upon reasonable request”,\nor try correct the corrupt code on github. And now the “published\nmodels” will face the real world scenario. This will change the\n#digitalpathology and distinguish those models that really work from\nthose that work only on the paper. There is one great barrier\nremaining now, an open source program to make #WSI with a camera\nattached to a microscope. I wish I had the coding skills to do that :)\n\nGelecekte oldukça fazla QuPath kullanacağımızın bir göstergesi de Apple\nbilgisayar sunumlarında QuPath’ın örnek olarak yerini almasıdır.https://www.linkedin.com/feed/update/urn:li:activity:7125049439831916544/https://youtube.com/clip/UgkxMxu0lmNg-9TeX7W59sJXa1dm6nqysu6N?si=4uuz7qVoWqAhYuGp\nHistoQC\nOctopi\nOpenFlexure Microscope {sec-openflexure-microscope}\nhttps://openflexure.org/projects/microscope/\nPATHOLOGY RESIDENT EXPERIENCE USING A LOW-COST 3D PRINTED MICROSCOPE FOR\nPORTABLE DIGITAL PATHOLOGY https://doi.org/10.1016/j.jpi.2022.100043\nµManager {sec-micromanager}\nOpen Source Software for Control and Automation of Microscope Hardware\n12\nDiğer açık kaynak kodlu ve ücretsiz programların listesi okuma\nönerilerinde verilmiştir.\nReferanslar ve okuma Önerileri\nReferanslar\n\n\nIrmakci, Ismail, Ramin Nateghi, Rujoi Zhou, Mariavittoria Vescovo,\nMadeline Saft, Ashley E. Ross, Ximing J. Yang, Lee A. D. Cooper, ve\nJeffery A. Goldstein. 2024. “Tissue Contamination Challenges the\nCredibility of Machine Learning Models in Real World Digital Pathology”.\nModern Pathology, Ocak, 100422.\nhttps://doi.org/10.1016/j.modpat.2024.100422.\n\n\nMovahed-Ezazi, Misha, Mustafa Nasir-Moin, Camila Fang, Isabella\nPizzillo, Kristyn Galbraith, Steven Drexler, Olga A. Krasnozhen-Ratush,\nvd. 2023. “Clinical Validation of Stimulated Raman Histology for Rapid\nIntraoperative Diagnosis of CNS Tumors”. Modern Pathology, Mayıs,\n100219. https://doi.org/10.1016/j.modpat.2023.100219.\n\n\nOkuma önerileri:\nEuropean Society for Digital and Integrative Pathology\nhttps://digitalpathologysociety.org/\nDigital Pathology Association\nhttps://digitalpathologyassociation.org/\nempaia Academy https://en.empaia.org/academy-2-1\nPatoloji Atlası https://www.patolojiatlasi.com/\nHistopathology Atlas https://www.histopathologyatlas.com/\nPatoloji Notları https://www.patolojinotlari.com/\nQuPath https://qupath.github.io/ Bankhead, P. et al. QuPath: Open\nsource software for digital pathology image analysis. Scientific\nReports (2017). https://doi.org/10.1038/s41598-017-17204-5\nPete Bankhead, 2022, Introduction to Bioimage Analysis\nhttps://bioimagebook.github.io\nBest practice recommendations for implementing digital pathology, The\nRoyal College of Pathologists\nhttps://www.rcpath.org/uploads/assets/f465d1b3-797b-4297-b7fedc00b4d77e51/Best-practice-recommendations-for-implementing-digital-pathology.pdf\nThe Leeds Guide to Digital Pathology\nhttps://www.virtualpathology.leeds.ac.uk/research/clinical/docs/2018/pdfs/18778_Leeds%20Guide%20to%20Digital%20Pathology_Brochure_A4_final_hi.pdf\nLeeds ekran testi:\nhttps://www.virtualpathology.leeds.ac.uk/research/systems/pouqa/pathology/\nIntegrating digital pathology into clinical practice\nhttps://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34599281/\nArtificial intelligence-the third revolution in pathology\nhttps://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30270453/\nGrand Challenge A platform for end-to-end development of machine\nlearning solutions in biomedical imaging.\nhttps://grand-challenge.org/\nManual Whole Slide Imaging https://www.microvisioneer.com/\nPathoZoom Scan https://www.smartinmedia.com/pathozoom-scan/\nPallua JD, Brunner A, Zelger B, Schirmer M, Haybaeck J. The future of\npathology is digital Pathol Res Pract. 2020 Sep;216(9):153040. doi:\n10.1016/j.prp.2020.153040. Epub 2020 Jun 20. PMID: 32825928.\nPetascale Computational Pathology - Prof Nasir Rajpoot at HMS-BWH\nPathology Grand Rounds 5 Oct 2020\nhttps://www.youtube.com/watch?v=nVHRNn-nqMg\nAdvice from one of the world’s largest digital pathology\nimplementations\nhttps://medical.sectra.com/case/advice-from-one-of-the-worlds-largest-digital-pathology-implementations/\nOctopi: Octopi: Open configurable high-throughput imaging platform for\ninfectious disease diagnosis in the field Hongquan Li, Hazel\nSoto-Montoya, Maxime Voisin, Lucas Fuentes Valenzuela, Manu Prakash\nbioRxiv 684423; doi: https://doi.org/10.1101/684423\nOctopi’nin tanıtımı:\nhttps://twitter.com/prakashlab/status/1144453714637230083\nLesson from the COVID-19 pandemic: pathologists need to build their\nconfidence on working in a digital microscopy environment. Virchows\nArch 479, 227–229 (2021). https://doi.org/10.1007/s00428-021-03123-4\nValidating Whole Slide Imaging for Diagnostic Purposes in Pathology\nhttps://www.cap.org/protocols-and-guidelines/cap-guidelines/current-cap-guidelines/validating-whole-slide-imaging-for-diagnostic-purposes-in-pathology\nValidating Whole Slide Imaging Systems for Diagnostic Purposes in\nPathology: Guideline Update From the College of American Pathologists\nin Collaboration With the American Society for Clinical Pathology and\nthe Association for Pathology Informatics. Arch Pathol Lab Med 1 April\n2022; 146 (4): 440–450. doi:\nhttps://doi.org/10.5858/arpa.2020-0723-CP\nDigital Pathology & AI in routine clinical practice:From quality\ncontrol to primary cancer diagnosis\nhttps://www.youtube.com/watch?v=7pRmonus9iM\nAtallah, N.M., Toss, M.S., Verrill, C. et al. Potential quality\npitfalls of digitalized whole slide image of breast pathology in\nroutine practice. Mod Pathol (2021).\nhttps://doi.org/10.1038/s41379-021-01000-8\nAçık kaynak kodlu veya ücretsiz dijital patoloji programları:\nQuickAnnotator https://github.com/choosehappy/QuickAnnotator\nHistoQC https://github.com/choosehappy/HistoQC\nQuPath https://qupath.github.io/\nCytomine https://cytomine.be/\nOrbit https://www.orbit.bio/\nASAP https://computationalpathologygroup.github.io/ASAP/\nMicaia http://www.micaia.ai\nImageJ/ Fiji https://fiji.sc/\nImageScope\nhttps://www.leicabiosystems.com/digital-pathology/manage/aperio-imagescope/\nVideolar\nIntroduction to Bioimage\nAnalysis\nQuPath tutorial #1 - Getting\nstarted\nQuPath tutorial #2 - IHC\nanalysis\nQuPath Spring\n2022\nFrom Samples to Knowledge\n2020\nFrom Zero to QuPath\nHero\nPathLAKE Masterclasses\n2021\nTIA Centre Seminar\nSeries\nInvited Talks &\nPresentations\nECDP\n2019\nImage processing with\npython\nDijital Patoloji Webinar\nSerisi\nBreast Cancer KI67 assessment using with the open source\nQuPath\nQuPath\n\n\nProje Oluşturma\nQuPath\nprojects\n{{ video https://www.youtube.com/embed/wo9vZccmqwc title=“QuPath\nprojects” }}\nRenkleri Ayırma\n{{ video https://www.youtube.com/embed/Oe0rfzLtTO0 }}\n{{ video https://www.youtube.com/embed/IpCDnPnFvDc }}\nDokuların Tespiti\n{{ video https://www.youtube.com/embed/B03-TlH-yVU }}\nSegment Anything\n{{ video https://www.youtube.com/embed/J_ubK5x1vcU }}\nwsinfer\n{{ video https://www.youtube.com/embed/0Z589zWlFQQ }}\n↩︎\n↩︎\n↩︎\nPatoloji Notları↩︎\nAI-driven efficient patient prognosis based on 3D pathology\nsamples TIA Centre Seminar Series Dr. Andrew Song\nhttps://mamba-demo.github.io/demo/\nhttps://www.youtube.com/watch?v=rcNCHQnK454&ab_channel=TIAWarwick↩︎\nhttps://en.wikipedia.org/wiki/ICC_profile↩︎\nhttp://www.andrewjanowczyk.com/application-of-icc-profiles-to-digital-pathology-images/↩︎\nFoundation Models and Information Retrieval in Digital\nPathology↩︎\nhttps://www.modella.ai/intro.html↩︎\nhttps://chatgpt.com/↩︎\npreprint\ndocumentation-1\ndocumentation-2\nimage.sc\nlinkedIN↩︎\nhttps://micro-manager.org/\n\n↩︎\n",
+ "contents": "\nPatoloji ve Bilişim\nSerdar Balcı\n2024-12-01\nPatoloji ve Bilişim\nPatolojide Bilişimin yeri\nnedir?\nPatolojideki Bilgi Türleri\nNelerdir?\nDijital Patoloji Nedir?\nDijital Patolojinin Geleceği\nYapay Zekanın Dijital Patolojideki\nYeri\nİlginç ve örnek çalışmalar\n\nReferanslar ve okuma Önerileri\nReferanslar\nOkuma önerileri:\nAçık kaynak kodlu veya ücretsiz dijital patoloji\nprogramları:\nVideolar\n\nPatoloji ve Bilişim\n\nhttps://zenodo.org/badge/latestdoi/594820002\nDOI 10.17605/OSF.IO/BRZUF\n\nBu yazı Prof. Dr. Alp Usubütün editörlüğünde hazırlanan “Sağlık\nBilimleri İçin Patoloji ve Patoloji Laboratuvarını Anlama Kılavuzu 2.\nBaskı - Ekim 2022 Ankara Nobel Tıp Kitabevleri ISBN:\n978-625-7564-70-0”\n1 2 adlı kitaptaki “8. Bölüm: Patolojide Yeni Yöntemler ve\nGelecek”3 için hazırlanmıştı r. Ancak bu alanın çok hızlı\nilerlemesi nedeniyle bu metni güncel tutmak (ve bir sonraki baskı için\ngerekirse hazır bulunmak için) metin içeriği burada güncellenecekti r.\nDoç. Dr. Serdar Balcı\n\n\nPatolojide Bilişimin yeri nedir?\nPatologları, hastanın klinik bilgilerini, makroskopi ve mikroskopik\ngörüntüler ile işleyip, literatür ve bilimsel bilgiler ışığında\nyorumlayan ve rapor adlı yazılı bilgiyi üreten bilgi uzmanları olarak\ntanımlayabiliriz. Abartılı bir tarif gibi görünse de çoğu hasta\ndosyasında, hasta hakkında en çok ve en doğru (hatta hala daha altın\nstandart) bilgiler patologların ürettiği patoloji raporlarında yer\nalmaktadır.\nBilginin teknoloji kullanılarak işlenmesindeki gelişmeleri, patoloji\ndisiplini, bazen geriden bazen öncü olarak, ama emin adımlarla takip\netmekte ve kendi işleyişine katmaktadır. (Computational Pathology: A\nPath Ahead https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26098131/)\nBilimsel bilginin sürekli artması,\nhemen her yıl yeni bir DSÖ sınıflama kitabının çıkması,\nyeni çıkan antikorların ve yöntemlerin tanısal test olarak\nkullanımındaki istatistiksel yöntemler,\ntümörlerin taksonomisi,\n“ben buna displazi derim” gibi sezgisel yaklaşımlar,\nklinik bilgilerin elde edilmesi,\nmakroskopik ve mikroskopik görüntülerin elde edilmesi, işlenmesi ve\nsaklanması,\nrapor yazılması,\ndiktasyon,\nraporların saklanması,\narşivleme,\nlaboratuvar iş akışının düzenlenmesi ve takibi\ngibi bir çok basamakta yer alan bilişim teknolojileri, dijital\npatolojinin yaygınlaşması ile makina öğrenmesi, derin öğrenme ve yapay\nzeka ile karar destek sistemleri olarak günlük pratiğe daha da\ngirmektedir.\nPatoloji raporları ve görüntüleri için kullanılan yazılımlar (Rosai 1.\nchapter)’da belirtildiği gibi çoğu zaman diğer laboratuvar branşları ya\nda radyoloji için hazırlanmış platformlara eklemlenmiş gibidirler.\nPatolojinin işleyişi ile çoğu zaman örtüşmeyen yazılımlar, çoğu zaman\nbir metin işlemcisi ve faturalandırma aracı olarak kalmaktadırlar.\nPatoloji raporları ve görüntüleri için kullanılan yazılımlar (Rosai 1.\nchapter)’da belirtildiği gibi çoğu zaman diğer laboratuvar branşları ya\nda radyoloji için hazırlanmış platformlara eklemlenmiş gibidirler.\nPatolojinin işleyişi ile çoğu zaman örtüşmeyen yazılımlar, çoğu zaman\nbir metin işlemcisi ve faturalandırma aracı olarak\nkalmaktadırlar.Patolojideki Bilgi Türleri Nelerdir?\nPatolojide bilgi türleri temel olarak laboratuvar iş akışı, metin ve\ngörüntülerden oluşmaktadır.\nLaboratuvar İş Akışı\nMetin Bilgileri\nPatolojideki metin bilgilerini:\npatoloğa\nklinikten ve\nliteratürden gelen bilgiler ile\n\npatoloğun ürettiği raporlar oluşturmaktadır.\nBu bilgi türlerine belki sosyal medyayı da eklemek uygun olacaktır.\nSosyal medyada paylaşılan rutin ya da ilginç patoloji vakaları\nderlendiğinde bir patoloji kitabı oluşturmak mümkün olabilir 4.\nAyrıca bu veriler görüntü analizleri için bile kullanılabilmektedir\nPMID:37592105.\nGörüntüler\nMorfolojik analize dayanan anatomik patolojideki bilgilerden biri de\ngörüntülerdir. Makroskopik ve mikroskopik görüntüler mevcuttur.\n“Makroskopik” görüntülerin net bir şekilde elde edilmesi ve\nsaklanması giderek önem kazanmaktadır. Tariflenen bazı bulguların\n(mezorektal bütünlük gibi) daha sonra tekrar değerlendirilmesi, delici\nkesici yaralanmalar gibi mikroskopla belirlenemeyecek medikolegal\ndökümantasyonun sağlanması gibi nedenlerle, patoloji ve hastane bilgi\nsistemlerine entegre makroskopi resim saklama gerekliliği giderek\nartmaktadır.\nMakroskopik görüntülerin radyoloji ile korelasyonu ve üç boyutlu\ngörüntülerle sanal gerçeklik uygulamaları makroskopik görüntü arşivinin\nönemini giderek artırmaktadır.\n“Mikroskopik” görüntülerin tam yüzey taranması (whole slide\nimaging) ile hızlanan dijital patolojiye bir sonraki bölümde detaylı\ndeğinilecektir. Artık günümüzde;\ndokunun kesit almadan üç boyutlu haritalandırılması,\nfiziksel olarak boyanmadan sanal boyalar ile incelenmesi\nve bunların örnek yeterliliğinde ve hızlı tanıda kullanılması oldukça\nsık yapılan ve pratiğe geçeceği umulan çalışmalardır.\nİki boyutlu klasik mikroskopik görüntülerin çokça kesit alınarak 3\nboyutlu (3D) rekonstriksiyonu ile yapılan tümör modelleri, hastalıkların\npatofizyolojisinin anlaşılmasında yeni olanaklar sunacaktır.\nPatolojinin gelecegindeki yeni teknikler arasında\nüç boyutlu görüntüleme 5,\nRaman spektroskopisi (Movahed-Ezazi vd. 2023),\nFTIR (infrared spectroskop),\nsanal HE boyama,\nve konfokal mikroskopi gibi tekniklerin yer alması beklenmektedir.\nDijital Patoloji Nedir?\nDijital Patolojinin Kullanım Alanları Nelerdir?\nTanı\nEğitim\nKonsültasyon\nRutin Raporlama {rutin-raporlama}\nŞu an kullanılan ara yüzlerdeki farklılıklar da kullanım alışkanlığı\ngeliştirmeyi zorlaştırmaktadır.\n<–WIP–>\nBilgisayar fare orta tuş kilidi olan ve olmayan arayüzler\n(https://middleclick.app/), büyütme ve küçültme (zoom in/out)\nhızlarının klasik mikroskoplardan farklı olması yanısıra klavye ve\nbilgisayar bileşenlerine (oyunlara) aşina neslin kullandığı oklar,\naswd tuşlarının …\nnavigasyon ok tuşları, aswdrz, +- middle click scroll resim, görüntü\nkaydetme\nSectra, ViraSoft ve OpenSeaDragon arayüzlerindeki farklılıklar.\n<–WIP–>\nNasıl bir ekran kullanılacağı ve ekranın “tıbbi ekran” kategorisinde\nolup olmaması gerektiği de süregiden bir tartışma konusudur (Bkz. Leeds\nekran testi)\n<–WIP–>\nTek ya da çoklu monitörde çalışma, dokunmatik ekranlar\nekran çözünürlüğü, tepki süresi\nsanal mape çeşitleri\nlamın vertikal ya da horizontal taranması\ntaranan alanların işaretlenmesi (heatmap)\n<–WIP–>\nGünümüzde kaset, immünohistokimya ve tayarıcılardaki farklı barkod /\nkarekod / datamatrix kullanımı ve bu içeriğin firmalara özgün ve\ndeğiştirilemez olarak tanımlanması, kesintisiz bir laboratuvar iş akışı\nönündeki önemli engellerden biridir. Bu konuda firmalar arası\nentegrasyonun sağlanabilmesi oldukça önemlidir. Yakın zamanda Memorial\nPatoloji’de tüm basamaklardaki datamatrix kodları birleştirilmiş olup,\nimmünohistokimya cihazındaki entegrasyon da tamamlanmak üzeredir.\nDijital Patoloji İçin Tarayıcıya İhtiyacımız Var Mı?\nDijital Patolojinin Geleceği\nDijital patoloji hızla gelişen bir alan olduğundan patologların\nkendilerini bu gelişmelere hazırlamaları gerekmektedir.\nAltyapı yatırımları sırasında geliştirilebilir modüler yapıların tercih\nedilmesi; basit ekran paylaşımından öteye gitmeyen ve açık kaynak ile\nulaşılabilecek programlar için masraf yapmadan önce yetkin görüş\nalınması önerilmektedir.\nDijital patoloji görüntüleri şu an farklı firmalara ait farklı formatlar\nhalindedir. Ancak yakın zamanda ortak bir format olan DICOM’a\ngeçilmesi ile cihazlar arasındaki uyum da artacaktır. Bu ortak formata\ngeçilmesi ile görüntülerin daha uygun saklanabilmesi için de\ngeliştirmeler hızlanacaktır.\nDijital patoloji sadece mikroskopik görüntülerin bilgisayar ortamına\naktarılması olarak düşünülmemeli. Dijital patoloji ile tüm patolojide\nüretilen tüm bilginin kullanılabilir veri haline getirilmesi ve\nbunların hastanın diğer bilgileri ile entegre edilmesi\nhedeflenmelidir.\nYöneticilerin dijital patoloji kurulum hevesleri sırasında, patologlar\nfırsatı ganimet bilip laboratuvarın eksiklerini tamamlatmalı ve\nkaliteyi artırıcı düzenlemeleri uygulatmalıdırlar.\nYeni çıkan immünohistokimyasal tetkiklerin belli bir süre sonra\ntanısal özgünlüklerini kaybetmeleri patologları yeni testlere karşı\nşüpheli yaklaşmaya zorlamıştır. Aynı şüpheyi yapay zeka algoritmaları\niçin de kullanmak gereklidir. Yakın zamanda çok sayıda başarılı olduğu\niddia edilen algoritma yayınlanmış olmasına karşın bunların kliniğe\naktarımı hala kısıtlıdır. Yayın ve araştırma bolluğu ile birlikte;\nyapay zeka modellerinin aynı laboratuvardaki tekrarlanabilirlikleri ve\nbaşka laboratuvar verilerine aktarılabilirlikleri çok önemli bir\nproblem olarak ortaya çıkmaya başlamıştır.\nPatoloji asistanları açık kaynak kodlu dijital patoloji programlarını\nkullanmayı öğrenmeli ve açık kaynak kodlu yazılımlar konusunda dijital\nokur yazarlıklarını geliştirmelidirler.\nMeslek örgütleri radyolojide yaşanan “hizmet alımı” süreci ile\n“uzaktan tanı” adı altında düşürülen sağlık hizmeti kalitesi ve\ndeğersizleştirilen hekim emeğinin farkında olmalı ve buna yönelik\ntedbir ve tavsiyeler için hazırlanmalıdırlar.\nTarayıcıların, PACS depolarının ve arayüzlerin birbiri ile uyumu\noldukça önemlidir. ICC profillerinin 6 7 uyumu görüntülerin son\nkullanıcı olan patolog tarafından değerlendirmesinde önem taşımaktadır\n.\nYapay zeka algoritma sağlayıcılarının, laboratuvarda hali hazırda\nbulunan PACS ve arayüz ile uyum sağlayamaması ve entegrasyon için ayrı\nemek ve maliyet gerekmesi de dijital patolojinin gelişimindeki\nengellerdendir.\nÜretilen yapay zeka algoritmaları firmaların sadece kendi\narayüzlerinde ve bulut sistemlerinde çalışmaktadır. Bu sistemler\n“vendor agnostic” hale henüz gelememişlerdir.\nYapay Zekanın Dijital Patolojideki Yeri\nYapay zekanın görüntüler üzerindeki tecrübesinin patolojiye aktarılması\nile bilimsel çalışmalarda sık görmeye başladığımız yapay zeka (makina\nöğrenmesi, derin öğrenme) kullanımı giderek günlük pratiğe de\nuygulanabilecek özellikler kazanmaktadır. Yapay zeka ile ilgili\nçalışmalar literatürde hesaplamalı/sayısal patoloji (computational\npathology), matematiksel patoloji olarak da geçmektedir.\nYapay zeka ile ilgili beklentilerin realist olması, algoritmaların ise\ntekrarlanabilir (kendi içinde ve dışarıyla tutarlı),\nteknik olarak uygulanabilir,\nklinik pratiğe aktarılabilir ve\nyeni bilgiler ışığında güncellenebilir olması gerekmektedir.\nYapay zeka modellerinin nasıl geliştirildiği oldukça önemlidir.\nTCGA verisinde hatalar olduğu (Murat 2024 USCAP abstract)\nDoku bulaşlarının model başarılarını etkilediği Irmakci vd. (2024)\nunutulmamalıdır.\nGeliştirilmekte olan, temel modeller (foundation models) üzerine inşa\nedilen modeller (fine-tuning) ile patolojide yapay zeka uygulamaları\nyaygınlaşacaktır. 8\nhttps://doi.org/10.1016/j.jpi.2024.100375\nhttps://arxiv.org/abs/2312.07814\nÇok modlu bir üretken yapay zeka modeli olan “PathChat 2”9 de\npatolojiye özel bir chatGPT10 olarak hayatımızda yer almaya aday\nmodellerdendir .\nTowards a general-purpose foundation model for computational pathology\nhttps://www.nature.com/articles/s41591-024-02857-3\nA visual-language foundation model for computational pathology\nhttps://www.nature.com/articles/s41591-024-02856-4\nA Multimodal Generative AI Copilot for Human Pathology\nhttps://www.nature.com/articles/s41586-024-07618-3\nGelecekte her mikroskopta bir kameranın olduğu, masabaşında hemen\nulaşılabilecek tarama cihazlarının olduğu çalışma ortamı yanısıra,\ntamamen mikroskopsuz patoloji iş istasyonları da olacaktır.\nAlgoritma destekli patoloji pratiğinde ‘Bu vakayı Alp Hoca’ya danışalım’\nyerine ‘Bu vakayı AlpApp v25’e yükleyelim’ gibi cümleler yer alacağı\ngibi, ihtiyaca göre uygulama indirilen / geliştirilen PathAppStore’ları\nda hayatımızdaki yeniliklerden olacaktır.\nTüm bu gelişmeler ışığında gelecekte, bilişimin, metin-görüntü işleme ve\nyapay zekanın patoloji bölümleri içinde bir alt grup olarak\nyerleşeceğini ve patoloji laboratuvarlarında bilişim sektöründen de\nçalışanlar olacağı tahmin edilmektedir.\nİlginç ve örnek çalışmalar\nQuPath\nQuPath’ın WSinfer adlı eklentisi ile literatürdeki yapay zeka\nmodellerini kendi vakalarımızda kolayca uygulamak mümkün. 11\n\nI am really enthusiastic about the #wsinfer plugin of #qupath Now it\nwill be possible to try published models of digital pathology on my\ncases without having to find data or code “upon reasonable request”,\nor try correct the corrupt code on github. And now the “published\nmodels” will face the real world scenario. This will change the\n#digitalpathology and distinguish those models that really work from\nthose that work only on the paper. There is one great barrier\nremaining now, an open source program to make #WSI with a camera\nattached to a microscope. I wish I had the coding skills to do that :)\n\nGelecekte oldukça fazla QuPath kullanacağımızın bir göstergesi de Apple\nbilgisayar sunumlarında QuPath’ın örnek olarak yerini almasıdır.https://www.linkedin.com/feed/update/urn:li:activity:7125049439831916544/https://youtube.com/clip/UgkxMxu0lmNg-9TeX7W59sJXa1dm6nqysu6N?si=4uuz7qVoWqAhYuGp\nHistoQC\nOctopi\nOpenFlexure Microscope {sec-openflexure-microscope}\nhttps://openflexure.org/projects/microscope/\nPATHOLOGY RESIDENT EXPERIENCE USING A LOW-COST 3D PRINTED MICROSCOPE FOR\nPORTABLE DIGITAL PATHOLOGY https://doi.org/10.1016/j.jpi.2022.100043\nµManager {sec-micromanager}\nOpen Source Software for Control and Automation of Microscope Hardware\n12\nDiğer açık kaynak kodlu ve ücretsiz programların listesi okuma\nönerilerinde verilmiştir.\nReferanslar ve okuma Önerileri\nReferanslar\n\n\nIrmakci, Ismail, Ramin Nateghi, Rujoi Zhou, Mariavittoria Vescovo,\nMadeline Saft, Ashley E. Ross, Ximing J. Yang, Lee A. D. Cooper, ve\nJeffery A. Goldstein. 2024. “Tissue Contamination Challenges the\nCredibility of Machine Learning Models in Real World Digital Pathology”.\nModern Pathology, Ocak, 100422.\nhttps://doi.org/10.1016/j.modpat.2024.100422.\n\n\nMovahed-Ezazi, Misha, Mustafa Nasir-Moin, Camila Fang, Isabella\nPizzillo, Kristyn Galbraith, Steven Drexler, Olga A. Krasnozhen-Ratush,\nvd. 2023. “Clinical Validation of Stimulated Raman Histology for Rapid\nIntraoperative Diagnosis of CNS Tumors”. Modern Pathology, Mayıs,\n100219. https://doi.org/10.1016/j.modpat.2023.100219.\n\n\nOkuma önerileri:\nEuropean Society for Digital and Integrative Pathology\nhttps://digitalpathologysociety.org/\nDigital Pathology Association\nhttps://digitalpathologyassociation.org/\nempaia Academy https://en.empaia.org/academy-2-1\nPatoloji Atlası https://www.patolojiatlasi.com/\nHistopathology Atlas https://www.histopathologyatlas.com/\nPatoloji Notları https://www.patolojinotlari.com/\nQuPath https://qupath.github.io/ Bankhead, P. et al. QuPath: Open\nsource software for digital pathology image analysis. Scientific\nReports (2017). https://doi.org/10.1038/s41598-017-17204-5\nPete Bankhead, 2022, Introduction to Bioimage Analysis\nhttps://bioimagebook.github.io\nBest practice recommendations for implementing digital pathology, The\nRoyal College of Pathologists\nhttps://www.rcpath.org/uploads/assets/f465d1b3-797b-4297-b7fedc00b4d77e51/Best-practice-recommendations-for-implementing-digital-pathology.pdf\nThe Leeds Guide to Digital Pathology\nhttps://www.virtualpathology.leeds.ac.uk/research/clinical/docs/2018/pdfs/18778_Leeds%20Guide%20to%20Digital%20Pathology_Brochure_A4_final_hi.pdf\nLeeds ekran testi:\nhttps://www.virtualpathology.leeds.ac.uk/research/systems/pouqa/pathology/\nIntegrating digital pathology into clinical practice\nhttps://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34599281/\nArtificial intelligence-the third revolution in pathology\nhttps://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30270453/\nGrand Challenge A platform for end-to-end development of machine\nlearning solutions in biomedical imaging.\nhttps://grand-challenge.org/\nManual Whole Slide Imaging https://www.microvisioneer.com/\nPathoZoom Scan https://www.smartinmedia.com/pathozoom-scan/\nPallua JD, Brunner A, Zelger B, Schirmer M, Haybaeck J. The future of\npathology is digital Pathol Res Pract. 2020 Sep;216(9):153040. doi:\n10.1016/j.prp.2020.153040. Epub 2020 Jun 20. PMID: 32825928.\nPetascale Computational Pathology - Prof Nasir Rajpoot at HMS-BWH\nPathology Grand Rounds 5 Oct 2020\nhttps://www.youtube.com/watch?v=nVHRNn-nqMg\nAdvice from one of the world’s largest digital pathology\nimplementations\nhttps://medical.sectra.com/case/advice-from-one-of-the-worlds-largest-digital-pathology-implementations/\nOctopi: Octopi: Open configurable high-throughput imaging platform for\ninfectious disease diagnosis in the field Hongquan Li, Hazel\nSoto-Montoya, Maxime Voisin, Lucas Fuentes Valenzuela, Manu Prakash\nbioRxiv 684423; doi: https://doi.org/10.1101/684423\nOctopi’nin tanıtımı:\nhttps://twitter.com/prakashlab/status/1144453714637230083\nLesson from the COVID-19 pandemic: pathologists need to build their\nconfidence on working in a digital microscopy environment. Virchows\nArch 479, 227–229 (2021). https://doi.org/10.1007/s00428-021-03123-4\nValidating Whole Slide Imaging for Diagnostic Purposes in Pathology\nhttps://www.cap.org/protocols-and-guidelines/cap-guidelines/current-cap-guidelines/validating-whole-slide-imaging-for-diagnostic-purposes-in-pathology\nValidating Whole Slide Imaging Systems for Diagnostic Purposes in\nPathology: Guideline Update From the College of American Pathologists\nin Collaboration With the American Society for Clinical Pathology and\nthe Association for Pathology Informatics. Arch Pathol Lab Med 1 April\n2022; 146 (4): 440–450. doi:\nhttps://doi.org/10.5858/arpa.2020-0723-CP\nDigital Pathology & AI in routine clinical practice:From quality\ncontrol to primary cancer diagnosis\nhttps://www.youtube.com/watch?v=7pRmonus9iM\nAtallah, N.M., Toss, M.S., Verrill, C. et al. Potential quality\npitfalls of digitalized whole slide image of breast pathology in\nroutine practice. Mod Pathol (2021).\nhttps://doi.org/10.1038/s41379-021-01000-8\nAçık kaynak kodlu veya ücretsiz dijital patoloji programları:\nQuickAnnotator https://github.com/choosehappy/QuickAnnotator\nHistoQC https://github.com/choosehappy/HistoQC\nQuPath https://qupath.github.io/\nCytomine https://cytomine.be/\nOrbit https://www.orbit.bio/\nASAP https://computationalpathologygroup.github.io/ASAP/\nMicaia http://www.micaia.ai\nImageJ/ Fiji https://fiji.sc/\nImageScope\nhttps://www.leicabiosystems.com/digital-pathology/manage/aperio-imagescope/\nVideolar\nIntroduction to Bioimage\nAnalysis\nQuPath tutorial #1 - Getting\nstarted\nQuPath tutorial #2 - IHC\nanalysis\nQuPath Spring\n2022\nFrom Samples to Knowledge\n2020\nFrom Zero to QuPath\nHero\nPathLAKE Masterclasses\n2021\nTIA Centre Seminar\nSeries\nInvited Talks &\nPresentations\nECDP\n2019\nImage processing with\npython\nDijital Patoloji Webinar\nSerisi\nBreast Cancer KI67 assessment using with the open source\nQuPath\nQuPath\n\n\nProje Oluşturma\nQuPath\nprojects\n{{ video https://www.youtube.com/embed/wo9vZccmqwc title=“QuPath\nprojects” }}\nRenkleri Ayırma\n{{ video https://www.youtube.com/embed/Oe0rfzLtTO0 }}\n{{ video https://www.youtube.com/embed/IpCDnPnFvDc }}\nDokuların Tespiti\n{{ video https://www.youtube.com/embed/B03-TlH-yVU }}\nSegment Anything\n{{ video https://www.youtube.com/embed/J_ubK5x1vcU }}\nwsinfer\n{{ video https://www.youtube.com/embed/0Z589zWlFQQ }}\n↩︎\n↩︎\n↩︎\nPatoloji Notları↩︎\nAI-driven efficient patient prognosis based on 3D pathology\nsamples TIA Centre Seminar Series Dr. Andrew Song\nhttps://mamba-demo.github.io/demo/\nhttps://www.youtube.com/watch?v=rcNCHQnK454&ab_channel=TIAWarwick↩︎\nhttps://en.wikipedia.org/wiki/ICC_profile↩︎\nhttp://www.andrewjanowczyk.com/application-of-icc-profiles-to-digital-pathology-images/↩︎\nFoundation Models and Information Retrieval in Digital\nPathology↩︎\nhttps://www.modella.ai/intro.html↩︎\nhttps://chatgpt.com/↩︎\npreprint\ndocumentation-1\ndocumentation-2\nimage.sc\nlinkedIN↩︎\nhttps://micro-manager.org/\n\n↩︎\n",
"preview": {},
- "last_modified": "2024-12-01T20:33:56+03:00",
+ "last_modified": "2024-12-07T23:11:08+03:00",
"input_file": {}
},
{
@@ -38,7 +38,7 @@
"categories": [],
"contents": "\n“Patoloji çalışmalarında istatistik için nasıl veri hazırlanır?” konulu toplantıyı yaptık:\nPatoloji Çalışmalarında İstatistik İçin Veri Hazırlama\n\n\nGeri bildirimlerinizi ve ilerideki toplantılar için önerilerinizi bekliyorum:\nhttps://forms.gle/qhQ7aGpdC6Pn7f1c9\n\nLoading…\n\n\n\n\n",
"preview": {},
- "last_modified": "2024-12-01T20:31:15+03:00",
+ "last_modified": "2024-12-07T23:07:58+03:00",
"input_file": {}
},
{
@@ -55,7 +55,7 @@
"categories": [],
"contents": "\nRutinde Dijital Patoloji: Zorluklar ve Kolaylıklar. 27 Eylül 2023. Türk Patoloji Derneği Dijital Webinar Serisi-3 Dijital Patolojinin Rutinde Kullanımı\n\nhttps://www.youtube.com/watch?v=xlxfSO-zSrA&ab_channel=SERDARBALCI\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n",
"preview": {},
- "last_modified": "2024-12-01T20:31:15+03:00",
+ "last_modified": "2024-12-07T23:07:59+03:00",
"input_file": {}
},
{
@@ -81,7 +81,7 @@
],
"contents": "\nKlinikopatolojik çalışmalarda bu jamovi modülleri işinizi kolaylaştıracaktır:\nhttps://www.jamovi.org/\nhttps://www.serdarbalci.com/ClinicoPathJamoviModule/\n\nBu Office tarafından sağlanan eklenmiş bir Microsoft Office belgesidir.\n\n\n\n\n",
"preview": {},
- "last_modified": "2024-12-01T20:31:15+03:00",
+ "last_modified": "2024-12-07T23:07:58+03:00",
"input_file": {}
},
{
@@ -98,7 +98,7 @@
"categories": [],
"contents": "\nSon aylarda gittikçe artan AI, yapay zeka, model bombardımanından çıkardığım sonuç şu ki;\nGeleceğe hazırlanan bir çocuk:\nBoolean (mantıksal) ifadeleri öğrenmeli.\nVE\nVEYA\nDEĞİL\nEŞİT\nEŞİT DEĞİL\n\nMatematik ve geometri ilişkisi öğrenmeli.\nTasvir yapabilmeli (prompt engineer dedikleri)\nBaşka bir dil öğrennmeli (farklı düşünebilmek için)\nHayal kurabilmeli.\n\n\n\n",
"preview": {},
- "last_modified": "2024-12-01T20:31:15+03:00",
+ "last_modified": "2024-12-07T23:07:58+03:00",
"input_file": {}
},
{
@@ -115,7 +115,7 @@
"categories": [],
"contents": "\nDijital patolojide akreditasyon ile ilgili bölümde yaptığım sunumu ve kodu paylaşıyorum. Bu sunumu Quarto ve reveal.js ile hazırladım. Herhangi bir kişiselleştirme yapmadan da güzel html sunum hazırlanabiliyormuş.\n\n\n\n\n\n\n\n",
"preview": {},
- "last_modified": "2024-12-01T20:31:15+03:00",
+ "last_modified": "2024-12-07T23:07:58+03:00",
"input_file": {}
},
{
@@ -136,7 +136,7 @@
],
"contents": "\nMoleküler Patoloji Hakkında / Moleküler Patolojiye Dair\n\nDOI 10.17605/OSF.IO/QZ7CJ\nhttps://doi.org/10.5281/zenodo.7175169\nMoleküler Patoloji nedir?\nMoleküler patoloji, anatomik patoloji, klinik patoloji ve genetiğin birlikte çalıştığı bir alandır. OMICS olarak belirtilen (genomik, proteomik, metabolomik gibi) yeni çalışma alanları ile de ilişkisi olan moleküler patoloji, günlük uygulamada daha çok kanser tanı ve mutasyon analizlerinde yer almaktadır.\nMoleküler patolojik incelemeler, patoloji spesmenlerindeki değişiklikleri moleküler düzeyinde inceleyen patoloji teknikleridir.\nMoleküler teknikler hangi amaçlarla kullanılır?\nMoleküler teknikler patolojide değişik amaçlarla kullanılmaktadır.\nTanı amaçlı:\nYetkin bir patoloji uzmanının morfolojik değerlendirmesi sonrası istenen uygun testler ile tümör ya da enfeksiyöz hastalıkların tanılarının konması ve tümör alt tiplerinin belirlenmesi amacıyla kullanılmaktadır. Birbirini tamamlar nitelikteki morfoloji ve moleküler incelemeler giderek onkolojik hastaların tanı, takip ve tedavisinde birbirinin ayrılmaz parçası haline gelmiştir. Öyle ki bazı tümörlerin isimleri moleküler teknikler ve morfolojilerin karşılaştırılması ile değiştirilmiş, yeni tanı grupları oluşturulmuştur.\nTedaviyi yönlendirme amaçlı:\nKanserli dokularda mutasyonun varlığı ya da yokluğu ile hedefe yönelik tedavilerin kullanımı mümkün olmaktadır. Bu mutasyonların varlığının ya da yokluğunun tespiti moleküler patolojide uygulanan testler ile yapılmaktadır.\nHastalığın seyrini (prognozunu) öngörme amaçlı:\nHer ne kadar hastalığın seyri kişisel nedenlere çok bağlı olsa da, hastaya uygun tedavi yönetimi için hastalığın olası seyrini bilmek gerekir. Bu nedenle kullanılan bazı moleküler teknikler onkoloji uzmanlarına yol göstermektedir.\nMoleküler teknikler nelerdir?\nMutasyon spesifik (mutasyona özgü) immünohistokimya:\nPatoloji pratiğinde günlük olarak kullanılan immünohistokimyasal çalışmalara benzeyen bu özellikli immünohistokimyalar, mutasyon ile ortaya çıkan protein yapılarının tespitine imkan vermektedir. Hızlı ve pratik olması nedeniyle (BRAF, IDH1 gibi) bazı mutasyonların tespitinde kullanılmaktadır.\nISH (in-situ hibridizasyon):\nHücrelerdeki DNA ya da RNA’lara bağlanan özel karşıt (komplementer) DNA ve RNA’lar kullanılarak yapılan testlerdir. Virüslerin tespitinde (EBER, HPV), tümör odağının tespitinde (karaciğerdeki albumin), kromozon değişikliklerinin tespitinde (1p19q kaybı, BCR-ABL füzyonu) ve gen ekspresyonlarının artışının tespitinde (HER2, EGFR) kullanılmaktadır.\nFlSH (Floresan in-situ hibridizasyon):\nÖzel floresan ışımalı kitler ve özel floresan mikroskobu kullanılarak yapılan in-situ hibridizasyon tetkiklerdir.\nCISH (Kromojen in-situ hibridizasyon):\nIn-situ hibridizasyonun ışık mikroskobu ile de yapılmasını sağlayan tetkiklerdir.\nPCR:\nPolimeraz zincir reaksiyonu (Polymerase Chain Reaction), dokudan elde edilen DNA ya da RNA’ların laboratuvarda çoğaltılması işlemidir. Belli sayıda çoğaltma süresinde eğer mutasyon varsa yeterli yeni DNA ya da RNA oluşmakta ve mutasyon varlığı tespit edilmektedir.\nMutasyon analizi:\nTümörlerde görülen mutasyonlar çok çeşitlidir. Kimi mutasyonlar tümörün çoğalmasında ana etkenken, kimileri sadece hasarlı olarak kalmakta ve tümörün davranışına (tümör biyolojisine) etki etmemektedir. Tümör davranışına etki eden bu “sürücü” (driver) mutasyonlar ile davranışa etki etmeyen “yolcu” (passenger) mutasyonlar tanı, tedavi ve sağkalım açısından farklıdırlar. Bu nedenle tümör davranışını direk belirleyebilecek seçili mutasyonlara özgü analizler (nokta mutasyon analizleri) moleküler patolojide kullanılmaktadır.\nSekanslama:\nBir DNA dizisindeki bazların teker teker okunması ile yapılan analizdir. Böylece oluşan mutasyonun hangi değişiklikle olduğu anlaşılır ve buna göre tanı, tedavi seçimi yapılır.\nYeni kuşak sekanslama:\nDNA’nın çok sayıda odağının aynı anda okunmasına dayanan yeni kuşak sekanslama ile bir tümörde olan tüm mutasyonlar tespit edilebilmektedir. Özellikle ileri evre ve ilk tedavilerini tamamlamış hastalarda ilgili tümörde sık görülmeyen ancak tedavi için ilacı bulunan mutasyonların tespitinde kullanılmaktadır.\nMutasyon yükü:\nDNA’da değişikliğe neden olan hasarlara mutasyon denmektedir. Mutasyonlar hemen her hücre bölünmesinde olmakta ve hemen tümü tamir edilmektedir. Kanser hücreleri çok hızlı büyüdüklerinden ve tamir mekanizmaları yeterli düzeltmeleri yapamadığından bu mutasyonlar birikmektedir. Bu mutasyonlu birikimin toplam DNA miktarına oranı ile elde edilen mutasyon ölçüm yükü yakın zamanda tedavi seçiminde kullanılmaya başlamıştır. Bir tümörde ne kadar çok mutasyon varsa (melanomlar gibi), o kadar çok yabancı antijen üretilecek ve bu tümörler immünmodülatör tedavilere (PD1-PDL1 ilişkili) daha iyi yanıt vereceklerdir.\nMoleküler tekniklerin birbirine üstünlüğü var mıdır?\nMoleküler çalışmalarda farklı teknikler farklı özgünlük ve duyarlılığa sahiptir. Bunun için hastaya ve planlanan tedaviye özgü testler seçilmelidir.\nMoleküler teknikler için dokular nasıl saklanmalıdır?\nMoleküler teknikler için dokular uygun tespit ve takip işlemleri yapılıp, patoloji laboratuvarlarında uygun arşivlerde saklanmalıdır.\nEğer başka bir laboratuvara parafin blok (mum blok) taşıyorsanız, bunları oda sıcaklığında (21-23 c) muhafaza etmeniz gerekir.\nTümörlü alanın patolojide seçilmesi ya da işaretlenmesi ne demektir?\nAmeliyat ve biyopsi ile alınan dokular tümüyle tümörden oluşmazlar. Normal doku, nekroza gitmiş ölü doku ya da tümör öncesi (adenom, in situ tümör gibi) alanlar da içerebilirler. Tümör içinde de alt gruplar oluşmakta ve kimi alt gruplar hastalığın asıl nedeni olup hızlıca büyürken, kimileri büyüme özelliğini yitirmiş olabilmektedir. Tümör patolojisinde yetkin bir patoloji uzmanı mikroskopla tümörün uygun alanını seçmeli ve seçtiği alandaki tümör hücre sayısını ya da yüzdesini belirtmelidir. Bu ön değerlendirmenin yapılmadığı durumlarda yanlış pozitif ya da yanlış negatif sonuçlar alınmakta, tedavi alabilecek hastalar tedavileri alamamakta, tedavi almasında fayda umulmayan hastalar ise gereksiz yere ilaca maruz kalmaktadır.\nMoleküler teknikler sadece tümörler için mi kullanılır?\nMoleküler patolojide genelde tümörler için kullanılsa da enfeksiyon hastalıkları ve kimlik tayini için de benzer teknikler uygulanabilmektedir.\nHer tümör için moleküler tetkik yapılmalı mıdır?\nKanser hastaları giderek daha uzun yaşamakta ve yıllar içinde yeni tedavi yöntemleri rutin uygulamaya girmektedir. Bu nedenle tümör dokusu hastalar için eskiye nazaran çok daha kıymetli olmaya başlamıştır. Potansiyel olarak her tümörde moleküler patoloji çalışmaları yapılabilir. Ancak bu durumda ileride kullanılabilecek dokunun muhafazasına dikkat edilmelidir. Eğer alınacak sonuç hastanın tedavisini yönlendirici nitelikte değilse (yani klinik endikasyon yoksa) ya da bu analiz etik kurul onaylı bilimsel bir çalışmanın parçası değilse moleküler çalışmalar yapılmamalıdır.\nMoleküler tekniklerin “akıllı ilaç” ya da “hedefe yönelik tedavi” için kullanımı\nHedefe yönelik tedaviye uygunluğun tespiti için moleküler patoloji teknikleri kullanılmaktadır. Hastalık ve mutasyona göre değişiklik göstermekle birlikte ilgili mutasyonların varlığı ya da yokluğunda kimi ilaçlar tedavide kullanılmaktadır. Bu analizler ilaçtan fayda sağlayabilecek hastaları belirlerken aynı zamanda ilacın fayda sağlamayacağı hastaları da tespit etmekte ve bu hastaları ilaçların olası yan etkilerinden korumaktadır.\nHer doku moleküler tekniklerle incelenebilir mi?\nUygun tespit ve takip ile parafine gömülmüş (mum blok yapılmış) dokular ve hızlı dondurma ile (-80 C) saklanan dokularda moleküler çalışmalar yapılabilir. Ameliyat ya da biyopsi ile alınan dokuların uygun tespiti (çok çabuk formaldehit solüsyonu içine alınması) bu nedenle çok önemlidir. Yeterli formaldehit ile tespit edilmeyen dokularda otoliz olacağından moleküler çalışmalar sağlıklı olmayacaktır.\nKaç yıl önceki bir tümöre moleküler patolojide inceleme yapılabilir?\nE\nğer uygun tespit ve takip işlemleri uygulanmışsa, uygun patoloji arşivlerinde saklanan dokulardan on yıllar sonra bile moleküler patoloji tektikleri yapılabilmektedir.\nMoleküler tetkik sonrası mutasyonun var ya da yok olması neyi gösterir? Negatif ya da pozitif sonuç ne demektir? Mutasyonun var olması kötü bir şey midir? Mutasyonun olmaması kötü bir şey midir?\nMoleküler patoloji raporları genelde detaylı teknik bilgiler içerir. Mutasyonun var olması ya da yok olması, kimi hastalıklarda tedaviye yanıt verme ihtimalini gösterirken, kimi hastalıklarda o tedavinin verilmemesi gerektiğini belirtebilir. Bu nedenle moleküler patoloji raporlarının hastayı takip eden onkoloji uzmanı hekim tarafından yorumlaması gerekmektedir.\n\n\n\n",
"preview": {},
- "last_modified": "2024-12-01T20:31:15+03:00",
+ "last_modified": "2024-12-07T23:07:58+03:00",
"input_file": {}
},
{
@@ -157,7 +157,7 @@
],
"contents": "\n\nhttps://doi.org/10.5281/zenodo.7135447\nDOI: 10.17605/OSF.IO/9345U\nDijital Patoloji nedir?\nDijital patolojiyi patoloji incelemesinde kullanılan preparatların yüksek çözünürlükte taranarak bilgisayar ortamına aktarılması ve bu görüntülerin iletilme ve işlenme süreci olarak tanımlayabiliriz.\nDijital patoloji hangi alanlarda kullanılır?\nDijital patoloji ilk etapta araştırma ve eğitim amacıyla kullanılmaya başlanmış, daha sonra uzak merkezlerdeki uzman patologlara vaka danışmada (konsültasyon) ve frozenda (ameliyat sırasında hızlı tanı) yerini almıştır. Bir hastanın ilk tanısı için mikroskop yerine kullanımı yakın zamanda ABD ve Avrupa’da onaylandığından, şu an rutin işleyişte de yer almaktadır. Özellikle pandeminin getirdiği uzaktan çalışma zorunluluğu dijital patolojinin gelişmesi için hızlandırıcı bir etken olmuştur.\nDijital patoloji kullanımı ne kadar yaygındır?\nAslında ameliyatta alınan dokuların makroskopik görüntülerinin, endoskopik görüntülerin ve mikroskopla çekilen fotoğrafların işlenmesi üzerinde uzun zamandır devam eden morfometrik çalışmalar dijital patolojinin başlangıcı sayılabileceğinden, dijital patolojinin bilinen ve oldukça yaygın kullanım alanı olduğunu söyleyebiliriz. Ancak hasta tanısı için ilk etapta mikroskop yerine kullanımı henüz daha yeni olduğundan, bu amaçla kullanılan dijital patoloji daha çok büyük laboratuvar ve üniversite hastaneleri ile sınırlıdır.\nDijital patoloji hastalık tanısında kullanılır mı?\nDijital patoloji, hastalıkların tanısına yardımcı özelliklerin tespit edilmesinde yaygın olarak kullanılmaktadır. Karaciğer yağlanmasının ölçülmesi, tümör büyüklüğünün ve derinliğinin ölçülmesi, tümörün cerrahi sınırlara olan uzaklıklarının tespiti, tümör ile çevre dokunun ayrılması ve immünohistokimyasal belirteçlerin sayısal olarak doğru raporlanması gibi alanlarda geliştirilmiş yazılım ve karar destek sistemleri mevcuttur.\nSitolojik örneklerin patolog tarafından incelenmesinden önce ilk değerlendirmesini yapan yapay zeka algoritmaları klinik pratikte yer bulmaya başlamıştır. Prostat iğne biyopsilerinin ve meme biyopsilerinin de yapay zeka ile ön incelemeden geçirilmesi ve şüpheli alanların işaretlenmesi yakın zamanda rutin kullanım için onaylanmıştır. Google gibi büyük yazılım firmaları lenf düğümlerindeki küçük metastazların tespiti konusunda önemli çalışmalar yapmaktadırlar.\nKarar destek sistemleri nasıl geliştiriliyor?\nDaha önce tanı almış onbinlerce olgunun görüntüleri ve tanıları yapay zeka (artificial intelligence) ve makina öğrenmesi (machine learning) algoritmaları ile işlenmektedir. Bu şekilde ‘öğrenen’ algoritma yeni gelen olgunun tanısında ya da özelliklerinin tespitinde kullanılmaktadır.\nYapay zekanın, yani bir makinanın verdiği tanıya güvenebilir miyiz?\nDijital patolojiye ve genel olarak yapay zekaya yöneltilen en büyük eleştiri algoritmaların genelde ‘kapalı kutu’ (black box) şeklinde olmasıdır. Şüpheli bir alanın tespit edildiğinde bu alanın neden şüpheli olduğunu bu algoritmalar açıklayamamaktadır. Ancak bu durum insan beyni için de geçerlidir (araç kullanırken, ya da yemek yerken yaptığımız her hareketi açıklayamayışımız gibi).\nEksiklik gibi görünen bu durum aslında yeni tanı yöntemleri geliştirilmesine olanak tanımakta ve patologların kendilerini de geliştirmelerine katkı sağlamaktadır. Bu durumu Go ve satranç oyuncularının kendilerini yapay zeka ile geliştirmelerine benzetebiliriz.\nBenzer şekilde yapay zekanın yaptığı hatalar patologlar tarafından tespit edilmekte (kanama pigmenti ile immünohistokimyasal incelemelerin karıştırılması gibi) ve algoritmalar güçlendirilmektedir.\nAçıklanabilir yapay zeka konusunda da araştırma ve geliştirme çalışmaları çok hızlı bir şekilde devam etmektedir.\nDijital patoloji patologların yerini mi alacak?\nGeliştirilen her yeni teknolojide sorulan ilk sorulardan birisi de makinaların insanların yerini alacağı konusundaki endişelerdir. Bu konu spekülasyona açık olmakla birlikte uzmanların öngörüleri ‘dijital patolojiyi etkin kullanabilen patologların’ diğer patologların yerini alacağı ve dijital patolojinin rutin kullanıldığı ve geliştirildiği laboratuvarların diğer laboratuvarlara önderlik edeceği yönündedir.\n\n\n\n",
"preview": {},
- "last_modified": "2024-12-01T20:31:15+03:00",
+ "last_modified": "2024-12-07T23:07:58+03:00",
"input_file": {}
},
{
@@ -181,7 +181,7 @@
],
"contents": "\nSosyal meyada paylaşılan patoloji görüntüleri o kadar zengin ki, çoğu\ntextbook’tan daha açıklayıcı bilgiler içerebiliyor. Bunları yakından\ntakip etmek için bir dönem rtweet paketi ile günlük\nolarak twitter’ı tarayıp bunları web sayfası halinde düzenliyordum:\npathtweets\npathtweets\nİleride tidytags\npaketi ile bu projeye devam etmeye niyetim var.\nBu arada manuel olarak hazırladığım sayfa da güzel bir örnek oldu\ndiye düşünüyorum: Patoloji\nNotları\n\n\n\n",
"preview": {},
- "last_modified": "2024-12-01T20:31:15+03:00",
+ "last_modified": "2024-12-07T23:07:59+03:00",
"input_file": {}
},
{
@@ -205,7 +205,7 @@
],
"contents": "\nR ile gfortranı M1 chipli bilgisayarda buluşturmaya çalıştım. Benim bulduğum kısayol şu oldu.\nBu R’da Hmisc paketini yüklerken aldığım hata mesajı:\nmake: /opt/R/arm64/bin/gfortran: Permission denied\nBu sorunu çözmek için:\nxcode yüklü olmalı\nxcode-select --install\n\nbrew ile gfortan’ı kurun\nbrew install gcc\n\nsonra R’ın gfortran’ı bulamıyorum dediği yere link koyun:\nsudo ln -s /opt/homebrew/bin/gfortran /opt/R/arm64/bin\n\n\n\n",
"preview": {},
- "last_modified": "2024-12-01T20:31:15+03:00",
+ "last_modified": "2024-12-07T23:07:58+03:00",
"input_file": {}
},
{
@@ -224,7 +224,7 @@
],
"contents": "\nTatilde olsak da kod yazmaya devam:\nElimizde bir grup fotoğraf vardı. Karşısında da kimin fotoğrafı olduğu yazıyordu. Dosyaların isimlerini karşılarındakine göre değiştirmek için bu küçük kodu yazdım.\n\n\nbatch rename files #rstatshttps://t.co/AWUNd5OEiUCreated with @carbon_app pic.twitter.com/ffbnTNTdSo\n\n— Serdar Balcı (@serdarbalci) September 5, 2021\n\nBu da tatilden :)\n\n\n\n\n\n",
"preview": {},
- "last_modified": "2024-12-01T20:31:15+03:00",
+ "last_modified": "2024-12-07T23:07:58+03:00",
"input_file": {}
},
{
@@ -248,7 +248,7 @@
],
"contents": "\nÇok merkezli ve çok uluslu yaptığımız çalışmalarımız patoloji, histopatoloji ve klinikopatolojik değerlendirmelere yönelik1. Tanımlayıcı istatistikler, gruplar arası karşılaştırmalar, gözlemciler arası uyum, ve sağkalım analizleri hemen her çalışmamızda kullandığımız teknikler. Yavaş yavaş veritabanları (SEER, TCGA), metin madenciliği ve görüntü analizine doğru ilerliyoruz.\nUzun zamandır bu çok merkezli ve çok uluslu çalışmalarda verileri derleyip toparlama ve analize hazırlama işini üstleniyorum. Bu çalışmalarda sık kullandığımız metodlar neredeyse standart olacak hale geldi.\nPatoloji dergilerinde yayınlanan çalışmalardaki istatistik yöntemlerini inceleyen araştırmalar 2 3 4 5 ve bir patoloji çalışmasında olması gereken minimum değişkenlerin tanımlaması 6 7 bu standardizasyonun genele de yaygınlaşacağını gösteriyor.\nFigure from Statistical Literacy Among Academic Pathologists: A Survey Study to Gauge Knowledge of Frequently Used Statistical Tests Among Trainees and FacultyFigure from Knijn N, Simmer F, Nagtegaal ID. Recommendations for reporting histopathology studies: a proposal. Virchows Arch. 2015 Jun;466(6):611-5. doi: 10.1007/s00428-015-1762-3. Epub 2015 Apr 7. PMID: 25846513; PMCID: PMC4460276.Figure from Guidelines for reporting histopathology studies Knijn N, Nagtegaal ID Correction Journal of Clinical Pathology 2015;68:173-174.İtiraf etmeli ki bu veri temizleme işi çok vakit alıcı ve bu işi otomatize etmek işimi kolaylaştırıyor. Sadece farklı ülkelerden gelen tarihleri standardize etmenin bile ne kadar önemli olduğunu anlatmama gerek var mı? Bir de son anda eklenen vakalar, verilerde olan güncellemeler, yeni sağkalım bilgileri … Analizlerin de sürekli yenilemesi ve güncellemesi gerekiyor.\nUzun süre point and click software kullandım. Nâm-ı diğer SPSS. Tam onun syntax’ını öğrenmek üzereydirm ki R-project8 ile tanıştım. Ama onda da kendimi rahat hissetmek epey vakit aldı. Arada R-Commander9 işimi kolaylaştırdıysa da, uzun bir süre internetten ve forumlardan kodlar derledim.10\nEn nihayetinde kendi workflow (iş akışı) kodlarımı hazırladım. Bu kodları bir şablon haline getirip GitHub’da kullanmaya başladım.11\nFigure from Histopathology Research TemplateDaha sonra beraber çalıştığım arkadaşlara da kolaylık olsun diye bu kodları shiny ile kullanmak istedim. 12 13 14 15\nShiny web üzerinden paylaşılabilse de bir masaüstü uygulaması şeklinde kullanabilme olanağı 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 çok hoşuma gitti27 ve electron ile bir küçük istatistik programı yazmaya başladım.28\nhttps://github.com/sbalci/clinicopathologicalBuradaki en büyük sorunum ise verileri sisteme aktarmak (import) oldu.\nBunda oldukça zorlanınca veriyi aktarma, programı kurma gibi sorunlar yerine analiz içeriğine ve R kodlarına odaklanmak için jamovi29 modülleri30 ile ilgilenmeye başladım.\nGeliştiriciler birkaç soruma sabırla cevap verdikten sonra31 32 33 beni slack grubuna aldılar ve modülleri geliştirmemde hep yardımcı oldular 34.\nİlk başta tek bir modül olarak tasarlasam da35 büyüklüğü nedeniyle36 bu modülü alt gruplara bölmek daha uygun oldu:\nTanımlayıcı İstatistikler için: ClinicoPathDescriptives37\nGGStatsPlot’u38 kullanmak için: jjstatsplot39\nSağkalım analizleri için: jsurvival40\nKarar analizleri için: meddecide41\nZaman içinde analizleri tablo olarak paylaşmanın da yeterli olmadığını farkettim. Günlük dille olmasa da makale diliyle bir açıklama yazmak gerekiyordu. Bu gibi özetleri yazan paketlerden de ilham alarak42, tablolardaki değerleri alıp özetleyen kodlar ekledim43.\nŞimdilerde ihtiyaç duydukça ve talepler oldukça44 modülleri güncelliyorum.\n\nhttps://scholar.google.com.tr/citations?user=q40DcqYAAAAJ&hl=en↩︎\n Hokanson JA, Ladoulis CT, Quinn FB Jr, Bienkowski AC. Statistical techniques reported in pathology journals during 1983-1985. Implications for pathology educators. Arch Pathol Lab Med. 1987 Feb;111(2):202-7. PMID: 3813838. ↩︎\n Statistical Literacy Among Academic Pathologists: A Survey Study to Gauge Knowledge of Frequently Used Statistical Tests Among Trainees and Faculty ↩︎\n Cuff, Justin MD; Higgins, John P.T. MD Statistical Analysis of Surgical Pathology Data Using the R Program, Advances In Anatomic Pathology: May 2012 - Volume 19 - Issue 3 - p 131-139 doi: 10.1097/PAP.0b013e318254d842 ↩︎\n Bahar B, Pambuccian SE, Barkan GA, Akdas Y. The Use and Misuse of Statistical Methods in Cytopathology Studies: Review of 6 Journals. Lab Med. 2019 Jan 1;50(1):8-15. doi: 10.1093/labmed/lmy036. PMID: 30020520. ↩︎\n Knijn N, Simmer F, Nagtegaal ID. Recommendations for reporting histopathology studies: a proposal. Virchows Arch. 2015 Jun;466(6):611-5. doi: 10.1007/s00428-015-1762-3. Epub 2015 Apr 7. PMID: 25846513; PMCID: PMC4460276. ↩︎\n Guidelines for reporting histopathology studies Knijn N, Nagtegaal ID Correction Journal of Clinical Pathology 2015;68:173-174. ↩︎\nhttps://www.r-project.org/↩︎\nhttps://socialsciences.mcmaster.ca/jfox/Misc/Rcmdr/↩︎\nhttps://github.com/sbalci/MyRCodesForDataAnalysis↩︎\nhttps://www.serdarbalci.com/histopathology-template/↩︎\nhttps://serdarbalci.shinyapps.io/histopathR/↩︎\nhttps://hub.docker.com/r/serdarbalci/clinicopathological↩︎\nhttps://twitter.com/serdarbalci/status/1197849208302252032↩︎\nhttps://mybinder.org/v2/gh/sbalci/histopathology-template/master?urlpath=rstudio↩︎\nhttps://www.travishinkelman.com/deploy-shiny-electron/↩︎\nhttps://github.com/dirkschumacher/r-shiny-electron/↩︎\nhttps://foretodata.com/how-to-make-a-standalone-desktop-application-with-shiny-and-electron-on-windows/↩︎\nhttps://chasemc.github.io/electricShine/↩︎\nhttps://www.r-bloggers.com/2014/04/deploying-desktop-apps-with-r/↩︎\nhttp://blog.analytixware.com/2014/03/packaging-your-shiny-app-as-windows.html↩︎\nhttps://github.com/ColumbusCollaboratory/electron-quick-start↩︎\nhttps://github.com/ColumbusCollaboratory/photon↩︎\nhttps://www.travishinkelman.com/deploy-shiny-electron/↩︎\nhttps://github.com/wleepang/DesktopDeployR↩︎\nhttps://www.youtube.com/watch?v=ARrbbviGvjc↩︎\nhttps://twitter.com/serdarbalci/status/1198348640294711296↩︎\nhttps://github.com/sbalci/clinicopathological↩︎\nhttps://www.jamovi.org/↩︎\nhttps://www.jamovi.org/library.html↩︎\nhttps://github.com/jamovi/jamovi/issues↩︎\nhttps://forum.jamovi.org/↩︎\nhttps://dev.jamovi.org/↩︎\nhttps://www.jamovi.org/about.html↩︎\nhttps://github.com/sbalci/ClinicoPathJamoviModule↩︎\nPaketlerdeki hazır kodları kullandığım için -ve R paketlerini kurarken tüm bağımlı paketleri de kurmak zorunda olduğumuz için- modüller epey büyük boyutta.↩︎\nhttps://github.com/sbalci/ClinicoPathDescriptives/↩︎\nhttps://indrajeetpatil.github.io/ggstatsplot/↩︎\nhttps://github.com/sbalci/jjstatsplot↩︎\nhttps://github.com/sbalci/jsurvival↩︎\nhttps://github.com/sbalci/meddecide/↩︎\nhttps://github.com/easystats/report/↩︎\nhttps://github.com/sbalci/ClinicoPathJamoviModule/blob/master/R/summarydata.b.R#L103↩︎\nhttps://github.com/sbalci/ClinicoPathJamoviModule/issues↩︎\n",
"preview": {},
- "last_modified": "2024-12-01T20:31:15+03:00",
+ "last_modified": "2024-12-07T23:07:58+03:00",
"input_file": {}
},
{
@@ -269,7 +269,7 @@
],
"contents": "\nUpdate on 9 July 2022:\nNow GitHub has star collections, and it is easier:\nhttps://github.com/sbalci?tab=stars\nI use GitHub’s\norganizations as a means to collect repositories. Please let me know\nif you have recommendations to add.\nCurrently these are my organizations:\nOrganization\nContent\nClinicoPath\nRepositories used for ClinicoPath jamovi module\nPBPath\nPancreatobiliary Pathology Society\nPathologyWeb\nInformation Technologies for the Practice of Pathology\nbibliometrics\nCollection of Repositories Related to Bibliometrics, Bibliography,\nKnowledge Extraction and Text Mining\nbiostatistical\nBiostatistics Repositories\ndataeducation\nCollection of Data Analysis Education Repositories\ngenomicanalysis\nGene Analysis\nhistopathology\nCollection of Repositories related to Histopathology and Image\nAnalysis\njournalwatch\nRepositories for Pathology Journal Watch\nknowledgeextraction\nKnowledge Discovery and Extraction from Text Data and Social\nMedia\nseeranalysis\nRepositories and Codes for SEER Analysis\nstatisticial-modelling-center\nModel İstatistik Merkezi (Statistical Modelling Center)\n\n\n\n",
"preview": {},
- "last_modified": "2024-12-01T20:31:15+03:00",
+ "last_modified": "2024-12-07T23:07:58+03:00",
"input_file": {}
}
]
diff --git a/docs/search.json b/docs/search.json
index 0e41a18..ef77acd 100644
--- a/docs/search.json
+++ b/docs/search.json
@@ -4,41 +4,41 @@
"path": "404.html",
"author": [],
"contents": "\nThe page is not found. Please visit main page or send an email to ask what you were looking for.\n\n\n\nSerdar BalcıTürk Hekim ve Araştırmacı. Patoloji Uzmanı.\n2005 yılında Hacettepe Üniversitesi Tıp (İng) Fakültesi’nden mezun oldu. Aynı yıl patoloji asistanlığına başladı. 2010 yılında patoloji uzmanı oldu. 2009 ve 2013-2014 arasında ABD’de Emory Üniversitesi’nde pankreatobilier sistem tümörleri üzerinde araştırmalar yaptı. Katıldığı çalışmalar ışığında tümör sınıflama ve kılavuzlarında güncellemeler oldu. 2016 yılında doçent oldu.\nİlgi alanları arasında tümör sınıflandırılması, tümör evrelemesi, patolojide kalite kontrol uygulamaları, anatomik patolojide istatistik uygulamaları ve R-project yer almaktadır.\n",
- "last_modified": "2024-12-01T20:34:05+03:00"
+ "last_modified": "2024-12-07T23:11:17+03:00"
},
{
"path": "BlogPosts.html",
"title": "Blog Posts",
"author": [],
"contents": "\n\n\n\n",
- "last_modified": "2024-12-01T20:34:05+03:00"
+ "last_modified": "2024-12-07T23:11:17+03:00"
},
{
"path": "bussiness-card1.html",
"author": [],
"contents": "\n \n \n \n \n +90\n533-447-2096\n serdar.balci@memorial.com.tr\n https://www.memorial.com.tr/doktorlar/serdar-balci-k\n @MemorialSaglik\n \n \n Serdar Balci\n MD, Pathologist, Assoc.Prof of\nPathology\n \n \n \n \n \n \n \n \n \n \n \n \n \n \n \n\n ",
- "last_modified": "2024-12-01T20:34:06+03:00"
+ "last_modified": "2024-12-07T23:11:17+03:00"
},
{
"path": "index.html",
"title": "Serdar Balci, MD, Pathologist",
"author": [],
"contents": "\n\n\n\n\n\n",
- "last_modified": "2024-12-01T20:34:06+03:00"
+ "last_modified": "2024-12-07T23:11:18+03:00"
},
{
"path": "posts_RStats.html",
"title": "RStats Posts",
"author": [],
"contents": "\n\n\n\n",
- "last_modified": "2024-12-01T20:34:06+03:00"
+ "last_modified": "2024-12-07T23:11:18+03:00"
},
{
"path": "Serdar-Balci-MD-Pathologist-CV.html",
"title": "Serdar Balci, MD, Pathologist, CV",
"author": [],
"contents": "\n\nContents\nBiyografi\nBiography\nGenel Uğraşılar\nMotto yahut Şiar\nGüncel Uğraşılar\nLinkler\nEğitim\nYayınlar\nYayın Listeleri\nAtıflar\nUluslararası Yayınlar\nAraştırma Makaleleri\nDerlemeler\nVaka serileri, vaka raporları ve editöre mektuplar\n\nTürkiye dergilerinde yer alan yayınlar\nAraştırma Makaleleri\nDerlemeler\nVaka raporları ve vaka serileri\n\nSözlü Bildiriler\nUluslararası kongrelerdeki sözel bildiriler\nYurtiçi kongrelerdeki sözel bildiriler\n\nPosters\nUluslararası kongrelerdeki poster sunumları\nYurtiçi kongrelerdeki poster sunumları\n\nUzmanlık tezi\nKitap Bölümleri\nÇeviriler\nBölüm Çevirisi\n\n\nKonuşmalar ve Sunumlar\nYönettiği Tezler\nAraştırma Projeleri\nDiğer Akademik Aktiviteler\nBurslar\nSınavlar\nKurslar ve Diğer Eğitimler\nÇalışma Hayatı\nDernek ve Çalışma Grupları\nKatkılar\nAcknowledgments\n\n\n\nBiyografi\nSerdar BalcıTürk Hekim ve Araştırmacı. Patoloji Uzmanı.\n2005 yılında Hacettepe Üniversitesi Tıp (İng) Fakültesi’nden mezun oldu. Aynı yıl patoloji asistanlığına başladı. 2010 yılında patoloji uzmanı oldu. 2009 ve 2013-2014 arasında ABD’de Emory Üniversitesi’nde pankreatobilier sistem tümörleri üzerinde araştırmalar yaptı. Katıldığı çalışmalar ışığında tümör sınıflama ve kılavuzlarında güncellemeler oldu. 2016 yılında doçent oldu.\nİlgi alanları arasında tümör sınıflandırılması, tümör evrelemesi, patolojide kalite kontrol uygulamaları, anatomik patolojide istatistik uygulamaları ve R-project yer almaktadır.\nHalen serbest akademik danışman olarak araştırmalarına devam etmektedir.\n\n\n\nBiography\nI am a Medical Doctor and Pathologist. I graduated from Hacettepe University Faculty of Medicine, Ankara, Turkey, the top medical institution in Turkey. I completed my pathology residency in the Department of Pathology in Hacettepe and then worked at Emory University, Atlanta, GA, USA as a research scholar, and had the opportunity to participate in numerous studies. Since I have always been interested in research, I took statistics and introductory bioinformatics courses at Hacettepe University Biostatistics Department.\n\n\n\nI have more than 50 articles published in peer-reviewed journals. I have participated in many international studies. For these studies, I have not only participated as a pathologist but was also actively involved in project planning and I have been the main person responsible for data preparation, data cleaning, data analyses, and reporting. I have experience in bibliography programs and image editing software. I have also used SEER data for cancer research.\nI am interested in the application of statistical and bioinformatic methods in anatomic and digital pathology. I am also interested in publication metrics and have done some research on bibliometrics. I am using vosviewer and citespace for side projects, and used PubMed data for bibliography and text mining studies.\nI have reviewed research papers as you can see on my Publons profile.\nCurrently, I am on the website committee of Pancreatobiliary Pathology Society and I am actively preparing the Journal Watch for this society.\n\n\nGenel Uğraşılar\nGenel Uğraşılarım\nGastrointestinal ve Pankreatobilier Patoloji\nAnatomik patolojide istatistik ve biyoinformatik yöntemlerin uygulanması\nDijital patoloji\nPatolojide kalite kontrol\nMotto yahut Şiar\nEşyanın isimleri bize Dede mirasıdır. (2/31)\nIn God we trust. All others must bring data.\nIn GOTT vertrauen wir, alle anderen müssen Daten bringen.\nHakkı hak bilip hakka ittiba, bâtılı bâtıl bilip bâtıldan ictinâb.\nData driven ethical decision making.\nGüncel Uğraşılar\nPatoloji Atlası\n\n\nBibliographic Çalışmalar\nClinicoPath Jamovi Module\nOpen Knowledge Maps\nhttps://openknowledgemaps.org/news#enthusiasts2020\nhttps://openknowledgemaps.org/community\n\n\nWe are happy to announce our 2020 enthusiasts 😃 Please welcome with us: Nancy Kwangwa, Daniel Deogratus, Paloma Marín Arraiza, Hamdan Hidayat & Serdar Balci!In light of COVID-19, we extended the program's time frame and added more support for webinars: https://t.co/111bH4AbRf pic.twitter.com/dk3e3DcEBJ\n\n— Open Knowledge Maps (@OK_Maps) April 21, 2020\n\nLinkler\nhttps://www.serdarbalci.com/\nhttps://www.facebook.com/serdarbalcimd\nhttps://www.facebook.com/serdarbalcimdpathologist/\nhttps://www.instagram.com/balciserdar/\nhttps://www.linkedin.com/in/serdar-balci-md-pathologist/\nhttps://twitter.com/serdarbalci\nMastodon\nhttps://github.com/sbalci\nhttps://www.parapathology.com\nhttps://www.patolojinotlari.com\nhttps://www.patolojiai.com/\nhttps://www.memorial.com.tr/doktorlar/serdar-balci-k\nEğitim\nÖğrenim Dönemi\nDerece\nÜniversite\nÖğretim Alanı\n1998-2005\nLisans\nHacettepe Üniversitesi Tıp (İngilizce) Fakültesi\nTıp Doktorluğu\n2005-2010\nTıbbi Patoloji Uzmanı\nHacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Patoloji Anabilim Dalı\nTıbbi Patoloji Uzmanlığı\n2010-2011\nÖzel Öğrenci\nHacettepe Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü\nTıp Fakültesi Biyoistatistik Anabilim Dalı\nYayınlar\nYayın Listeleri\nCV, Özgeçmiş\nGoogleScholar\nResearcherID: B-6401-2011\nPublons\nPubMed My Bibliography\nPubMed My BibliographyPubMed My Bibliography\nORCID\norcid.org/0000-0002-7852-3851\nResearchGate\n\nScopus\nLoop\nEurope PMC\nSemantic Scholar\nLens Scholar\nopenknowledgemaps\nAtıflar\nImpact Story\nGoogle Scholar\nPublons\nResearcherID\nUluslararası Yayınlar\nAraştırma Makaleleri\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nSWI/SNF Complex-Deficient Undifferentiated Carcinoma of the Pancreas: Clinicopathologic and Genomic Analysis.\nMod Pathol. 2024 Nov;37(11):100585.\ndoi: 10.1016/j.modpat.2024.100585.\nEpub 2024 Jul 31. PMID: 39094734; PMCID: PMC11585460.\nYavas A, Ozcan K, Adsay NV, Balci S, Tarcan ZC, Hechtman JF, Luchini C, Scarpa A, Lawlor RT, Mafficini A, Reid MD, Xue Y, Yang Z, Haye K, Bellizzi AM, Vanoli A, Benhamida J, Balachandran V, Jarnagin W, Park W, O’Reilly EM, Klimstra DS, Basturk O.\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nASO Visual Abstract: Comparison of Ampullary and Pancreatic Adenocarcinomas-Smaller Invasion, Common Adenomatous Components, Resectability, and Histology are Factors for Improved Survival for Patients with Ampullary Adenocarcinoma.\nMemis B, Saka B, Pehlivanoglu B, Kim G, Balci S, Tajiri T, Ohike N, Bagci P, Akar KE, Muraki T, Jang KT, Maithel SK, Sarmiento J, Kooby DA, Esmer R, Tarcan ZC, Goodman M, Xue Y, Krasinskas A, Reid M, Basturk O, Adsay V.\nAnn Surg Oncol. 2024 Nov 16;.\ndoi: 10.1245/s10434-024-16449-5. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 39550484.\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nMemis B, Saka B, Pehlivanoglu B, Kim G, Balci S, Tajiri T, Ohike N, Bagci P, Akar KE, Muraki T, Jang KT, Maithel SK, Sarmiento J, Kooby DA, Esmer R, Tarcan ZC, Goodman M, Xue Y, Krasinskas A, Reid M, Basturk O, Adsay V. Comparison of Ampullary and Pancreatic Adenocarcinomas: Smaller Invasion, Common Adenomatous Components, Resectability, and Histology are Factors for Improved Survival for Patients with Ampullary Adenocarcinoma. Ann Surg Oncol. 2024 Oct 14;. doi: 10.1245/s10434-024-16355-w. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 39402320.\nEren OC, Bagci P, Balci S, Ohike N, Saka B, Sokmensuer C, Leblebici CB, Xue Y, Reid MD, Krasinskas AM, Kooby D, Maithel SK, Sarmiento J, Cheng JD, Taskin OC, Kapran Y, Tarcan ZC, Luchini C, Scarpa A, Basturk O, Adsay NV. Subgrading of G2 Pancreatic Neuroendocrine Tumors as 2A (Ki67 3% to < 10%) Versus 2B (10% to ≤ 20%) Identifies Behaviorally Distinct Subsets in Keeping with the Evolving Management Protocols. Ann Surg Oncol. 2024 Oct;31(10):7001-7011. doi: 10.1245/s10434-024-15632-y. Epub 2024 Jul 2. PubMed PMID: 38955993; PubMed Central PMCID: PMC11413052.\nEren OC, Bagci P, Balci S, Ohike N, Saka B, Sokmensuer C, Leblebici CB, Xue Y, Reid MD, Krasinskas AM, Kooby D, Maithel SK, Sarmiento J, Cheng JD, Taskin OC, Kapran Y, Tarcan Z, Luchini C, Scarpa A, Basturk O, Adsay NV. ASO Author Reflections: Prognostic Value of Subgrading G2 Pancreatic Neuroendocrine Tumors as 2A versus 2B. Ann Surg Oncol. 2024 Oct;31(10):7068-7069. doi: 10.1245/s10434-024-15728-5. Epub 2024 Jul 11. PubMed PMID: 38990222.\nTarcan ZC, Esmer R, Akar KE, Bagci P, Bozkurtlar E, Saka B, Armutlu A, Sahin Ozkan H, Ozcan K, Taskin OC, Kapran Y, Aydin Mericoz C, Balci S, Yilmaz S, Cengiz D, Gurses B, Alper E, Tellioglu G, Bozkurt E, Bilge O, Cheng JD, Basturk O, Adsay NV. Intra-ampullary Papillary Tubular Neoplasm (IAPN): Clinicopathologic Analysis of 72 Cases Highlights the Distinctive Characteristics of a Poorly Recognized Entity. Am J Surg Pathol. 2024 Sep 1;48(9):1093-1107. doi: 10.1097/PAS.0000000000002275. Epub 2024 Jul 18. PubMed PMID: 38938087.\nPehlivanoglu B, Araya JC, Lawrence S, Roa JC, Balci S, Andersen JB, Rashid A, Hsing AW, Zhu B, Gao YT, Koshiol J, Adsay V. TPPP-BRD9 fusion-related gallbladder carcinomas are frequently associated with intracholecystic neoplasia, neuroendocrine carcinoma, and a distinctive small tubular-type adenocarcinoma commonly accompanied with a syringomatous pattern. Hum Pathol. 2024 Aug;150:67-73. doi: 10.1016/j.humpath.2024.07.001. Epub 2024 Jul 5. PubMed PMID: 38972607.\nDursun N, Memis B, Pehlivanoglu B, Taskin OC, Okcu O, Akkas G, Bagci P, Balci S, Saka B, Araya JC, Bellolio E, Roa JC, Jang KT, Losada H, Maithel SK, Sarmiento J, Reid MD, Jang JY, Cheng JD, Basturk O, Koshiol J, Adsay NV. Adenomyomas of the Gallbladder: An Analysis of Frequency, Clinicopathologic Associations, and Relationship to Carcinoma of a Malformative Lesion. Arch Pathol Lab Med. 2024 Feb 1;148(2):206-214. doi: 10.5858/arpa.2022-0379-OA. PubMed PMID: 37134225.\nSahin SI, Balci S, Guler G, Altundag K. Clinicopathological analysis of 38 male patients diagnosed with breast cancer. Breast Dis. 2024;43(1):1-8. doi: 10.3233/BD-230050. PubMed PMID: 38363600; PubMed Central PMCID: PMC10894578.\nWang T, Askan G, Ozcan K, Rana S, Zehir A, Bhanot UK, Yantiss RK, Rao DS, Wahl SJ, Bagci P, Balci S, Balachandran V, Jarnagin WR, Adsay NV, Klimstra DS, Basturk O. Tumoral Intraductal Neoplasms of the Bile Ducts Comprise Morphologically and Genetically Distinct Entities. Arch Pathol Lab Med. 2023 Dec 1;147(12):1390-1401. doi: 10.5858/arpa.2022-0343-OA. PubMed PMID: 36821179.\nPehlivanoglu B, Akkas G, Memis B, Basturk O, Reid MD, Saka B, Dursun N, Bagci P, Balci S, Sarmiento J, Maithel SK, Bandyopadhyay S, Escalona OT, Araya JC, Losada H, Goodman M, Knight JH, Roa JC, Adsay V. Reappraisal of T1b gallbladder cancer (GBC): clinicopathologic analysis of 473 in situ and invasive GBCs and critical review of the literature highlights its rarity, and that it has a very good prognosis. Virchows Arch. 2023 Feb;482(2):311-323. doi: 10.1007/s00428-022-03482-6. Epub 2022 Dec 29. Review. PubMed PMID: 36580138.\nMedullary Carcinoma of the Ampulla Has Distinct Clinicopathologic Characteristics Including Common Association with Microsatellite Instability and PD-L1 Expression. Hum Pathol. 2022 Dec 8:S0046-8177(22)00282-9. doi: 10.1016/j.humpath.2022.12.004. Epub ahead of print. PMID: 36502926.\nXue Y, Balci S, Pehlivanoglu B, Muraki T, Memis B, Saka B, Kim G, Bandopadhyay S, Knight J, El-Rayes B, Kooby D, Maithel SK, Sarmiento J, Basturk O, Reid MD, Adsay V.\nHepatic Cysts: Reappraisal of the Classification, Terminology, Differential Diagnosis, and Clinicopathologic Characteristics in 258 Cases. Am J Surg Pathol. 2022 Jul 4. doi: 10.1097/PAS.0000000000001930. Epub ahead of print. PMID: 35778790.\nArmutlu A, Quigley B, Choi H, Basturk O, Akkas G, Pehlivanoglu B, Memis B, Jang KT, Erkan M, Erkan B, Balci S, Saka B, Bagci P, Farris AB, Kooby DA, Martin D, Kalb B, Maithel SK, Sarmiento J, Reid MD, Adsay NV.\nInfiltration pattern predicts metastasis and progression better than the T-stage and grade in pancreatic neuroendocrine tumors: a proposal for a novel infiltration-based morphologic grading. Mod Pathol. 2022 Jun;35(6):777-785. doi: 10.1038/s41379-021-00995-4. Epub 2021 Dec 30. PMID: 34969955.\nTaskin OC, Reid MD, Bagci P, Balci S, Armutlu A, Demirtas D, Pehlivanoglu B, Saka B, Memis B, Bozkurtlar E, Leblebici CB, Birceanu A, Xue Y, Erkan M, Kapran Y, Baygul A, Sokmensuer C, Scarpa A, Luchini C, Basturk O, Adsay V.\nTaskin OC, Bellolio E, Dursun N, Seven IE, Roa JC, Araya JC, Villaseca M, Tapia O, Vance C, Saka B, Balci S, Bagci P, Losada H, Sarmiento J, Memis B, Pehlivanoğlu B, Basturk O, Reid MD, Koshiol J, Cheng JD, Kapran Y, Adsay V. Non-neoplastic Polyps of the Gallbladder: A Clinicopathologic Analysis of 447 Cases. Am J Surg Pathol. 2020 Apr;44(4):467-476. doi: 10.1097/PAS.0000000000001405. PubMed PMID: 31725469; PubMed Central PMCID: PMC8693758.\nT2 gallbladder cancer shows substantial survival variation between continents and this is not due to histopathologic criteria or pathologic sampling differences.Virchows Arch. 2021 Jan 7.\nDeSimone MS, Goodman M, Pehlivanoglu B, Memis B, Balci S, Roa JC, Jang KT, Jang JY, Hong SM, Lee K, Kim H, Choi HJ, Muraki T, Araya JC, Bellolio E, Sarmiento JM, Maithel SK, Losada HF, Basturk O, Reid MD, Koshiol J, Adsay V.\ndoi: 10.1007/s00428-020-02968-5PMID: 33411027SemanticSciteConnections\nGallbladder polyps: Correlation of size and clinicopathologic characteristics based on updated definitions.PLoS One. 2020 Sep 11;15(9):e0237979.\nTaskin OC, Basturk O, Reid MD, Dursun N, Bagci P, Saka B, Balci S, Memis B, Bellolio E, Araya JC, Roa JC, Tapia O, Losada H, Sarmiento J, Jang KT, Jang JY, Pehlivanoglu B, Erkan M, Adsay V.\ndoi: 10.1371/journal.pone.0237979PMID: 32915805PMCID: PMC7485812SemanticSciteConnectionsTaskin OC, Basturk O, Reid MD, Dursun N, Bagci P, Saka B, Balci S, Memis B, Bellolio E, Araya JC, Roa JC, Tapia O, Losada H, Sarmiento J, Jang KT, Jang JY, Pehlivanoglu B, Erkan M, Adsay V. Correction: Gallbladder polyps: Correlation of size and clinicopathologic characteristics based on updated definitions. PLoS One. 2024;19(7):e0306997. doi: 10.1371/journal.pone.0306997. eCollection 2024. PubMed PMID: 38968267; PubMed Central PMCID: PMC11226048.\nFrequency and clinicopathologic associations of DNA mismatch repair protein deficiency in ampullary carcinoma: Routine testing is indicated.\nCancer. 2020 Aug 28.\nXue Y, Balci S, Aydin Mericoz C, Taskin OC, Jiang H, Pehlivanoglu B, Muraki T, Memis B, Saka B, Kim GE, Bandopadhyay S, Knight J, El-Rayes BF, Sarmiento J, Reid MD, Erkan M, Basturk O, Adsay V.\ndoi: 10.1002/cncr.33135PMID: 32857459SemanticSciteConnections\nIntracholecystic tubular non-mucinous neoplasm (ICTN) of the gallbladder: a clinicopathologically distinct, invasion-resistant entity.\nVirchows Arch. 2020 Jul 20.\nPehlivanoglu B, Balci S, Basturk O, Bagci P, Erbarut Seven I, Memis B, Dursun N, Jang KT, Saka B, Ohike N, Tajiri T, Roa JC, Sarmiento JM, Reid MD, Adsay V.\ndoi: 10.1007/s00428-020-02877-7\nPMID: 32691142\n\n\n\n\nSemantic\nScite\n\nFollicular Cholecystitis: Reappraisal of Incidence, Definition, and Clinicopathologic Associations in an Analysis of 2550 Cholecystectomies.\nInt J Surg Pathol. 2020 May 18:1066896920924079.\nSaka B, Memis B, Seven IE, Pehlivanoglu B, Balci S, Bagci P, Reid M, Dursun N, Escalano OT, Roa JC, Araya JC, Kong SY, Basturk O, Koshiol J, Adsay NV.\n\ndoi: 10.1177/1066896920924079. PMID: 32423360.\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nNon-neoplastic Polyps of the Gallbladder: A Clinicopathologic Analysis of 447 Cases.\nAm J Surg Pathol. 2019 Nov 12.\nTaskin OC, Bellolio E, Dursun N, Seven IE, Roa JC, Araya JC, Villaseca M, Tapia O, Vance C, Saka B, Balci S, Bagci P, Losada H, Sarmiento J, Memis B, Pehlivanoğlu B, Basturk O, Reid MD, Koshiol J, Cheng JD, Kapran Y, Adsay V.\n\ndoi: 10.1097/PAS.0000000000001405.\nPubMed PMID: 31725469.\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nPoorly Cohesive (Signet Ring Cell) Carcinoma of the Ampulla of Vater. Int J Surg Pathol. 2019 Oct 15;:1066896919880968.\nTuncel D, Basturk O, Bradley KT, Kim GE, Xue Y, Reid MD, Balci S, Erbarut I, Adsay V.\n\ndoi: 10.1177/1066896919880968\nPMID: 31612756\nhttps://journals.sagepub.com/doi/abs/10.1177/1066896919880968\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nSarcomatoid carcinomas of the gallbladder: clinicopathologic characteristics.\nVirchows Arch. 2019 Jun 8\nTaskin OC, Akkas G, Memis B, Seven IE, Basturk O, Jang KT, Roa JC, Araya JC, Bellolio E, Losada H, Sarmiento J, Balci S, Pehlivanoglu B, Reid MD, Koshiol J, Adsay V.\n\ndoi: 10.1007/s00428-019-02583-z.\nPMID: 31177317\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nRole of calcium-sensing receptor, Galectin-3, Cyclin D1, and Ki-67 immunohistochemistry to favor in the diagnosis of parathyroid carcinoma.\nSungu N, Dogan H, Kilicarslan A, Kilic M, Polat S, Tokac M, Akbaba S, Parlak Omer, Balci S, Ogut B, Cakir B.\nIndian Journal of Pathology and Microbiology 2018, 61:22-26\ndoi: 10.4103/ijpm.ijpm_85_17\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nA FISH assay efficiently screens for BRAF gene rearrangements in pancreatic acinar-type neoplasms.\nWang L, Basturk O, Wang J, Benayed R, Middha S, Zehir A, Linkov I, Rao M, Aryeequaye R, Cao L, Chmielecki J, Ross J, Stephens PJ, Adsay V, Askan G, Balci S, Klimstra DS\nMod Pathol. 2018 Jan;31(1):132-140.\nhttps://api.semanticscholar.org/10.1038/modpathol.2017.106?include_unknown_references=true)\nhttps://www.connectedpapers.com/main/b082e8216300b4a314d7601697cde755e34b409c/A-FISH-assay-efficiently-screens-for-BRAF-gene-rearrangements-in-pancreatic-acinartype-neoplasms/graph\ndoi: 10.1038/modpathol.2017.106\nPMID: 28884748\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nPancreatic intraductal tubulopapillary neoplasm is genetically distinct from intraductal papillary mucinous neoplasm and ductal adenocarcinoma.\nBasturk O, Berger MF, Yamaguchi H, Adsay V, Askan G, Bhanot UK, Zehir A, Carneiro F, Hong SM, Zamboni G, Dikoglu E, Jobanputra V, Wrzeszczynski KO, Balci S, Allen P, Ikari N, Takeuchi S, Akagawa H, Kanno A, Shimosegawa T, Morikawa T, Motoi F, Unno M, Higuchi R, Yamamoto M, Shimizu K, Furukawa T, Klimstra DS\nMod Pathol. 2017 Aug 4\ndoi: 10.1038/modpathol.2017.60\nPMID: 28776573\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nImmunohistochemical Classification of Ampullary Carcinomas: Critical Reappraisal Fails to Confirm Prognostic Relevance for Recently Proposed Panels, and Highlights MUC5AC as a Strong Prognosticator.\nXue Y, Reid MD, Balci S, Quigley B, Muraki T, Memis B, Xia J, Hacihasanoglu E, Bedolla G, Pehlivanoglu B, Kim GE, Tajiri T, Ohike N, Aneja R, Krasinskas AM, Adsay V\nAm J Surg Pathol. 2017 Jul;41(7):865-876.\ndoi: 10.1097/PAS.0000000000000863\nPMID: 28505002\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1097/PAS.0000000000000863\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBasturk O, Adsay V, Askan G, Dhall D, Zamboni G, Shimizu M, Cymes K, Carneiro F, Balci S, Sigel C, Reid MD, Esposito I, Baldaia H, Allen P, Klöppel G, Klimstra DS. Intraductal Tubulopapillary Neoplasm of the Pancreas: A Clinicopathologic and Immunohistochemical Analysis of 33 Cases. Am J Surg Pathol. 2016 Dec 14.\nPMID: 27984235 DOI: 10.1097/PAS.0000000000000782\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1038/MODPATHOL.2017.60\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nXue Y, Vanoli A, Balci S, Reid MM, Saka B, Bagci P, Memis B, Choi H, Ohike N, Tajiri T, Muraki T, Quigley B, El-Rayes BF, Shaib W, Kooby D, Sarmiento J, Maithel SK, Knight JH, Goodman M, Krasinskas AM, Adsay V. Non-ampullary-duodenal carcinomas: clinicopathologic analysis of 47 cases and comparison with ampullary and pancreatic adenocarcinomas. Mod Pathol. 2016 Oct 14.\ndoi: 10.1038/modpathol.2016.174. PMID: 27739441\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1038/MODPATHOL.2016.174\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nYazgan A, Balci S, Dincer N, Ersoy PE, Tuzun D, Ersoy R, Cigdem I, Bekir C, Guler G. Thyroid FNAC containing hürthle cells and hürthle-like cells: A study of 128 cases. Journal of Cytology, 2016, 33(4), 214.\ndoi: 10.4103/0970-9371.190447\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBasturk O, Chung SM, Hruban RH, Adsay NV, Askan G, Iacobuzio-Donahue C, Balci S, Zee SY, Memis B, Shia J, Klimstra DS. Distinct pathways of pathogenesis of intraductal oncocytic papillary neoplasms and intraductal papillary mucinous neoplasms of the pancreas. Virchows Arch. 2016 Sep 3.\nPMID: 27591765 DOI: 10.1007/s00428-016-2014-x\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1007/S00428-016-2014-X\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nReid MD, Balci S, Ohike N, Xue Y, Kim GE, Tajiri T, Memis B, Coban I, Dolgun A, Krasinskas AM, Basturk O, Kooby DA, Sarmiento JM, Maithel SK, El-Rayes BF, Adsay V. Ampullary carcinoma is often of mixed or hybrid histologic type: an analysis of reproducibility and clinical relevance of classification as pancreatobiliary versus intestinal in 232 cases. Mod Pathol. 2016 Sep 2.\nPMID: 27586202 DOI: 10.1038/modpathol.2016.124\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1038/MODPATHOL.2016.124\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nSungu N, Yavuz S, Marali S, Balci S, Kilicarslan A, Altunkaya C, Dogan HT, Güler G. (2016), Skin Punch Biopsy Sectioning: Before or After Tissue Processing?. J Cutan Pathol. Accepted Author Manuscript. doi:10.1111/cup.12790 PMID: 27513982\n\n\n\nGonzalez RS, Bagci P, Basturk O, Reid MD, Balci S, Knight JH, Kong SY, Memis B, Jang KT, Ohike N, Tajiri T, Bandyopadhyay S, Krasinskas AM, Kim GE1, Cheng JD, Adsay NV. Intrapancreatic distal common bile duct carcinoma: Analysis, staging considerations, and comparison with pancreatic ductal and ampullary adenocarcinomas. Mod Pathol. 2016 Jul 29. doi: 10.1038/modpathol.2016.125. PMID: 27469329\n\n\n\nAdenocarcinoma ex-goblet cell carcinoid (appendiceal-type crypt cell adenocarcinoma) is a morphologically distinct entity with highly aggressive behavior and frequent association with peritoneal/intra-abdominal dissemination: an analysis of 77 cases. Reid MD, Basturk O, Shaib WL, Xue Y, Balci S, Choi HJ, Akkas G, Memis B, Robinson BS, El-Rayes BF, Staley CA, Staley CA, Winer JH, Russell MC, Knight JH, Goodman M, Krasinskas AM, Adsay V. Mod Pathol. 2016 Jun 24. doi: 10.1038/modpathol.2016.105. PMID: 27338636\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1038/MODPATHOL.2016.105\nYazgan A, Yıldırım N, Gözalan A, Gümüştaş S, Kılıçarslan A, Balci S, Aydın C, Ersoy R, Cakir B, Güler G. The Correlation of Sodium Iodide Symporter and BRAF V600E Mutation in Classical Variant Papillary Thyroid Carcinoma. Ann Diagn Pathol. 2016 Jun;22:58-62. PMID: 27180062 doi: 10.1016/j.anndiagpath.2016.04.002\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1016/J.ANNDIAGPATH.2016.04.002\nIrkkan C, Balci S, Güler Tezel G, Akinci B, Yalcin B, Güler G. Comparison of Clinicopathologic Parameters and Survivals Between Epstein-Barr Virus-positive and Her2-positive Gastric Cancers. Appl Immunohistochem Mol Morphol. 2016 Mar 3. PMID: 26945448 DOI: 10.1097/PAI.0000000000000353\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1097/PAI.0000000000000353\nSaka B, Balci S, Basturk O, Bagci P, Postlewait LM, Maithel S, Knight J, El-Rayes B, Kooby D, Sarmiento J, Muraki T, Oliva I, Bandyopadhyay S, Akkas G, Goodman M, Reid MD, Krasinskas A, Everett R, Adsay V. Pancreatic Ductal Adenocarcinoma is Spread to the Peripancreatic Soft Tissue in the Majority of Resected Cases, Rendering the AJCC T-Stage Protocol (7th Edition) Inapplicable and Insignificant: A Size-Based Staging System (pT1: ≤2, pT2: >2-≤4, pT3: >4 cm) is More Valid and Clinically Relevant. Ann Surg Oncol. 2016 Jan 29. PMID: 26832882 doi:10.1245/s10434-016-5093-7\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1245/S10434-016-5093-7\nFisher KE, Zhang L, Wang J, Smith GH, Newman S, Schneider TM, Pillai RN, Kudchadkar RR, Owonikoko TK, Ramalingam SS, Lawson DH, Delman KA, El-Rayes BF, Wilson MM, Sullivan HC, Morrison AS, Balci S, Adsay NV, Gal AA, Sica GL, Saxe DF, Mann KP, Hill CE, Khuri FR, Rossi MR. Clinical Validation and Implementation of a Targeted Next-Generation Sequencing Assay to Detect Somatic Variants in Non-Small Cell Lung, Melanoma, and Gastrointestinal Malignancies. J Mol Diagn. 2016 Jan 19. pii: S1525-1578(15)00276-7. PMID: 26801070 doi: 10.1016/j.jmoldx.2015.11.006.\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1016/J.JMOLDX.2015.11.006\nBasturk O, Saka B, Balci S, Postlewait LM, Knight J, Goodman M, Kooby D, Sarmiento JM, El-Rayes B, Choi H, Bagci P, Krasinskas A, Quigley B, Reid MD, Akkas G, Maithel SK, Adsay V. Substaging of Lymph Node Status in Resected Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Has Strong Prognostic Correlations: Proposal for a Revised N Classification for TNM Staging. Ann Surg Oncol. 2015 Sep 11. PMID:26362048 doi: 10.1245/s10434-015-4861-0\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1245/S10434-015-4861-0\nTahtaci M, Yurekli OT, Bolat AD, Balci S, Akn FE, Buyukasik NS, Ersoy O. Increased mean platelet volume is related to histologic severity of primary biliary cirrhosis. Eur J Gastroenterol Hepatol. 2015 Aug 25. PMID: 26308712 doi: 10.1097/MEG.0000000000000463.\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1097/MEG.0000000000000463\nKiliçarslan A, Süngü N, Balci S, Canda E, Altinova S, Güler G. The role of collecting bladder wash fluid before biopsy procedure to help the cytological diagnosis of residual tumor. Journal of Cytology, 2015, 32 (2): 85-89 PMID: 26229243 doi: 10.4103/0970-9371.160549.\n\n\n\nSchlitter AM, Jang KT, Klöppel G, Saka B, Hong SM, Choi H, Offerhaus GJ, Hruban RH, Zen Y, Konukiewitz B, Regel I, Allgäuer M, Balci S, Basturk O, Reid MD, Esposito I, Adsay V. Intraductal tubulopapillary neoplasms of the bile ducts: clinicopathologic, immunohistochemical, and molecular analysis of 20 cases. Mod Pathol. 2015 Jun 26. doi: 10.1038/modpathol.2015.61. PMID: 26111977\nSchlitter AM, Jang KT, Klöppel G, Saka B, Hong SM, Choi H, Offerhaus GJ, Hruban RH, Zen Y, Konukiewitz B, Regel I, Allgäuer M, Balci S, Basturk O, Reid MD, Esposito I, Adsay V. Intraductal tubulopapillary neoplasms of the bile ducts: clinicopathologic, immunohistochemical, and molecular analysis of 20 cases. Mod Pathol. 2016 Jan;29(1):93. doi: 10.1038/modpathol.2015.106. PubMed PMID: 26715064.\nSchlitter AM, Jang KT, Klöppel G, Saka B, Hong SM, Choi H, Offerhaus GJ, Hruban RH, Zen Y, Konukiewitz B, Regel I, Allgäuer M, Balci S, Basturk O, Reid MD, Esposito I, Adsay V. Intraductal tubulopapillary neoplasms of the bile ducts: clinicopathologic, immunohistochemical, and molecular analysis of 20 cases. Mod Pathol. 2015 Sep;28(9):1249-64. doi: 10.1038/modpathol.2015.61. Epub 2015 Jun 26. PubMed PMID: 26111977.\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1038/MODPATHOL.2015.61\nSubstaging Nodal Status in Ampullary Carcinomas has Significant Prognostic Value: Proposed Revised Staging Based on an Analysis of 313 Well-Characterized Cases.\nBalci S, Basturk O, Saka B, Bagci P, Postlewait LM, Tajiri T, Jang KT, Ohike N, Kim GE, Krasinskas A, Choi H, Sarmiento JM, Kooby DA, El-Rayes BF, Knight JH, Goodman M, Akkas G, Reid MD, Maithel SK, Adsay V.\nAnn Surg Oncol. 2015 Dec;22(13):4392-401.\ndoi: 10.1245/s10434-015-4499-y.\nPMID: 25783680\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1245/S10434-015-4499-Y\nBasturk O, Yang Z, Tang LH, Hruban RH, Adsay V, McCall CM, Krasinskas AM, Jang KT, Frankel WL, Balci S, Sigel C, Klimstra DS. The High-grade (WHO G3) Pancreatic Neuroendocrine Tumor Category Is Morphologically and Biologically Heterogenous and Includes Both Well Differentiated and Poorly Differentiated Neoplasms. Am J Surg Pathol. 2015 May;39(5):683-90. doi: 10.1097/PAS.0000000000000408. PMID: 25723112\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1097/PAS.0000000000000408\nColbert LE, Fisher SB, Balci S, Saka B, Chen Z, Kim S, El-Rayes BF, Adsay NV, Maithel SK, Landry JC, Curran WJ Jr. High Nuclear Hypoxia-Inducible Factor 1 Alpha Expression Is a Predictor of Distant Recurrence in Patients With Resected Pancreatic Adenocarcinoma. Int J Radiat Oncol Biol Phys. 2015 Mar 1;91(3):631-9. doi: 10.1016/j.ijrobp.2014.11.004.\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1016/J.IJROBP.2014.11.004\nBalci S, Saglam A, Oruckaptan H, Erbas T, Soylemezoglu F. Pituitary adenoma with gangliocytic component: report of 5 cases with focus on immunoprofile of gangliocytic component. Pituitary. 2015 Feb;18(1):23-30. doi: 10.1007/s11102-013-0551-8. PMID: 24430434\n\n\n\nReid MD, Bagci P, Ohike N, Saka B, Erbarut Seven I, Dursun N, Balci S, Gucer H, Jang KT, Tajiri T, Basturk O, Kong SY, Goodman M, Akkas G, Adsay V. Calculation of the Ki67 index in pancreatic neuroendocrine tumors: a comparative analysis of four counting methodologies. Mod Pathol. 2014 Nov 21. doi: 10.1038/modpathol.2014.156. PMID: 25412850\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1038/MODPATHOL.2014.156\nGasparini P, Cascione L, Fassan M, Lovat F, Guler G, Balci S, Irkkan C, Morrison C, Croce CM, Shapiro CL, Huebner K. microRNA expression profiling identifies a four microRNA signature as a novel diagnostic and prognostic biomarker in triple negative breast cancers. Oncotarget. 2014 Mar 15;5(5):1174-84. PMID: 24632568 DOI: 10.18632/oncotarget.1682\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.18632/ONCOTARGET.1682\nGasparini P, Fassan M, Cascione L, Guler G, Balci S, Irkkan C, Paisie C, Lovat F, Morrison C, Zhang J, Scarpa A, Croce CM, Shapiro CL, Huebner K. Androgen receptor status is a prognostic marker in non-basal triple negative breast cancers and determines novel therapeutic options. PLoS One. 2014 Feb 5;9(2):e88525. doi: 10.1371/journal.pone.0088525. eCollection 2014 PMID: 24505496\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1371/JOURNAL.PONE.0088525\nKiliç M, Balci S, Irkkan Ç, Yetişir F, Ebru Salman A, Bilal Ozkardes A, Buluş H, Narci A, Ozaydin I, Guler G. The effect of payment and working system of specialist surgeons on the rate of negative appendectomy in different types of hospitals in Turkey. Chirurgia 2013 April;26(2):115-9\nGuney G, Tezel GG, Kosemehmetoglu K, Yilmaz E, Balci S, Ersoy R, Cakir B, Guler G. Molecular Features of Follicular Variant Papillary Carcinoma of Thyroid: Comparison of Areas With or Without Classical Nuclear Features. Endocr Pathol. 2014 Sep;25(3):241-7. doi: 10.1007/s12022-013-9275-6. PMID: 24277231\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1007/S12022-013-9275-6\nHazer DB, Bal E, Nurlu G, Benli K, Balci S, Öztürk F, Hazer B. In vivo application of poly-3-hydroxyoctanoate as peripheral nerve graft. J Zhejiang Univ Sci B. 2013 Nov;14(11):993-1003. doi: 10.1631/jzus.B1300016. PMID: 24190445\n\n\n\nYazgan A, Balci S, Dincer N, Kiyak G, Tuzun D, Ersoy R, Cakir B, Guler G. Hürthle cell presence alters the distribution and outcome of categories in the Bethesda system for reporting thyroid cytopathology. Cytopathology. 2014 Jun;25(3):185-9. doi: 10.1111/cyt.12093. PMID: 24024935\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1111/CYT.12093\nVaran A, Batu A, Cila A, Soylemezoğlu F, Balci S, Akalan N, Zorlu F, Akyüz C, Kutluk T, Büyükpamukçu M. Optic glioma in children: a retrospective analysis of 101 cases. Am J Clin Oncol. 2013 Jun;36(3):287-92. doi: 10.1097/COC.0b013e3182467efa. PMID: 22547006\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1097/COC.0B013E3182467EFA\nTan S, Ozcan MF, Tezcan F, Balci S, Karaoğlanoğlu M, Huddam B, Arslan H. Real-time elastography for distinguishing angiomyolipoma from renal cell carcinoma: preliminary observations. AJR Am J Roentgenol. 2013 Apr;200(4):W369-75. doi: 10.2214/AJR.12.9139. PMID: 23521480\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.2214/AJR.12.9139\nAltunoğlu A, Erten S, Canoz MB, Yuksel A, Ceylan GG, Balci S, Dogan HT. Phenotype 2 Familial Mediterranean Fever: Evaluation of 22 Case Series and Review of the Literature on Phenotype 2 FMF. Ren Fail. 2013;35(2):226-30. doi: 10.3109/0886022X.2012.745115. PMID:23228227 Epub 2012 Dec 11. pdfplus\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.3109/0886022X.2012.745115\nDincer N, Balci S, Yazgan A, Guney G, Ersoy R, Cakir B, Guler G. Follow-up of atypia and follicular lesions of undetermined significance in thyroid fine needle aspiration cytology. Cytopathology. 2013 Dec;24(6):385-90. doi: 10.1111/cyt.12021. Epub 2012 Oct 18. PMID: 23078633\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1111/CYT.12021\nAdsay V, Ohike N, Tajiri T, Kim GE, Krasinskas A, Balci S, Bagci P, Basturk O, Bandyopadhyay S, Jang KT, Kooby DA, Maithel SK, Sarmiento J, Staley CA, Gonzalez RS, Kong SY, Goodman M. Ampullary Region Carcinomas: Definition and Site Specific Classification with Delineation of Four Clinicopathologically and Prognostically Distinct Subsets in an Analysis of 249 Cases. Am J Surg Pathol. 2012 Nov;36(11):1592-608. doi: 10.1097/PAS.0b013e31826399d8. PMID: 23026934\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1097/PAS.0B013E31826399D8\nOzcan MF, Dizdar O, Dincer N, Balci S, Guler G, Gok B, Pektas G, Seker MM, Aksoy S, Arslan C, Yalcin S, Balbay MD. Low ERCC1 expression is associated with prolonged survival in patients with bladder cancer receiving platinum-based neoadjuvant chemotherapy. Urol Oncol. 2013 Nov;31(8):1709-15. doi: 10.1016/j.urolonc.2012.06.014. Epub 2012 Aug 3. PMID:22863869\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1016/J.UROLONC.2012.06.014\nGuler G, Balci S, Costinean S, Ussakli CH, Irkkan C, Suren D, Sari E, Altundag K, Ozisik Y, Jones S, Bacher J, Shapiro CL, Huebner K. Stem cell-related markers in primary breast cancers and associated metastatic lesions. Mod Pathol. 2012 Jul;25(7):949-55. doi: 10.1038/modpathol.2012.37. Epub 2012 Mar 2. PMID:22388757 Web of Knowledge\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1038/MODPATHOL.2012.37\nAghayev K, Bal E, Rahimli T, Mut M, Balci S, Vrionis F, Akalan N. Aquaporin-4 expression is not elevated in mild hydrocephalus. Acta Neurochir (Wien). 2012 Apr;154(4):753-9; discussion 759. doi: 10.1007/s00701-011-1241-9. Epub 2011 Dec 7. PMID:22146847\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1007/S00701-011-1241-9\nBasturk O, Singh R, Kaygusuz E, Balci S, Dursun N, Culhaci N, Adsay NV. GLUT-1 Expression in Pancreatic Neoplasia: Implications in Pathogenesis, Diagnosis, and Prognosis. Pancreas 2011 Mar;40(2):187-92.\ndoi: 10.1097/MPA.0b013e318201c935\nPMID: 21206329\nPMCID: PMC3164314\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1097/MPA.0B013E318201C935\nAghayev K, Bal E, Rahimli T, Mut M, Balci S, Vrionis F, Akalan N. Expression of water channel aquaporin-4 during experimental syringomyelia Laboratory investigation. J Neurosurg Spine. 2011 Oct;15(4):428-32. doi: 10.3171/2011.5.SPINE10303. Epub 2011 Jun 17.\nPMID: 21682559\n\n\n\nUsubütün A, Ozseker HS, Himmetoglu C, Balci S, Ayhan A. Omentectomy for gynecologic cancer: how much sampling is adequate for microscopic examination? Arch Pathol Lab Med. 2007 Oct;131(10):1578-81 Web of Knowledge\n\n\n\nDerlemeler\nReid MD, Choi H, Balci S, Akkas G, Adsay V. Serous cystic neoplasms of the pancreas: Clinicopathologic and molecular characteristics. Semin Diagn Pathol. 2014 Nov;31(6):475-83. doi: 10.1053/j.semdp.2014.08.009. Epub 2014 Sep 3. PMID: 25441309\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1053/J.SEMDP.2014.08.009\nAdsay NV, Basturk O, Saka B, Bagci P, Ozdemir D, Balci S, Sarmiento JM, Kooby DA, Staley C, Maithel SK, Everett R, Cheng JD, Thirabanjasak D, Weaver DW. Whipple made simple for surgical pathologists: orientation, dissection, and sampling of pancreaticoduodenectomy specimens for a more practical and accurate evaluation of pancreatic, distal common bile duct, and ampullary tumors. Am J Surg Pathol. 2014 Apr;38(4):480-93. doi: 10.1097/PAS.0000000000000165. PMID: 24451278\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1097/PAS.0000000000000165\nReid MD, Saka B, Balci S, Goldblum AS, Adsay NV. Molecular genetics of pancreatic neoplasms and their morphologic correlates: an update on recent advances and potential diagnostic applications. Am J Clin Pathol. 2014 Feb;141(2):168-80. doi: 10.1309/AJCP0FKDP7ENVKEV. Review. PMID: 24436263\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1309/AJCP0FKDP7ENVKEV\nReid MD, Balci S, Saka B, Adsay NV. Neuroendocrine Tumors of the Pancreas: Current Concepts and Controversies. Endocr Pathol. 2014 Mar;25(1):65-79. doi: 10.1007/s12022-013-9295-2. PMID: 24430597\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1007/S12022-013-9295-2\nAdsay NV, Bagci P, Tajiri T, Oliva I, Ohike N, Balci S, Gonzalez RS, Basturk O, Jang KT, Roa JC. Pathologic staging of pancreatic, ampullary, biliary, and gallbladder cancers: pitfalls and practical limitations of the current AJCC/UICC TNM staging system and opportunities for improvement. Semin Diagn Pathol. 2012 Aug;29(3):127-41. doi: 10.1053/j.semdp.2012.08.010. PMID: 23062420\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1053/J.SEMDP.2012.08.010\nVaka serileri, vaka raporları ve editöre mektuplar\nBozkurt S, Aktekin L, Uğurlu FG, Balci S, Sezer N, Akkus S. An Unusual Cause of Myelopathy: Ochronotic Spondyloarthropathy with Positive HLA B27. Am J Phys Med Rehabil. 2017 Feb 24.\ndoi: 10.1097/PHM.0000000000000727.\nPMID: 28240677\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nCohen D, Allen TC, Balci S, Cagle PT, Teruya-Feldstein J, Fine SW, Gondim DD, Hunt JL, Jacob J, Jewett K, Jiang X’, Kaplan KJ, Kulac I, Meunier R, Riddle ND, Rush PS, Stall J, Stuart LN, Terrano D, Uthman E, Wasco MJ, Williamson SR, Wu RI, Gardner JM. #InSituPathologists: how the #USCAP2015 meeting went viral on Twitter and founded the social media movement for the United States and Canadian Academy of Pathology. Mod Pathol. 2017 Jan 13;(2):160-168.\nPMID: 28084341 DOI: 10.1038/modpathol.2016.223\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nGurcan O, Kazanci A, Gurcay AG, Balci S, Kucukyildiz HC, Turkoglu OF, Bavbek M. Densly calcified cystic extraventricular neurocytoma: Radiological-pathological correlation. Neurol India. 2016 Nov-Dec;64(6):1355-1358.\ndoi: 10.4103/0028-3886.193824. PMID: 27841226\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nKılınç İ, Dumlu EG, Öztürk V, Çuhacı N, Balci S, Yalçın A, Kılıç M. Idiopathic Adrenal Hematoma Mimicking Neoplasia: A Case Report. International Journal of Surgery Case Reports.\ndoi: http://dx.doi.org/10.1016/j.ijscr.2016.04.003 PMID: 27662215\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBalci S, Akkas G, Roa JC, Adsay NV. Intracholecystic Papillary Tubular Neoplasm of the Gallbladder With Microinvasive Carcinoma. Pathology Case Reviews 2014 19 (6), 283-288.\ndoi: 10.1097/PCR.0000000000000069\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nErsoy O, Akin E, Demirezer A, Koseoglu H, Balci S, Kiyak G. Cavernous haemangioma of small intestine mimicking gastrointestinal stromal tumour. Arab J Gastroenterol. 2013 Sep;14(3):139-40.\ndoi: 10.1016/j.ajg.2013.08.008. PMID: 24206746\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nAkin S, Karadag O, Kalyoncu U, Balci S, Ozgen B. Nasopharyngeal sarcoidosis: a rare involvement. Rheumatol Int. 2012 May;32(5):1407-9. doi: 10.1007/s00296-011-1866-2. Epub 2011 Mar 25.\nPMID: 21437690\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBalci S, SaglamA, Usubutun A. Primary Signet-ring Cell Carcinoma of the Cervix: Case Report and Review of the Literature Int J Gynecol Pathol. 2010 Mar;29(2):181-4.\ndoi: 10.1097/PGP.0b013e3181b70176. PMID: 20173504 Web of Knowledge\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1097/PGP.0B013E3181B70176\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nKiratli H, Ustünel S, Balci S, Söylemezoğlu F. Ipsilateral ciliary body schwannoma and ciliary body melanoma in a child. J AAPOS. 2010 Apr;14(2):175-7.\n\nPubMed: 20451861 doi: 10.1016/j.jaapos.2010.01.013\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nIsikay I, Berker M, Balci S, Cila A. Somatotroph adenoma cells may populate paranasal sinus mucosa. Acta Neurochir (Wien). 2010 Sep;152(9):1629-30; discussion 1630. doi: 10.1007/s00701-010-0677-7. Epub 2010 May 6. PMID: 20446098 Web of Knowledge\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nScanning electron microscopic examination of the hair in Chédiak-Higashi syndrome\nCelik HH, Tore H, Balci S, Bagcicek O, Ozdemir B\nCase Rep Clin Pract Rev;4(3):252-255, 2003\nTürkiye dergilerinde yer alan yayınlar\nAraştırma Makaleleri\nAbdullazade S, Akarca FG, Esendagli G, Turhan N, Erden E, Savas B, Markoc F, Tuncel D, Yilmaz BÖ, Saka B, Keser SH, Erhan SŞ, Gucin Z, Sagol Ö, Agalar AA, Celİk S, Ozer H, Seven İE, Celİkel ÇA, Ekinci Ö, Egilmez HR, Balci S, Akyol G. The Contribution of Additional Sampling in Cholecystectomy Materials: A Multicenter Prospective Study. Turk Patoloji Derg. 2020;36(3):188-194. doi: 10.5146/tjpath.2020.01483. PubMed PMID: 32364613; PubMed Central PMCID: PMC10510599.\n\nPMID: 32364613 DOI: 10.5146/tjpath.2020.01483\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nA Retrospective Evaluation of the Epithelial Changes/Lesions and Neoplasms of the Gallbladder in Turkey and a Review of the Existing Sampling Methods: A Multicentre Study.\nGüldal Esendağlı, F. Göknur Akarca, Serdar Balcı, Asuman Argon, Selma Şengiz Erhan, Nesrin Turhan, Neslihan İnce Zengin, Sevinç Hallaç Keser, Betül Çelik, Tangül Bulut, Samir Abdullazade, Esra Erden, Berna Savaş, Temmuz Bostan, Özgül Sağol, Anıl Aysal Ağalar, Nuray Kepil, Yıldırım Karslıoğlu, Armağan Günal, Fatma Markoç, Burcu Saka, Gonca Özgün, Şükrü Oğuz Özdamar, Burak Bahadır, Esin Kaymaz, Emre Işık, Semin Ayhan, Deniz Tunçel, Banu Özgüven Yılmaz, Sevinç Çelik, Tuba Karabacak, İpek Erbarut Seven, Çiğdem Ataizi Çelikel, Zuhal Gücin, Özgür Ekinci, Gülen Akyol\n\nDOI: 10.5146/tjpath.2017.01404\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.5146/TJPATH.2017.01404\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nAysun Kılıç Süloğlu, Gözde Girgin, Güldeniz Selmanoğlu, Serdar Balcı, Terken Baydar\nPossible effects of lycopene and silymarin on rat liver functions and oxidative stress markers (Likopen ve silimarinin sıçan karaciğer işlevleri ve oksidatif stres göstergeleri üzerine olası etkileri)\nTürk Biyokimya Dergisi 2014, 39: 344-350 10.5505/tjb.2014.17136\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nUsubütün A, Balci S, Yörükoğlu K. The Situation of Consultation Practice in Pathology in Turkey. (Türkiye’de Patoloji Konsültasyonlarının Durumu)\nTurk Patoloji Derg. 2012;28(3):195-203\n\ndoi: 10.5146/tjpath.2012.01125\nPMID: 23011821\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nUsubütün A, Balci S, Al P\nUluslararası İndekslerde Yer Alan Patoloji Dergilerinde Yayımlanan Türkiye Adresli Yayınların Değerlendirilmesi (Evaluation of Articles from Turkey Published in Pathology Journals Indexed in International Indexes)\nTürk Patoloji Dergisi/Turkish Journal of Pathology Cilt/Vol. 26, No. 2, 2010; Sayfa/Page 107-113\ndoi: 10.5146/tjpath.2010.01006\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nDerlemeler\nBalci S. Dünya Sağlık Örgütü Santral Sinir Sistemi Tümörleri Sınıflaması ve Glial Tümörlerin Genetik Özelliklerindeki Yenilikler. World Health Organization Classification of Central Nervous System Neoplasms and Developments in Genetic Properties of Glial Tumors\nTurkiye Klinikleri J Med Oncol-Special Topics 2013;6(1):6-13\nVaka raporları ve vaka serileri\nBalci S, Önder S, Tezel GG. Adrenal Bezde Hodgkin Lenfoma (Hodgkin Lymphoma in Adrenal Gland)\nTürk Patoloji Dergisi 2010, Cilt 26, Sayı 1, 091-094\nC Salman, F Vaizoğlu, A Usubütün, S Balcı, MS Beksaç\nFocal Endometrial Adenocarcinoma in Atypical Polypoid Adenomyoma of Low Malignant Potential\nGynecology Obstetrics & Reproductive Medicine 15 (3), 2009\nArslankoz S, Balci S, Üner A\nImages in hematology-oncology\nTurkish Journal of Cancer Volume 39, No.1, 2009\n\nSahin A, Balci S, Altınok G, Akdoğan A\nSorun vaka: Pulmoner tromboembolizm ve interstisyel fibrozisli bir hastada klinikopatolojik değerlendirme\nHacettepe Tıp Dergisi; Mart 2008 39 (1):45-53\nBalci S, Üner A\nLymphoma mimickers Images in hematology-oncology\nTurkish Journal of Cancer Volume 37, No.1, 2007\nSözlü Bildiriler\nUluslararası kongrelerdeki sözel bildiriler\nAbstract #: 1013 Abstract Title: Site-Specific Subcategorization of Ampullary Carcinomas: Focused Grossing Achieves More Specific Classification Accentuates the Distinct Clinicopathologic Characteristics of the Subsets Platform Presentation: Platform - Monday PM - Pathology of the Pancreas, Gallbladder, Ampulla, and Extra-Hepatic Biliary Tree on Monday, March 24, 2025 from 1:00 PM - 2:45 PM at the Boston Convention and Exhibition Center Presentation Time: 2:30 PM - 2:45 PM\nImplementation of Digital Pathology Workflow for Routine Primary Diagnosis in a Large Private Hospital NetworkEuropean Congress of Digital Pathology, ECDP2022, 15-18 June 2022 Berlin\nDeniz Bayçelebi (Turkey), Emre Karakök, Serdar Balcı, Fatma Aktepe, Gülen Bülbül Doğusoy, İpek Çoban Elbeği, Pembe Gül Güneş, Yıldırım Karslıoğlu, Sezen Koçarslan, Fatma Gülgün Sade Koçak, Murat Oktay, Zeynep Pehlivanoğlu, Türkan Rezanko, Zuhal Silav, Mehtat Ünlü, Şemsi Yıldız, İlknur Türkmen\nhttps://www.xcdsystem.com//uscap/program/2019/index.cfm?pgid=132&SearchTerm=balci&loginsuccess=1\nMichelle Reid, Serdar Balci, Yue Xue, Nobu Ohike, Takuma Tajiri, Olca Basturk, Takashi Muraki, Grace E Kim, Alyssa M Krasinskas, Brian Quigley, Burcu Saka, Pelin Bagci, Bassel El-Rayes, David Kooby, Juan Sarmiento, Shishir Maithel, Volkan Adsay\nSignificant Prognostic Factors in Invasive Ampullary Adenocarcinoma (AC): Clinicopathologic Analysis of 367 Cases. 2016/2/1\nLABORATORY INVESTIGATION, 96, 194A-194A\n\n\n\nYue Xue, Michelle Reid, Serdar Balci, Brian Quigley, Bahar Memis, Jun Xia, Takashi Muraki, Ezgi Hacihasanoglu, Gabriela Bedolla, Grace E Kim, Takuma Tajiri, Nobu Ohike, Ritu Aneja, Alyssa M Krasinskas, Volkan Adsay\nImmunohistochemical Typing of Ampullary Carcinomas May Not Be Ready for Prime Time: Analysis of 136 Cases Fails to Confirm Strong Prognostic Correlation with Recently Proposed Marker Panels, but Finds Strong Prognostic Value in MUC5AC\n2016/2/1\nLABORATORY INVESTIGATION, 96, 208A-208A\n\n\n\nSerdar BALCI, Dilek ÖZTAŞ, Ayşegül AKSOY ALTINBOĞA, Gamze Bozcuk GÜZELDEMİRCİ, Emre YAŞAR, Yavuz SANİSOĞLU, Hicran FIRAT, Yusuf ÜSTÜ, Mehmet UĞURLU, Murat AKÇAY. Sitolojik ve Patolojik Tanı Arasındaki Uyumun Bir Kalite İndikatörü Olarak Değerlendirilmesi. VI. Uluslararası Sağlıkta Performans ve Kalite Kongresi. SB-286. 01-04 Mart 2016, Antalya\n\n\n\nDursun N, Okcu O, Memis B, Akkas G, Everett R, Basturk O, Bagci P, Balci S, Saka B, Quigley B, Krasinskas A, Roa J, Jang K-T, Sarmiento J, Adsay V. Adenomyomatous Nodules of the Gallbladder: Clinicopathologic Analysis of 234 Cases, Including 20 With Neoplastic Transformation. Modern Pathology. 2015 Feb;28:441A-2A. 104th Annual Meeting of the United States and Canadian Academy of Pathology. Boston, MA. MAR 21-27, 2015. WOS:000349502202476\n\n\n\nL. Colbert, S.B. Fisher, S. Balci, Z. Chen, S. Kim, N.V. Adsay, S.K. Maithel, B.F. El-Rayes, J.C. Landry, W.J. Curran. Nuclear Hypoxia-Inducible Factor 1 Alpha is a Predictor of Distant Failure in Patients With Resected Pancreatic Adenocarcinoma. International Journal of Radiation Oncology o Biology o Physics Volume 90, Issue 1, Supplement, Page S49, September 1, 2014 http://www.redjournal.org/article/S0360-3016(14)00830-X/abstract\n\n\n\nBalci S, Saka B, Krasinskas A, Kim G, Dursun N, Shaib W, El-Rayes B, Quigley B, Reid M, Farris AB, Bandopadhyay S, Everett R, Knight J, Adsay V. Clinicopathologic Associations Of Mismatch Repair Protein Expressions In Ampullary Carcinomas USCAP 103rd Annual Meeting, 1-7 March 2014, San Diego, California Modern Pathology, 2014 Feb, 27 Supp 2, 164A.\nhttps://www.youtube.com/watch?v=1jyiiG7vLn8\n\n\n\n\n\nBalci S, Bagci P, Dursun N, Jang KT, Saka B, Ohike N, Roa JC, Tajiri T, Moreno C, Rossi M, Xu J, Hruban R, Matthaei H, Fisher K, Terry P, Adsay V. Complex Tubular Type Intracholecystic Papillary Tubular Neoplasms (ICPN): Further Clinicopathologic And Molecular Characterization USCAP 103rd Annual Meeting, 1-7 March 2014, San Diego, California Modern Pathology, 2014 Feb, 27 Supp 2, 446A\n\n\n\nBagci P, Balci S, Saka B, Hong SM, Jang KT, Ohike N, Kim G, Krasinskas A, Basturk O, Sarmiento J, Kooby D, El-Rayes B, Maithel S, Knight J, Goodman M, Adsay V. Sub-Staging Of Nodal Status In Ampullary Carcinomas As N1=3 Has Significant Prognostic Value: Proposal For Revised Staging Based On An Analysis Of 313 Cases Ampulla N Stage. USCAP 103rd Annual Meeting, 1-7 March 2014, San Diego, California Modern Pathology, 2014 Feb, 27 Supp 2, 164A\n\n\n\nSaka B, Balci S, Bagci P, Maithel S, Kooby D, Sarmiento J, Staley C, El-Rayes B, Choi H, Knight J, Goodman M, Krasinskas A, Adsay V. Proposal For A New And Prognostically Valuable Tumor Size Based T-Stage For Pancreatic Adenocarcinoma. USCAP 103rd Annual Meeting, 1-7 March 2014, San Diego, California Modern Pathology, 2014 Feb, 27 Supp 2, 453A\n\n\n\nDincer N, Balci S, Yazgan A, Guney G, Ersoy R, Cakir B, Guler G. Follow up of AUS/FLUS in thyroid FNAC. 36th European Congress of Cytology 22-25 September 2011 Istanbul/Turkey (FP1-002 Cytopathology Volume 22, Issue Supplement s1, p: 39-54, DOI: 10.1111/j.1365-2303.2011.00910.x)\n\n\n\nYazgan A, Balci S, Dincer N, Kiyak G, Tuzun D, Ersoy R, Cakir B, Guler G. Prediction of neoplastic outcome in FNAC containing Hürthle cell using cytomorphological features. 36th European Congress of Cytology 22-25 September 2011 Istanbul/Turkey (FP1-003 Cytopathology Volume 22, Issue Supplement s1, p: 39-54, DOI: 10.1111/j.1365-2303.2011.00910.x)\n\n\n\nDursun B, Guler G, Balci S. Using fuzzy text search algorithms and Oracle Database for cytopathological correlation in cervical cytology; preliminary results. 36th European Congress of Cytology 22-25 September 2011 Istanbul/Turkey (FP3-033 Cytopathology Volume 22, Issue Supplement s1, p: 39-54, DOI: 10.1111/j.1365-2303.2011.00910.x)\n\n\n\nAdsay N, Ohike N, Tajiri T, Kim GE, Krasinskas A, Balci S, Basturk O, Bandyopadhyay S, Kooby DA, Maithel SK, Sarmiento J, Staley, CA. Site-Specific Subclassification of Ampullary Carcinomas: Delineation of Four Clinicopathologically and Prognostically Distinct Subsets in an Analysis of 249 Cases. USCAP 100th Annual Meeting, 26 Februrary-4 March 2011, San Antonio, TX USA (Modern Pathology 24(1): 356A, 2011)\n\n\n\nTajiri T, Ohike N, Balci S, Kim GE, Krasinskas A, Basturk O, Dursun N, Goodman M, Kooby DA, Maithel SK, Sarmiento J, Staley CA, Adsay N. Proposal for a More Applicable and Clinically Relevant Staging Evaluation of Ampullary Carcinomas. USCAP 100th Annual Meeting, 26 Februrary-4 March 2011, San Antonio, TX USA (Modern Pathology 24(1): 169A, 2011) Web of Knowledge\n\n\n\nAghayev K, Bal E, Rahimli T, Mut M, Balci S, Vrionis F, Akalan N. Expression of Aquaporin-4 in Experimental Mild Hydrocephalus. Annual Meeting of the American-Association-of-Neurological-Surgeons Denver CO, USA. 9-13 April 2011.(Journal of NeuroSurgery Volume: 115 Issue: 2 Pages: A430-A430)\n\n\n\nBalci S, Kim GE, Ohike N, Tajiri T, Coban I, Krasinskas A, Bandyopadhyay S, Basturk O, Dolgun A, Kooby D, Staley C, Adsay NV. Applicability and Prognostic Relevance of Ampullary Carcinoma Histologic Typing as Pancreatobiliary Versus Intestinal. USCAP 99th Annual Meeting. 20-26 March 2010. Washington DC USA. Mod Pathol. 2010 Feb;23:350A-A\n\n\n\nYurtiçi kongrelerdeki sözel bildiriler\nSeda Maralı, Serdar Balcı, Fuat Özcan, Berrak Gümüşkaya. Tekrarlayan biyopsilerinde prostat karsinomu tanısı alan vakaların ilk biyopsilerinin yeniden incelenmesi. S27. 25. Ulusal Patoloji Kongresi ve 6. Sitopatoloji Kongresi, 14-17 Ekim 2015, Bursa\nAydan Kılıçarslan, Hayriye Tatlı Doğan, Nuran Süngü, Serdar Balcı. Primer kolorektal karsinomlarında Her2/neu ekspresyonu. S50. 25. Ulusal Patoloji Kongresi ve 6. Sitopatoloji Kongresi, 14-17 Ekim 2015, Bursa\nMuhammet Fuat Özcan, Bahri Gök, Muhammed Ersagun Arslan, Serdar Balcı, Ahmet Tunç Özdemir, Ali Fuat Atmaca. Adrenalektomi Endikasyonları ve Patoloji Sonuçlarının Gözden Geçirilmesi, Poster S055, 22. Ulusal Üroloji Kongresi, Kuzey Kıbrıs Türk Cumhuriyeti (2012). Oral presentation\nBalci S, Üner A, Günay Ç, Söylemezoğlu F. Oligodendrogliomlarda 1p ve 19q delesyonunda Floresan in situ hibridizasyon eşik değeri ne olmalı? 18. Ulusal Patoloji Kongresi 25-29 Ekim 2008 Antalya/ Türkiye\nBalci S, Tezel GG, Güler G. Üçlü negatif meme kanserlerinde BRCA1 protein ekspresyonu ve promoter bölgesinin metilasyonunun araştırılması. 18.Ulusal Patoloji Kongresi 25-29 Ekim 2008 Antalya/ Türkiye\nPosters\nUluslararası kongrelerdeki poster sunumları\nhttps://www.xcdsystem.com//uscap/program/2019/index.cfm?pgid=132&SearchTerm=balci&loginsuccess=1\nMuraki T, Reid MD, Keilin M, Balci S, Ohike N, Tajiri T, Xue Y, Memis B, Sekhar A, Mittal P, Krasinskas A, Kooby D, Maithel S, Sarmiento JM, Adsay V. Clinical Manifestations of Pathologic Site-Based Classification of Ampullary Carcinomas (ACs):An Analysis of 107 Resected ACs Demonstrates Distinct Clinicopathologic Associations (Abstract). Modern Pathology, 30(2S):189A, 2017\n\n\n\nXue Y, Sica G, Muraki T, Memis B, Balci S, Cohen C, Quigley B, Krasinskas A, Reid MD, Adsay V. PD-L1 Expression in DNA Mismatch-Repair-Deficient and Medullary-Type Ampullary Carcinomas (Abstract). Modern Pathology,30(2S):208A, 2017\n\n\n\nAskan G, Adsay V, Dhall D, Zamboni G, Shimizu M, Cymes K, Carneiro F, Balci S, Sigel C, Reid MD, Esposito I, Baldaia H, Allen P, Klöppel G, Klimstra DS, Basturk O. Intraductal Tubulopapillary Neoplasm of the Pancreas: A Clinicopathologic and Immunohistochemical Analysis of 33 Cases(Abstract). Modern Pathology,30(2S):441A, 2017\n\n\n\nVaidehi Avadhani, Ezgi Hacihasanoglu, Zerife Yusifli, Bahar Memis, Serdar Balci, Lauren Daniels, Michael Goodman, Alyssa M Krasinskas, Volkan Adsay, Michelle Reid. Concurrent Biopsies Improve Diagnosis of Malignancy over Bile Duct Brushings (BDBs) Alone. 2016/2/1. LABORATORY INVESTIGATION, 96, 162A-162A\n\n\n\nMichelle Reid, Olca Basturk, Walid Shaib, Serdar Balci, Hyejeong Choi, Gizem Akkas, Brian Robinson, Bahar Memis, Bassel El-Rayes, Charles Staley, Christopher Staley, Joshua Winer, Maria Russell, Jessica H Knight, Michael Goodman, Alyssa Krasinskas, Volkan Adsay. Adenocarcinoma Ex-Goblet Cell Carcinoid (XGC) Is a Morphologically Distinct” Appendiceal-Type Crypt Cell” Adenocarcinoma with Highly Aggressive Behavior and Frequent Association with Peritoneal/Intra-Abdominal Dissemination: An Analysis of 77 Cases. 2016/2/1. LABORATORY INVESTIGATION, 96, 194A-194A\n\n\n\nDogan H., Canda A.E., Gok B., Oguz U., Gumustas S., Atmaca A.F., Vargol E., Balci S. Is there a difference in number of interstitial cells, neurons, presence of fibrosis and inflammation in UPJ tissues of patients with UPJ obstruction with and without crossing-vessel and normal subjects in humans? Eur Urol Suppl 2015; 14(3): e1114\n\n\n\nAkkas G, Memis B, Basturk O, Quigley B, Karaaslan S, Saka B, Dursun N, Bagci P, Balci S, Sarmiento J, Bandyopadhyay S, Escalona O, Goodman M, Knight J, Krasinskas A, Roa J, Adsay V. Pathologic Diagnosis as the Reason for Wide Discrepancies in the Literature Regarding the Incidence and Behavior of T1 Gallbladder Cancer (GBC): An Analysis of 473 GBC and Comparison With Literature. Modern Pathology. 2015 Feb;28:438A-9A. 104th Annual Meeting of the United States and Canadian Academy of Pathology. Boston, MA. MAR 21-27, 2015. PMID: WOS:000349502202463\n\n\n\nMemis B, Quigley B, Reid M, Dursun N, Akkas G, Karaaslan S, Basturk O, Saka B, Bagci P, Balci S, Krasinskas A, Roa J, Escalona O, Sarmiento J, Adsay V. Clinicopathologic Analysis of 21 Deceptively Benign-Appearing Adenocarcinomas (“Adenoma Malignum”) of the Gallbladder and Their Differential Diagnosis From Pseudoinfiltrative Processes. Modern Pathology. 2015 Feb;28:446A-A. 104th Annual Meeting of the United States and Canadian Academy of Pathology. Boston, MA. MAR 21-27, 2015. PMID: WOS:000349502202494\n\n\n\nReid M, Basturk O, Robinson B, Balci S, Akkas G, Ohike N, Debeljak M, Klimstra D, Eshleman J, Hruban R, Adsay V. GNAS Mutations Common To Intestinal Adenomas and Pancreatic IPMNs Are Not a Feature of Intra-Ampullary Papillary Tubular Neoplasms (IAPNs): Further Evidence for a Distinct Category of IAPN. Modern Pathology. 2015 Feb;28:186A-A. 104th Annual Meeting of the United States and Canadian Academy of Pathology. Boston, MA. MAR 21-27, 2015. PMID: WOS:000349502201073\n\n\n\nRobinson B, Fisher K, Xu J, Balci S, Rossi M, Moreno C, Quigley B, Reid M, Roa J, Basturk O, Terry P, Krasinskas A, Hruban R, Adsay V. Comparative Genetic Analysis of Invasion-Resistant (Complex Non-Mucinous Pyloric) and Invasion-Prone Types of Intracholecytstic Papillary-Tubular Neoplasms of the Gallbladder. Modern Pathology. 2015 Feb;28:187A-A. 104th Annual Meeting of the United States and Canadian Academy of Pathology. Boston, MA. MAR 21-27, 2015. PMID: WOS:000349502201078\n\n\n\nYazgan A, Yildirim N, Gozalan A, Gumustas S, Kiyak G, Kilicarslan A, Aydin C, Ersoy R, Cakir B, Balci S. The Association of Sodium Iodide Symporter and BRAFV600E Mutation in Classical Variant Papillary Carcinoma. Modern Pathology. 2015 Feb;28:143A-A. 104th Annual Meeting of the United States and Canadian Academy of Pathology. Boston, MA. MAR 21-27, 2015. PMID: WOS:000349502200562\n\n\n\nSaka B, Balci S, Dursun N, Bagci P, Jang KT, Roa JC, Terry P, Genco I, Basturk O, Adsay V. Immunophenotypic Characteristics And Classification Of Non-Tumoral (Flat) Gallbladder Dysplasia USCAP 103rd Annual Meeting, 1-7 March 2014, San Diego, California. Modern Pathology, 2014 Feb, 27 Supp 2, 453A\n\n\n\nSaka B, Oliva I, Bandyopadhyay S, Basturk O, Balci S, Maithel S, Kooby D, Sarmiento J, Staley C, El-Rayes B, Choi H, Knight J, Krasinskas A, Adsay V. Will The pT1 And pT2 Pancreas Cancer Please Stand Up? Peripancreatic Soft Tissue Is Involved In Most Pancreatic Ductal Adenocarcinomas(PDAC),Negating Its Value As A Staging Parameter And Necessitating A New Staging Scheme. USCAP 103rd Annual Meeting, 1-7 March 2014, San Diego, California Modern Pathology, 2014 Feb, 27 Supp 2, 454A\n\n\n\nChoi H, Saka B, Balci S, Basturk O, Maithel S, Kooby D, Sarmiento J, El-Rayes B, Knight J, Goodman M, Ducato L, Goldblum A, Adsay V. Proposal For A Revised N-Stage For Pancreatic Ductal Adenocarcinoma As N1 (&t; 3 =“” n2=““N2 )>=3 With Strong Prognostic Correlation. USCAP 103rd Annual Meeting, 1-7 March 2014, San Diego, California Modern Pathology, 2014 Feb, 27 Supp 2, 448A\n\n\n\nBalci S, Saka B, Bagci P, Jang KT, Krasinskas A, Kim G, Ohike N, Tajiri T, Basturk O, Dursun N, Zarrabi N, Knight J, Adsay V. Medullary Carcinomas Of The Ampulla: Clinicopathologic Analysis Of 11 Cases. USCAP 103rd Annual Meeting, 1-7 March 2014, San Diego, California Modern Pathology, 2014 Feb, 27 Supp 2, 446A\n\n\n\nJang KT, Balci S, Bagci P, Saka B, Dursun N, Basturk O, Krasinskas A, Kim G, Ohike N, Tajiri T, Knight J, Adsay V. Mucinous Carcinomas Of The Ampulla: Clinicopathologic Analysis Of 33 Cases. USCAP 103rd Annual Meeting, 1-7 March 2014, San Diego, California. Modern Pathology, 2014 Feb, 27 Supp 2, 450A\n\n\n\nPatel K, Balci S, Saka B, Knight J, Basturk O, Sarmiento J, Roa JC, Araya JC, Sweeney J, Terry P, Goodman M, Adsay V. Carcinoma In-Situ Of The Gallbladder: The SEER Database Perspective. USCAP 103rd Annual Meeting, 1-7 March 2014, San Diego, California. Modern Pathology, 2014 Feb, 27 Supp 2, 452A\n\n\n\nDursun N, Saka B, Balci S, Bagci P, Roa JC, Araya JC, Basturk O, Terry P, Minhas F, Ducato L, Adsay V. Biologic Behavior Of Gallbladder High-Grade Dysplasia: A Long-Term Survival Analysis Of 125 Cases Elucidates A Mostly Curable Disease, Which Is A Marker Of Biliary Tract Cancer Risk In Some Patients. USCAP 103rd Annual Meeting, 1-7 March 2014, San Diego, California. Modern Pathology, 2014 Feb, 27 Supp 2, 173A\n\n\n\nGenco I, Saka B, Balci S, Bradley K, Farris AB, Khosroshahi A, El-Rayes B, Krasinskas A, Staley C, Kooby D, Maithel S, Adsay V. Abundance Of IgG4-Positive Plasma Cells In Post-Neoadjuvant Ulcers Of Gastroesophageal Carcinomas. USCAP 103rd Annual Meeting, 1-7 March 2014, San Diego, California. Modern Pathology, 2014 Feb, 27 Supp 2, 174A\n\n\n\nDursun B, Balci S. Using Peer-Reviewed Open Source Articles to Develop a Turkish Wordlist for Pathology Field. USCAP 103rd Annual Meeting, 1-7 March 2014, San Diego, California. Mod Pathol. 2014 Feb;27:398A-9A\n\n\n\nTan S, Özcan MF, Tezcan F, Balci S, Karaoğlanoğlu M, Huddam B, Arslan H. Realtime elastography for distinguishing angiomyolipoma from renal cell carcinoma: preliminary observations. European Congress of Radiology (ECR) 2013, Vienna / C0432\n\n\n\nKeske S, Guner R, Tasyaran MA, Yilmaz GR, Balci S. Analysis of liver histological findings of HBeAg negative chronic hepatitis B patients with high viral replication and normal ALT levels. IDWeek 2013, October 2-6, San Francisco, CA\n\n\n\nIrkkan C, Balci S, Tezel GG, Akinci B, Yalcin B, Guler G. Correlation of Her2 Protein Expression and Gene Amplification between Endoscopic and Surgical Specimens of Gastric Cancer. Mod Pathol. 2013 Feb;26:157A-A. 102nd Annual Meeting of the United-States-and-Canadian-Academy-of-Pathology (USCAP) Baltimore, MD MAR 02-08, 2013\n\n\n\nDogan HT, Kilicarslan A, Balci S, Aydogdu OB, Guler G. Ki67 Proliferative Index: A Sensitive Indicator of Prognosis in Gastric Neuroendocrine Neoplasms. Mod Pathol. 2013 Feb;26:182A-A. 102nd Annual Meeting of the United-States-and-Canadian-Academy-of-Pathology (USCAP) Baltimore, MD MAR 02-08, 2013\n\n\n\nIrkkan C, Balci S, Tezel GG, Akinci B, Yalcin B, Guler G. The Incidence of EBV and Her2 Positivity in Gastric Cancers. Mod Pathol. 2013 Feb;26:157A-A. 102nd Annual Meeting of the United-States-and-Canadian-Academy-of-Pathology (USCAP) Baltimore, MD MAR 02-08, 2013\n\n\n\nBalci S, Dincer N, Kilicyazgan A, Irkkan C, Guler G. BRAF Mutation Testing in Atypia of Undetermined Significance and Suspicious for Malignant Categories of Thyroid Fine Needle Aspirations in Clinical Practice. Mod Pathol. 2013 Feb;26:130A-A 102nd Annual Meeting of the United-States-and-Canadian-Academy-of-Pathology (USCAP) Baltimore, MD MAR 02-08, 2013\n\n\n\nBalci S, Irkkan C, Shapiro CL, Huebner K, Guler G. Can Triple Negative Breast Tumors Be Further Subdivided by Immunohistochemical Analysis of Expression of Protein Panels? Mod Pathol. 2013 Feb;26:29A-A. 102nd Annual Meeting of the United-States-and-Canadian-Academy-of-Pathology (USCAP) Baltimore, MD. MAR 02-08, 2013\n\n\n\nSungu N, Orhun S, Marali S, Balci S, Kilicarslan A, Altunkaya C, Guler G. Skin Punch Biopsy Sectioning: Before or after Tissue Processing? Mod Pathol. 2013 Feb;26:122A-3A. 102nd Annual Meeting of the United-States-and-Canadian-Academy-of-Pathology (USCAP) Baltimore, MD MAR 02-08, 2013\n\n\n\nSaka B, Bagci P, Krasinskas A, Basturk O, Tajiri T, Ohike N, Kim GE, Balci S, Jang KT, Bandyopadhyay S, Kooby D, Maithel SK, Sarmiento J, Staley C, Ozdemir D, Kong SY, Farris AB, Adsay V. Duodenal Carcinomas of Non-Ampullary Origin Are Significantly More Aggressive Than Ampullary Carcinomas. Mod Pathol. 2013 Feb;26:176A-7A. 102nd Annual Meeting of the United-States-and-Canadian-Academy-of-Pathology (USCAP) Baltimore, MD MAR 02-08, 2013\n\n\n\nKulac I, Balci S, Altundag K, Baykal A, Tezel GG, Guler G. K-ras Mutations in Triple Negative Breast Carcinomas. Mod Pathol. 2012 Feb;25:48A-A. 101st Annual Meeting of the United-States-and-Canadian-Academy-of-Pathology Vancouver, CANADA MAR 17-23, 2012\n\n\n\nBradley K, Jang KT, Kim G, Balci S, Bagci P , Kong SY, Ducato L, Adsay NV. Poorly Cohesive Carcinomas of the Ampulla of Vater: Analysis of 9 Cases Identified among 249 Ampullary Carcinomas Mod Pathol. 2012 Feb;25:156A-A. 101st Annual Meeting of the United-States-and-Canadian-Academy-of-Pathology Vancouver, CANADA MAR 17-23, 2012\n\n\n\nBalci S, Dursun B, Ozyer T. MeSH Term Trends in Pathology, a PubMED Survey of Articles in Pathology Journals. Mod Pathol. 2012 Feb;25:389A-90A 101st Annual Meeting of the United-States-and-Canadian-Academy-of-Pathology Vancouver, CANADA MAR 17-23, 2012\n\n\n\nDogan HT, Yavuz HO, Balci S, Kandemir O, Guler G. The causes of inconsistency in conventional cervical smears with subsequent biopsies. 36th European Congress of Cytology 22-25 September 2011 Istanbul/Turkey (P-062 Cytopathology Volume 22, Issue Supplement s1, p: 55-183, DOI: 10.1111/j.1365-2303.2011.00911.x)\n\n\n\nDincer N, Balci S, Yazgan A, Guney G, Gumuskaya Ocal B, Ersoy R, Cakir B, Guler G. Nodule-based cytopathological correlation of FNAC and thyroidectomy. 36th European Congress of Cytology 22-25 September 2011 Istanbul/Turkey (P-146 Cytopathology Volume 22, Issue Supplement s1, p: 55-183, DOI: 10.1111/j.1365-2303.2011.00911.x)\n\n\n\nYazgan A, Balci S, Dincer N, Kiyak G, Tuzun D, Ersoy R, Cakir B, Guler G. Does the presence of Hürthle cells alter the distribution of Bethesda classification and outcome? 36th European Congress of Cytology 22-25 September 2011 Istanbul/Turkey (P-151 Cytopathology Volume 22, Issue Supplement s1, p: 55-183, DOI: 10.1111/j.1365-2303.2011.00911.x)\n\n\n\nSungu N, Kilicarslan A, Balci S, Kandemir O, Guler G. Bladder washing cytology: Comparison of detailed cytological features with outcome. 36th European Congress of Cytology 22-25 September 2011 Istanbul/Turkey (P-270 Cytopathology Volume 22, Issue Supplement s1, p: 55-183, DOI: 10.1111/j.1365-2303.2011.00911.x)\n\n\n\nBalci S, Tezel GG, Varan A, Soylemezoglu F. Immunohistochemical Evaluation of B-RAF, pMEK1 and pERK1/2 Expressions in Pilocytic and Pilomyxoid Astrocytomas by Localization (PO11-3), XVIIth International Congress of Neuropathology; September 11 - 15, 2010, Salzburg, Austria. Brain Pathology 2010; 20: p. 71-71\n\n\n\nBaydar T, Girgin G, Selmanoglu G, Karacaoglu E, Kilic A, Balci S, Sahin G. Does lycopene play a protective role in low dose aflatoxin B1-induced hepatotoxicity in rats? 32th Mycotoxin Workshop - DTU - Denmark 15th-17th June 2010\n\n\n\nBalci S, Oruckaptan H, Erbas T, Soylemezoglu F. An unusual case of mixed pituitary adenoma-gangliocytoma. 13th Meeting of the European Neuroendocrine Association October 17th-20th 2008 Antalya/Turkey\n\n\n\nYurtiçi kongrelerdeki poster sunumları\nNuran Süngü, Aydan Kılıçarslan, Hayriye Tatlı Doğan, Mehmet Kılıç, Şefika Burçak Polat, Mehmet Tokaç, Soner Akbaba, Ömer Parlak, Serdar Balcı, Betül Öğüt, Bekir Çakır. Paratiroid Karsinom Tanısında CASR, Cyclin-D1, Galaktin-3 ve Ki-67 nin Yeri ve Önemi. P-927. 25. Ulusal Patoloji Kongresi ve 6. Sitopatoloji Kongresi, 14-17 Ekim 2015, Bursa\nÖzge Aydoğdu, Aylin Yazgan, Mustafa Tahtacı, Aylin Demirezer Bolat, Osman Ersoy, Serdar Balcı. Primer Biliyer Siroz Tanılı Karaciğer İğne Biyopsilerinin Retrospektif Değerlendirilmesi. P-715. 25. Ulusal Patoloji Kongresi ve 6. Sitopatoloji Kongresi, 14-17 Ekim 2015, Bursa\nNuran Süngü, Hayriye Tatlı Doğan, Aydan Kılıçarslan, Huban Sibel Orhun Yavuz, Seda Maralı, Serdar Balcı, Akın Aktaş, Ahmet Metin. Deri Punch Biyopsilerinde Klinikopatolojik Uyumluluk Oranlarımız. P-692. 25. Ulusal Patoloji Kongresi ve 6. Sitopatoloji Kongresi, 14-17 Ekim 2015, Bursa\nAylin Yazgan, Kemal Ener, Ayşegül Gözalan, Nilüfer Yıldırım, Nazmiye Dinçer, Sibel Yavuz, Serdar Balcı, Yetkin Ağaçkıran. Pür Testiküler Seminom Tümörlerinde Sodyum İodide Symporter Proteinin Ekspresyonu ve Klinikopatolojik Parametrelerle İlişkisi. P-520. 25. Ulusal Patoloji Kongresi ve 6. Sitopatoloji Kongresi, 14-17 Ekim 2015, Bursa\nHayriye Tatlı Doğan, Vedia Öztürk, Aydan Kılıçarslan, Nuran Süngü Adıyaman, Muhammed Bülent Akıncı, Mehmet Kılıç, Abdüssamed Yalçın, Mehmet Tokaç, Soner Akbaba, Serdar Balcı. Kolorektal Karsinomlarda DNA Yanlış Eşleşme Tamir (Miss-Match Repair) Proteinlerinin Ekspresyonu, Histopatolojik, Klinik Parametrelerle ve BRAF Mutasyonu İle İlişkisi. P-499. 25. Ulusal Patoloji Kongresi ve 6. Sitopatoloji Kongresi, 14-17 Ekim 2015, Bursa\nHayriye Tatlı Doğan, Merve Kıran, Berrak Gümüşkaya Öcal, Nuran Süngü, Aydan Kılıçarslan, Seda Maralı, Serdar Balcı. Küçük Hücreli Dışı Akciğer Karsinomlarında EGFR Mutasyon Analizi Sonuçlarımız. P-395. 25. Ulusal Patoloji Kongresi ve 6. Sitopatoloji Kongresi, 14-17 Ekim 2015, Bursa 7) Seda Maralı, Hayriye Tatlı Doğan, Şule Ayık, Serdar Balcı, Berrak Gümüşkaya. Kliniğimizde İncelenen Kolon Karsinomlarındaki Kras Mutasyonlarının Oranları ve Klinikopatolojik verilerlerle İlişkileri. P-390. 25. Ulusal Patoloji Kongresi ve 6. Sitopatoloji Kongresi, 14-17 Ekim 2015, Bursa\nVedia Öztürk, Özge Başaran Aydoğdu, Hilal Ahsen, Serdar Balcı. Granülomatöz Hipofizit: Hipofizin Nadir Görülen İnflamatuar Hastalığı. P-353. 25. Ulusal Patoloji Kongresi ve 6. Sitopatoloji Kongresi, 14-17 Ekim 2015, Bursa\nAyşegül Aksoy Altınboğa , Hilal Ahsen, Cevdet Aydın , Bekir Çakır, Serdar Balcı. Tiroid İnce İğne Aspirasyon Sitolojilerindeki (TIIAS) Uyumsuzlukların Retrospektif Değerlendirilmesi. P-279. 25. Ulusal Patoloji Kongresi ve 6. Sitopatoloji Kongresi, 14-17 Ekim 2015, Bursa\nVedia Öztürk, Hayriye Tatlı Doğan, Şule Mine Bakanay Öztürk, Serdar Balcı, Aydan Kılıçarslan. Hodgkin Lenfoma Tanılı Lenf Nodu Biyopsilerinin Retrospektif Değerlendirilmesi. P-234. 25. Ulusal Patoloji Kongresi ve 6. Sitopatoloji Kongresi, 14-17 Ekim 2015, Bursa\nAsan FB, Dede DŞ, Balci S, Ulaş A, Şendur MAN, Akıncı MB, Kanat İF, Özer Ö, Yalçın B. Santral sinir sistemi tümörü yanışıyla takip ve tedavi edilen hastaların değerlendirilmesi, tek merkez sonuç. 21. Ulusal Kanser Kongresi, 22-26 Nisan 2015, Antalya\nDede DŞ, Balci S, Özcan MF, Ulaş A, Akıncı MB, Şendur MAN, Mustafayev F, Yüksel L, Yalçın B. Genç mesane kanseri hastaların değerlendirilmesi, tek merkez sonuçları. 21. Ulusal Kanser Kongresi, 22-26 Nisan 2015, Antalya\nKöseoğlu H, Bolat AD, Akın FE, Atalay R, Balci S, Selvi E, Büyükaşık NŞ, Ersoy O. Erişkin yaşta tanı konan Dubin-Johnson Sendromu, 9.Ulusal Hepatoloji Kongresi, 28 Mayıs- 1 Haziran 2013, İstanbul\nAylin Yazgan, Ayşegül Gözalan, Sinem Gümüştaş, Gülten Kıyak, Reyhan Ersoy, Bekir Çakır, Yetkin Ağaçkıran, Serdar Balcı. Bethesda Tiroid Sitopatolojisi Raporlama Sisteminin Tiroid Papiller Karsinomu Klasik ve Folliküler Varyantlarının Tanısındaki Etkinliği. PS-089. 24. Ulusal Patoloji Kongresi, 19-23 Kasım 2014 Trabzon\nAylin Yazgan, Sibel Orhun Yavuz, Gülten Kıyak, Osman Ersoy, Yetkin Ağaçkıran, Serdar Balcı. Kolon Adenomlarında Paneth Hücresi ve Nöroendokrin Hücre Görülme Sıklığı. PS-121. 24. Ulusal Patoloji Kongresi, 19-23 Kasım 2014 Trabzon\nÖzge Başaran Aydoğdu, Berrak Gümüşkaya Öcal, Aylin Yazgan, Koray Ağras, Serkan Altınova, Serdar Balcı. Renal Hücreli Karsinomlarda İntratümöral Granülomlar. PS-174. 24. Ulusal Patoloji Kongresi, 19-23 Kasım 2014 Trabzon\nBilge Saka Baran, Hayriye Tatlı Doğan, Serdar Balcı, Sinem Gümüştaş, Vedia Öztürk, Seda Maralı, Gülnur Güler. Servikste Skuamöz İntraepitelyal Lezyonlarda HPV Tiplendirmesi ve NHERF-1 Protein ve Gen Ekspresyonu ile İlişkisinin İncelenmesi. PS-711. 24. Ulusal Patoloji Kongresi, 19-23 Kasım 2014 Trabzon\nHuban Sibel Orhun Yavuz, Aylin Yazgan, Serdar Balcı, Özge Aydoğdu, Sertaç Şener, Ayşe Akbaş, Fadime Kılınç. Dermatolojide tanısal destek amacı ile kullanılan elastik liflerin saptanmasında boyama metodu olarak kristal violenin kullanımının değerlendirilmesi. PS-790. 24. Ulusal Patoloji Kongresi, 19-23 Kasım 2014 Trabzon\nAylin Yazgan, Nilüfer Yıldırım, Ayşegül Gözalan, Sinem Gümüştaş, Gülten Kıyak, Aydan Kılıçarslan, Cevdet Aydın, Reyhan Ersoy, Bekir Çakır, Serdar Balcı. Klasik Varyant Papiller Tiroid Karsinomlarında Sodyum İyot Symporter Aktivitesinin BRAFV600E Mutasyonu İle İlişkisi. PS-828. 24. Ulusal Patoloji Kongresi, 19-23 Kasım 2014 Trabzon\nSinem Gümüştaş, Aydan Kılıçarslan, Aylin Yazgan, Seda Maralı, Vedia Öztürk, Bilge Saka, Serdar Balcı, Gülnur Güler. Klasik Varyant Papiller Tiroid Karsinomlarında BRAF V600E Mutasyonunun İmmünohistokimyasal Olarak ve Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile Değerlendirilmesi. PS-836. 24. Ulusal Patoloji Kongresi, 19-23 Kasım 2014 Trabzon\nKöseoğlu H, Büyükaşık NŞ, Balci S, Ersoy O. Kolonoskopik biyopsi ile tanı konulan ilk appendiks kaynaklı MALT lenfoma olgusu. 30. Ulusal Gastroenteroloji Haftası, 2013, Antalya\nIrkkan Ç, Balci S, Akıncı B, Yalçın B, Tezel GG, Güler G. Mide karsinomlarında endoskopik biyopsi ve gastrektomi materyallerinde HER2 ekspresyonu ve Her2 ile EBV ekspresyonlarının sağkalım ile ilişkisi. 22. Ulusal Patoloji Kongresi 7-11 Kasım 2012 Antalya\nKılıçarslan A, Süngü N, Balci S, Güler G, Kandemir O. Mesane biyopsi işlemi öncesi ve sonrası yapılan mesane yıkama sitolojisi sitopatoloğa ne kazandırır? Poster-618, 21.Ulusal Patoloji Kongresi, 16-20 Kasım 2011, İzmir\nKösemehmetoğlu K, Süngü N, Balci S, Söylemezoğlu F. İntrakranial mezenkimal kondrosarkom: İki olgu sunumu. Poster, 20.Ulusal Patoloji Kongresi, 29 Eylül-3 Ekim 2010 Eskişehir\nArslankoz S, Balci S, Akyol A. Psödoepitelyomatöz hiperplazi gösteren multiloküler timik kist olgusu. Poster, 20.Ulusal Patoloji Kongresi, 29 Eylül-3 Ekim 2010 Eskişehir\nUsubutun A, Balci S, Al P. Uluslararası dergilerde yer alan patoloji dergilerinde yayınlanan Türkiye adresli yayınların değerlendirilmesi 19.Ulusal Patoloji Kongresi 7-11 Ekim 2009 Girne/Kıbrıs\nBalci S, Tezel GG. Adrenal Bezde Hodgkin lenfoma: Olgu Sunumu 18.Ulusal Patoloji Kongresi 25-29 Ekim 2008 Antalya/ Türkiye\nBalci S, Oruçkaptan H, Erbaş T, Söylemezoğlu F. Gangliositoadenom: Nadir bir intrasellar tümör 18.Ulusal Patoloji Kongresi 25-29 Ekim 2008 Antalya/ Türkiye\nBalci S, Baydar DE. Nadir bir Laringeal Tümör: Atipik Karsinoid 18.Ulusal Patoloji Kongresi 25-29 Ekim 2008 Antalya/ Türkiye\nUzmanlık tezi\nPilositik ve pilomiksoid astrositomlarda histomorfolojik bulgulara ve lokalizasyona göre B-raf, pMEK1 ve pERK1/2 ekspresyonlarının incelenmesi.Immunohistochemical evaluation of B-RAF, pMEK1 and pERK1/2 expression in pilocytic and pilomyxoid astrocytomas according to histomorphologic findings and localization.\nTez Danışmanı: Prof.Dr. Ayşe Figen Söylemezoğlu\nHacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Patoloji Anabilim Dalı, Ankara, 2010.\nKitap Bölümleri\n\nProf. Dr. Alp Usubütün editörlüğünde hazırlanan “Sağlık Bilimleri İçin Patoloji ve Patoloji Laboratuvarını Anlama Kılavuzu 2. Baskı - Ekim 2022 Ankara Nobel Tıp Kitabevleri ISBN: 978-625-7564-70-0” adlı kitaptaki “8. Bölüm: Patolojide Yeni Yöntemler ve Gelecek” adlı bölüm.\nBölümün güncellenen içeriği için: https://www.serdarbalci.com/posts/patolojide-bilisim/\nÇeviriler\nBölüm Çevirisi\n\nKonuşmalar ve Sunumlar\nRutinde Dijital Patoloji: Zorluklar ve Kolaylıklar. 27 Eylül 2023. Türk Patoloji Derneği Dijital Webinar Serisi-3 Dijital Patolojinin Rutinde Kullanımı.\n\nhttps://www.youtube.com/watch?v=xlxfSO-zSrA&ab_channel=SERDARBALCI\n\n\nPatolojide Yapay Zeka. 8 Ekim 2021 Memorial Patoloji Online Toplantı\nKlinikopatolojik çalışmalarda kullanılabilecek Jamovi Modülleri. Haziran 2021. Memorial Şişli Hastanesi Online Toplantı\nKlinikopatolojik çalışmalarda kullanılabilecek Jamovi Modülleri. Mayıs 2021. HÜTF Biyoistatistik Anabilim Dalı Online Seminer\nPankreas Kisti ve Beyaz Elastik Birikimler. 14 Ocak 2016. Hepato-pankreato-bilier sistem çalışma grubu Ankara lokal toplantısı, Başkent Üniversitesi.\nAmpulla Tümörü ve T Evresi. 9 Ocak 2016. Çukurova Patoloji Derneği Slayt Semineri, Adana.\nRecent developments in ampullary carcinomas. Seminar in Medicine, 08.01.2016, Koç Üniversitesi İstanbul\nAmpulla Tümörleri. Pankreatobiliyer Sistem Patolojisinde Gündem Ve Problematik Konular Kursu. Ege Patoloji Derneği 20 Haziran 2015- İzmir\nVaka Sunumu. Hepato-Pankreato-Biliyer Patoloji Çalışma Grubu aylık toplantısı. Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi 9 Şubat 2015\nAmpulla tümörlerindeki sorunlar, Çözüm önerisi olarak Makroskopi. Hepato-Pankreato-Biliyer Patoloji Çalışma Grubu aylık toplantısı. Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi 12 Ocak 2015\nTürkiye’de “patoloji konsültasyonları” bir durum saptama çalışması. 22. Ulusal Patoloji Kongresi 7-11 Kasım 2012 Antalya\nAmpulla Tümörlerinde Güncel Yaklaşım. Bağcı P, Balci S. PDF Hepato-Pankreato-Biliyer Patoloji Çalışma Grubu Etkinliği. Pankreato-biliyer Sistem Patolojisi Kursu 13 Ekim 2012, İstanbul\nOlgu Sunumları: Patolojide Yenilikler ve Ayırıcı Tanı 3-4 Nisan 2010 Hacettepe Üniversitesi Sağlıkta Sürekli Eğitim Etkinlikleri.\nGürel B, Kösemehmetoğlu K, Balci S, Altınok G. Katılımcı Slayt Seminerleri. Bir ekstrofia vezika Olgusu. VI. Pediatrik ve perinatal patoloji kursu. 11-13 Mayıs 2006, İzmir\nKösemehmetoğlu K, Balci S, Gürel B, Altınok G. Katılımcı Slayt Seminerleri. Sellüler diffüz nörofibrom. VI. Pediatrik ve perinatal patoloji kursu. 11-13 Mayıs 2006, İzmir.\nYönettiği Tezler\nEndometrial kanser hastalarında ARID1A (AT-RICH Interactive Domain 1A) ekspresyon kaybının immünohistokimyasal olarak gösterilmesi ve ekspresyon kaybı gösteren olguların klinikopatolojik özellikleri.\nDr. Özge Başaran Aydoğdu, Uzmanlık Tezi, Ankara Atatürk Eğitim ve Araştırma Hastanesi, 2016\nAraştırma Projeleri\nMide karsinomlarında Her2 onkogen amplifikasyonu, Her2 reseptör overekspresyonu ve EBV pozitifliği sıklıkları ve ilişkilerinin araştırılması. Yıldırım Beyazıt Üniversitesi Kapsamlı Araştırma Projesi Proje Kodu:261\nPatoloji Raporlarındaki Serbest Metinlerin Metin Madenciliği Teknikleri Kullanılarak Analiz Edilmesi\nSafra kesesi epitelyal anomalilerinde yeni parça alınmasının tanıya olan katkısının incelenmesi, Hepato-pankreatiko-bilier Patoloji çalışma grubu çok merkezli çalışma\nDiğer Akademik Aktiviteler\nPatoloji Dernekleri Federasyonu Hepato-pankreato-bilier patoloji çalışma grubu, Safra kesesi ve safra yolları rezeksiyon materyallerinde makroskopik değerlendirme klavuzu, Pankreas rezeksiyon materyallerinin makroskopik değerlendirmesi, Mart 2013, http://www.turkpath.org.tr/includes/spaw2/uploads/files/Hepatobiliyer.pdf\nYıldırım Beyazıt Üniversitesi Tıp Fakültesi Multidisipliner Araştırma Topluluğu bünyesinde Tıp Fakültesi öğrencileri ile haftalık makale saati ve proje grubu çalışmaları\nBurslar\nYüksek Öğretim Kurumu Doktora Sonrası Araştırma Bursu: 15 Mart 2013-15 Mart 2014, Emory University School of Medicine, Department of Pathology and Laboratory Medicine\nSınavlar\nBoard Sınavı ve Yeterlilik Belgeleri\n18 Ekim 2015 Patoloji Dernekleri Federasyonu Tıbbi Patoloji Yeterlilik Sınavı\n1 Nisan 2016 Doçentlik Sınavı, Üniversiteler Arası Kurul, Ankara\nKurslar ve Diğer Eğitimler\nDil Kursları\nDeutschkurs im Goethe-Institut Ankara, A1.1, 18.07.2018-03.08.2018\nDeutschkurs im Goethe-Institut Ankara, A1.2, 06.08.2018-29.08.2018\nDeutschkurs im Goethe-Institut Ankara, A2.1, 10.09.2018-26.09.2018\nDeutschkurs im Goethe-Institut Ankara, A2.2, 15.10.2018-10.12.2018\nDeutschkurs im Goethe-Institut Ankara, B1.1-B1.3, 24.12.2018-15.02.2019\nDeutschkurs im Goethe-Institut Ankara, B2.1-B2.3, 04.03.2019-26.04.2019\nDeutschkurs im Goethe-Institut Ankara,\nC1.1-C1.2, 13.05.2019-11.07.2019\nKatıldığı uzaktan eğitim ve Online kurslar\nWhy R? Turkey 2021\nDataCamp Introduction to Data Course\nDataCamp Data Analysis with Spreadsheets\nDataCamp Spreadsheet Basics\nThe Insider’s Guide to Accessing NLM Data: EDirect for PubMed. Medical Library Association Online Continuing Education Course 3/26/2018\nCoursera Turkish Language Coordinator. Language Coordinator Training Course by Coursera Community Team on Coursera. Certificate earned on Friday, February 23, 2018\nInsider’s Guide to Accessing NLM Data: Welcome to E-utilities for PubMed Medical Library Association Online Continuing Education Course 2/13/2018\nDataCamp Introduction to the Tidyverse Course\nDataCamp Working with the RStudio IDE (Part 1)\nDataCamp Data Analyst with R Tract\nDataCamp Introduction to R Course\nDataCamp Intermediate R Course\nDataCamp Intermediate R - Practice Course\nDataCamp Importing Data in R (Part 1) Course\nDataCamp Importing Data in R (Part 2) Course\nDataCamp Cleaning Data in R Course\nDataCamp Importing & Cleaning Data in R: Case Studies\nDataCamp Data Manipulation in R with dplyr Course\nDataCamp Joining Data in R with dplyr Course\nDataCamp SQL DataCamp Intro to SQL for Data Science Course\nOsakaUx MED101x: Introduction to Applied Biostatistics EdX\nKatıldığı Toplantı ve Kurslar\nNöropatoloji Yapılandırılmış Uzmanlık eğitim Kursu (NP-YUEK) Tümör Nöropatolojisi (Temel Düzeyde), Türk Patoloji Derneği, PDF Nöropatoloji Çalışma Grubu, 9-11 Haziran 2023, Acıbadem Üniversitesi, İstanbul\nBibliyometri Eğitimi, 23-24 Mart 2019, Hacettepe Üniversitesi Yaşam Boyu Öğrenme Merkezi, Bilgi ve Belge Yönetimi Bölümü, Ankara\nBöbrek ve Mesane Tümörlerine Güncel Bakış, 18-19 Haziran 2016, Acıbadem, İstanbul\n4th Meeting of the Turkish Division of the International Academy of Pathology. Clinic-pathologic correlation in hepato-pancreato-biliary pathology for better diagnosis and patient management, 7-8 May 2016, İzmir.\nEğiticilerin Eğitimi, Gazi Üniversitesi, 7-8 Nisan 2016, Ankara.\nUSCAP 2016 Annual Meeting, 12-18 Mart 2016, Seattle, Washington.\n5.Patoloji Kış Okulu, 20-21 Şubat 2016, Ankara.\nEScoP Nephropathology course: A Practical Workshop, 26-28 November 2015, Ankara\n25.Ulusal Patoloji Kongresi ve 6. Sitopatoloji Kongresi, 14-17 Ekim 2015, Bursa\nAkciğer Patolojisi Kursu, 25. Ulusal Patoloji Kongresi ve 6. Sitopatoloji Kongresi, 14-17 Ekim 2015, Bursa\nFISH Kursu, 25. Ulusal Patoloji Kongresi ve 6. Sitopatoloji Kongresi, 14-17 Ekim 2015, Bursa\nUpdate in Soft Tissue Pathology, 2nd meeting of Turkish division of IAP, 2-3 May 2015, Ankara\nÇok kesitli BT kursu 2015, Kesitlerde Radyolojik-Patolojik korelasyon, 10-11 Nisan 2015, Ankara\nApplied Short Course in Epidemiology, Ulusal Kanser Haftası Kayıtçılık ve Tarama Eğitimleri, 1-3 Nisan 2015, - Ankara\nUSCAP 2015 Annual Meeting, 21-27 March 2015, Boston, MA, USA\nHepatobilier Sistemin Kolestatik ve Otoimmun Hastalıkları, 7 Mart 2015, İstanbul\nGirişimci Doktor Sertifika Programı, 14 Şubat 2015, 22 Şubat 2015, Ankara\nEuropean Society of Pathology Tumors of the Urinary System and Male Genital Organs Pathology Course, 24-26 May - 2014, Ankara\nNöropatoloji Kursu, 17-18 Mayıs 2014, İstanbul\nSorular ve Olgularla Jinekopatoloji Güncellemesi, 10-11 Mayıs 2014, Ankara\nUSCAP 103rd Annual Meeting, 1-7 March 2014, San Diego, California.\nUSCAP 102nd Annual Meeting, March 2-8, 2013 Baltimore Convention Center, Baltimore, MD, USA\n22.Ulusal Patoloji Kongresi, 7-11 Kasım 2012, Antalya\nTemel Nöropatoloji Kursu, 28-29 Nisan 2012, İstanbul\nUSCAP 101st Annual Meeting, March 17-23, 2012 Vancouver Convention Centre Vancouver, BC, Canada\nPatoloji laboratuvarlarında kalite standartlarının düzenlenmesi ve laboratuvarlar yönetmeliği kursu, 3 Mart 2011, - Ankara\n21.Ulusal Patoloji Kongresi, 16-20 Kasım 2011, İzmir.\nPDF Standardizasyon Komisyonu, Teknik Kurs, 19 Kasım 2011, İzmir.\nKemik-yumuşak Doku Patolojisi Kursu, 16 Kasım 2011, İzmir.\n36th European Congress of Cytology İstanbul, Turkey 22-25.09.2011\nJinekopatoloji Bahar Toplantısı: Olgularla Uterin Korpus ve Over Tümörleri, 21-22 Mayıs 2011, Ankara\nTestis Tümörleri Patolojisi Kursu, 7-8 Mayıs 2011, Ankara\nPatolojide Yenilikler ve Ayırıcı Tanı, 2-3 Nisan 2011, Hacettepe Üniversitesi, Ankara\nUSCAP 100th Annual Meeting, 26 Februrary-4 March 2011, San Antonio, TX USA\nKemik İliği Patolojisi Kursu, Ankara Patoloji Derneği, 8-9 Ocak 2011, Ankara\n20.Ulusal Patoloji Kongresi, 29 Eylül-3 Ekim 2010, Eskişehir\nBaş Boyun Patolojisi Kursu, 20.Ulusal Patoloji Kongresi, 29 Eylül-3 Ekim 2010, Eskişehir\nMoleküler Patoloji-Uygulamalı KRAS Mutasyon Analizi Kursu, 22-23 Ekim 2010, Ankara\n4th AMR International Pathology Slide Seminar Symposium in Anatomic Pathology. 5-6 June 2010, Istanbul, Turkey\nTemel Santral Sinir Sistemi Tümörleri Kursu, Ankara Patoloji Derneği, 29-30 Mayıs 2010, Ankara\nServikal Sitoloji Çalıştayı, 13-14 Şubat 2010, Ankara\nMoleküler Patoloji-I Uygulamalı Eğitim Programı, 10-12 Aralık 2009, Ankara\nPASW Statistics ile İstatistiksel Analiz Eğitimi 17-19 Kasım 2009 Ankara 42) 19.Ulusal Patoloji Kongresi, 7-11 - Ekim 2009 Kıbrıs\nJinekopatoloji Kursu 19.Ulusal Patoloji Kongresi 7-11 Ekim 2009 Girne/Kıbrıs\nTemel Onkolojide Güncel Gelişmeler Sempozyumu, 23 Mayıs 2009, Hacettepe Üniversitesi, Ankara\nPatoloji Laboratuvarı Kuruyoruz kursu, 9-10 Mayıs, 2009, Çukurova Patoloji Derneği, Adana\nUpdate in Gastrointestinal Pathology, European Society of Pathology Course, 1-3 May 2009, Ankara\nPatolojide Yenilikler ve Ayırıcı Tanı, 4-5 Nisan 2009, Hacettepe Üniversitesi Ankara\nIV.Ulusal Sitopatoloji Kongresi, 26-29 Mart 2009, Ankara\nRektum Kanserinde Cerrahi Materyale Patolojik Yaklaşım, 15 Kasım 2008, Ankara.\nJinekopatoloji Kursu, 8-9 Kasım 2008, Ankara Patoloji Derneği, Ankara\n18.Ulusal Patoloji Kongresi, 25-29 Ekim 2008 Antalya\nServikal Sitopatoloji Kursu, I. Ulusal Kolposkopi ve Servikal Patolojiler Kongresi, 8-9 Ekim 2008, Antalya\nDermatopatoloji Kursu, 26-27 Nisan 2008, Ankara\nPatolojide Yenilikler ve Ayırıcı Tanı, 12-13 Nisan 2008, Hacettepe Üniversitesi Ankara\nPatolojide Yenilikler ve Ayırıcı Tanı, 17-18 Mart 2007, Hacettepe Üniversitesi Ankara\nMeme hastalıkları Temel Kursu, 25-26 Kasım 2006, Ankara Patoloji Derneği\nJinekolojik tümörlere yaklaşım Jinekopatoloji Kursu, 4 Kasım 2006 Ankara\nPediatrik ve Perinatal Patoloji Kursu, 11-13 Mayıs 2006, İzmir\nKemik İliği Kursu, 24 Aralık 2005, Hacettepe Üniversitesi Onkoloji Enstitüsü, Ankara\nYumuşak doku tümörleri kursu, 12 Kasım 2005, Ankara Patoloji Derneği, Ankara\nGastrointestinal Sistem ve Karaciğer Hastalıkları Patolojisi kursu, 14-15 Ekim 2005, Hacettepe Üniversitesi, - Ankara\nÖzel Öğrenci Olarak Aldığı Dersler\nBiyoistatistik, (BIS 735), Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Biyoistatistik Anabilim Dalı. Ders Tanımı, Syllabus in English\nR Yazılımına Giriş (BIS 771), Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Biyoistatistik Anabilim Dalı. Ders Tanımı, Syllabus in English\nVeri Madenciliği (BIS 786), Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Biyoistatistik Anabilim Dalı. Ders Tanımı, Syllabus in English\nGenetik Araştırmalarda İstatistiksel Yöntemler (BIS 783), Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Biyoistatistik Anabilim Dalı. Ders Tanımı, Syllabus in English\nBiyoinformatiğe Giriş (BIS761), Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Biyoistatistik Anabilim Dalı. Ders Tanımı, Syllabus in English\nKarar verme Sürecinde istatistiksel yöntemler (BIS 710), Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Biyoistatistik Anabilim Dalı. Ders Tanımı, Syllabus in English\nÇalışma Hayatı\nGörev Dönemi\nÜnvan\nÜniversite/Kurum\nBölüm\n2005-2010\nAraştırma Görevlisi\nHacettepe Üniversitesi\nTıp Fakültesi Patoloji Anabilim Dalı\nHaziran-Ağustos 2009\nVisiting Scholar\nEmory University Atlanta/USA\nEmory University School of Medicine Anatomic Pathology Department\nNisan 2010-Temmuz 2010\nPatoloji Uzmanı\nHacettepe Üniversitesi\nTıp Fakültesi Patoloji Anabilim Dalı\nTemmuz 2010-Haziran 2012\nPatoloji Uzmanı\nAnkara Atatürk Eğitim ve Araştırma Hastanesi\nPatoloji Kliniği\nHaziran 2012 – Ekim 2016\nYrd. Doç. Dr.\nYıldırım Beyazıt Üniversitesi, Ankara Atatürk Eğitim ve Araştırma Hastanesi\nYıldırım Beyazıt Üniversitesi Tıp Fakültesi Patoloji Anabilim Dalı, Ankara Atatürk Eğitim ve Araştırma Hastanesi Patoloji Kliniği\nMart 2013-Mart 2014\nYÖK Doktora Sonrası Araştırma Bursu Visiting Scholar / Postdoctorate researcher\nEmory University Atlanta/USA\nEmory University School of Medicine Anatomic Pathology Department\nMart 2014 – Kasım 2015\nPatoloji AD Başkanı\nYıldırım Beyazıt Üniversitesi\nTıp Fakültesi Patoloji Anabilim Dalı\nNisan 2014 – Kasım 2015\nEğitim Sorumlusu\nAnkara Atatürk Eğitim ve Araştırma Hastanesi\nPatoloji Kliniği\n1 Nisan 2016\nDoç.Dr.\n\n\nAralık 2021 - Halen\nDoç.Dr.\nPatoloji Uzmanı\nMemorial Sağlık Grubu\n\n\nDernek ve Çalışma Grupları\nÜye Olduğu Dernekler ve Çalışma Grupları\nDigital Pathology Association\nEuropean Society for Digital and Integrative Pathology (ESDIP)\nEuropean Society of Pathology (ESP)\nAsian Society of Digital Pathology (ASDP)\nAssociaiton of Pathology Informatics (API)\nAnkara Patoloji Derneği\nSitopatoloji Derneği\nUnited States and Canadian Academy of Pathology (USCAP)\nPancreatobiliary Pathology Society\nPancreatobiliary Pathology Society Membership/Website Committee (2018 - 2025)\n\nAnkara Tabip Odası (Ankara Medical Chamber)\nİstanbul Tabip Odası (İstanbul Medical Chamber)\nPatoloji Dernekleri Federasyonu Standardizasyon Komisyonu\nPatoloji Dernekleri Federasyonu Hepato-Pankreato-Biliyer Patoloji Çalışma Grubu\nHacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Bilimsel Araştırma Topluluğu (HÜTBAT), 2000-2005\nHacettepe Üniversitesi Mezunlar Derneği\nKatkılar\nOdze and Goldblum Surgical Pathology of the GI Tract, Liver, Biliary Tract and Pancreas\n\n\nOutcomes of Tumor-Directed Surgery in Cancers of Head of Pancreas, Ampulla and Extrahepatic Bile Ducts: Influence of Patient Demographics, Disease Characteristics and Geographic Factors\nhttp://pid.emory.edu/ark:/25593/rkcxs\nReviews:\nPublons\nAcknowledgement to reviewers 2018 Virchows Arch (2019)\n\nAcknowledgments\n\n",
- "last_modified": "2024-12-01T20:34:07+03:00"
+ "last_modified": "2024-12-07T23:11:19+03:00"
}
],
"collections": ["posts/posts.json"]
diff --git a/docs/sitemap.xml b/docs/sitemap.xml
index af31c81..9db8b59 100644
--- a/docs/sitemap.xml
+++ b/docs/sitemap.xml
@@ -2,78 +2,78 @@
https://www.serdarbalci.com/404.html
- 2024-12-01T20:31:15+03:00
+ 2024-12-07T23:07:58+03:00
https://www.serdarbalci.com/BlogPosts.html
- 2024-12-01T20:31:15+03:00
+ 2024-12-07T23:07:58+03:00
https://www.serdarbalci.com/bussiness-card1.html
- 2024-12-01T20:31:15+03:00
+ 2024-12-07T23:07:59+03:00
https://www.serdarbalci.com/
- 2024-12-01T20:31:16+03:00
+ 2024-12-07T23:08:00+03:00
https://www.serdarbalci.com/posts_RStats.html
- 2024-12-01T20:31:16+03:00
+ 2024-12-07T23:08:00+03:00
https://www.serdarbalci.com/Serdar-Balci-MD-Pathologist-CV.html
- 2024-12-01T20:31:15+03:00
+ 2024-12-07T23:07:58+03:00
https://www.serdarbalci.com/posts/patolojide-bilisim/
- 2024-12-01T20:33:56+03:00
+ 2024-12-07T23:11:08+03:00
https://www.serdarbalci.com/posts/patoloji-calismalarinda-istatistik-icin-nasil-veri-hazirlanir/
- 2024-12-01T20:31:15+03:00
+ 2024-12-07T23:07:58+03:00
https://www.serdarbalci.com/posts/rutinde-dijital-patoloji-zorluklar-kolayliklar/
- 2024-12-01T20:31:15+03:00
+ 2024-12-07T23:07:59+03:00
https://www.serdarbalci.com/posts/klinikopatolojik-calismalar-jamovi-modulleri/
- 2024-12-01T20:31:15+03:00
+ 2024-12-07T23:07:58+03:00
https://www.serdarbalci.com/posts/gelecege-hazirlanan-cocuklar/
- 2024-12-01T20:31:15+03:00
+ 2024-12-07T23:07:58+03:00
https://www.serdarbalci.com/posts/dijital-patoloji-akreditasyonu-ve-quarto-sunumu/
- 2024-12-01T20:31:15+03:00
+ 2024-12-07T23:07:58+03:00
https://www.serdarbalci.com/posts/molekuler-patoloji-hakkinda/
- 2024-12-01T20:31:15+03:00
+ 2024-12-07T23:07:58+03:00
https://www.serdarbalci.com/posts/dijital-patoloji-hakkinda/
- 2024-12-01T20:31:15+03:00
+ 2024-12-07T23:07:58+03:00
https://www.serdarbalci.com/posts/patolojinotlari/
- 2024-12-01T20:31:15+03:00
+ 2024-12-07T23:07:59+03:00
https://www.serdarbalci.com/posts/2021-10-24-apple-m1-r-paket-gfortran/
- 2024-12-01T20:31:15+03:00
+ 2024-12-07T23:07:58+03:00
https://www.serdarbalci.com/posts/2021-09-06-r-ile-topluca-dosya-ismi-degistirme/
- 2024-12-01T20:31:15+03:00
+ 2024-12-07T23:07:58+03:00
https://www.serdarbalci.com/posts/2021-03-15-neden-jamovi-modullerine-ihtiyacim-oldu/
- 2024-12-01T20:31:15+03:00
+ 2024-12-07T23:07:58+03:00
https://www.serdarbalci.com/posts/2020-11-02-github-repository-collections/
- 2024-12-01T20:31:15+03:00
+ 2024-12-07T23:07:58+03:00
diff --git a/public/BlogPosts.html b/public/BlogPosts.html
index 22f6062..e3573e4 100644
--- a/public/BlogPosts.html
+++ b/public/BlogPosts.html
@@ -2693,7 +2693,7 @@ Blog Posts
-Dec. 1, 2024
+Dec. 7, 2024
Serdar Balci
diff --git a/public/BlogPosts.xml b/public/BlogPosts.xml
index bc5ab1b..f6f5ab6 100644
--- a/public/BlogPosts.xml
+++ b/public/BlogPosts.xml
@@ -7,7 +7,7 @@
Serdar Balci, MD Pathologist
Distill
- Sun, 01 Dec 2024 00:00:00 +0000
+ Sat, 07 Dec 2024 00:00:00 +0000
-
Patolojide Bilişim
Serdar Balci
@@ -21,7 +21,7 @@
bilgi yönetim sistemi
dijital patoloji
https://www.serdarbalci.com/posts/patolojide-bilisim
- Sun, 01 Dec 2024 00:00:00 +0000
+ Sat, 07 Dec 2024 00:00:00 +0000
-
Patoloji çalışmalarında istatistik için nasıl veri hazırlanır?
diff --git a/public/index.html b/public/index.html
index b4486c9..cc0ed72 100644
--- a/public/index.html
+++ b/public/index.html
@@ -2693,7 +2693,7 @@ Serd
-Dec. 1, 2024
+Dec. 7, 2024
Serdar Balci
diff --git a/public/index.xml b/public/index.xml
index 48f179a..523b2bd 100644
--- a/public/index.xml
+++ b/public/index.xml
@@ -7,7 +7,7 @@
Serdar Balci, MD Pathologist
Distill
- Sun, 01 Dec 2024 00:00:00 +0000
+ Sat, 07 Dec 2024 00:00:00 +0000
-
Patolojide Bilişim
Serdar Balci
@@ -21,7 +21,7 @@
bilgi yönetim sistemi
dijital patoloji
https://www.serdarbalci.com/posts/patolojide-bilisim
- Sun, 01 Dec 2024 00:00:00 +0000
+ Sat, 07 Dec 2024 00:00:00 +0000
-
Patoloji çalışmalarında istatistik için nasıl veri hazırlanır?
diff --git a/public/posts/patolojide-bilisim/index.html b/public/posts/patolojide-bilisim/index.html
index a3b9562..c80d7a8 100644
--- a/public/posts/patolojide-bilisim/index.html
+++ b/public/posts/patolojide-bilisim/index.html
@@ -118,8 +118,8 @@
-
-
+
+
@@ -143,15 +143,15 @@
-
-
+
+
@@ -2450,7 +2450,7 @@ ${suggestion.title}
@@ -2621,13 +2621,13 @@ Patolojide Bilişim
true
-
2024-12-01
+
2024-12-07
Patoloji ve Bilişim
Serdar Balcı
-2024-07-28
+2024-12-01
- Patoloji ve Bilişim
@@ -3143,7 +3143,7 @@ Reuse
Text and figures are licensed under Creative Commons Attribution CC BY 4.0. Source code is available at https://github.com/sbalci/sbalci.github.io, unless otherwise noted. The figures that have been reused from other sources don't fall under this license and can be recognized by a note in their caption: "Figure from ...".
Citation
For attribution, please cite this work as
-
Balci (2024, Dec. 1). Serdar Balci MD Pathologist: Patolojide Bilişim. Retrieved from https://www.serdarbalci.com/posts/patolojide-bilisim/
+ Balci (2024, Dec. 7). Serdar Balci MD Pathologist: Patolojide Bilişim. Retrieved from https://www.serdarbalci.com/posts/patolojide-bilisim/
BibTeX citation
@misc{patolojide-bilisim,
author = {Balci, Serdar},
diff --git a/public/posts/posts.json b/public/posts/posts.json
index 84580f5..021e68a 100644
--- a/public/posts/posts.json
+++ b/public/posts/posts.json
@@ -9,7 +9,7 @@
"url": "https://github.com/sbalci"
}
],
- "date": "2024-12-01",
+ "date": "2024-12-07",
"categories": [
"patoloji",
"bilişim",
@@ -19,9 +19,9 @@
"bilgi yönetim sistemi",
"dijital patoloji"
],
- "contents": "\nPatoloji ve Bilişim\nSerdar Balcı\n2024-07-28\nPatoloji ve Bilişim\nPatolojide Bilişimin yeri\nnedir?\nPatolojideki Bilgi Türleri\nNelerdir?\nDijital Patoloji Nedir?\nDijital Patolojinin Geleceği\nYapay Zekanın Dijital Patolojideki\nYeri\nİlginç ve örnek çalışmalar\n\nReferanslar ve okuma Önerileri\nReferanslar\nOkuma önerileri:\nAçık kaynak kodlu veya ücretsiz dijital patoloji\nprogramları:\nVideolar\n\nPatoloji ve Bilişim\n\nhttps://zenodo.org/badge/latestdoi/594820002\nDOI 10.17605/OSF.IO/BRZUF\n\nBu yazı Prof. Dr. Alp Usubütün editörlüğünde hazırlanan “Sağlık\nBilimleri İçin Patoloji ve Patoloji Laboratuvarını Anlama Kılavuzu 2.\nBaskı - Ekim 2022 Ankara Nobel Tıp Kitabevleri ISBN:\n978-625-7564-70-0”\n1 2 adlı kitaptaki “8. Bölüm: Patolojide Yeni Yöntemler ve\nGelecek”3 için hazırlanmıştı r. Ancak bu alanın çok hızlı\nilerlemesi nedeniyle bu metni güncel tutmak (ve bir sonraki baskı için\ngerekirse hazır bulunmak için) metin içeriği burada güncellenecekti r.\nDoç. Dr. Serdar Balcı\n\n\nPatolojide Bilişimin yeri nedir?\nPatologları, hastanın klinik bilgilerini, makroskopi ve mikroskopik\ngörüntüler ile işleyip, literatür ve bilimsel bilgiler ışığında\nyorumlayan ve rapor adlı yazılı bilgiyi üreten bilgi uzmanları olarak\ntanımlayabiliriz. Abartılı bir tarif gibi görünse de çoğu hasta\ndosyasında, hasta hakkında en çok ve en doğru (hatta hala daha altın\nstandart) bilgiler patologların ürettiği patoloji raporlarında yer\nalmaktadır.\nBilginin teknoloji kullanılarak işlenmesindeki gelişmeleri, patoloji\ndisiplini, bazen geriden bazen öncü olarak, ama emin adımlarla takip\netmekte ve kendi işleyişine katmaktadır. (Computational Pathology: A\nPath Ahead https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26098131/)\nBilimsel bilginin sürekli artması,\nhemen her yıl yeni bir DSÖ sınıflama kitabının çıkması,\nyeni çıkan antikorların ve yöntemlerin tanısal test olarak\nkullanımındaki istatistiksel yöntemler,\ntümörlerin taksonomisi,\n“ben buna displazi derim” gibi sezgisel yaklaşımlar,\nklinik bilgilerin elde edilmesi,\nmakroskopik ve mikroskopik görüntülerin elde edilmesi, işlenmesi ve\nsaklanması,\nrapor yazılması,\ndiktasyon,\nraporların saklanması,\narşivleme,\nlaboratuvar iş akışının düzenlenmesi ve takibi\ngibi bir çok basamakta yer alan bilişim teknolojileri, dijital\npatolojinin yaygınlaşması ile makina öğrenmesi, derin öğrenme ve yapay\nzeka ile karar destek sistemleri olarak günlük pratiğe daha da\ngirmektedir.\nPatoloji raporları ve görüntüleri için kullanılan yazılımlar (Rosai 1.\nchapter)’da belirtildiği gibi çoğu zaman diğer laboratuvar branşları ya\nda radyoloji için hazırlanmış platformlara eklemlenmiş gibidirler.\nPatolojinin işleyişi ile çoğu zaman örtüşmeyen yazılımlar, çoğu zaman\nbir metin işlemcisi ve faturalandırma aracı olarak kalmaktadırlar.\nPatoloji raporları ve görüntüleri için kullanılan yazılımlar (Rosai 1.\nchapter)’da belirtildiği gibi çoğu zaman diğer laboratuvar branşları ya\nda radyoloji için hazırlanmış platformlara eklemlenmiş gibidirler.\nPatolojinin işleyişi ile çoğu zaman örtüşmeyen yazılımlar, çoğu zaman\nbir metin işlemcisi ve faturalandırma aracı olarak\nkalmaktadırlar.Patolojideki Bilgi Türleri Nelerdir?\nPatolojide bilgi türleri temel olarak laboratuvar iş akışı, metin ve\ngörüntülerden oluşmaktadır.\nLaboratuvar İş Akışı\nMetin Bilgileri\nPatolojideki metin bilgilerini:\npatoloğa\nklinikten ve\nliteratürden gelen bilgiler ile\n\npatoloğun ürettiği raporlar oluşturmaktadır.\nBu bilgi türlerine belki sosyal medyayı da eklemek uygun olacaktır.\nSosyal medyada paylaşılan rutin ya da ilginç patoloji vakaları\nderlendiğinde bir patoloji kitabı oluşturmak mümkün olabilir 4.\nAyrıca bu veriler görüntü analizleri için bile kullanılabilmektedir\nPMID:37592105.\nGörüntüler\nMorfolojik analize dayanan anatomik patolojideki bilgilerden biri de\ngörüntülerdir. Makroskopik ve mikroskopik görüntüler mevcuttur.\n“Makroskopik” görüntülerin net bir şekilde elde edilmesi ve\nsaklanması giderek önem kazanmaktadır. Tariflenen bazı bulguların\n(mezorektal bütünlük gibi) daha sonra tekrar değerlendirilmesi, delici\nkesici yaralanmalar gibi mikroskopla belirlenemeyecek medikolegal\ndökümantasyonun sağlanması gibi nedenlerle, patoloji ve hastane bilgi\nsistemlerine entegre makroskopi resim saklama gerekliliği giderek\nartmaktadır.\nMakroskopik görüntülerin radyoloji ile korelasyonu ve üç boyutlu\ngörüntülerle sanal gerçeklik uygulamaları makroskopik görüntü arşivinin\nönemini giderek artırmaktadır.\n“Mikroskopik” görüntülerin tam yüzey taranması (whole slide\nimaging) ile hızlanan dijital patolojiye bir sonraki bölümde detaylı\ndeğinilecektir. Artık günümüzde;\ndokunun kesit almadan üç boyutlu haritalandırılması,\nfiziksel olarak boyanmadan sanal boyalar ile incelenmesi\nve bunların örnek yeterliliğinde ve hızlı tanıda kullanılması oldukça\nsık yapılan ve pratiğe geçeceği umulan çalışmalardır.\nİki boyutlu klasik mikroskopik görüntülerin çokça kesit alınarak 3\nboyutlu (3D) rekonstriksiyonu ile yapılan tümör modelleri, hastalıkların\npatofizyolojisinin anlaşılmasında yeni olanaklar sunacaktır.\nPatolojinin gelecegindeki yeni teknikler arasında\nüç boyutlu görüntüleme 5,\nRaman spektroskopisi (Movahed-Ezazi vd. 2023),\nFTIR (infrared spectroskop),\nsanal HE boyama,\nve konfokal mikroskopi gibi tekniklerin yer alması beklenmektedir.\nDijital Patoloji Nedir?\nDijital Patolojinin Kullanım Alanları Nelerdir?\nTanı\nEğitim\nKonsültasyon\nRutin Raporlama {rutin-raporlama}\nŞu an kullanılan ara yüzlerdeki farklılıklar da kullanım alışkanlığı\ngeliştirmeyi zorlaştırmaktadır.\n<–WIP–>\nBilgisayar fare orta tuş kilidi olan ve olmayan arayüzler\n(https://middleclick.app/), büyütme ve küçültme (zoom in/out)\nhızlarının klasik mikroskoplardan farklı olması yanısıra klavye ve\nbilgisayar bileşenlerine (oyunlara) aşina neslin kullandığı oklar,\naswd tuşlarının …\nnavigasyon ok tuşları, aswdrz, +- middle click scroll resim, görüntü\nkaydetme\nSectra, ViraSoft ve OpenSeaDragon arayüzlerindeki farklılıklar.\n<–WIP–>\nNasıl bir ekran kullanılacağı ve ekranın “tıbbi ekran” kategorisinde\nolup olmaması gerektiği de süregiden bir tartışma konusudur (Bkz. Leeds\nekran testi)\n<–WIP–>\nTek ya da çoklu monitörde çalışma, dokunmatik ekranlar\nekran çözünürlüğü, tepki süresi\nsanal mape çeşitleri\nlamın vertikal ya da horizontal taranması\ntaranan alanların işaretlenmesi (heatmap)\n<–WIP–>\nGünümüzde kaset, immünohistokimya ve tayarıcılardaki farklı barkod /\nkarekod / datamatrix kullanımı ve bu içeriğin firmalara özgün ve\ndeğiştirilemez olarak tanımlanması, kesintisiz bir laboratuvar iş akışı\nönündeki önemli engellerden biridir. Bu konuda firmalar arası\nentegrasyonun sağlanabilmesi oldukça önemlidir. Yakın zamanda Memorial\nPatoloji’de tüm basamaklardaki datamatrix kodları birleştirilmiş olup,\nimmünohistokimya cihazındaki entegrasyon da tamamlanmak üzeredir.\nDijital Patoloji İçin Tarayıcıya İhtiyacımız Var Mı?\nDijital Patolojinin Geleceği\nDijital patoloji hızla gelişen bir alan olduğundan patologların\nkendilerini bu gelişmelere hazırlamaları gerekmektedir.\nAltyapı yatırımları sırasında geliştirilebilir modüler yapıların tercih\nedilmesi; basit ekran paylaşımından öteye gitmeyen ve açık kaynak ile\nulaşılabilecek programlar için masraf yapmadan önce yetkin görüş\nalınması önerilmektedir.\nDijital patoloji görüntüleri şu an farklı firmalara ait farklı formatlar\nhalindedir. Ancak yakın zamanda ortak bir format olan DICOM’a\ngeçilmesi ile cihazlar arasındaki uyum da artacaktır. Bu ortak formata\ngeçilmesi ile görüntülerin daha uygun saklanabilmesi için de\ngeliştirmeler hızlanacaktır.\nDijital patoloji sadece mikroskopik görüntülerin bilgisayar ortamına\naktarılması olarak düşünülmemeli. Dijital patoloji ile tüm patolojide\nüretilen tüm bilginin kullanılabilir veri haline getirilmesi ve\nbunların hastanın diğer bilgileri ile entegre edilmesi\nhedeflenmelidir.\nYöneticilerin dijital patoloji kurulum hevesleri sırasında, patologlar\nfırsatı ganimet bilip laboratuvarın eksiklerini tamamlatmalı ve\nkaliteyi artırıcı düzenlemeleri uygulatmalıdırlar.\nYeni çıkan immünohistokimyasal tetkiklerin belli bir süre sonra\ntanısal özgünlüklerini kaybetmeleri patologları yeni testlere karşı\nşüpheli yaklaşmaya zorlamıştır. Aynı şüpheyi yapay zeka algoritmaları\niçin de kullanmak gereklidir. Yakın zamanda çok sayıda başarılı olduğu\niddia edilen algoritma yayınlanmış olmasına karşın bunların kliniğe\naktarımı hala kısıtlıdır. Yayın ve araştırma bolluğu ile birlikte;\nyapay zeka modellerinin aynı laboratuvardaki tekrarlanabilirlikleri ve\nbaşka laboratuvar verilerine aktarılabilirlikleri çok önemli bir\nproblem olarak ortaya çıkmaya başlamıştır.\nPatoloji asistanları açık kaynak kodlu dijital patoloji programlarını\nkullanmayı öğrenmeli ve açık kaynak kodlu yazılımlar konusunda dijital\nokur yazarlıklarını geliştirmelidirler.\nMeslek örgütleri radyolojide yaşanan “hizmet alımı” süreci ile\n“uzaktan tanı” adı altında düşürülen sağlık hizmeti kalitesi ve\ndeğersizleştirilen hekim emeğinin farkında olmalı ve buna yönelik\ntedbir ve tavsiyeler için hazırlanmalıdırlar.\nTarayıcıların, PACS depolarının ve arayüzlerin birbiri ile uyumu\noldukça önemlidir. ICC profillerinin 6 7 uyumu görüntülerin son\nkullanıcı olan patolog tarafından değerlendirmesinde önem taşımaktadır\n.\nYapay zeka algoritma sağlayıcılarının, laboratuvarda hali hazırda\nbulunan PACS ve arayüz ile uyum sağlayamaması ve entegrasyon için ayrı\nemek ve maliyet gerekmesi de dijital patolojinin gelişimindeki\nengellerdendir.\nÜretilen yapay zeka algoritmaları firmaların sadece kendi\narayüzlerinde ve bulut sistemlerinde çalışmaktadır. Bu sistemler\n“vendor agnostic” hale henüz gelememişlerdir.\nYapay Zekanın Dijital Patolojideki Yeri\nYapay zekanın görüntüler üzerindeki tecrübesinin patolojiye aktarılması\nile bilimsel çalışmalarda sık görmeye başladığımız yapay zeka (makina\nöğrenmesi, derin öğrenme) kullanımı giderek günlük pratiğe de\nuygulanabilecek özellikler kazanmaktadır. Yapay zeka ile ilgili\nçalışmalar literatürde hesaplamalı/sayısal patoloji (computational\npathology), matematiksel patoloji olarak da geçmektedir.\nYapay zeka ile ilgili beklentilerin realist olması, algoritmaların ise\ntekrarlanabilir (kendi içinde ve dışarıyla tutarlı),\nteknik olarak uygulanabilir,\nklinik pratiğe aktarılabilir ve\nyeni bilgiler ışığında güncellenebilir olması gerekmektedir.\nYapay zeka modellerinin nasıl geliştirildiği oldukça önemlidir.\nTCGA verisinde hatalar olduğu (Murat 2024 USCAP abstract)\nDoku bulaşlarının model başarılarını etkilediği Irmakci vd. (2024)\nunutulmamalıdır.\nGeliştirilmekte olan, temel modeller (foundation models) üzerine inşa\nedilen modeller (fine-tuning) ile patolojide yapay zeka uygulamaları\nyaygınlaşacaktır. 8\nhttps://doi.org/10.1016/j.jpi.2024.100375\nhttps://arxiv.org/abs/2312.07814\nÇok modlu bir üretken yapay zeka modeli olan “PathChat 2”9 de\npatolojiye özel bir chatGPT10 olarak hayatımızda yer almaya aday\nmodellerdendir .\nTowards a general-purpose foundation model for computational pathology\nhttps://www.nature.com/articles/s41591-024-02857-3\nA visual-language foundation model for computational pathology\nhttps://www.nature.com/articles/s41591-024-02856-4\nA Multimodal Generative AI Copilot for Human Pathology\nhttps://www.nature.com/articles/s41586-024-07618-3\nGelecekte her mikroskopta bir kameranın olduğu, masabaşında hemen\nulaşılabilecek tarama cihazlarının olduğu çalışma ortamı yanısıra,\ntamamen mikroskopsuz patoloji iş istasyonları da olacaktır.\nAlgoritma destekli patoloji pratiğinde ‘Bu vakayı Alp Hoca’ya danışalım’\nyerine ‘Bu vakayı AlpApp v25’e yükleyelim’ gibi cümleler yer alacağı\ngibi, ihtiyaca göre uygulama indirilen / geliştirilen PathAppStore’ları\nda hayatımızdaki yeniliklerden olacaktır.\nTüm bu gelişmeler ışığında gelecekte, bilişimin, metin-görüntü işleme ve\nyapay zekanın patoloji bölümleri içinde bir alt grup olarak\nyerleşeceğini ve patoloji laboratuvarlarında bilişim sektöründen de\nçalışanlar olacağı tahmin edilmektedir.\nİlginç ve örnek çalışmalar\nQuPath\nQuPath’ın WSinfer adlı eklentisi ile literatürdeki yapay zeka\nmodellerini kendi vakalarımızda kolayca uygulamak mümkün. 11\n\nI am really enthusiastic about the #wsinfer plugin of #qupath Now it\nwill be possible to try published models of digital pathology on my\ncases without having to find data or code “upon reasonable request”,\nor try correct the corrupt code on github. And now the “published\nmodels” will face the real world scenario. This will change the\n#digitalpathology and distinguish those models that really work from\nthose that work only on the paper. There is one great barrier\nremaining now, an open source program to make #WSI with a camera\nattached to a microscope. I wish I had the coding skills to do that :)\n\nGelecekte oldukça fazla QuPath kullanacağımızın bir göstergesi de Apple\nbilgisayar sunumlarında QuPath’ın örnek olarak yerini almasıdır.https://www.linkedin.com/feed/update/urn:li:activity:7125049439831916544/https://youtube.com/clip/UgkxMxu0lmNg-9TeX7W59sJXa1dm6nqysu6N?si=4uuz7qVoWqAhYuGp\nHistoQC\nOctopi\nOpenFlexure Microscope {sec-openflexure-microscope}\nhttps://openflexure.org/projects/microscope/\nPATHOLOGY RESIDENT EXPERIENCE USING A LOW-COST 3D PRINTED MICROSCOPE FOR\nPORTABLE DIGITAL PATHOLOGY https://doi.org/10.1016/j.jpi.2022.100043\nµManager {sec-micromanager}\nOpen Source Software for Control and Automation of Microscope Hardware\n12\nDiğer açık kaynak kodlu ve ücretsiz programların listesi okuma\nönerilerinde verilmiştir.\nReferanslar ve okuma Önerileri\nReferanslar\n\n\nIrmakci, Ismail, Ramin Nateghi, Rujoi Zhou, Mariavittoria Vescovo,\nMadeline Saft, Ashley E. Ross, Ximing J. Yang, Lee A. D. Cooper, ve\nJeffery A. Goldstein. 2024. “Tissue Contamination Challenges the\nCredibility of Machine Learning Models in Real World Digital Pathology”.\nModern Pathology, Ocak, 100422.\nhttps://doi.org/10.1016/j.modpat.2024.100422.\n\n\nMovahed-Ezazi, Misha, Mustafa Nasir-Moin, Camila Fang, Isabella\nPizzillo, Kristyn Galbraith, Steven Drexler, Olga A. Krasnozhen-Ratush,\nvd. 2023. “Clinical Validation of Stimulated Raman Histology for Rapid\nIntraoperative Diagnosis of CNS Tumors”. Modern Pathology, Mayıs,\n100219. https://doi.org/10.1016/j.modpat.2023.100219.\n\n\nOkuma önerileri:\nEuropean Society for Digital and Integrative Pathology\nhttps://digitalpathologysociety.org/\nDigital Pathology Association\nhttps://digitalpathologyassociation.org/\nempaia Academy https://en.empaia.org/academy-2-1\nPatoloji Atlası https://www.patolojiatlasi.com/\nHistopathology Atlas https://www.histopathologyatlas.com/\nPatoloji Notları https://www.patolojinotlari.com/\nQuPath https://qupath.github.io/ Bankhead, P. et al. QuPath: Open\nsource software for digital pathology image analysis. Scientific\nReports (2017). https://doi.org/10.1038/s41598-017-17204-5\nPete Bankhead, 2022, Introduction to Bioimage Analysis\nhttps://bioimagebook.github.io\nBest practice recommendations for implementing digital pathology, The\nRoyal College of Pathologists\nhttps://www.rcpath.org/uploads/assets/f465d1b3-797b-4297-b7fedc00b4d77e51/Best-practice-recommendations-for-implementing-digital-pathology.pdf\nThe Leeds Guide to Digital Pathology\nhttps://www.virtualpathology.leeds.ac.uk/research/clinical/docs/2018/pdfs/18778_Leeds%20Guide%20to%20Digital%20Pathology_Brochure_A4_final_hi.pdf\nLeeds ekran testi:\nhttps://www.virtualpathology.leeds.ac.uk/research/systems/pouqa/pathology/\nIntegrating digital pathology into clinical practice\nhttps://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34599281/\nArtificial intelligence-the third revolution in pathology\nhttps://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30270453/\nGrand Challenge A platform for end-to-end development of machine\nlearning solutions in biomedical imaging.\nhttps://grand-challenge.org/\nManual Whole Slide Imaging https://www.microvisioneer.com/\nPathoZoom Scan https://www.smartinmedia.com/pathozoom-scan/\nPallua JD, Brunner A, Zelger B, Schirmer M, Haybaeck J. The future of\npathology is digital Pathol Res Pract. 2020 Sep;216(9):153040. doi:\n10.1016/j.prp.2020.153040. Epub 2020 Jun 20. PMID: 32825928.\nPetascale Computational Pathology - Prof Nasir Rajpoot at HMS-BWH\nPathology Grand Rounds 5 Oct 2020\nhttps://www.youtube.com/watch?v=nVHRNn-nqMg\nAdvice from one of the world’s largest digital pathology\nimplementations\nhttps://medical.sectra.com/case/advice-from-one-of-the-worlds-largest-digital-pathology-implementations/\nOctopi: Octopi: Open configurable high-throughput imaging platform for\ninfectious disease diagnosis in the field Hongquan Li, Hazel\nSoto-Montoya, Maxime Voisin, Lucas Fuentes Valenzuela, Manu Prakash\nbioRxiv 684423; doi: https://doi.org/10.1101/684423\nOctopi’nin tanıtımı:\nhttps://twitter.com/prakashlab/status/1144453714637230083\nLesson from the COVID-19 pandemic: pathologists need to build their\nconfidence on working in a digital microscopy environment. Virchows\nArch 479, 227–229 (2021). https://doi.org/10.1007/s00428-021-03123-4\nValidating Whole Slide Imaging for Diagnostic Purposes in Pathology\nhttps://www.cap.org/protocols-and-guidelines/cap-guidelines/current-cap-guidelines/validating-whole-slide-imaging-for-diagnostic-purposes-in-pathology\nValidating Whole Slide Imaging Systems for Diagnostic Purposes in\nPathology: Guideline Update From the College of American Pathologists\nin Collaboration With the American Society for Clinical Pathology and\nthe Association for Pathology Informatics. Arch Pathol Lab Med 1 April\n2022; 146 (4): 440–450. doi:\nhttps://doi.org/10.5858/arpa.2020-0723-CP\nDigital Pathology & AI in routine clinical practice:From quality\ncontrol to primary cancer diagnosis\nhttps://www.youtube.com/watch?v=7pRmonus9iM\nAtallah, N.M., Toss, M.S., Verrill, C. et al. Potential quality\npitfalls of digitalized whole slide image of breast pathology in\nroutine practice. Mod Pathol (2021).\nhttps://doi.org/10.1038/s41379-021-01000-8\nAçık kaynak kodlu veya ücretsiz dijital patoloji programları:\nQuickAnnotator https://github.com/choosehappy/QuickAnnotator\nHistoQC https://github.com/choosehappy/HistoQC\nQuPath https://qupath.github.io/\nCytomine https://cytomine.be/\nOrbit https://www.orbit.bio/\nASAP https://computationalpathologygroup.github.io/ASAP/\nMicaia http://www.micaia.ai\nImageJ/ Fiji https://fiji.sc/\nImageScope\nhttps://www.leicabiosystems.com/digital-pathology/manage/aperio-imagescope/\nVideolar\nIntroduction to Bioimage\nAnalysis\nQuPath tutorial #1 - Getting\nstarted\nQuPath tutorial #2 - IHC\nanalysis\nQuPath Spring\n2022\nFrom Samples to Knowledge\n2020\nFrom Zero to QuPath\nHero\nPathLAKE Masterclasses\n2021\nTIA Centre Seminar\nSeries\nInvited Talks &\nPresentations\nECDP\n2019\nImage processing with\npython\nDijital Patoloji Webinar\nSerisi\nBreast Cancer KI67 assessment using with the open source\nQuPath\nQuPath\n\n\nProje Oluşturma\nQuPath\nprojects\n{{ video https://www.youtube.com/embed/wo9vZccmqwc title=“QuPath\nprojects” }}\nRenkleri Ayırma\n{{ video https://www.youtube.com/embed/Oe0rfzLtTO0 }}\n{{ video https://www.youtube.com/embed/IpCDnPnFvDc }}\nDokuların Tespiti\n{{ video https://www.youtube.com/embed/B03-TlH-yVU }}\nSegment Anything\n{{ video https://www.youtube.com/embed/J_ubK5x1vcU }}\nwsinfer\n{{ video https://www.youtube.com/embed/0Z589zWlFQQ }}\n↩︎\n↩︎\n↩︎\nPatoloji Notları↩︎\nAI-driven efficient patient prognosis based on 3D pathology\nsamples TIA Centre Seminar Series Dr. Andrew Song\nhttps://mamba-demo.github.io/demo/\nhttps://www.youtube.com/watch?v=rcNCHQnK454&ab_channel=TIAWarwick↩︎\nhttps://en.wikipedia.org/wiki/ICC_profile↩︎\nhttp://www.andrewjanowczyk.com/application-of-icc-profiles-to-digital-pathology-images/↩︎\nFoundation Models and Information Retrieval in Digital\nPathology↩︎\nhttps://www.modella.ai/intro.html↩︎\nhttps://chatgpt.com/↩︎\npreprint\ndocumentation-1\ndocumentation-2\nimage.sc\nlinkedIN↩︎\nhttps://micro-manager.org/\n\n↩︎\n",
+ "contents": "\nPatoloji ve Bilişim\nSerdar Balcı\n2024-12-01\nPatoloji ve Bilişim\nPatolojide Bilişimin yeri\nnedir?\nPatolojideki Bilgi Türleri\nNelerdir?\nDijital Patoloji Nedir?\nDijital Patolojinin Geleceği\nYapay Zekanın Dijital Patolojideki\nYeri\nİlginç ve örnek çalışmalar\n\nReferanslar ve okuma Önerileri\nReferanslar\nOkuma önerileri:\nAçık kaynak kodlu veya ücretsiz dijital patoloji\nprogramları:\nVideolar\n\nPatoloji ve Bilişim\n\nhttps://zenodo.org/badge/latestdoi/594820002\nDOI 10.17605/OSF.IO/BRZUF\n\nBu yazı Prof. Dr. Alp Usubütün editörlüğünde hazırlanan “Sağlık\nBilimleri İçin Patoloji ve Patoloji Laboratuvarını Anlama Kılavuzu 2.\nBaskı - Ekim 2022 Ankara Nobel Tıp Kitabevleri ISBN:\n978-625-7564-70-0”\n1 2 adlı kitaptaki “8. Bölüm: Patolojide Yeni Yöntemler ve\nGelecek”3 için hazırlanmıştı r. Ancak bu alanın çok hızlı\nilerlemesi nedeniyle bu metni güncel tutmak (ve bir sonraki baskı için\ngerekirse hazır bulunmak için) metin içeriği burada güncellenecekti r.\nDoç. Dr. Serdar Balcı\n\n\nPatolojide Bilişimin yeri nedir?\nPatologları, hastanın klinik bilgilerini, makroskopi ve mikroskopik\ngörüntüler ile işleyip, literatür ve bilimsel bilgiler ışığında\nyorumlayan ve rapor adlı yazılı bilgiyi üreten bilgi uzmanları olarak\ntanımlayabiliriz. Abartılı bir tarif gibi görünse de çoğu hasta\ndosyasında, hasta hakkında en çok ve en doğru (hatta hala daha altın\nstandart) bilgiler patologların ürettiği patoloji raporlarında yer\nalmaktadır.\nBilginin teknoloji kullanılarak işlenmesindeki gelişmeleri, patoloji\ndisiplini, bazen geriden bazen öncü olarak, ama emin adımlarla takip\netmekte ve kendi işleyişine katmaktadır. (Computational Pathology: A\nPath Ahead https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26098131/)\nBilimsel bilginin sürekli artması,\nhemen her yıl yeni bir DSÖ sınıflama kitabının çıkması,\nyeni çıkan antikorların ve yöntemlerin tanısal test olarak\nkullanımındaki istatistiksel yöntemler,\ntümörlerin taksonomisi,\n“ben buna displazi derim” gibi sezgisel yaklaşımlar,\nklinik bilgilerin elde edilmesi,\nmakroskopik ve mikroskopik görüntülerin elde edilmesi, işlenmesi ve\nsaklanması,\nrapor yazılması,\ndiktasyon,\nraporların saklanması,\narşivleme,\nlaboratuvar iş akışının düzenlenmesi ve takibi\ngibi bir çok basamakta yer alan bilişim teknolojileri, dijital\npatolojinin yaygınlaşması ile makina öğrenmesi, derin öğrenme ve yapay\nzeka ile karar destek sistemleri olarak günlük pratiğe daha da\ngirmektedir.\nPatoloji raporları ve görüntüleri için kullanılan yazılımlar (Rosai 1.\nchapter)’da belirtildiği gibi çoğu zaman diğer laboratuvar branşları ya\nda radyoloji için hazırlanmış platformlara eklemlenmiş gibidirler.\nPatolojinin işleyişi ile çoğu zaman örtüşmeyen yazılımlar, çoğu zaman\nbir metin işlemcisi ve faturalandırma aracı olarak kalmaktadırlar.\nPatoloji raporları ve görüntüleri için kullanılan yazılımlar (Rosai 1.\nchapter)’da belirtildiği gibi çoğu zaman diğer laboratuvar branşları ya\nda radyoloji için hazırlanmış platformlara eklemlenmiş gibidirler.\nPatolojinin işleyişi ile çoğu zaman örtüşmeyen yazılımlar, çoğu zaman\nbir metin işlemcisi ve faturalandırma aracı olarak\nkalmaktadırlar.Patolojideki Bilgi Türleri Nelerdir?\nPatolojide bilgi türleri temel olarak laboratuvar iş akışı, metin ve\ngörüntülerden oluşmaktadır.\nLaboratuvar İş Akışı\nMetin Bilgileri\nPatolojideki metin bilgilerini:\npatoloğa\nklinikten ve\nliteratürden gelen bilgiler ile\n\npatoloğun ürettiği raporlar oluşturmaktadır.\nBu bilgi türlerine belki sosyal medyayı da eklemek uygun olacaktır.\nSosyal medyada paylaşılan rutin ya da ilginç patoloji vakaları\nderlendiğinde bir patoloji kitabı oluşturmak mümkün olabilir 4.\nAyrıca bu veriler görüntü analizleri için bile kullanılabilmektedir\nPMID:37592105.\nGörüntüler\nMorfolojik analize dayanan anatomik patolojideki bilgilerden biri de\ngörüntülerdir. Makroskopik ve mikroskopik görüntüler mevcuttur.\n“Makroskopik” görüntülerin net bir şekilde elde edilmesi ve\nsaklanması giderek önem kazanmaktadır. Tariflenen bazı bulguların\n(mezorektal bütünlük gibi) daha sonra tekrar değerlendirilmesi, delici\nkesici yaralanmalar gibi mikroskopla belirlenemeyecek medikolegal\ndökümantasyonun sağlanması gibi nedenlerle, patoloji ve hastane bilgi\nsistemlerine entegre makroskopi resim saklama gerekliliği giderek\nartmaktadır.\nMakroskopik görüntülerin radyoloji ile korelasyonu ve üç boyutlu\ngörüntülerle sanal gerçeklik uygulamaları makroskopik görüntü arşivinin\nönemini giderek artırmaktadır.\n“Mikroskopik” görüntülerin tam yüzey taranması (whole slide\nimaging) ile hızlanan dijital patolojiye bir sonraki bölümde detaylı\ndeğinilecektir. Artık günümüzde;\ndokunun kesit almadan üç boyutlu haritalandırılması,\nfiziksel olarak boyanmadan sanal boyalar ile incelenmesi\nve bunların örnek yeterliliğinde ve hızlı tanıda kullanılması oldukça\nsık yapılan ve pratiğe geçeceği umulan çalışmalardır.\nİki boyutlu klasik mikroskopik görüntülerin çokça kesit alınarak 3\nboyutlu (3D) rekonstriksiyonu ile yapılan tümör modelleri, hastalıkların\npatofizyolojisinin anlaşılmasında yeni olanaklar sunacaktır.\nPatolojinin gelecegindeki yeni teknikler arasında\nüç boyutlu görüntüleme 5,\nRaman spektroskopisi (Movahed-Ezazi vd. 2023),\nFTIR (infrared spectroskop),\nsanal HE boyama,\nve konfokal mikroskopi gibi tekniklerin yer alması beklenmektedir.\nDijital Patoloji Nedir?\nDijital Patolojinin Kullanım Alanları Nelerdir?\nTanı\nEğitim\nKonsültasyon\nRutin Raporlama {rutin-raporlama}\nŞu an kullanılan ara yüzlerdeki farklılıklar da kullanım alışkanlığı\ngeliştirmeyi zorlaştırmaktadır.\n<–WIP–>\nBilgisayar fare orta tuş kilidi olan ve olmayan arayüzler\n(https://middleclick.app/), büyütme ve küçültme (zoom in/out)\nhızlarının klasik mikroskoplardan farklı olması yanısıra klavye ve\nbilgisayar bileşenlerine (oyunlara) aşina neslin kullandığı oklar,\naswd tuşlarının …\nnavigasyon ok tuşları, aswdrz, +- middle click scroll resim, görüntü\nkaydetme\nSectra, ViraSoft ve OpenSeaDragon arayüzlerindeki farklılıklar.\n<–WIP–>\nNasıl bir ekran kullanılacağı ve ekranın “tıbbi ekran” kategorisinde\nolup olmaması gerektiği de süregiden bir tartışma konusudur (Bkz. Leeds\nekran testi)\n<–WIP–>\nTek ya da çoklu monitörde çalışma, dokunmatik ekranlar\nekran çözünürlüğü, tepki süresi\nsanal mape çeşitleri\nlamın vertikal ya da horizontal taranması\ntaranan alanların işaretlenmesi (heatmap)\n<–WIP–>\nGünümüzde kaset, immünohistokimya ve tayarıcılardaki farklı barkod /\nkarekod / datamatrix kullanımı ve bu içeriğin firmalara özgün ve\ndeğiştirilemez olarak tanımlanması, kesintisiz bir laboratuvar iş akışı\nönündeki önemli engellerden biridir. Bu konuda firmalar arası\nentegrasyonun sağlanabilmesi oldukça önemlidir. Yakın zamanda Memorial\nPatoloji’de tüm basamaklardaki datamatrix kodları birleştirilmiş olup,\nimmünohistokimya cihazındaki entegrasyon da tamamlanmak üzeredir.\nDijital Patoloji İçin Tarayıcıya İhtiyacımız Var Mı?\nDijital Patolojinin Geleceği\nDijital patoloji hızla gelişen bir alan olduğundan patologların\nkendilerini bu gelişmelere hazırlamaları gerekmektedir.\nAltyapı yatırımları sırasında geliştirilebilir modüler yapıların tercih\nedilmesi; basit ekran paylaşımından öteye gitmeyen ve açık kaynak ile\nulaşılabilecek programlar için masraf yapmadan önce yetkin görüş\nalınması önerilmektedir.\nDijital patoloji görüntüleri şu an farklı firmalara ait farklı formatlar\nhalindedir. Ancak yakın zamanda ortak bir format olan DICOM’a\ngeçilmesi ile cihazlar arasındaki uyum da artacaktır. Bu ortak formata\ngeçilmesi ile görüntülerin daha uygun saklanabilmesi için de\ngeliştirmeler hızlanacaktır.\nDijital patoloji sadece mikroskopik görüntülerin bilgisayar ortamına\naktarılması olarak düşünülmemeli. Dijital patoloji ile tüm patolojide\nüretilen tüm bilginin kullanılabilir veri haline getirilmesi ve\nbunların hastanın diğer bilgileri ile entegre edilmesi\nhedeflenmelidir.\nYöneticilerin dijital patoloji kurulum hevesleri sırasında, patologlar\nfırsatı ganimet bilip laboratuvarın eksiklerini tamamlatmalı ve\nkaliteyi artırıcı düzenlemeleri uygulatmalıdırlar.\nYeni çıkan immünohistokimyasal tetkiklerin belli bir süre sonra\ntanısal özgünlüklerini kaybetmeleri patologları yeni testlere karşı\nşüpheli yaklaşmaya zorlamıştır. Aynı şüpheyi yapay zeka algoritmaları\niçin de kullanmak gereklidir. Yakın zamanda çok sayıda başarılı olduğu\niddia edilen algoritma yayınlanmış olmasına karşın bunların kliniğe\naktarımı hala kısıtlıdır. Yayın ve araştırma bolluğu ile birlikte;\nyapay zeka modellerinin aynı laboratuvardaki tekrarlanabilirlikleri ve\nbaşka laboratuvar verilerine aktarılabilirlikleri çok önemli bir\nproblem olarak ortaya çıkmaya başlamıştır.\nPatoloji asistanları açık kaynak kodlu dijital patoloji programlarını\nkullanmayı öğrenmeli ve açık kaynak kodlu yazılımlar konusunda dijital\nokur yazarlıklarını geliştirmelidirler.\nMeslek örgütleri radyolojide yaşanan “hizmet alımı” süreci ile\n“uzaktan tanı” adı altında düşürülen sağlık hizmeti kalitesi ve\ndeğersizleştirilen hekim emeğinin farkında olmalı ve buna yönelik\ntedbir ve tavsiyeler için hazırlanmalıdırlar.\nTarayıcıların, PACS depolarının ve arayüzlerin birbiri ile uyumu\noldukça önemlidir. ICC profillerinin 6 7 uyumu görüntülerin son\nkullanıcı olan patolog tarafından değerlendirmesinde önem taşımaktadır\n.\nYapay zeka algoritma sağlayıcılarının, laboratuvarda hali hazırda\nbulunan PACS ve arayüz ile uyum sağlayamaması ve entegrasyon için ayrı\nemek ve maliyet gerekmesi de dijital patolojinin gelişimindeki\nengellerdendir.\nÜretilen yapay zeka algoritmaları firmaların sadece kendi\narayüzlerinde ve bulut sistemlerinde çalışmaktadır. Bu sistemler\n“vendor agnostic” hale henüz gelememişlerdir.\nYapay Zekanın Dijital Patolojideki Yeri\nYapay zekanın görüntüler üzerindeki tecrübesinin patolojiye aktarılması\nile bilimsel çalışmalarda sık görmeye başladığımız yapay zeka (makina\nöğrenmesi, derin öğrenme) kullanımı giderek günlük pratiğe de\nuygulanabilecek özellikler kazanmaktadır. Yapay zeka ile ilgili\nçalışmalar literatürde hesaplamalı/sayısal patoloji (computational\npathology), matematiksel patoloji olarak da geçmektedir.\nYapay zeka ile ilgili beklentilerin realist olması, algoritmaların ise\ntekrarlanabilir (kendi içinde ve dışarıyla tutarlı),\nteknik olarak uygulanabilir,\nklinik pratiğe aktarılabilir ve\nyeni bilgiler ışığında güncellenebilir olması gerekmektedir.\nYapay zeka modellerinin nasıl geliştirildiği oldukça önemlidir.\nTCGA verisinde hatalar olduğu (Murat 2024 USCAP abstract)\nDoku bulaşlarının model başarılarını etkilediği Irmakci vd. (2024)\nunutulmamalıdır.\nGeliştirilmekte olan, temel modeller (foundation models) üzerine inşa\nedilen modeller (fine-tuning) ile patolojide yapay zeka uygulamaları\nyaygınlaşacaktır. 8\nhttps://doi.org/10.1016/j.jpi.2024.100375\nhttps://arxiv.org/abs/2312.07814\nÇok modlu bir üretken yapay zeka modeli olan “PathChat 2”9 de\npatolojiye özel bir chatGPT10 olarak hayatımızda yer almaya aday\nmodellerdendir .\nTowards a general-purpose foundation model for computational pathology\nhttps://www.nature.com/articles/s41591-024-02857-3\nA visual-language foundation model for computational pathology\nhttps://www.nature.com/articles/s41591-024-02856-4\nA Multimodal Generative AI Copilot for Human Pathology\nhttps://www.nature.com/articles/s41586-024-07618-3\nGelecekte her mikroskopta bir kameranın olduğu, masabaşında hemen\nulaşılabilecek tarama cihazlarının olduğu çalışma ortamı yanısıra,\ntamamen mikroskopsuz patoloji iş istasyonları da olacaktır.\nAlgoritma destekli patoloji pratiğinde ‘Bu vakayı Alp Hoca’ya danışalım’\nyerine ‘Bu vakayı AlpApp v25’e yükleyelim’ gibi cümleler yer alacağı\ngibi, ihtiyaca göre uygulama indirilen / geliştirilen PathAppStore’ları\nda hayatımızdaki yeniliklerden olacaktır.\nTüm bu gelişmeler ışığında gelecekte, bilişimin, metin-görüntü işleme ve\nyapay zekanın patoloji bölümleri içinde bir alt grup olarak\nyerleşeceğini ve patoloji laboratuvarlarında bilişim sektöründen de\nçalışanlar olacağı tahmin edilmektedir.\nİlginç ve örnek çalışmalar\nQuPath\nQuPath’ın WSinfer adlı eklentisi ile literatürdeki yapay zeka\nmodellerini kendi vakalarımızda kolayca uygulamak mümkün. 11\n\nI am really enthusiastic about the #wsinfer plugin of #qupath Now it\nwill be possible to try published models of digital pathology on my\ncases without having to find data or code “upon reasonable request”,\nor try correct the corrupt code on github. And now the “published\nmodels” will face the real world scenario. This will change the\n#digitalpathology and distinguish those models that really work from\nthose that work only on the paper. There is one great barrier\nremaining now, an open source program to make #WSI with a camera\nattached to a microscope. I wish I had the coding skills to do that :)\n\nGelecekte oldukça fazla QuPath kullanacağımızın bir göstergesi de Apple\nbilgisayar sunumlarında QuPath’ın örnek olarak yerini almasıdır.https://www.linkedin.com/feed/update/urn:li:activity:7125049439831916544/https://youtube.com/clip/UgkxMxu0lmNg-9TeX7W59sJXa1dm6nqysu6N?si=4uuz7qVoWqAhYuGp\nHistoQC\nOctopi\nOpenFlexure Microscope {sec-openflexure-microscope}\nhttps://openflexure.org/projects/microscope/\nPATHOLOGY RESIDENT EXPERIENCE USING A LOW-COST 3D PRINTED MICROSCOPE FOR\nPORTABLE DIGITAL PATHOLOGY https://doi.org/10.1016/j.jpi.2022.100043\nµManager {sec-micromanager}\nOpen Source Software for Control and Automation of Microscope Hardware\n12\nDiğer açık kaynak kodlu ve ücretsiz programların listesi okuma\nönerilerinde verilmiştir.\nReferanslar ve okuma Önerileri\nReferanslar\n\n\nIrmakci, Ismail, Ramin Nateghi, Rujoi Zhou, Mariavittoria Vescovo,\nMadeline Saft, Ashley E. Ross, Ximing J. Yang, Lee A. D. Cooper, ve\nJeffery A. Goldstein. 2024. “Tissue Contamination Challenges the\nCredibility of Machine Learning Models in Real World Digital Pathology”.\nModern Pathology, Ocak, 100422.\nhttps://doi.org/10.1016/j.modpat.2024.100422.\n\n\nMovahed-Ezazi, Misha, Mustafa Nasir-Moin, Camila Fang, Isabella\nPizzillo, Kristyn Galbraith, Steven Drexler, Olga A. Krasnozhen-Ratush,\nvd. 2023. “Clinical Validation of Stimulated Raman Histology for Rapid\nIntraoperative Diagnosis of CNS Tumors”. Modern Pathology, Mayıs,\n100219. https://doi.org/10.1016/j.modpat.2023.100219.\n\n\nOkuma önerileri:\nEuropean Society for Digital and Integrative Pathology\nhttps://digitalpathologysociety.org/\nDigital Pathology Association\nhttps://digitalpathologyassociation.org/\nempaia Academy https://en.empaia.org/academy-2-1\nPatoloji Atlası https://www.patolojiatlasi.com/\nHistopathology Atlas https://www.histopathologyatlas.com/\nPatoloji Notları https://www.patolojinotlari.com/\nQuPath https://qupath.github.io/ Bankhead, P. et al. QuPath: Open\nsource software for digital pathology image analysis. Scientific\nReports (2017). https://doi.org/10.1038/s41598-017-17204-5\nPete Bankhead, 2022, Introduction to Bioimage Analysis\nhttps://bioimagebook.github.io\nBest practice recommendations for implementing digital pathology, The\nRoyal College of Pathologists\nhttps://www.rcpath.org/uploads/assets/f465d1b3-797b-4297-b7fedc00b4d77e51/Best-practice-recommendations-for-implementing-digital-pathology.pdf\nThe Leeds Guide to Digital Pathology\nhttps://www.virtualpathology.leeds.ac.uk/research/clinical/docs/2018/pdfs/18778_Leeds%20Guide%20to%20Digital%20Pathology_Brochure_A4_final_hi.pdf\nLeeds ekran testi:\nhttps://www.virtualpathology.leeds.ac.uk/research/systems/pouqa/pathology/\nIntegrating digital pathology into clinical practice\nhttps://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34599281/\nArtificial intelligence-the third revolution in pathology\nhttps://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30270453/\nGrand Challenge A platform for end-to-end development of machine\nlearning solutions in biomedical imaging.\nhttps://grand-challenge.org/\nManual Whole Slide Imaging https://www.microvisioneer.com/\nPathoZoom Scan https://www.smartinmedia.com/pathozoom-scan/\nPallua JD, Brunner A, Zelger B, Schirmer M, Haybaeck J. The future of\npathology is digital Pathol Res Pract. 2020 Sep;216(9):153040. doi:\n10.1016/j.prp.2020.153040. Epub 2020 Jun 20. PMID: 32825928.\nPetascale Computational Pathology - Prof Nasir Rajpoot at HMS-BWH\nPathology Grand Rounds 5 Oct 2020\nhttps://www.youtube.com/watch?v=nVHRNn-nqMg\nAdvice from one of the world’s largest digital pathology\nimplementations\nhttps://medical.sectra.com/case/advice-from-one-of-the-worlds-largest-digital-pathology-implementations/\nOctopi: Octopi: Open configurable high-throughput imaging platform for\ninfectious disease diagnosis in the field Hongquan Li, Hazel\nSoto-Montoya, Maxime Voisin, Lucas Fuentes Valenzuela, Manu Prakash\nbioRxiv 684423; doi: https://doi.org/10.1101/684423\nOctopi’nin tanıtımı:\nhttps://twitter.com/prakashlab/status/1144453714637230083\nLesson from the COVID-19 pandemic: pathologists need to build their\nconfidence on working in a digital microscopy environment. Virchows\nArch 479, 227–229 (2021). https://doi.org/10.1007/s00428-021-03123-4\nValidating Whole Slide Imaging for Diagnostic Purposes in Pathology\nhttps://www.cap.org/protocols-and-guidelines/cap-guidelines/current-cap-guidelines/validating-whole-slide-imaging-for-diagnostic-purposes-in-pathology\nValidating Whole Slide Imaging Systems for Diagnostic Purposes in\nPathology: Guideline Update From the College of American Pathologists\nin Collaboration With the American Society for Clinical Pathology and\nthe Association for Pathology Informatics. Arch Pathol Lab Med 1 April\n2022; 146 (4): 440–450. doi:\nhttps://doi.org/10.5858/arpa.2020-0723-CP\nDigital Pathology & AI in routine clinical practice:From quality\ncontrol to primary cancer diagnosis\nhttps://www.youtube.com/watch?v=7pRmonus9iM\nAtallah, N.M., Toss, M.S., Verrill, C. et al. Potential quality\npitfalls of digitalized whole slide image of breast pathology in\nroutine practice. Mod Pathol (2021).\nhttps://doi.org/10.1038/s41379-021-01000-8\nAçık kaynak kodlu veya ücretsiz dijital patoloji programları:\nQuickAnnotator https://github.com/choosehappy/QuickAnnotator\nHistoQC https://github.com/choosehappy/HistoQC\nQuPath https://qupath.github.io/\nCytomine https://cytomine.be/\nOrbit https://www.orbit.bio/\nASAP https://computationalpathologygroup.github.io/ASAP/\nMicaia http://www.micaia.ai\nImageJ/ Fiji https://fiji.sc/\nImageScope\nhttps://www.leicabiosystems.com/digital-pathology/manage/aperio-imagescope/\nVideolar\nIntroduction to Bioimage\nAnalysis\nQuPath tutorial #1 - Getting\nstarted\nQuPath tutorial #2 - IHC\nanalysis\nQuPath Spring\n2022\nFrom Samples to Knowledge\n2020\nFrom Zero to QuPath\nHero\nPathLAKE Masterclasses\n2021\nTIA Centre Seminar\nSeries\nInvited Talks &\nPresentations\nECDP\n2019\nImage processing with\npython\nDijital Patoloji Webinar\nSerisi\nBreast Cancer KI67 assessment using with the open source\nQuPath\nQuPath\n\n\nProje Oluşturma\nQuPath\nprojects\n{{ video https://www.youtube.com/embed/wo9vZccmqwc title=“QuPath\nprojects” }}\nRenkleri Ayırma\n{{ video https://www.youtube.com/embed/Oe0rfzLtTO0 }}\n{{ video https://www.youtube.com/embed/IpCDnPnFvDc }}\nDokuların Tespiti\n{{ video https://www.youtube.com/embed/B03-TlH-yVU }}\nSegment Anything\n{{ video https://www.youtube.com/embed/J_ubK5x1vcU }}\nwsinfer\n{{ video https://www.youtube.com/embed/0Z589zWlFQQ }}\n↩︎\n↩︎\n↩︎\nPatoloji Notları↩︎\nAI-driven efficient patient prognosis based on 3D pathology\nsamples TIA Centre Seminar Series Dr. Andrew Song\nhttps://mamba-demo.github.io/demo/\nhttps://www.youtube.com/watch?v=rcNCHQnK454&ab_channel=TIAWarwick↩︎\nhttps://en.wikipedia.org/wiki/ICC_profile↩︎\nhttp://www.andrewjanowczyk.com/application-of-icc-profiles-to-digital-pathology-images/↩︎\nFoundation Models and Information Retrieval in Digital\nPathology↩︎\nhttps://www.modella.ai/intro.html↩︎\nhttps://chatgpt.com/↩︎\npreprint\ndocumentation-1\ndocumentation-2\nimage.sc\nlinkedIN↩︎\nhttps://micro-manager.org/\n\n↩︎\n",
"preview": {},
- "last_modified": "2024-12-01T20:33:56+03:00",
+ "last_modified": "2024-12-07T23:11:08+03:00",
"input_file": {}
},
{
@@ -38,7 +38,7 @@
"categories": [],
"contents": "\n“Patoloji çalışmalarında istatistik için nasıl veri hazırlanır?” konulu toplantıyı yaptık:\nPatoloji Çalışmalarında İstatistik İçin Veri Hazırlama\n\n\nGeri bildirimlerinizi ve ilerideki toplantılar için önerilerinizi bekliyorum:\nhttps://forms.gle/qhQ7aGpdC6Pn7f1c9\n\nLoading…\n\n\n\n\n",
"preview": {},
- "last_modified": "2024-12-01T20:31:15+03:00",
+ "last_modified": "2024-12-07T23:07:58+03:00",
"input_file": {}
},
{
@@ -55,7 +55,7 @@
"categories": [],
"contents": "\nRutinde Dijital Patoloji: Zorluklar ve Kolaylıklar. 27 Eylül 2023. Türk Patoloji Derneği Dijital Webinar Serisi-3 Dijital Patolojinin Rutinde Kullanımı\n\nhttps://www.youtube.com/watch?v=xlxfSO-zSrA&ab_channel=SERDARBALCI\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n",
"preview": {},
- "last_modified": "2024-12-01T20:31:15+03:00",
+ "last_modified": "2024-12-07T23:07:59+03:00",
"input_file": {}
},
{
@@ -81,7 +81,7 @@
],
"contents": "\nKlinikopatolojik çalışmalarda bu jamovi modülleri işinizi kolaylaştıracaktır:\nhttps://www.jamovi.org/\nhttps://www.serdarbalci.com/ClinicoPathJamoviModule/\n\nBu Office tarafından sağlanan eklenmiş bir Microsoft Office belgesidir.\n\n\n\n\n",
"preview": {},
- "last_modified": "2024-12-01T20:31:15+03:00",
+ "last_modified": "2024-12-07T23:07:58+03:00",
"input_file": {}
},
{
@@ -98,7 +98,7 @@
"categories": [],
"contents": "\nSon aylarda gittikçe artan AI, yapay zeka, model bombardımanından çıkardığım sonuç şu ki;\nGeleceğe hazırlanan bir çocuk:\nBoolean (mantıksal) ifadeleri öğrenmeli.\nVE\nVEYA\nDEĞİL\nEŞİT\nEŞİT DEĞİL\n\nMatematik ve geometri ilişkisi öğrenmeli.\nTasvir yapabilmeli (prompt engineer dedikleri)\nBaşka bir dil öğrennmeli (farklı düşünebilmek için)\nHayal kurabilmeli.\n\n\n\n",
"preview": {},
- "last_modified": "2024-12-01T20:31:15+03:00",
+ "last_modified": "2024-12-07T23:07:58+03:00",
"input_file": {}
},
{
@@ -115,7 +115,7 @@
"categories": [],
"contents": "\nDijital patolojide akreditasyon ile ilgili bölümde yaptığım sunumu ve kodu paylaşıyorum. Bu sunumu Quarto ve reveal.js ile hazırladım. Herhangi bir kişiselleştirme yapmadan da güzel html sunum hazırlanabiliyormuş.\n\n\n\n\n\n\n\n",
"preview": {},
- "last_modified": "2024-12-01T20:31:15+03:00",
+ "last_modified": "2024-12-07T23:07:58+03:00",
"input_file": {}
},
{
@@ -136,7 +136,7 @@
],
"contents": "\nMoleküler Patoloji Hakkında / Moleküler Patolojiye Dair\n\nDOI 10.17605/OSF.IO/QZ7CJ\nhttps://doi.org/10.5281/zenodo.7175169\nMoleküler Patoloji nedir?\nMoleküler patoloji, anatomik patoloji, klinik patoloji ve genetiğin birlikte çalıştığı bir alandır. OMICS olarak belirtilen (genomik, proteomik, metabolomik gibi) yeni çalışma alanları ile de ilişkisi olan moleküler patoloji, günlük uygulamada daha çok kanser tanı ve mutasyon analizlerinde yer almaktadır.\nMoleküler patolojik incelemeler, patoloji spesmenlerindeki değişiklikleri moleküler düzeyinde inceleyen patoloji teknikleridir.\nMoleküler teknikler hangi amaçlarla kullanılır?\nMoleküler teknikler patolojide değişik amaçlarla kullanılmaktadır.\nTanı amaçlı:\nYetkin bir patoloji uzmanının morfolojik değerlendirmesi sonrası istenen uygun testler ile tümör ya da enfeksiyöz hastalıkların tanılarının konması ve tümör alt tiplerinin belirlenmesi amacıyla kullanılmaktadır. Birbirini tamamlar nitelikteki morfoloji ve moleküler incelemeler giderek onkolojik hastaların tanı, takip ve tedavisinde birbirinin ayrılmaz parçası haline gelmiştir. Öyle ki bazı tümörlerin isimleri moleküler teknikler ve morfolojilerin karşılaştırılması ile değiştirilmiş, yeni tanı grupları oluşturulmuştur.\nTedaviyi yönlendirme amaçlı:\nKanserli dokularda mutasyonun varlığı ya da yokluğu ile hedefe yönelik tedavilerin kullanımı mümkün olmaktadır. Bu mutasyonların varlığının ya da yokluğunun tespiti moleküler patolojide uygulanan testler ile yapılmaktadır.\nHastalığın seyrini (prognozunu) öngörme amaçlı:\nHer ne kadar hastalığın seyri kişisel nedenlere çok bağlı olsa da, hastaya uygun tedavi yönetimi için hastalığın olası seyrini bilmek gerekir. Bu nedenle kullanılan bazı moleküler teknikler onkoloji uzmanlarına yol göstermektedir.\nMoleküler teknikler nelerdir?\nMutasyon spesifik (mutasyona özgü) immünohistokimya:\nPatoloji pratiğinde günlük olarak kullanılan immünohistokimyasal çalışmalara benzeyen bu özellikli immünohistokimyalar, mutasyon ile ortaya çıkan protein yapılarının tespitine imkan vermektedir. Hızlı ve pratik olması nedeniyle (BRAF, IDH1 gibi) bazı mutasyonların tespitinde kullanılmaktadır.\nISH (in-situ hibridizasyon):\nHücrelerdeki DNA ya da RNA’lara bağlanan özel karşıt (komplementer) DNA ve RNA’lar kullanılarak yapılan testlerdir. Virüslerin tespitinde (EBER, HPV), tümör odağının tespitinde (karaciğerdeki albumin), kromozon değişikliklerinin tespitinde (1p19q kaybı, BCR-ABL füzyonu) ve gen ekspresyonlarının artışının tespitinde (HER2, EGFR) kullanılmaktadır.\nFlSH (Floresan in-situ hibridizasyon):\nÖzel floresan ışımalı kitler ve özel floresan mikroskobu kullanılarak yapılan in-situ hibridizasyon tetkiklerdir.\nCISH (Kromojen in-situ hibridizasyon):\nIn-situ hibridizasyonun ışık mikroskobu ile de yapılmasını sağlayan tetkiklerdir.\nPCR:\nPolimeraz zincir reaksiyonu (Polymerase Chain Reaction), dokudan elde edilen DNA ya da RNA’ların laboratuvarda çoğaltılması işlemidir. Belli sayıda çoğaltma süresinde eğer mutasyon varsa yeterli yeni DNA ya da RNA oluşmakta ve mutasyon varlığı tespit edilmektedir.\nMutasyon analizi:\nTümörlerde görülen mutasyonlar çok çeşitlidir. Kimi mutasyonlar tümörün çoğalmasında ana etkenken, kimileri sadece hasarlı olarak kalmakta ve tümörün davranışına (tümör biyolojisine) etki etmemektedir. Tümör davranışına etki eden bu “sürücü” (driver) mutasyonlar ile davranışa etki etmeyen “yolcu” (passenger) mutasyonlar tanı, tedavi ve sağkalım açısından farklıdırlar. Bu nedenle tümör davranışını direk belirleyebilecek seçili mutasyonlara özgü analizler (nokta mutasyon analizleri) moleküler patolojide kullanılmaktadır.\nSekanslama:\nBir DNA dizisindeki bazların teker teker okunması ile yapılan analizdir. Böylece oluşan mutasyonun hangi değişiklikle olduğu anlaşılır ve buna göre tanı, tedavi seçimi yapılır.\nYeni kuşak sekanslama:\nDNA’nın çok sayıda odağının aynı anda okunmasına dayanan yeni kuşak sekanslama ile bir tümörde olan tüm mutasyonlar tespit edilebilmektedir. Özellikle ileri evre ve ilk tedavilerini tamamlamış hastalarda ilgili tümörde sık görülmeyen ancak tedavi için ilacı bulunan mutasyonların tespitinde kullanılmaktadır.\nMutasyon yükü:\nDNA’da değişikliğe neden olan hasarlara mutasyon denmektedir. Mutasyonlar hemen her hücre bölünmesinde olmakta ve hemen tümü tamir edilmektedir. Kanser hücreleri çok hızlı büyüdüklerinden ve tamir mekanizmaları yeterli düzeltmeleri yapamadığından bu mutasyonlar birikmektedir. Bu mutasyonlu birikimin toplam DNA miktarına oranı ile elde edilen mutasyon ölçüm yükü yakın zamanda tedavi seçiminde kullanılmaya başlamıştır. Bir tümörde ne kadar çok mutasyon varsa (melanomlar gibi), o kadar çok yabancı antijen üretilecek ve bu tümörler immünmodülatör tedavilere (PD1-PDL1 ilişkili) daha iyi yanıt vereceklerdir.\nMoleküler tekniklerin birbirine üstünlüğü var mıdır?\nMoleküler çalışmalarda farklı teknikler farklı özgünlük ve duyarlılığa sahiptir. Bunun için hastaya ve planlanan tedaviye özgü testler seçilmelidir.\nMoleküler teknikler için dokular nasıl saklanmalıdır?\nMoleküler teknikler için dokular uygun tespit ve takip işlemleri yapılıp, patoloji laboratuvarlarında uygun arşivlerde saklanmalıdır.\nEğer başka bir laboratuvara parafin blok (mum blok) taşıyorsanız, bunları oda sıcaklığında (21-23 c) muhafaza etmeniz gerekir.\nTümörlü alanın patolojide seçilmesi ya da işaretlenmesi ne demektir?\nAmeliyat ve biyopsi ile alınan dokular tümüyle tümörden oluşmazlar. Normal doku, nekroza gitmiş ölü doku ya da tümör öncesi (adenom, in situ tümör gibi) alanlar da içerebilirler. Tümör içinde de alt gruplar oluşmakta ve kimi alt gruplar hastalığın asıl nedeni olup hızlıca büyürken, kimileri büyüme özelliğini yitirmiş olabilmektedir. Tümör patolojisinde yetkin bir patoloji uzmanı mikroskopla tümörün uygun alanını seçmeli ve seçtiği alandaki tümör hücre sayısını ya da yüzdesini belirtmelidir. Bu ön değerlendirmenin yapılmadığı durumlarda yanlış pozitif ya da yanlış negatif sonuçlar alınmakta, tedavi alabilecek hastalar tedavileri alamamakta, tedavi almasında fayda umulmayan hastalar ise gereksiz yere ilaca maruz kalmaktadır.\nMoleküler teknikler sadece tümörler için mi kullanılır?\nMoleküler patolojide genelde tümörler için kullanılsa da enfeksiyon hastalıkları ve kimlik tayini için de benzer teknikler uygulanabilmektedir.\nHer tümör için moleküler tetkik yapılmalı mıdır?\nKanser hastaları giderek daha uzun yaşamakta ve yıllar içinde yeni tedavi yöntemleri rutin uygulamaya girmektedir. Bu nedenle tümör dokusu hastalar için eskiye nazaran çok daha kıymetli olmaya başlamıştır. Potansiyel olarak her tümörde moleküler patoloji çalışmaları yapılabilir. Ancak bu durumda ileride kullanılabilecek dokunun muhafazasına dikkat edilmelidir. Eğer alınacak sonuç hastanın tedavisini yönlendirici nitelikte değilse (yani klinik endikasyon yoksa) ya da bu analiz etik kurul onaylı bilimsel bir çalışmanın parçası değilse moleküler çalışmalar yapılmamalıdır.\nMoleküler tekniklerin “akıllı ilaç” ya da “hedefe yönelik tedavi” için kullanımı\nHedefe yönelik tedaviye uygunluğun tespiti için moleküler patoloji teknikleri kullanılmaktadır. Hastalık ve mutasyona göre değişiklik göstermekle birlikte ilgili mutasyonların varlığı ya da yokluğunda kimi ilaçlar tedavide kullanılmaktadır. Bu analizler ilaçtan fayda sağlayabilecek hastaları belirlerken aynı zamanda ilacın fayda sağlamayacağı hastaları da tespit etmekte ve bu hastaları ilaçların olası yan etkilerinden korumaktadır.\nHer doku moleküler tekniklerle incelenebilir mi?\nUygun tespit ve takip ile parafine gömülmüş (mum blok yapılmış) dokular ve hızlı dondurma ile (-80 C) saklanan dokularda moleküler çalışmalar yapılabilir. Ameliyat ya da biyopsi ile alınan dokuların uygun tespiti (çok çabuk formaldehit solüsyonu içine alınması) bu nedenle çok önemlidir. Yeterli formaldehit ile tespit edilmeyen dokularda otoliz olacağından moleküler çalışmalar sağlıklı olmayacaktır.\nKaç yıl önceki bir tümöre moleküler patolojide inceleme yapılabilir?\nE\nğer uygun tespit ve takip işlemleri uygulanmışsa, uygun patoloji arşivlerinde saklanan dokulardan on yıllar sonra bile moleküler patoloji tektikleri yapılabilmektedir.\nMoleküler tetkik sonrası mutasyonun var ya da yok olması neyi gösterir? Negatif ya da pozitif sonuç ne demektir? Mutasyonun var olması kötü bir şey midir? Mutasyonun olmaması kötü bir şey midir?\nMoleküler patoloji raporları genelde detaylı teknik bilgiler içerir. Mutasyonun var olması ya da yok olması, kimi hastalıklarda tedaviye yanıt verme ihtimalini gösterirken, kimi hastalıklarda o tedavinin verilmemesi gerektiğini belirtebilir. Bu nedenle moleküler patoloji raporlarının hastayı takip eden onkoloji uzmanı hekim tarafından yorumlaması gerekmektedir.\n\n\n\n",
"preview": {},
- "last_modified": "2024-12-01T20:31:15+03:00",
+ "last_modified": "2024-12-07T23:07:58+03:00",
"input_file": {}
},
{
@@ -157,7 +157,7 @@
],
"contents": "\n\nhttps://doi.org/10.5281/zenodo.7135447\nDOI: 10.17605/OSF.IO/9345U\nDijital Patoloji nedir?\nDijital patolojiyi patoloji incelemesinde kullanılan preparatların yüksek çözünürlükte taranarak bilgisayar ortamına aktarılması ve bu görüntülerin iletilme ve işlenme süreci olarak tanımlayabiliriz.\nDijital patoloji hangi alanlarda kullanılır?\nDijital patoloji ilk etapta araştırma ve eğitim amacıyla kullanılmaya başlanmış, daha sonra uzak merkezlerdeki uzman patologlara vaka danışmada (konsültasyon) ve frozenda (ameliyat sırasında hızlı tanı) yerini almıştır. Bir hastanın ilk tanısı için mikroskop yerine kullanımı yakın zamanda ABD ve Avrupa’da onaylandığından, şu an rutin işleyişte de yer almaktadır. Özellikle pandeminin getirdiği uzaktan çalışma zorunluluğu dijital patolojinin gelişmesi için hızlandırıcı bir etken olmuştur.\nDijital patoloji kullanımı ne kadar yaygındır?\nAslında ameliyatta alınan dokuların makroskopik görüntülerinin, endoskopik görüntülerin ve mikroskopla çekilen fotoğrafların işlenmesi üzerinde uzun zamandır devam eden morfometrik çalışmalar dijital patolojinin başlangıcı sayılabileceğinden, dijital patolojinin bilinen ve oldukça yaygın kullanım alanı olduğunu söyleyebiliriz. Ancak hasta tanısı için ilk etapta mikroskop yerine kullanımı henüz daha yeni olduğundan, bu amaçla kullanılan dijital patoloji daha çok büyük laboratuvar ve üniversite hastaneleri ile sınırlıdır.\nDijital patoloji hastalık tanısında kullanılır mı?\nDijital patoloji, hastalıkların tanısına yardımcı özelliklerin tespit edilmesinde yaygın olarak kullanılmaktadır. Karaciğer yağlanmasının ölçülmesi, tümör büyüklüğünün ve derinliğinin ölçülmesi, tümörün cerrahi sınırlara olan uzaklıklarının tespiti, tümör ile çevre dokunun ayrılması ve immünohistokimyasal belirteçlerin sayısal olarak doğru raporlanması gibi alanlarda geliştirilmiş yazılım ve karar destek sistemleri mevcuttur.\nSitolojik örneklerin patolog tarafından incelenmesinden önce ilk değerlendirmesini yapan yapay zeka algoritmaları klinik pratikte yer bulmaya başlamıştır. Prostat iğne biyopsilerinin ve meme biyopsilerinin de yapay zeka ile ön incelemeden geçirilmesi ve şüpheli alanların işaretlenmesi yakın zamanda rutin kullanım için onaylanmıştır. Google gibi büyük yazılım firmaları lenf düğümlerindeki küçük metastazların tespiti konusunda önemli çalışmalar yapmaktadırlar.\nKarar destek sistemleri nasıl geliştiriliyor?\nDaha önce tanı almış onbinlerce olgunun görüntüleri ve tanıları yapay zeka (artificial intelligence) ve makina öğrenmesi (machine learning) algoritmaları ile işlenmektedir. Bu şekilde ‘öğrenen’ algoritma yeni gelen olgunun tanısında ya da özelliklerinin tespitinde kullanılmaktadır.\nYapay zekanın, yani bir makinanın verdiği tanıya güvenebilir miyiz?\nDijital patolojiye ve genel olarak yapay zekaya yöneltilen en büyük eleştiri algoritmaların genelde ‘kapalı kutu’ (black box) şeklinde olmasıdır. Şüpheli bir alanın tespit edildiğinde bu alanın neden şüpheli olduğunu bu algoritmalar açıklayamamaktadır. Ancak bu durum insan beyni için de geçerlidir (araç kullanırken, ya da yemek yerken yaptığımız her hareketi açıklayamayışımız gibi).\nEksiklik gibi görünen bu durum aslında yeni tanı yöntemleri geliştirilmesine olanak tanımakta ve patologların kendilerini de geliştirmelerine katkı sağlamaktadır. Bu durumu Go ve satranç oyuncularının kendilerini yapay zeka ile geliştirmelerine benzetebiliriz.\nBenzer şekilde yapay zekanın yaptığı hatalar patologlar tarafından tespit edilmekte (kanama pigmenti ile immünohistokimyasal incelemelerin karıştırılması gibi) ve algoritmalar güçlendirilmektedir.\nAçıklanabilir yapay zeka konusunda da araştırma ve geliştirme çalışmaları çok hızlı bir şekilde devam etmektedir.\nDijital patoloji patologların yerini mi alacak?\nGeliştirilen her yeni teknolojide sorulan ilk sorulardan birisi de makinaların insanların yerini alacağı konusundaki endişelerdir. Bu konu spekülasyona açık olmakla birlikte uzmanların öngörüleri ‘dijital patolojiyi etkin kullanabilen patologların’ diğer patologların yerini alacağı ve dijital patolojinin rutin kullanıldığı ve geliştirildiği laboratuvarların diğer laboratuvarlara önderlik edeceği yönündedir.\n\n\n\n",
"preview": {},
- "last_modified": "2024-12-01T20:31:15+03:00",
+ "last_modified": "2024-12-07T23:07:58+03:00",
"input_file": {}
},
{
@@ -181,7 +181,7 @@
],
"contents": "\nSosyal meyada paylaşılan patoloji görüntüleri o kadar zengin ki, çoğu\ntextbook’tan daha açıklayıcı bilgiler içerebiliyor. Bunları yakından\ntakip etmek için bir dönem rtweet paketi ile günlük\nolarak twitter’ı tarayıp bunları web sayfası halinde düzenliyordum:\npathtweets\npathtweets\nİleride tidytags\npaketi ile bu projeye devam etmeye niyetim var.\nBu arada manuel olarak hazırladığım sayfa da güzel bir örnek oldu\ndiye düşünüyorum: Patoloji\nNotları\n\n\n\n",
"preview": {},
- "last_modified": "2024-12-01T20:31:15+03:00",
+ "last_modified": "2024-12-07T23:07:59+03:00",
"input_file": {}
},
{
@@ -205,7 +205,7 @@
],
"contents": "\nR ile gfortranı M1 chipli bilgisayarda buluşturmaya çalıştım. Benim bulduğum kısayol şu oldu.\nBu R’da Hmisc paketini yüklerken aldığım hata mesajı:\nmake: /opt/R/arm64/bin/gfortran: Permission denied\nBu sorunu çözmek için:\nxcode yüklü olmalı\nxcode-select --install\n\nbrew ile gfortan’ı kurun\nbrew install gcc\n\nsonra R’ın gfortran’ı bulamıyorum dediği yere link koyun:\nsudo ln -s /opt/homebrew/bin/gfortran /opt/R/arm64/bin\n\n\n\n",
"preview": {},
- "last_modified": "2024-12-01T20:31:15+03:00",
+ "last_modified": "2024-12-07T23:07:58+03:00",
"input_file": {}
},
{
@@ -224,7 +224,7 @@
],
"contents": "\nTatilde olsak da kod yazmaya devam:\nElimizde bir grup fotoğraf vardı. Karşısında da kimin fotoğrafı olduğu yazıyordu. Dosyaların isimlerini karşılarındakine göre değiştirmek için bu küçük kodu yazdım.\n\n\nbatch rename files #rstatshttps://t.co/AWUNd5OEiUCreated with @carbon_app pic.twitter.com/ffbnTNTdSo\n\n— Serdar Balcı (@serdarbalci) September 5, 2021\n\nBu da tatilden :)\n\n\n\n\n\n",
"preview": {},
- "last_modified": "2024-12-01T20:31:15+03:00",
+ "last_modified": "2024-12-07T23:07:58+03:00",
"input_file": {}
},
{
@@ -248,7 +248,7 @@
],
"contents": "\nÇok merkezli ve çok uluslu yaptığımız çalışmalarımız patoloji, histopatoloji ve klinikopatolojik değerlendirmelere yönelik1. Tanımlayıcı istatistikler, gruplar arası karşılaştırmalar, gözlemciler arası uyum, ve sağkalım analizleri hemen her çalışmamızda kullandığımız teknikler. Yavaş yavaş veritabanları (SEER, TCGA), metin madenciliği ve görüntü analizine doğru ilerliyoruz.\nUzun zamandır bu çok merkezli ve çok uluslu çalışmalarda verileri derleyip toparlama ve analize hazırlama işini üstleniyorum. Bu çalışmalarda sık kullandığımız metodlar neredeyse standart olacak hale geldi.\nPatoloji dergilerinde yayınlanan çalışmalardaki istatistik yöntemlerini inceleyen araştırmalar 2 3 4 5 ve bir patoloji çalışmasında olması gereken minimum değişkenlerin tanımlaması 6 7 bu standardizasyonun genele de yaygınlaşacağını gösteriyor.\nFigure from Statistical Literacy Among Academic Pathologists: A Survey Study to Gauge Knowledge of Frequently Used Statistical Tests Among Trainees and FacultyFigure from Knijn N, Simmer F, Nagtegaal ID. Recommendations for reporting histopathology studies: a proposal. Virchows Arch. 2015 Jun;466(6):611-5. doi: 10.1007/s00428-015-1762-3. Epub 2015 Apr 7. PMID: 25846513; PMCID: PMC4460276.Figure from Guidelines for reporting histopathology studies Knijn N, Nagtegaal ID Correction Journal of Clinical Pathology 2015;68:173-174.İtiraf etmeli ki bu veri temizleme işi çok vakit alıcı ve bu işi otomatize etmek işimi kolaylaştırıyor. Sadece farklı ülkelerden gelen tarihleri standardize etmenin bile ne kadar önemli olduğunu anlatmama gerek var mı? Bir de son anda eklenen vakalar, verilerde olan güncellemeler, yeni sağkalım bilgileri … Analizlerin de sürekli yenilemesi ve güncellemesi gerekiyor.\nUzun süre point and click software kullandım. Nâm-ı diğer SPSS. Tam onun syntax’ını öğrenmek üzereydirm ki R-project8 ile tanıştım. Ama onda da kendimi rahat hissetmek epey vakit aldı. Arada R-Commander9 işimi kolaylaştırdıysa da, uzun bir süre internetten ve forumlardan kodlar derledim.10\nEn nihayetinde kendi workflow (iş akışı) kodlarımı hazırladım. Bu kodları bir şablon haline getirip GitHub’da kullanmaya başladım.11\nFigure from Histopathology Research TemplateDaha sonra beraber çalıştığım arkadaşlara da kolaylık olsun diye bu kodları shiny ile kullanmak istedim. 12 13 14 15\nShiny web üzerinden paylaşılabilse de bir masaüstü uygulaması şeklinde kullanabilme olanağı 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 çok hoşuma gitti27 ve electron ile bir küçük istatistik programı yazmaya başladım.28\nhttps://github.com/sbalci/clinicopathologicalBuradaki en büyük sorunum ise verileri sisteme aktarmak (import) oldu.\nBunda oldukça zorlanınca veriyi aktarma, programı kurma gibi sorunlar yerine analiz içeriğine ve R kodlarına odaklanmak için jamovi29 modülleri30 ile ilgilenmeye başladım.\nGeliştiriciler birkaç soruma sabırla cevap verdikten sonra31 32 33 beni slack grubuna aldılar ve modülleri geliştirmemde hep yardımcı oldular 34.\nİlk başta tek bir modül olarak tasarlasam da35 büyüklüğü nedeniyle36 bu modülü alt gruplara bölmek daha uygun oldu:\nTanımlayıcı İstatistikler için: ClinicoPathDescriptives37\nGGStatsPlot’u38 kullanmak için: jjstatsplot39\nSağkalım analizleri için: jsurvival40\nKarar analizleri için: meddecide41\nZaman içinde analizleri tablo olarak paylaşmanın da yeterli olmadığını farkettim. Günlük dille olmasa da makale diliyle bir açıklama yazmak gerekiyordu. Bu gibi özetleri yazan paketlerden de ilham alarak42, tablolardaki değerleri alıp özetleyen kodlar ekledim43.\nŞimdilerde ihtiyaç duydukça ve talepler oldukça44 modülleri güncelliyorum.\n\nhttps://scholar.google.com.tr/citations?user=q40DcqYAAAAJ&hl=en↩︎\n Hokanson JA, Ladoulis CT, Quinn FB Jr, Bienkowski AC. Statistical techniques reported in pathology journals during 1983-1985. Implications for pathology educators. Arch Pathol Lab Med. 1987 Feb;111(2):202-7. PMID: 3813838. ↩︎\n Statistical Literacy Among Academic Pathologists: A Survey Study to Gauge Knowledge of Frequently Used Statistical Tests Among Trainees and Faculty ↩︎\n Cuff, Justin MD; Higgins, John P.T. MD Statistical Analysis of Surgical Pathology Data Using the R Program, Advances In Anatomic Pathology: May 2012 - Volume 19 - Issue 3 - p 131-139 doi: 10.1097/PAP.0b013e318254d842 ↩︎\n Bahar B, Pambuccian SE, Barkan GA, Akdas Y. The Use and Misuse of Statistical Methods in Cytopathology Studies: Review of 6 Journals. Lab Med. 2019 Jan 1;50(1):8-15. doi: 10.1093/labmed/lmy036. PMID: 30020520. ↩︎\n Knijn N, Simmer F, Nagtegaal ID. Recommendations for reporting histopathology studies: a proposal. Virchows Arch. 2015 Jun;466(6):611-5. doi: 10.1007/s00428-015-1762-3. Epub 2015 Apr 7. PMID: 25846513; PMCID: PMC4460276. ↩︎\n Guidelines for reporting histopathology studies Knijn N, Nagtegaal ID Correction Journal of Clinical Pathology 2015;68:173-174. ↩︎\nhttps://www.r-project.org/↩︎\nhttps://socialsciences.mcmaster.ca/jfox/Misc/Rcmdr/↩︎\nhttps://github.com/sbalci/MyRCodesForDataAnalysis↩︎\nhttps://www.serdarbalci.com/histopathology-template/↩︎\nhttps://serdarbalci.shinyapps.io/histopathR/↩︎\nhttps://hub.docker.com/r/serdarbalci/clinicopathological↩︎\nhttps://twitter.com/serdarbalci/status/1197849208302252032↩︎\nhttps://mybinder.org/v2/gh/sbalci/histopathology-template/master?urlpath=rstudio↩︎\nhttps://www.travishinkelman.com/deploy-shiny-electron/↩︎\nhttps://github.com/dirkschumacher/r-shiny-electron/↩︎\nhttps://foretodata.com/how-to-make-a-standalone-desktop-application-with-shiny-and-electron-on-windows/↩︎\nhttps://chasemc.github.io/electricShine/↩︎\nhttps://www.r-bloggers.com/2014/04/deploying-desktop-apps-with-r/↩︎\nhttp://blog.analytixware.com/2014/03/packaging-your-shiny-app-as-windows.html↩︎\nhttps://github.com/ColumbusCollaboratory/electron-quick-start↩︎\nhttps://github.com/ColumbusCollaboratory/photon↩︎\nhttps://www.travishinkelman.com/deploy-shiny-electron/↩︎\nhttps://github.com/wleepang/DesktopDeployR↩︎\nhttps://www.youtube.com/watch?v=ARrbbviGvjc↩︎\nhttps://twitter.com/serdarbalci/status/1198348640294711296↩︎\nhttps://github.com/sbalci/clinicopathological↩︎\nhttps://www.jamovi.org/↩︎\nhttps://www.jamovi.org/library.html↩︎\nhttps://github.com/jamovi/jamovi/issues↩︎\nhttps://forum.jamovi.org/↩︎\nhttps://dev.jamovi.org/↩︎\nhttps://www.jamovi.org/about.html↩︎\nhttps://github.com/sbalci/ClinicoPathJamoviModule↩︎\nPaketlerdeki hazır kodları kullandığım için -ve R paketlerini kurarken tüm bağımlı paketleri de kurmak zorunda olduğumuz için- modüller epey büyük boyutta.↩︎\nhttps://github.com/sbalci/ClinicoPathDescriptives/↩︎\nhttps://indrajeetpatil.github.io/ggstatsplot/↩︎\nhttps://github.com/sbalci/jjstatsplot↩︎\nhttps://github.com/sbalci/jsurvival↩︎\nhttps://github.com/sbalci/meddecide/↩︎\nhttps://github.com/easystats/report/↩︎\nhttps://github.com/sbalci/ClinicoPathJamoviModule/blob/master/R/summarydata.b.R#L103↩︎\nhttps://github.com/sbalci/ClinicoPathJamoviModule/issues↩︎\n",
"preview": {},
- "last_modified": "2024-12-01T20:31:15+03:00",
+ "last_modified": "2024-12-07T23:07:58+03:00",
"input_file": {}
},
{
@@ -269,7 +269,7 @@
],
"contents": "\nUpdate on 9 July 2022:\nNow GitHub has star collections, and it is easier:\nhttps://github.com/sbalci?tab=stars\nI use GitHub’s\norganizations as a means to collect repositories. Please let me know\nif you have recommendations to add.\nCurrently these are my organizations:\nOrganization\nContent\nClinicoPath\nRepositories used for ClinicoPath jamovi module\nPBPath\nPancreatobiliary Pathology Society\nPathologyWeb\nInformation Technologies for the Practice of Pathology\nbibliometrics\nCollection of Repositories Related to Bibliometrics, Bibliography,\nKnowledge Extraction and Text Mining\nbiostatistical\nBiostatistics Repositories\ndataeducation\nCollection of Data Analysis Education Repositories\ngenomicanalysis\nGene Analysis\nhistopathology\nCollection of Repositories related to Histopathology and Image\nAnalysis\njournalwatch\nRepositories for Pathology Journal Watch\nknowledgeextraction\nKnowledge Discovery and Extraction from Text Data and Social\nMedia\nseeranalysis\nRepositories and Codes for SEER Analysis\nstatisticial-modelling-center\nModel İstatistik Merkezi (Statistical Modelling Center)\n\n\n\n",
"preview": {},
- "last_modified": "2024-12-01T20:31:15+03:00",
+ "last_modified": "2024-12-07T23:07:58+03:00",
"input_file": {}
}
]
diff --git a/public/search.json b/public/search.json
index 0e41a18..ef77acd 100644
--- a/public/search.json
+++ b/public/search.json
@@ -4,41 +4,41 @@
"path": "404.html",
"author": [],
"contents": "\nThe page is not found. Please visit main page or send an email to ask what you were looking for.\n\n\n\nSerdar BalcıTürk Hekim ve Araştırmacı. Patoloji Uzmanı.\n2005 yılında Hacettepe Üniversitesi Tıp (İng) Fakültesi’nden mezun oldu. Aynı yıl patoloji asistanlığına başladı. 2010 yılında patoloji uzmanı oldu. 2009 ve 2013-2014 arasında ABD’de Emory Üniversitesi’nde pankreatobilier sistem tümörleri üzerinde araştırmalar yaptı. Katıldığı çalışmalar ışığında tümör sınıflama ve kılavuzlarında güncellemeler oldu. 2016 yılında doçent oldu.\nİlgi alanları arasında tümör sınıflandırılması, tümör evrelemesi, patolojide kalite kontrol uygulamaları, anatomik patolojide istatistik uygulamaları ve R-project yer almaktadır.\n",
- "last_modified": "2024-12-01T20:34:05+03:00"
+ "last_modified": "2024-12-07T23:11:17+03:00"
},
{
"path": "BlogPosts.html",
"title": "Blog Posts",
"author": [],
"contents": "\n\n\n\n",
- "last_modified": "2024-12-01T20:34:05+03:00"
+ "last_modified": "2024-12-07T23:11:17+03:00"
},
{
"path": "bussiness-card1.html",
"author": [],
"contents": "\n \n \n \n \n +90\n533-447-2096\n serdar.balci@memorial.com.tr\n https://www.memorial.com.tr/doktorlar/serdar-balci-k\n @MemorialSaglik\n \n \n Serdar Balci\n MD, Pathologist, Assoc.Prof of\nPathology\n \n \n \n \n \n \n \n \n \n \n \n \n \n \n \n\n ",
- "last_modified": "2024-12-01T20:34:06+03:00"
+ "last_modified": "2024-12-07T23:11:17+03:00"
},
{
"path": "index.html",
"title": "Serdar Balci, MD, Pathologist",
"author": [],
"contents": "\n\n\n\n\n\n",
- "last_modified": "2024-12-01T20:34:06+03:00"
+ "last_modified": "2024-12-07T23:11:18+03:00"
},
{
"path": "posts_RStats.html",
"title": "RStats Posts",
"author": [],
"contents": "\n\n\n\n",
- "last_modified": "2024-12-01T20:34:06+03:00"
+ "last_modified": "2024-12-07T23:11:18+03:00"
},
{
"path": "Serdar-Balci-MD-Pathologist-CV.html",
"title": "Serdar Balci, MD, Pathologist, CV",
"author": [],
"contents": "\n\nContents\nBiyografi\nBiography\nGenel Uğraşılar\nMotto yahut Şiar\nGüncel Uğraşılar\nLinkler\nEğitim\nYayınlar\nYayın Listeleri\nAtıflar\nUluslararası Yayınlar\nAraştırma Makaleleri\nDerlemeler\nVaka serileri, vaka raporları ve editöre mektuplar\n\nTürkiye dergilerinde yer alan yayınlar\nAraştırma Makaleleri\nDerlemeler\nVaka raporları ve vaka serileri\n\nSözlü Bildiriler\nUluslararası kongrelerdeki sözel bildiriler\nYurtiçi kongrelerdeki sözel bildiriler\n\nPosters\nUluslararası kongrelerdeki poster sunumları\nYurtiçi kongrelerdeki poster sunumları\n\nUzmanlık tezi\nKitap Bölümleri\nÇeviriler\nBölüm Çevirisi\n\n\nKonuşmalar ve Sunumlar\nYönettiği Tezler\nAraştırma Projeleri\nDiğer Akademik Aktiviteler\nBurslar\nSınavlar\nKurslar ve Diğer Eğitimler\nÇalışma Hayatı\nDernek ve Çalışma Grupları\nKatkılar\nAcknowledgments\n\n\n\nBiyografi\nSerdar BalcıTürk Hekim ve Araştırmacı. Patoloji Uzmanı.\n2005 yılında Hacettepe Üniversitesi Tıp (İng) Fakültesi’nden mezun oldu. Aynı yıl patoloji asistanlığına başladı. 2010 yılında patoloji uzmanı oldu. 2009 ve 2013-2014 arasında ABD’de Emory Üniversitesi’nde pankreatobilier sistem tümörleri üzerinde araştırmalar yaptı. Katıldığı çalışmalar ışığında tümör sınıflama ve kılavuzlarında güncellemeler oldu. 2016 yılında doçent oldu.\nİlgi alanları arasında tümör sınıflandırılması, tümör evrelemesi, patolojide kalite kontrol uygulamaları, anatomik patolojide istatistik uygulamaları ve R-project yer almaktadır.\nHalen serbest akademik danışman olarak araştırmalarına devam etmektedir.\n\n\n\nBiography\nI am a Medical Doctor and Pathologist. I graduated from Hacettepe University Faculty of Medicine, Ankara, Turkey, the top medical institution in Turkey. I completed my pathology residency in the Department of Pathology in Hacettepe and then worked at Emory University, Atlanta, GA, USA as a research scholar, and had the opportunity to participate in numerous studies. Since I have always been interested in research, I took statistics and introductory bioinformatics courses at Hacettepe University Biostatistics Department.\n\n\n\nI have more than 50 articles published in peer-reviewed journals. I have participated in many international studies. For these studies, I have not only participated as a pathologist but was also actively involved in project planning and I have been the main person responsible for data preparation, data cleaning, data analyses, and reporting. I have experience in bibliography programs and image editing software. I have also used SEER data for cancer research.\nI am interested in the application of statistical and bioinformatic methods in anatomic and digital pathology. I am also interested in publication metrics and have done some research on bibliometrics. I am using vosviewer and citespace for side projects, and used PubMed data for bibliography and text mining studies.\nI have reviewed research papers as you can see on my Publons profile.\nCurrently, I am on the website committee of Pancreatobiliary Pathology Society and I am actively preparing the Journal Watch for this society.\n\n\nGenel Uğraşılar\nGenel Uğraşılarım\nGastrointestinal ve Pankreatobilier Patoloji\nAnatomik patolojide istatistik ve biyoinformatik yöntemlerin uygulanması\nDijital patoloji\nPatolojide kalite kontrol\nMotto yahut Şiar\nEşyanın isimleri bize Dede mirasıdır. (2/31)\nIn God we trust. All others must bring data.\nIn GOTT vertrauen wir, alle anderen müssen Daten bringen.\nHakkı hak bilip hakka ittiba, bâtılı bâtıl bilip bâtıldan ictinâb.\nData driven ethical decision making.\nGüncel Uğraşılar\nPatoloji Atlası\n\n\nBibliographic Çalışmalar\nClinicoPath Jamovi Module\nOpen Knowledge Maps\nhttps://openknowledgemaps.org/news#enthusiasts2020\nhttps://openknowledgemaps.org/community\n\n\nWe are happy to announce our 2020 enthusiasts 😃 Please welcome with us: Nancy Kwangwa, Daniel Deogratus, Paloma Marín Arraiza, Hamdan Hidayat & Serdar Balci!In light of COVID-19, we extended the program's time frame and added more support for webinars: https://t.co/111bH4AbRf pic.twitter.com/dk3e3DcEBJ\n\n— Open Knowledge Maps (@OK_Maps) April 21, 2020\n\nLinkler\nhttps://www.serdarbalci.com/\nhttps://www.facebook.com/serdarbalcimd\nhttps://www.facebook.com/serdarbalcimdpathologist/\nhttps://www.instagram.com/balciserdar/\nhttps://www.linkedin.com/in/serdar-balci-md-pathologist/\nhttps://twitter.com/serdarbalci\nMastodon\nhttps://github.com/sbalci\nhttps://www.parapathology.com\nhttps://www.patolojinotlari.com\nhttps://www.patolojiai.com/\nhttps://www.memorial.com.tr/doktorlar/serdar-balci-k\nEğitim\nÖğrenim Dönemi\nDerece\nÜniversite\nÖğretim Alanı\n1998-2005\nLisans\nHacettepe Üniversitesi Tıp (İngilizce) Fakültesi\nTıp Doktorluğu\n2005-2010\nTıbbi Patoloji Uzmanı\nHacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Patoloji Anabilim Dalı\nTıbbi Patoloji Uzmanlığı\n2010-2011\nÖzel Öğrenci\nHacettepe Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü\nTıp Fakültesi Biyoistatistik Anabilim Dalı\nYayınlar\nYayın Listeleri\nCV, Özgeçmiş\nGoogleScholar\nResearcherID: B-6401-2011\nPublons\nPubMed My Bibliography\nPubMed My BibliographyPubMed My Bibliography\nORCID\norcid.org/0000-0002-7852-3851\nResearchGate\n\nScopus\nLoop\nEurope PMC\nSemantic Scholar\nLens Scholar\nopenknowledgemaps\nAtıflar\nImpact Story\nGoogle Scholar\nPublons\nResearcherID\nUluslararası Yayınlar\nAraştırma Makaleleri\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nSWI/SNF Complex-Deficient Undifferentiated Carcinoma of the Pancreas: Clinicopathologic and Genomic Analysis.\nMod Pathol. 2024 Nov;37(11):100585.\ndoi: 10.1016/j.modpat.2024.100585.\nEpub 2024 Jul 31. PMID: 39094734; PMCID: PMC11585460.\nYavas A, Ozcan K, Adsay NV, Balci S, Tarcan ZC, Hechtman JF, Luchini C, Scarpa A, Lawlor RT, Mafficini A, Reid MD, Xue Y, Yang Z, Haye K, Bellizzi AM, Vanoli A, Benhamida J, Balachandran V, Jarnagin W, Park W, O’Reilly EM, Klimstra DS, Basturk O.\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nASO Visual Abstract: Comparison of Ampullary and Pancreatic Adenocarcinomas-Smaller Invasion, Common Adenomatous Components, Resectability, and Histology are Factors for Improved Survival for Patients with Ampullary Adenocarcinoma.\nMemis B, Saka B, Pehlivanoglu B, Kim G, Balci S, Tajiri T, Ohike N, Bagci P, Akar KE, Muraki T, Jang KT, Maithel SK, Sarmiento J, Kooby DA, Esmer R, Tarcan ZC, Goodman M, Xue Y, Krasinskas A, Reid M, Basturk O, Adsay V.\nAnn Surg Oncol. 2024 Nov 16;.\ndoi: 10.1245/s10434-024-16449-5. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 39550484.\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nMemis B, Saka B, Pehlivanoglu B, Kim G, Balci S, Tajiri T, Ohike N, Bagci P, Akar KE, Muraki T, Jang KT, Maithel SK, Sarmiento J, Kooby DA, Esmer R, Tarcan ZC, Goodman M, Xue Y, Krasinskas A, Reid M, Basturk O, Adsay V. Comparison of Ampullary and Pancreatic Adenocarcinomas: Smaller Invasion, Common Adenomatous Components, Resectability, and Histology are Factors for Improved Survival for Patients with Ampullary Adenocarcinoma. Ann Surg Oncol. 2024 Oct 14;. doi: 10.1245/s10434-024-16355-w. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 39402320.\nEren OC, Bagci P, Balci S, Ohike N, Saka B, Sokmensuer C, Leblebici CB, Xue Y, Reid MD, Krasinskas AM, Kooby D, Maithel SK, Sarmiento J, Cheng JD, Taskin OC, Kapran Y, Tarcan ZC, Luchini C, Scarpa A, Basturk O, Adsay NV. Subgrading of G2 Pancreatic Neuroendocrine Tumors as 2A (Ki67 3% to < 10%) Versus 2B (10% to ≤ 20%) Identifies Behaviorally Distinct Subsets in Keeping with the Evolving Management Protocols. Ann Surg Oncol. 2024 Oct;31(10):7001-7011. doi: 10.1245/s10434-024-15632-y. Epub 2024 Jul 2. PubMed PMID: 38955993; PubMed Central PMCID: PMC11413052.\nEren OC, Bagci P, Balci S, Ohike N, Saka B, Sokmensuer C, Leblebici CB, Xue Y, Reid MD, Krasinskas AM, Kooby D, Maithel SK, Sarmiento J, Cheng JD, Taskin OC, Kapran Y, Tarcan Z, Luchini C, Scarpa A, Basturk O, Adsay NV. ASO Author Reflections: Prognostic Value of Subgrading G2 Pancreatic Neuroendocrine Tumors as 2A versus 2B. Ann Surg Oncol. 2024 Oct;31(10):7068-7069. doi: 10.1245/s10434-024-15728-5. Epub 2024 Jul 11. PubMed PMID: 38990222.\nTarcan ZC, Esmer R, Akar KE, Bagci P, Bozkurtlar E, Saka B, Armutlu A, Sahin Ozkan H, Ozcan K, Taskin OC, Kapran Y, Aydin Mericoz C, Balci S, Yilmaz S, Cengiz D, Gurses B, Alper E, Tellioglu G, Bozkurt E, Bilge O, Cheng JD, Basturk O, Adsay NV. Intra-ampullary Papillary Tubular Neoplasm (IAPN): Clinicopathologic Analysis of 72 Cases Highlights the Distinctive Characteristics of a Poorly Recognized Entity. Am J Surg Pathol. 2024 Sep 1;48(9):1093-1107. doi: 10.1097/PAS.0000000000002275. Epub 2024 Jul 18. PubMed PMID: 38938087.\nPehlivanoglu B, Araya JC, Lawrence S, Roa JC, Balci S, Andersen JB, Rashid A, Hsing AW, Zhu B, Gao YT, Koshiol J, Adsay V. TPPP-BRD9 fusion-related gallbladder carcinomas are frequently associated with intracholecystic neoplasia, neuroendocrine carcinoma, and a distinctive small tubular-type adenocarcinoma commonly accompanied with a syringomatous pattern. Hum Pathol. 2024 Aug;150:67-73. doi: 10.1016/j.humpath.2024.07.001. Epub 2024 Jul 5. PubMed PMID: 38972607.\nDursun N, Memis B, Pehlivanoglu B, Taskin OC, Okcu O, Akkas G, Bagci P, Balci S, Saka B, Araya JC, Bellolio E, Roa JC, Jang KT, Losada H, Maithel SK, Sarmiento J, Reid MD, Jang JY, Cheng JD, Basturk O, Koshiol J, Adsay NV. Adenomyomas of the Gallbladder: An Analysis of Frequency, Clinicopathologic Associations, and Relationship to Carcinoma of a Malformative Lesion. Arch Pathol Lab Med. 2024 Feb 1;148(2):206-214. doi: 10.5858/arpa.2022-0379-OA. PubMed PMID: 37134225.\nSahin SI, Balci S, Guler G, Altundag K. Clinicopathological analysis of 38 male patients diagnosed with breast cancer. Breast Dis. 2024;43(1):1-8. doi: 10.3233/BD-230050. PubMed PMID: 38363600; PubMed Central PMCID: PMC10894578.\nWang T, Askan G, Ozcan K, Rana S, Zehir A, Bhanot UK, Yantiss RK, Rao DS, Wahl SJ, Bagci P, Balci S, Balachandran V, Jarnagin WR, Adsay NV, Klimstra DS, Basturk O. Tumoral Intraductal Neoplasms of the Bile Ducts Comprise Morphologically and Genetically Distinct Entities. Arch Pathol Lab Med. 2023 Dec 1;147(12):1390-1401. doi: 10.5858/arpa.2022-0343-OA. PubMed PMID: 36821179.\nPehlivanoglu B, Akkas G, Memis B, Basturk O, Reid MD, Saka B, Dursun N, Bagci P, Balci S, Sarmiento J, Maithel SK, Bandyopadhyay S, Escalona OT, Araya JC, Losada H, Goodman M, Knight JH, Roa JC, Adsay V. Reappraisal of T1b gallbladder cancer (GBC): clinicopathologic analysis of 473 in situ and invasive GBCs and critical review of the literature highlights its rarity, and that it has a very good prognosis. Virchows Arch. 2023 Feb;482(2):311-323. doi: 10.1007/s00428-022-03482-6. Epub 2022 Dec 29. Review. PubMed PMID: 36580138.\nMedullary Carcinoma of the Ampulla Has Distinct Clinicopathologic Characteristics Including Common Association with Microsatellite Instability and PD-L1 Expression. Hum Pathol. 2022 Dec 8:S0046-8177(22)00282-9. doi: 10.1016/j.humpath.2022.12.004. Epub ahead of print. PMID: 36502926.\nXue Y, Balci S, Pehlivanoglu B, Muraki T, Memis B, Saka B, Kim G, Bandopadhyay S, Knight J, El-Rayes B, Kooby D, Maithel SK, Sarmiento J, Basturk O, Reid MD, Adsay V.\nHepatic Cysts: Reappraisal of the Classification, Terminology, Differential Diagnosis, and Clinicopathologic Characteristics in 258 Cases. Am J Surg Pathol. 2022 Jul 4. doi: 10.1097/PAS.0000000000001930. Epub ahead of print. PMID: 35778790.\nArmutlu A, Quigley B, Choi H, Basturk O, Akkas G, Pehlivanoglu B, Memis B, Jang KT, Erkan M, Erkan B, Balci S, Saka B, Bagci P, Farris AB, Kooby DA, Martin D, Kalb B, Maithel SK, Sarmiento J, Reid MD, Adsay NV.\nInfiltration pattern predicts metastasis and progression better than the T-stage and grade in pancreatic neuroendocrine tumors: a proposal for a novel infiltration-based morphologic grading. Mod Pathol. 2022 Jun;35(6):777-785. doi: 10.1038/s41379-021-00995-4. Epub 2021 Dec 30. PMID: 34969955.\nTaskin OC, Reid MD, Bagci P, Balci S, Armutlu A, Demirtas D, Pehlivanoglu B, Saka B, Memis B, Bozkurtlar E, Leblebici CB, Birceanu A, Xue Y, Erkan M, Kapran Y, Baygul A, Sokmensuer C, Scarpa A, Luchini C, Basturk O, Adsay V.\nTaskin OC, Bellolio E, Dursun N, Seven IE, Roa JC, Araya JC, Villaseca M, Tapia O, Vance C, Saka B, Balci S, Bagci P, Losada H, Sarmiento J, Memis B, Pehlivanoğlu B, Basturk O, Reid MD, Koshiol J, Cheng JD, Kapran Y, Adsay V. Non-neoplastic Polyps of the Gallbladder: A Clinicopathologic Analysis of 447 Cases. Am J Surg Pathol. 2020 Apr;44(4):467-476. doi: 10.1097/PAS.0000000000001405. PubMed PMID: 31725469; PubMed Central PMCID: PMC8693758.\nT2 gallbladder cancer shows substantial survival variation between continents and this is not due to histopathologic criteria or pathologic sampling differences.Virchows Arch. 2021 Jan 7.\nDeSimone MS, Goodman M, Pehlivanoglu B, Memis B, Balci S, Roa JC, Jang KT, Jang JY, Hong SM, Lee K, Kim H, Choi HJ, Muraki T, Araya JC, Bellolio E, Sarmiento JM, Maithel SK, Losada HF, Basturk O, Reid MD, Koshiol J, Adsay V.\ndoi: 10.1007/s00428-020-02968-5PMID: 33411027SemanticSciteConnections\nGallbladder polyps: Correlation of size and clinicopathologic characteristics based on updated definitions.PLoS One. 2020 Sep 11;15(9):e0237979.\nTaskin OC, Basturk O, Reid MD, Dursun N, Bagci P, Saka B, Balci S, Memis B, Bellolio E, Araya JC, Roa JC, Tapia O, Losada H, Sarmiento J, Jang KT, Jang JY, Pehlivanoglu B, Erkan M, Adsay V.\ndoi: 10.1371/journal.pone.0237979PMID: 32915805PMCID: PMC7485812SemanticSciteConnectionsTaskin OC, Basturk O, Reid MD, Dursun N, Bagci P, Saka B, Balci S, Memis B, Bellolio E, Araya JC, Roa JC, Tapia O, Losada H, Sarmiento J, Jang KT, Jang JY, Pehlivanoglu B, Erkan M, Adsay V. Correction: Gallbladder polyps: Correlation of size and clinicopathologic characteristics based on updated definitions. PLoS One. 2024;19(7):e0306997. doi: 10.1371/journal.pone.0306997. eCollection 2024. PubMed PMID: 38968267; PubMed Central PMCID: PMC11226048.\nFrequency and clinicopathologic associations of DNA mismatch repair protein deficiency in ampullary carcinoma: Routine testing is indicated.\nCancer. 2020 Aug 28.\nXue Y, Balci S, Aydin Mericoz C, Taskin OC, Jiang H, Pehlivanoglu B, Muraki T, Memis B, Saka B, Kim GE, Bandopadhyay S, Knight J, El-Rayes BF, Sarmiento J, Reid MD, Erkan M, Basturk O, Adsay V.\ndoi: 10.1002/cncr.33135PMID: 32857459SemanticSciteConnections\nIntracholecystic tubular non-mucinous neoplasm (ICTN) of the gallbladder: a clinicopathologically distinct, invasion-resistant entity.\nVirchows Arch. 2020 Jul 20.\nPehlivanoglu B, Balci S, Basturk O, Bagci P, Erbarut Seven I, Memis B, Dursun N, Jang KT, Saka B, Ohike N, Tajiri T, Roa JC, Sarmiento JM, Reid MD, Adsay V.\ndoi: 10.1007/s00428-020-02877-7\nPMID: 32691142\n\n\n\n\nSemantic\nScite\n\nFollicular Cholecystitis: Reappraisal of Incidence, Definition, and Clinicopathologic Associations in an Analysis of 2550 Cholecystectomies.\nInt J Surg Pathol. 2020 May 18:1066896920924079.\nSaka B, Memis B, Seven IE, Pehlivanoglu B, Balci S, Bagci P, Reid M, Dursun N, Escalano OT, Roa JC, Araya JC, Kong SY, Basturk O, Koshiol J, Adsay NV.\n\ndoi: 10.1177/1066896920924079. PMID: 32423360.\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nNon-neoplastic Polyps of the Gallbladder: A Clinicopathologic Analysis of 447 Cases.\nAm J Surg Pathol. 2019 Nov 12.\nTaskin OC, Bellolio E, Dursun N, Seven IE, Roa JC, Araya JC, Villaseca M, Tapia O, Vance C, Saka B, Balci S, Bagci P, Losada H, Sarmiento J, Memis B, Pehlivanoğlu B, Basturk O, Reid MD, Koshiol J, Cheng JD, Kapran Y, Adsay V.\n\ndoi: 10.1097/PAS.0000000000001405.\nPubMed PMID: 31725469.\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nPoorly Cohesive (Signet Ring Cell) Carcinoma of the Ampulla of Vater. Int J Surg Pathol. 2019 Oct 15;:1066896919880968.\nTuncel D, Basturk O, Bradley KT, Kim GE, Xue Y, Reid MD, Balci S, Erbarut I, Adsay V.\n\ndoi: 10.1177/1066896919880968\nPMID: 31612756\nhttps://journals.sagepub.com/doi/abs/10.1177/1066896919880968\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nSarcomatoid carcinomas of the gallbladder: clinicopathologic characteristics.\nVirchows Arch. 2019 Jun 8\nTaskin OC, Akkas G, Memis B, Seven IE, Basturk O, Jang KT, Roa JC, Araya JC, Bellolio E, Losada H, Sarmiento J, Balci S, Pehlivanoglu B, Reid MD, Koshiol J, Adsay V.\n\ndoi: 10.1007/s00428-019-02583-z.\nPMID: 31177317\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nRole of calcium-sensing receptor, Galectin-3, Cyclin D1, and Ki-67 immunohistochemistry to favor in the diagnosis of parathyroid carcinoma.\nSungu N, Dogan H, Kilicarslan A, Kilic M, Polat S, Tokac M, Akbaba S, Parlak Omer, Balci S, Ogut B, Cakir B.\nIndian Journal of Pathology and Microbiology 2018, 61:22-26\ndoi: 10.4103/ijpm.ijpm_85_17\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nA FISH assay efficiently screens for BRAF gene rearrangements in pancreatic acinar-type neoplasms.\nWang L, Basturk O, Wang J, Benayed R, Middha S, Zehir A, Linkov I, Rao M, Aryeequaye R, Cao L, Chmielecki J, Ross J, Stephens PJ, Adsay V, Askan G, Balci S, Klimstra DS\nMod Pathol. 2018 Jan;31(1):132-140.\nhttps://api.semanticscholar.org/10.1038/modpathol.2017.106?include_unknown_references=true)\nhttps://www.connectedpapers.com/main/b082e8216300b4a314d7601697cde755e34b409c/A-FISH-assay-efficiently-screens-for-BRAF-gene-rearrangements-in-pancreatic-acinartype-neoplasms/graph\ndoi: 10.1038/modpathol.2017.106\nPMID: 28884748\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nPancreatic intraductal tubulopapillary neoplasm is genetically distinct from intraductal papillary mucinous neoplasm and ductal adenocarcinoma.\nBasturk O, Berger MF, Yamaguchi H, Adsay V, Askan G, Bhanot UK, Zehir A, Carneiro F, Hong SM, Zamboni G, Dikoglu E, Jobanputra V, Wrzeszczynski KO, Balci S, Allen P, Ikari N, Takeuchi S, Akagawa H, Kanno A, Shimosegawa T, Morikawa T, Motoi F, Unno M, Higuchi R, Yamamoto M, Shimizu K, Furukawa T, Klimstra DS\nMod Pathol. 2017 Aug 4\ndoi: 10.1038/modpathol.2017.60\nPMID: 28776573\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nImmunohistochemical Classification of Ampullary Carcinomas: Critical Reappraisal Fails to Confirm Prognostic Relevance for Recently Proposed Panels, and Highlights MUC5AC as a Strong Prognosticator.\nXue Y, Reid MD, Balci S, Quigley B, Muraki T, Memis B, Xia J, Hacihasanoglu E, Bedolla G, Pehlivanoglu B, Kim GE, Tajiri T, Ohike N, Aneja R, Krasinskas AM, Adsay V\nAm J Surg Pathol. 2017 Jul;41(7):865-876.\ndoi: 10.1097/PAS.0000000000000863\nPMID: 28505002\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1097/PAS.0000000000000863\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBasturk O, Adsay V, Askan G, Dhall D, Zamboni G, Shimizu M, Cymes K, Carneiro F, Balci S, Sigel C, Reid MD, Esposito I, Baldaia H, Allen P, Klöppel G, Klimstra DS. Intraductal Tubulopapillary Neoplasm of the Pancreas: A Clinicopathologic and Immunohistochemical Analysis of 33 Cases. Am J Surg Pathol. 2016 Dec 14.\nPMID: 27984235 DOI: 10.1097/PAS.0000000000000782\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1038/MODPATHOL.2017.60\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nXue Y, Vanoli A, Balci S, Reid MM, Saka B, Bagci P, Memis B, Choi H, Ohike N, Tajiri T, Muraki T, Quigley B, El-Rayes BF, Shaib W, Kooby D, Sarmiento J, Maithel SK, Knight JH, Goodman M, Krasinskas AM, Adsay V. Non-ampullary-duodenal carcinomas: clinicopathologic analysis of 47 cases and comparison with ampullary and pancreatic adenocarcinomas. Mod Pathol. 2016 Oct 14.\ndoi: 10.1038/modpathol.2016.174. PMID: 27739441\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1038/MODPATHOL.2016.174\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nYazgan A, Balci S, Dincer N, Ersoy PE, Tuzun D, Ersoy R, Cigdem I, Bekir C, Guler G. Thyroid FNAC containing hürthle cells and hürthle-like cells: A study of 128 cases. Journal of Cytology, 2016, 33(4), 214.\ndoi: 10.4103/0970-9371.190447\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBasturk O, Chung SM, Hruban RH, Adsay NV, Askan G, Iacobuzio-Donahue C, Balci S, Zee SY, Memis B, Shia J, Klimstra DS. Distinct pathways of pathogenesis of intraductal oncocytic papillary neoplasms and intraductal papillary mucinous neoplasms of the pancreas. Virchows Arch. 2016 Sep 3.\nPMID: 27591765 DOI: 10.1007/s00428-016-2014-x\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1007/S00428-016-2014-X\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nReid MD, Balci S, Ohike N, Xue Y, Kim GE, Tajiri T, Memis B, Coban I, Dolgun A, Krasinskas AM, Basturk O, Kooby DA, Sarmiento JM, Maithel SK, El-Rayes BF, Adsay V. Ampullary carcinoma is often of mixed or hybrid histologic type: an analysis of reproducibility and clinical relevance of classification as pancreatobiliary versus intestinal in 232 cases. Mod Pathol. 2016 Sep 2.\nPMID: 27586202 DOI: 10.1038/modpathol.2016.124\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1038/MODPATHOL.2016.124\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nSungu N, Yavuz S, Marali S, Balci S, Kilicarslan A, Altunkaya C, Dogan HT, Güler G. (2016), Skin Punch Biopsy Sectioning: Before or After Tissue Processing?. J Cutan Pathol. Accepted Author Manuscript. doi:10.1111/cup.12790 PMID: 27513982\n\n\n\nGonzalez RS, Bagci P, Basturk O, Reid MD, Balci S, Knight JH, Kong SY, Memis B, Jang KT, Ohike N, Tajiri T, Bandyopadhyay S, Krasinskas AM, Kim GE1, Cheng JD, Adsay NV. Intrapancreatic distal common bile duct carcinoma: Analysis, staging considerations, and comparison with pancreatic ductal and ampullary adenocarcinomas. Mod Pathol. 2016 Jul 29. doi: 10.1038/modpathol.2016.125. PMID: 27469329\n\n\n\nAdenocarcinoma ex-goblet cell carcinoid (appendiceal-type crypt cell adenocarcinoma) is a morphologically distinct entity with highly aggressive behavior and frequent association with peritoneal/intra-abdominal dissemination: an analysis of 77 cases. Reid MD, Basturk O, Shaib WL, Xue Y, Balci S, Choi HJ, Akkas G, Memis B, Robinson BS, El-Rayes BF, Staley CA, Staley CA, Winer JH, Russell MC, Knight JH, Goodman M, Krasinskas AM, Adsay V. Mod Pathol. 2016 Jun 24. doi: 10.1038/modpathol.2016.105. PMID: 27338636\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1038/MODPATHOL.2016.105\nYazgan A, Yıldırım N, Gözalan A, Gümüştaş S, Kılıçarslan A, Balci S, Aydın C, Ersoy R, Cakir B, Güler G. The Correlation of Sodium Iodide Symporter and BRAF V600E Mutation in Classical Variant Papillary Thyroid Carcinoma. Ann Diagn Pathol. 2016 Jun;22:58-62. PMID: 27180062 doi: 10.1016/j.anndiagpath.2016.04.002\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1016/J.ANNDIAGPATH.2016.04.002\nIrkkan C, Balci S, Güler Tezel G, Akinci B, Yalcin B, Güler G. Comparison of Clinicopathologic Parameters and Survivals Between Epstein-Barr Virus-positive and Her2-positive Gastric Cancers. Appl Immunohistochem Mol Morphol. 2016 Mar 3. PMID: 26945448 DOI: 10.1097/PAI.0000000000000353\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1097/PAI.0000000000000353\nSaka B, Balci S, Basturk O, Bagci P, Postlewait LM, Maithel S, Knight J, El-Rayes B, Kooby D, Sarmiento J, Muraki T, Oliva I, Bandyopadhyay S, Akkas G, Goodman M, Reid MD, Krasinskas A, Everett R, Adsay V. Pancreatic Ductal Adenocarcinoma is Spread to the Peripancreatic Soft Tissue in the Majority of Resected Cases, Rendering the AJCC T-Stage Protocol (7th Edition) Inapplicable and Insignificant: A Size-Based Staging System (pT1: ≤2, pT2: >2-≤4, pT3: >4 cm) is More Valid and Clinically Relevant. Ann Surg Oncol. 2016 Jan 29. PMID: 26832882 doi:10.1245/s10434-016-5093-7\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1245/S10434-016-5093-7\nFisher KE, Zhang L, Wang J, Smith GH, Newman S, Schneider TM, Pillai RN, Kudchadkar RR, Owonikoko TK, Ramalingam SS, Lawson DH, Delman KA, El-Rayes BF, Wilson MM, Sullivan HC, Morrison AS, Balci S, Adsay NV, Gal AA, Sica GL, Saxe DF, Mann KP, Hill CE, Khuri FR, Rossi MR. Clinical Validation and Implementation of a Targeted Next-Generation Sequencing Assay to Detect Somatic Variants in Non-Small Cell Lung, Melanoma, and Gastrointestinal Malignancies. J Mol Diagn. 2016 Jan 19. pii: S1525-1578(15)00276-7. PMID: 26801070 doi: 10.1016/j.jmoldx.2015.11.006.\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1016/J.JMOLDX.2015.11.006\nBasturk O, Saka B, Balci S, Postlewait LM, Knight J, Goodman M, Kooby D, Sarmiento JM, El-Rayes B, Choi H, Bagci P, Krasinskas A, Quigley B, Reid MD, Akkas G, Maithel SK, Adsay V. Substaging of Lymph Node Status in Resected Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Has Strong Prognostic Correlations: Proposal for a Revised N Classification for TNM Staging. Ann Surg Oncol. 2015 Sep 11. PMID:26362048 doi: 10.1245/s10434-015-4861-0\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1245/S10434-015-4861-0\nTahtaci M, Yurekli OT, Bolat AD, Balci S, Akn FE, Buyukasik NS, Ersoy O. Increased mean platelet volume is related to histologic severity of primary biliary cirrhosis. Eur J Gastroenterol Hepatol. 2015 Aug 25. PMID: 26308712 doi: 10.1097/MEG.0000000000000463.\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1097/MEG.0000000000000463\nKiliçarslan A, Süngü N, Balci S, Canda E, Altinova S, Güler G. The role of collecting bladder wash fluid before biopsy procedure to help the cytological diagnosis of residual tumor. Journal of Cytology, 2015, 32 (2): 85-89 PMID: 26229243 doi: 10.4103/0970-9371.160549.\n\n\n\nSchlitter AM, Jang KT, Klöppel G, Saka B, Hong SM, Choi H, Offerhaus GJ, Hruban RH, Zen Y, Konukiewitz B, Regel I, Allgäuer M, Balci S, Basturk O, Reid MD, Esposito I, Adsay V. Intraductal tubulopapillary neoplasms of the bile ducts: clinicopathologic, immunohistochemical, and molecular analysis of 20 cases. Mod Pathol. 2015 Jun 26. doi: 10.1038/modpathol.2015.61. PMID: 26111977\nSchlitter AM, Jang KT, Klöppel G, Saka B, Hong SM, Choi H, Offerhaus GJ, Hruban RH, Zen Y, Konukiewitz B, Regel I, Allgäuer M, Balci S, Basturk O, Reid MD, Esposito I, Adsay V. Intraductal tubulopapillary neoplasms of the bile ducts: clinicopathologic, immunohistochemical, and molecular analysis of 20 cases. Mod Pathol. 2016 Jan;29(1):93. doi: 10.1038/modpathol.2015.106. PubMed PMID: 26715064.\nSchlitter AM, Jang KT, Klöppel G, Saka B, Hong SM, Choi H, Offerhaus GJ, Hruban RH, Zen Y, Konukiewitz B, Regel I, Allgäuer M, Balci S, Basturk O, Reid MD, Esposito I, Adsay V. Intraductal tubulopapillary neoplasms of the bile ducts: clinicopathologic, immunohistochemical, and molecular analysis of 20 cases. Mod Pathol. 2015 Sep;28(9):1249-64. doi: 10.1038/modpathol.2015.61. Epub 2015 Jun 26. PubMed PMID: 26111977.\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1038/MODPATHOL.2015.61\nSubstaging Nodal Status in Ampullary Carcinomas has Significant Prognostic Value: Proposed Revised Staging Based on an Analysis of 313 Well-Characterized Cases.\nBalci S, Basturk O, Saka B, Bagci P, Postlewait LM, Tajiri T, Jang KT, Ohike N, Kim GE, Krasinskas A, Choi H, Sarmiento JM, Kooby DA, El-Rayes BF, Knight JH, Goodman M, Akkas G, Reid MD, Maithel SK, Adsay V.\nAnn Surg Oncol. 2015 Dec;22(13):4392-401.\ndoi: 10.1245/s10434-015-4499-y.\nPMID: 25783680\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1245/S10434-015-4499-Y\nBasturk O, Yang Z, Tang LH, Hruban RH, Adsay V, McCall CM, Krasinskas AM, Jang KT, Frankel WL, Balci S, Sigel C, Klimstra DS. The High-grade (WHO G3) Pancreatic Neuroendocrine Tumor Category Is Morphologically and Biologically Heterogenous and Includes Both Well Differentiated and Poorly Differentiated Neoplasms. Am J Surg Pathol. 2015 May;39(5):683-90. doi: 10.1097/PAS.0000000000000408. PMID: 25723112\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1097/PAS.0000000000000408\nColbert LE, Fisher SB, Balci S, Saka B, Chen Z, Kim S, El-Rayes BF, Adsay NV, Maithel SK, Landry JC, Curran WJ Jr. High Nuclear Hypoxia-Inducible Factor 1 Alpha Expression Is a Predictor of Distant Recurrence in Patients With Resected Pancreatic Adenocarcinoma. Int J Radiat Oncol Biol Phys. 2015 Mar 1;91(3):631-9. doi: 10.1016/j.ijrobp.2014.11.004.\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1016/J.IJROBP.2014.11.004\nBalci S, Saglam A, Oruckaptan H, Erbas T, Soylemezoglu F. Pituitary adenoma with gangliocytic component: report of 5 cases with focus on immunoprofile of gangliocytic component. Pituitary. 2015 Feb;18(1):23-30. doi: 10.1007/s11102-013-0551-8. PMID: 24430434\n\n\n\nReid MD, Bagci P, Ohike N, Saka B, Erbarut Seven I, Dursun N, Balci S, Gucer H, Jang KT, Tajiri T, Basturk O, Kong SY, Goodman M, Akkas G, Adsay V. Calculation of the Ki67 index in pancreatic neuroendocrine tumors: a comparative analysis of four counting methodologies. Mod Pathol. 2014 Nov 21. doi: 10.1038/modpathol.2014.156. PMID: 25412850\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1038/MODPATHOL.2014.156\nGasparini P, Cascione L, Fassan M, Lovat F, Guler G, Balci S, Irkkan C, Morrison C, Croce CM, Shapiro CL, Huebner K. microRNA expression profiling identifies a four microRNA signature as a novel diagnostic and prognostic biomarker in triple negative breast cancers. Oncotarget. 2014 Mar 15;5(5):1174-84. PMID: 24632568 DOI: 10.18632/oncotarget.1682\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.18632/ONCOTARGET.1682\nGasparini P, Fassan M, Cascione L, Guler G, Balci S, Irkkan C, Paisie C, Lovat F, Morrison C, Zhang J, Scarpa A, Croce CM, Shapiro CL, Huebner K. Androgen receptor status is a prognostic marker in non-basal triple negative breast cancers and determines novel therapeutic options. PLoS One. 2014 Feb 5;9(2):e88525. doi: 10.1371/journal.pone.0088525. eCollection 2014 PMID: 24505496\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1371/JOURNAL.PONE.0088525\nKiliç M, Balci S, Irkkan Ç, Yetişir F, Ebru Salman A, Bilal Ozkardes A, Buluş H, Narci A, Ozaydin I, Guler G. The effect of payment and working system of specialist surgeons on the rate of negative appendectomy in different types of hospitals in Turkey. Chirurgia 2013 April;26(2):115-9\nGuney G, Tezel GG, Kosemehmetoglu K, Yilmaz E, Balci S, Ersoy R, Cakir B, Guler G. Molecular Features of Follicular Variant Papillary Carcinoma of Thyroid: Comparison of Areas With or Without Classical Nuclear Features. Endocr Pathol. 2014 Sep;25(3):241-7. doi: 10.1007/s12022-013-9275-6. PMID: 24277231\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1007/S12022-013-9275-6\nHazer DB, Bal E, Nurlu G, Benli K, Balci S, Öztürk F, Hazer B. In vivo application of poly-3-hydroxyoctanoate as peripheral nerve graft. J Zhejiang Univ Sci B. 2013 Nov;14(11):993-1003. doi: 10.1631/jzus.B1300016. PMID: 24190445\n\n\n\nYazgan A, Balci S, Dincer N, Kiyak G, Tuzun D, Ersoy R, Cakir B, Guler G. Hürthle cell presence alters the distribution and outcome of categories in the Bethesda system for reporting thyroid cytopathology. Cytopathology. 2014 Jun;25(3):185-9. doi: 10.1111/cyt.12093. PMID: 24024935\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1111/CYT.12093\nVaran A, Batu A, Cila A, Soylemezoğlu F, Balci S, Akalan N, Zorlu F, Akyüz C, Kutluk T, Büyükpamukçu M. Optic glioma in children: a retrospective analysis of 101 cases. Am J Clin Oncol. 2013 Jun;36(3):287-92. doi: 10.1097/COC.0b013e3182467efa. PMID: 22547006\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1097/COC.0B013E3182467EFA\nTan S, Ozcan MF, Tezcan F, Balci S, Karaoğlanoğlu M, Huddam B, Arslan H. Real-time elastography for distinguishing angiomyolipoma from renal cell carcinoma: preliminary observations. AJR Am J Roentgenol. 2013 Apr;200(4):W369-75. doi: 10.2214/AJR.12.9139. PMID: 23521480\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.2214/AJR.12.9139\nAltunoğlu A, Erten S, Canoz MB, Yuksel A, Ceylan GG, Balci S, Dogan HT. Phenotype 2 Familial Mediterranean Fever: Evaluation of 22 Case Series and Review of the Literature on Phenotype 2 FMF. Ren Fail. 2013;35(2):226-30. doi: 10.3109/0886022X.2012.745115. PMID:23228227 Epub 2012 Dec 11. pdfplus\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.3109/0886022X.2012.745115\nDincer N, Balci S, Yazgan A, Guney G, Ersoy R, Cakir B, Guler G. Follow-up of atypia and follicular lesions of undetermined significance in thyroid fine needle aspiration cytology. Cytopathology. 2013 Dec;24(6):385-90. doi: 10.1111/cyt.12021. Epub 2012 Oct 18. PMID: 23078633\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1111/CYT.12021\nAdsay V, Ohike N, Tajiri T, Kim GE, Krasinskas A, Balci S, Bagci P, Basturk O, Bandyopadhyay S, Jang KT, Kooby DA, Maithel SK, Sarmiento J, Staley CA, Gonzalez RS, Kong SY, Goodman M. Ampullary Region Carcinomas: Definition and Site Specific Classification with Delineation of Four Clinicopathologically and Prognostically Distinct Subsets in an Analysis of 249 Cases. Am J Surg Pathol. 2012 Nov;36(11):1592-608. doi: 10.1097/PAS.0b013e31826399d8. PMID: 23026934\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1097/PAS.0B013E31826399D8\nOzcan MF, Dizdar O, Dincer N, Balci S, Guler G, Gok B, Pektas G, Seker MM, Aksoy S, Arslan C, Yalcin S, Balbay MD. Low ERCC1 expression is associated with prolonged survival in patients with bladder cancer receiving platinum-based neoadjuvant chemotherapy. Urol Oncol. 2013 Nov;31(8):1709-15. doi: 10.1016/j.urolonc.2012.06.014. Epub 2012 Aug 3. PMID:22863869\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1016/J.UROLONC.2012.06.014\nGuler G, Balci S, Costinean S, Ussakli CH, Irkkan C, Suren D, Sari E, Altundag K, Ozisik Y, Jones S, Bacher J, Shapiro CL, Huebner K. Stem cell-related markers in primary breast cancers and associated metastatic lesions. Mod Pathol. 2012 Jul;25(7):949-55. doi: 10.1038/modpathol.2012.37. Epub 2012 Mar 2. PMID:22388757 Web of Knowledge\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1038/MODPATHOL.2012.37\nAghayev K, Bal E, Rahimli T, Mut M, Balci S, Vrionis F, Akalan N. Aquaporin-4 expression is not elevated in mild hydrocephalus. Acta Neurochir (Wien). 2012 Apr;154(4):753-9; discussion 759. doi: 10.1007/s00701-011-1241-9. Epub 2011 Dec 7. PMID:22146847\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1007/S00701-011-1241-9\nBasturk O, Singh R, Kaygusuz E, Balci S, Dursun N, Culhaci N, Adsay NV. GLUT-1 Expression in Pancreatic Neoplasia: Implications in Pathogenesis, Diagnosis, and Prognosis. Pancreas 2011 Mar;40(2):187-92.\ndoi: 10.1097/MPA.0b013e318201c935\nPMID: 21206329\nPMCID: PMC3164314\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1097/MPA.0B013E318201C935\nAghayev K, Bal E, Rahimli T, Mut M, Balci S, Vrionis F, Akalan N. Expression of water channel aquaporin-4 during experimental syringomyelia Laboratory investigation. J Neurosurg Spine. 2011 Oct;15(4):428-32. doi: 10.3171/2011.5.SPINE10303. Epub 2011 Jun 17.\nPMID: 21682559\n\n\n\nUsubütün A, Ozseker HS, Himmetoglu C, Balci S, Ayhan A. Omentectomy for gynecologic cancer: how much sampling is adequate for microscopic examination? Arch Pathol Lab Med. 2007 Oct;131(10):1578-81 Web of Knowledge\n\n\n\nDerlemeler\nReid MD, Choi H, Balci S, Akkas G, Adsay V. Serous cystic neoplasms of the pancreas: Clinicopathologic and molecular characteristics. Semin Diagn Pathol. 2014 Nov;31(6):475-83. doi: 10.1053/j.semdp.2014.08.009. Epub 2014 Sep 3. PMID: 25441309\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1053/J.SEMDP.2014.08.009\nAdsay NV, Basturk O, Saka B, Bagci P, Ozdemir D, Balci S, Sarmiento JM, Kooby DA, Staley C, Maithel SK, Everett R, Cheng JD, Thirabanjasak D, Weaver DW. Whipple made simple for surgical pathologists: orientation, dissection, and sampling of pancreaticoduodenectomy specimens for a more practical and accurate evaluation of pancreatic, distal common bile duct, and ampullary tumors. Am J Surg Pathol. 2014 Apr;38(4):480-93. doi: 10.1097/PAS.0000000000000165. PMID: 24451278\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1097/PAS.0000000000000165\nReid MD, Saka B, Balci S, Goldblum AS, Adsay NV. Molecular genetics of pancreatic neoplasms and their morphologic correlates: an update on recent advances and potential diagnostic applications. Am J Clin Pathol. 2014 Feb;141(2):168-80. doi: 10.1309/AJCP0FKDP7ENVKEV. Review. PMID: 24436263\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1309/AJCP0FKDP7ENVKEV\nReid MD, Balci S, Saka B, Adsay NV. Neuroendocrine Tumors of the Pancreas: Current Concepts and Controversies. Endocr Pathol. 2014 Mar;25(1):65-79. doi: 10.1007/s12022-013-9295-2. PMID: 24430597\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1007/S12022-013-9295-2\nAdsay NV, Bagci P, Tajiri T, Oliva I, Ohike N, Balci S, Gonzalez RS, Basturk O, Jang KT, Roa JC. Pathologic staging of pancreatic, ampullary, biliary, and gallbladder cancers: pitfalls and practical limitations of the current AJCC/UICC TNM staging system and opportunities for improvement. Semin Diagn Pathol. 2012 Aug;29(3):127-41. doi: 10.1053/j.semdp.2012.08.010. PMID: 23062420\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1053/J.SEMDP.2012.08.010\nVaka serileri, vaka raporları ve editöre mektuplar\nBozkurt S, Aktekin L, Uğurlu FG, Balci S, Sezer N, Akkus S. An Unusual Cause of Myelopathy: Ochronotic Spondyloarthropathy with Positive HLA B27. Am J Phys Med Rehabil. 2017 Feb 24.\ndoi: 10.1097/PHM.0000000000000727.\nPMID: 28240677\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nCohen D, Allen TC, Balci S, Cagle PT, Teruya-Feldstein J, Fine SW, Gondim DD, Hunt JL, Jacob J, Jewett K, Jiang X’, Kaplan KJ, Kulac I, Meunier R, Riddle ND, Rush PS, Stall J, Stuart LN, Terrano D, Uthman E, Wasco MJ, Williamson SR, Wu RI, Gardner JM. #InSituPathologists: how the #USCAP2015 meeting went viral on Twitter and founded the social media movement for the United States and Canadian Academy of Pathology. Mod Pathol. 2017 Jan 13;(2):160-168.\nPMID: 28084341 DOI: 10.1038/modpathol.2016.223\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nGurcan O, Kazanci A, Gurcay AG, Balci S, Kucukyildiz HC, Turkoglu OF, Bavbek M. Densly calcified cystic extraventricular neurocytoma: Radiological-pathological correlation. Neurol India. 2016 Nov-Dec;64(6):1355-1358.\ndoi: 10.4103/0028-3886.193824. PMID: 27841226\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nKılınç İ, Dumlu EG, Öztürk V, Çuhacı N, Balci S, Yalçın A, Kılıç M. Idiopathic Adrenal Hematoma Mimicking Neoplasia: A Case Report. International Journal of Surgery Case Reports.\ndoi: http://dx.doi.org/10.1016/j.ijscr.2016.04.003 PMID: 27662215\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBalci S, Akkas G, Roa JC, Adsay NV. Intracholecystic Papillary Tubular Neoplasm of the Gallbladder With Microinvasive Carcinoma. Pathology Case Reviews 2014 19 (6), 283-288.\ndoi: 10.1097/PCR.0000000000000069\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nErsoy O, Akin E, Demirezer A, Koseoglu H, Balci S, Kiyak G. Cavernous haemangioma of small intestine mimicking gastrointestinal stromal tumour. Arab J Gastroenterol. 2013 Sep;14(3):139-40.\ndoi: 10.1016/j.ajg.2013.08.008. PMID: 24206746\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nAkin S, Karadag O, Kalyoncu U, Balci S, Ozgen B. Nasopharyngeal sarcoidosis: a rare involvement. Rheumatol Int. 2012 May;32(5):1407-9. doi: 10.1007/s00296-011-1866-2. Epub 2011 Mar 25.\nPMID: 21437690\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nBalci S, SaglamA, Usubutun A. Primary Signet-ring Cell Carcinoma of the Cervix: Case Report and Review of the Literature Int J Gynecol Pathol. 2010 Mar;29(2):181-4.\ndoi: 10.1097/PGP.0b013e3181b70176. PMID: 20173504 Web of Knowledge\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.1097/PGP.0B013E3181B70176\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nKiratli H, Ustünel S, Balci S, Söylemezoğlu F. Ipsilateral ciliary body schwannoma and ciliary body melanoma in a child. J AAPOS. 2010 Apr;14(2):175-7.\n\nPubMed: 20451861 doi: 10.1016/j.jaapos.2010.01.013\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nIsikay I, Berker M, Balci S, Cila A. Somatotroph adenoma cells may populate paranasal sinus mucosa. Acta Neurochir (Wien). 2010 Sep;152(9):1629-30; discussion 1630. doi: 10.1007/s00701-010-0677-7. Epub 2010 May 6. PMID: 20446098 Web of Knowledge\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nScanning electron microscopic examination of the hair in Chédiak-Higashi syndrome\nCelik HH, Tore H, Balci S, Bagcicek O, Ozdemir B\nCase Rep Clin Pract Rev;4(3):252-255, 2003\nTürkiye dergilerinde yer alan yayınlar\nAraştırma Makaleleri\nAbdullazade S, Akarca FG, Esendagli G, Turhan N, Erden E, Savas B, Markoc F, Tuncel D, Yilmaz BÖ, Saka B, Keser SH, Erhan SŞ, Gucin Z, Sagol Ö, Agalar AA, Celİk S, Ozer H, Seven İE, Celİkel ÇA, Ekinci Ö, Egilmez HR, Balci S, Akyol G. The Contribution of Additional Sampling in Cholecystectomy Materials: A Multicenter Prospective Study. Turk Patoloji Derg. 2020;36(3):188-194. doi: 10.5146/tjpath.2020.01483. PubMed PMID: 32364613; PubMed Central PMCID: PMC10510599.\n\nPMID: 32364613 DOI: 10.5146/tjpath.2020.01483\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nA Retrospective Evaluation of the Epithelial Changes/Lesions and Neoplasms of the Gallbladder in Turkey and a Review of the Existing Sampling Methods: A Multicentre Study.\nGüldal Esendağlı, F. Göknur Akarca, Serdar Balcı, Asuman Argon, Selma Şengiz Erhan, Nesrin Turhan, Neslihan İnce Zengin, Sevinç Hallaç Keser, Betül Çelik, Tangül Bulut, Samir Abdullazade, Esra Erden, Berna Savaş, Temmuz Bostan, Özgül Sağol, Anıl Aysal Ağalar, Nuray Kepil, Yıldırım Karslıoğlu, Armağan Günal, Fatma Markoç, Burcu Saka, Gonca Özgün, Şükrü Oğuz Özdamar, Burak Bahadır, Esin Kaymaz, Emre Işık, Semin Ayhan, Deniz Tunçel, Banu Özgüven Yılmaz, Sevinç Çelik, Tuba Karabacak, İpek Erbarut Seven, Çiğdem Ataizi Çelikel, Zuhal Gücin, Özgür Ekinci, Gülen Akyol\n\nDOI: 10.5146/tjpath.2017.01404\n\n\n\nhttps://scite.ai/reports/10.5146/TJPATH.2017.01404\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nAysun Kılıç Süloğlu, Gözde Girgin, Güldeniz Selmanoğlu, Serdar Balcı, Terken Baydar\nPossible effects of lycopene and silymarin on rat liver functions and oxidative stress markers (Likopen ve silimarinin sıçan karaciğer işlevleri ve oksidatif stres göstergeleri üzerine olası etkileri)\nTürk Biyokimya Dergisi 2014, 39: 344-350 10.5505/tjb.2014.17136\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nUsubütün A, Balci S, Yörükoğlu K. The Situation of Consultation Practice in Pathology in Turkey. (Türkiye’de Patoloji Konsültasyonlarının Durumu)\nTurk Patoloji Derg. 2012;28(3):195-203\n\ndoi: 10.5146/tjpath.2012.01125\nPMID: 23011821\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nUsubütün A, Balci S, Al P\nUluslararası İndekslerde Yer Alan Patoloji Dergilerinde Yayımlanan Türkiye Adresli Yayınların Değerlendirilmesi (Evaluation of Articles from Turkey Published in Pathology Journals Indexed in International Indexes)\nTürk Patoloji Dergisi/Turkish Journal of Pathology Cilt/Vol. 26, No. 2, 2010; Sayfa/Page 107-113\ndoi: 10.5146/tjpath.2010.01006\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\nDerlemeler\nBalci S. Dünya Sağlık Örgütü Santral Sinir Sistemi Tümörleri Sınıflaması ve Glial Tümörlerin Genetik Özelliklerindeki Yenilikler. World Health Organization Classification of Central Nervous System Neoplasms and Developments in Genetic Properties of Glial Tumors\nTurkiye Klinikleri J Med Oncol-Special Topics 2013;6(1):6-13\nVaka raporları ve vaka serileri\nBalci S, Önder S, Tezel GG. Adrenal Bezde Hodgkin Lenfoma (Hodgkin Lymphoma in Adrenal Gland)\nTürk Patoloji Dergisi 2010, Cilt 26, Sayı 1, 091-094\nC Salman, F Vaizoğlu, A Usubütün, S Balcı, MS Beksaç\nFocal Endometrial Adenocarcinoma in Atypical Polypoid Adenomyoma of Low Malignant Potential\nGynecology Obstetrics & Reproductive Medicine 15 (3), 2009\nArslankoz S, Balci S, Üner A\nImages in hematology-oncology\nTurkish Journal of Cancer Volume 39, No.1, 2009\n\nSahin A, Balci S, Altınok G, Akdoğan A\nSorun vaka: Pulmoner tromboembolizm ve interstisyel fibrozisli bir hastada klinikopatolojik değerlendirme\nHacettepe Tıp Dergisi; Mart 2008 39 (1):45-53\nBalci S, Üner A\nLymphoma mimickers Images in hematology-oncology\nTurkish Journal of Cancer Volume 37, No.1, 2007\nSözlü Bildiriler\nUluslararası kongrelerdeki sözel bildiriler\nAbstract #: 1013 Abstract Title: Site-Specific Subcategorization of Ampullary Carcinomas: Focused Grossing Achieves More Specific Classification Accentuates the Distinct Clinicopathologic Characteristics of the Subsets Platform Presentation: Platform - Monday PM - Pathology of the Pancreas, Gallbladder, Ampulla, and Extra-Hepatic Biliary Tree on Monday, March 24, 2025 from 1:00 PM - 2:45 PM at the Boston Convention and Exhibition Center Presentation Time: 2:30 PM - 2:45 PM\nImplementation of Digital Pathology Workflow for Routine Primary Diagnosis in a Large Private Hospital NetworkEuropean Congress of Digital Pathology, ECDP2022, 15-18 June 2022 Berlin\nDeniz Bayçelebi (Turkey), Emre Karakök, Serdar Balcı, Fatma Aktepe, Gülen Bülbül Doğusoy, İpek Çoban Elbeği, Pembe Gül Güneş, Yıldırım Karslıoğlu, Sezen Koçarslan, Fatma Gülgün Sade Koçak, Murat Oktay, Zeynep Pehlivanoğlu, Türkan Rezanko, Zuhal Silav, Mehtat Ünlü, Şemsi Yıldız, İlknur Türkmen\nhttps://www.xcdsystem.com//uscap/program/2019/index.cfm?pgid=132&SearchTerm=balci&loginsuccess=1\nMichelle Reid, Serdar Balci, Yue Xue, Nobu Ohike, Takuma Tajiri, Olca Basturk, Takashi Muraki, Grace E Kim, Alyssa M Krasinskas, Brian Quigley, Burcu Saka, Pelin Bagci, Bassel El-Rayes, David Kooby, Juan Sarmiento, Shishir Maithel, Volkan Adsay\nSignificant Prognostic Factors in Invasive Ampullary Adenocarcinoma (AC): Clinicopathologic Analysis of 367 Cases. 2016/2/1\nLABORATORY INVESTIGATION, 96, 194A-194A\n\n\n\nYue Xue, Michelle Reid, Serdar Balci, Brian Quigley, Bahar Memis, Jun Xia, Takashi Muraki, Ezgi Hacihasanoglu, Gabriela Bedolla, Grace E Kim, Takuma Tajiri, Nobu Ohike, Ritu Aneja, Alyssa M Krasinskas, Volkan Adsay\nImmunohistochemical Typing of Ampullary Carcinomas May Not Be Ready for Prime Time: Analysis of 136 Cases Fails to Confirm Strong Prognostic Correlation with Recently Proposed Marker Panels, but Finds Strong Prognostic Value in MUC5AC\n2016/2/1\nLABORATORY INVESTIGATION, 96, 208A-208A\n\n\n\nSerdar BALCI, Dilek ÖZTAŞ, Ayşegül AKSOY ALTINBOĞA, Gamze Bozcuk GÜZELDEMİRCİ, Emre YAŞAR, Yavuz SANİSOĞLU, Hicran FIRAT, Yusuf ÜSTÜ, Mehmet UĞURLU, Murat AKÇAY. Sitolojik ve Patolojik Tanı Arasındaki Uyumun Bir Kalite İndikatörü Olarak Değerlendirilmesi. VI. Uluslararası Sağlıkta Performans ve Kalite Kongresi. SB-286. 01-04 Mart 2016, Antalya\n\n\n\nDursun N, Okcu O, Memis B, Akkas G, Everett R, Basturk O, Bagci P, Balci S, Saka B, Quigley B, Krasinskas A, Roa J, Jang K-T, Sarmiento J, Adsay V. Adenomyomatous Nodules of the Gallbladder: Clinicopathologic Analysis of 234 Cases, Including 20 With Neoplastic Transformation. Modern Pathology. 2015 Feb;28:441A-2A. 104th Annual Meeting of the United States and Canadian Academy of Pathology. Boston, MA. MAR 21-27, 2015. WOS:000349502202476\n\n\n\nL. Colbert, S.B. Fisher, S. Balci, Z. Chen, S. Kim, N.V. Adsay, S.K. Maithel, B.F. El-Rayes, J.C. Landry, W.J. Curran. Nuclear Hypoxia-Inducible Factor 1 Alpha is a Predictor of Distant Failure in Patients With Resected Pancreatic Adenocarcinoma. International Journal of Radiation Oncology o Biology o Physics Volume 90, Issue 1, Supplement, Page S49, September 1, 2014 http://www.redjournal.org/article/S0360-3016(14)00830-X/abstract\n\n\n\nBalci S, Saka B, Krasinskas A, Kim G, Dursun N, Shaib W, El-Rayes B, Quigley B, Reid M, Farris AB, Bandopadhyay S, Everett R, Knight J, Adsay V. Clinicopathologic Associations Of Mismatch Repair Protein Expressions In Ampullary Carcinomas USCAP 103rd Annual Meeting, 1-7 March 2014, San Diego, California Modern Pathology, 2014 Feb, 27 Supp 2, 164A.\nhttps://www.youtube.com/watch?v=1jyiiG7vLn8\n\n\n\n\n\nBalci S, Bagci P, Dursun N, Jang KT, Saka B, Ohike N, Roa JC, Tajiri T, Moreno C, Rossi M, Xu J, Hruban R, Matthaei H, Fisher K, Terry P, Adsay V. Complex Tubular Type Intracholecystic Papillary Tubular Neoplasms (ICPN): Further Clinicopathologic And Molecular Characterization USCAP 103rd Annual Meeting, 1-7 March 2014, San Diego, California Modern Pathology, 2014 Feb, 27 Supp 2, 446A\n\n\n\nBagci P, Balci S, Saka B, Hong SM, Jang KT, Ohike N, Kim G, Krasinskas A, Basturk O, Sarmiento J, Kooby D, El-Rayes B, Maithel S, Knight J, Goodman M, Adsay V. Sub-Staging Of Nodal Status In Ampullary Carcinomas As N1=3 Has Significant Prognostic Value: Proposal For Revised Staging Based On An Analysis Of 313 Cases Ampulla N Stage. USCAP 103rd Annual Meeting, 1-7 March 2014, San Diego, California Modern Pathology, 2014 Feb, 27 Supp 2, 164A\n\n\n\nSaka B, Balci S, Bagci P, Maithel S, Kooby D, Sarmiento J, Staley C, El-Rayes B, Choi H, Knight J, Goodman M, Krasinskas A, Adsay V. Proposal For A New And Prognostically Valuable Tumor Size Based T-Stage For Pancreatic Adenocarcinoma. USCAP 103rd Annual Meeting, 1-7 March 2014, San Diego, California Modern Pathology, 2014 Feb, 27 Supp 2, 453A\n\n\n\nDincer N, Balci S, Yazgan A, Guney G, Ersoy R, Cakir B, Guler G. Follow up of AUS/FLUS in thyroid FNAC. 36th European Congress of Cytology 22-25 September 2011 Istanbul/Turkey (FP1-002 Cytopathology Volume 22, Issue Supplement s1, p: 39-54, DOI: 10.1111/j.1365-2303.2011.00910.x)\n\n\n\nYazgan A, Balci S, Dincer N, Kiyak G, Tuzun D, Ersoy R, Cakir B, Guler G. Prediction of neoplastic outcome in FNAC containing Hürthle cell using cytomorphological features. 36th European Congress of Cytology 22-25 September 2011 Istanbul/Turkey (FP1-003 Cytopathology Volume 22, Issue Supplement s1, p: 39-54, DOI: 10.1111/j.1365-2303.2011.00910.x)\n\n\n\nDursun B, Guler G, Balci S. Using fuzzy text search algorithms and Oracle Database for cytopathological correlation in cervical cytology; preliminary results. 36th European Congress of Cytology 22-25 September 2011 Istanbul/Turkey (FP3-033 Cytopathology Volume 22, Issue Supplement s1, p: 39-54, DOI: 10.1111/j.1365-2303.2011.00910.x)\n\n\n\nAdsay N, Ohike N, Tajiri T, Kim GE, Krasinskas A, Balci S, Basturk O, Bandyopadhyay S, Kooby DA, Maithel SK, Sarmiento J, Staley, CA. Site-Specific Subclassification of Ampullary Carcinomas: Delineation of Four Clinicopathologically and Prognostically Distinct Subsets in an Analysis of 249 Cases. USCAP 100th Annual Meeting, 26 Februrary-4 March 2011, San Antonio, TX USA (Modern Pathology 24(1): 356A, 2011)\n\n\n\nTajiri T, Ohike N, Balci S, Kim GE, Krasinskas A, Basturk O, Dursun N, Goodman M, Kooby DA, Maithel SK, Sarmiento J, Staley CA, Adsay N. Proposal for a More Applicable and Clinically Relevant Staging Evaluation of Ampullary Carcinomas. USCAP 100th Annual Meeting, 26 Februrary-4 March 2011, San Antonio, TX USA (Modern Pathology 24(1): 169A, 2011) Web of Knowledge\n\n\n\nAghayev K, Bal E, Rahimli T, Mut M, Balci S, Vrionis F, Akalan N. Expression of Aquaporin-4 in Experimental Mild Hydrocephalus. Annual Meeting of the American-Association-of-Neurological-Surgeons Denver CO, USA. 9-13 April 2011.(Journal of NeuroSurgery Volume: 115 Issue: 2 Pages: A430-A430)\n\n\n\nBalci S, Kim GE, Ohike N, Tajiri T, Coban I, Krasinskas A, Bandyopadhyay S, Basturk O, Dolgun A, Kooby D, Staley C, Adsay NV. Applicability and Prognostic Relevance of Ampullary Carcinoma Histologic Typing as Pancreatobiliary Versus Intestinal. USCAP 99th Annual Meeting. 20-26 March 2010. Washington DC USA. Mod Pathol. 2010 Feb;23:350A-A\n\n\n\nYurtiçi kongrelerdeki sözel bildiriler\nSeda Maralı, Serdar Balcı, Fuat Özcan, Berrak Gümüşkaya. Tekrarlayan biyopsilerinde prostat karsinomu tanısı alan vakaların ilk biyopsilerinin yeniden incelenmesi. S27. 25. Ulusal Patoloji Kongresi ve 6. Sitopatoloji Kongresi, 14-17 Ekim 2015, Bursa\nAydan Kılıçarslan, Hayriye Tatlı Doğan, Nuran Süngü, Serdar Balcı. Primer kolorektal karsinomlarında Her2/neu ekspresyonu. S50. 25. Ulusal Patoloji Kongresi ve 6. Sitopatoloji Kongresi, 14-17 Ekim 2015, Bursa\nMuhammet Fuat Özcan, Bahri Gök, Muhammed Ersagun Arslan, Serdar Balcı, Ahmet Tunç Özdemir, Ali Fuat Atmaca. Adrenalektomi Endikasyonları ve Patoloji Sonuçlarının Gözden Geçirilmesi, Poster S055, 22. Ulusal Üroloji Kongresi, Kuzey Kıbrıs Türk Cumhuriyeti (2012). Oral presentation\nBalci S, Üner A, Günay Ç, Söylemezoğlu F. Oligodendrogliomlarda 1p ve 19q delesyonunda Floresan in situ hibridizasyon eşik değeri ne olmalı? 18. Ulusal Patoloji Kongresi 25-29 Ekim 2008 Antalya/ Türkiye\nBalci S, Tezel GG, Güler G. Üçlü negatif meme kanserlerinde BRCA1 protein ekspresyonu ve promoter bölgesinin metilasyonunun araştırılması. 18.Ulusal Patoloji Kongresi 25-29 Ekim 2008 Antalya/ Türkiye\nPosters\nUluslararası kongrelerdeki poster sunumları\nhttps://www.xcdsystem.com//uscap/program/2019/index.cfm?pgid=132&SearchTerm=balci&loginsuccess=1\nMuraki T, Reid MD, Keilin M, Balci S, Ohike N, Tajiri T, Xue Y, Memis B, Sekhar A, Mittal P, Krasinskas A, Kooby D, Maithel S, Sarmiento JM, Adsay V. Clinical Manifestations of Pathologic Site-Based Classification of Ampullary Carcinomas (ACs):An Analysis of 107 Resected ACs Demonstrates Distinct Clinicopathologic Associations (Abstract). Modern Pathology, 30(2S):189A, 2017\n\n\n\nXue Y, Sica G, Muraki T, Memis B, Balci S, Cohen C, Quigley B, Krasinskas A, Reid MD, Adsay V. PD-L1 Expression in DNA Mismatch-Repair-Deficient and Medullary-Type Ampullary Carcinomas (Abstract). Modern Pathology,30(2S):208A, 2017\n\n\n\nAskan G, Adsay V, Dhall D, Zamboni G, Shimizu M, Cymes K, Carneiro F, Balci S, Sigel C, Reid MD, Esposito I, Baldaia H, Allen P, Klöppel G, Klimstra DS, Basturk O. Intraductal Tubulopapillary Neoplasm of the Pancreas: A Clinicopathologic and Immunohistochemical Analysis of 33 Cases(Abstract). Modern Pathology,30(2S):441A, 2017\n\n\n\nVaidehi Avadhani, Ezgi Hacihasanoglu, Zerife Yusifli, Bahar Memis, Serdar Balci, Lauren Daniels, Michael Goodman, Alyssa M Krasinskas, Volkan Adsay, Michelle Reid. Concurrent Biopsies Improve Diagnosis of Malignancy over Bile Duct Brushings (BDBs) Alone. 2016/2/1. LABORATORY INVESTIGATION, 96, 162A-162A\n\n\n\nMichelle Reid, Olca Basturk, Walid Shaib, Serdar Balci, Hyejeong Choi, Gizem Akkas, Brian Robinson, Bahar Memis, Bassel El-Rayes, Charles Staley, Christopher Staley, Joshua Winer, Maria Russell, Jessica H Knight, Michael Goodman, Alyssa Krasinskas, Volkan Adsay. Adenocarcinoma Ex-Goblet Cell Carcinoid (XGC) Is a Morphologically Distinct” Appendiceal-Type Crypt Cell” Adenocarcinoma with Highly Aggressive Behavior and Frequent Association with Peritoneal/Intra-Abdominal Dissemination: An Analysis of 77 Cases. 2016/2/1. LABORATORY INVESTIGATION, 96, 194A-194A\n\n\n\nDogan H., Canda A.E., Gok B., Oguz U., Gumustas S., Atmaca A.F., Vargol E., Balci S. Is there a difference in number of interstitial cells, neurons, presence of fibrosis and inflammation in UPJ tissues of patients with UPJ obstruction with and without crossing-vessel and normal subjects in humans? Eur Urol Suppl 2015; 14(3): e1114\n\n\n\nAkkas G, Memis B, Basturk O, Quigley B, Karaaslan S, Saka B, Dursun N, Bagci P, Balci S, Sarmiento J, Bandyopadhyay S, Escalona O, Goodman M, Knight J, Krasinskas A, Roa J, Adsay V. Pathologic Diagnosis as the Reason for Wide Discrepancies in the Literature Regarding the Incidence and Behavior of T1 Gallbladder Cancer (GBC): An Analysis of 473 GBC and Comparison With Literature. Modern Pathology. 2015 Feb;28:438A-9A. 104th Annual Meeting of the United States and Canadian Academy of Pathology. Boston, MA. MAR 21-27, 2015. PMID: WOS:000349502202463\n\n\n\nMemis B, Quigley B, Reid M, Dursun N, Akkas G, Karaaslan S, Basturk O, Saka B, Bagci P, Balci S, Krasinskas A, Roa J, Escalona O, Sarmiento J, Adsay V. Clinicopathologic Analysis of 21 Deceptively Benign-Appearing Adenocarcinomas (“Adenoma Malignum”) of the Gallbladder and Their Differential Diagnosis From Pseudoinfiltrative Processes. Modern Pathology. 2015 Feb;28:446A-A. 104th Annual Meeting of the United States and Canadian Academy of Pathology. Boston, MA. MAR 21-27, 2015. PMID: WOS:000349502202494\n\n\n\nReid M, Basturk O, Robinson B, Balci S, Akkas G, Ohike N, Debeljak M, Klimstra D, Eshleman J, Hruban R, Adsay V. GNAS Mutations Common To Intestinal Adenomas and Pancreatic IPMNs Are Not a Feature of Intra-Ampullary Papillary Tubular Neoplasms (IAPNs): Further Evidence for a Distinct Category of IAPN. Modern Pathology. 2015 Feb;28:186A-A. 104th Annual Meeting of the United States and Canadian Academy of Pathology. Boston, MA. MAR 21-27, 2015. PMID: WOS:000349502201073\n\n\n\nRobinson B, Fisher K, Xu J, Balci S, Rossi M, Moreno C, Quigley B, Reid M, Roa J, Basturk O, Terry P, Krasinskas A, Hruban R, Adsay V. Comparative Genetic Analysis of Invasion-Resistant (Complex Non-Mucinous Pyloric) and Invasion-Prone Types of Intracholecytstic Papillary-Tubular Neoplasms of the Gallbladder. Modern Pathology. 2015 Feb;28:187A-A. 104th Annual Meeting of the United States and Canadian Academy of Pathology. Boston, MA. MAR 21-27, 2015. PMID: WOS:000349502201078\n\n\n\nYazgan A, Yildirim N, Gozalan A, Gumustas S, Kiyak G, Kilicarslan A, Aydin C, Ersoy R, Cakir B, Balci S. The Association of Sodium Iodide Symporter and BRAFV600E Mutation in Classical Variant Papillary Carcinoma. Modern Pathology. 2015 Feb;28:143A-A. 104th Annual Meeting of the United States and Canadian Academy of Pathology. Boston, MA. MAR 21-27, 2015. PMID: WOS:000349502200562\n\n\n\nSaka B, Balci S, Dursun N, Bagci P, Jang KT, Roa JC, Terry P, Genco I, Basturk O, Adsay V. Immunophenotypic Characteristics And Classification Of Non-Tumoral (Flat) Gallbladder Dysplasia USCAP 103rd Annual Meeting, 1-7 March 2014, San Diego, California. Modern Pathology, 2014 Feb, 27 Supp 2, 453A\n\n\n\nSaka B, Oliva I, Bandyopadhyay S, Basturk O, Balci S, Maithel S, Kooby D, Sarmiento J, Staley C, El-Rayes B, Choi H, Knight J, Krasinskas A, Adsay V. Will The pT1 And pT2 Pancreas Cancer Please Stand Up? Peripancreatic Soft Tissue Is Involved In Most Pancreatic Ductal Adenocarcinomas(PDAC),Negating Its Value As A Staging Parameter And Necessitating A New Staging Scheme. USCAP 103rd Annual Meeting, 1-7 March 2014, San Diego, California Modern Pathology, 2014 Feb, 27 Supp 2, 454A\n\n\n\nChoi H, Saka B, Balci S, Basturk O, Maithel S, Kooby D, Sarmiento J, El-Rayes B, Knight J, Goodman M, Ducato L, Goldblum A, Adsay V. Proposal For A Revised N-Stage For Pancreatic Ductal Adenocarcinoma As N1 (&t; 3 =“” n2=““N2 )>=3 With Strong Prognostic Correlation. USCAP 103rd Annual Meeting, 1-7 March 2014, San Diego, California Modern Pathology, 2014 Feb, 27 Supp 2, 448A\n\n\n\nBalci S, Saka B, Bagci P, Jang KT, Krasinskas A, Kim G, Ohike N, Tajiri T, Basturk O, Dursun N, Zarrabi N, Knight J, Adsay V. Medullary Carcinomas Of The Ampulla: Clinicopathologic Analysis Of 11 Cases. USCAP 103rd Annual Meeting, 1-7 March 2014, San Diego, California Modern Pathology, 2014 Feb, 27 Supp 2, 446A\n\n\n\nJang KT, Balci S, Bagci P, Saka B, Dursun N, Basturk O, Krasinskas A, Kim G, Ohike N, Tajiri T, Knight J, Adsay V. Mucinous Carcinomas Of The Ampulla: Clinicopathologic Analysis Of 33 Cases. USCAP 103rd Annual Meeting, 1-7 March 2014, San Diego, California. Modern Pathology, 2014 Feb, 27 Supp 2, 450A\n\n\n\nPatel K, Balci S, Saka B, Knight J, Basturk O, Sarmiento J, Roa JC, Araya JC, Sweeney J, Terry P, Goodman M, Adsay V. Carcinoma In-Situ Of The Gallbladder: The SEER Database Perspective. USCAP 103rd Annual Meeting, 1-7 March 2014, San Diego, California. Modern Pathology, 2014 Feb, 27 Supp 2, 452A\n\n\n\nDursun N, Saka B, Balci S, Bagci P, Roa JC, Araya JC, Basturk O, Terry P, Minhas F, Ducato L, Adsay V. Biologic Behavior Of Gallbladder High-Grade Dysplasia: A Long-Term Survival Analysis Of 125 Cases Elucidates A Mostly Curable Disease, Which Is A Marker Of Biliary Tract Cancer Risk In Some Patients. USCAP 103rd Annual Meeting, 1-7 March 2014, San Diego, California. Modern Pathology, 2014 Feb, 27 Supp 2, 173A\n\n\n\nGenco I, Saka B, Balci S, Bradley K, Farris AB, Khosroshahi A, El-Rayes B, Krasinskas A, Staley C, Kooby D, Maithel S, Adsay V. Abundance Of IgG4-Positive Plasma Cells In Post-Neoadjuvant Ulcers Of Gastroesophageal Carcinomas. USCAP 103rd Annual Meeting, 1-7 March 2014, San Diego, California. Modern Pathology, 2014 Feb, 27 Supp 2, 174A\n\n\n\nDursun B, Balci S. Using Peer-Reviewed Open Source Articles to Develop a Turkish Wordlist for Pathology Field. USCAP 103rd Annual Meeting, 1-7 March 2014, San Diego, California. Mod Pathol. 2014 Feb;27:398A-9A\n\n\n\nTan S, Özcan MF, Tezcan F, Balci S, Karaoğlanoğlu M, Huddam B, Arslan H. Realtime elastography for distinguishing angiomyolipoma from renal cell carcinoma: preliminary observations. European Congress of Radiology (ECR) 2013, Vienna / C0432\n\n\n\nKeske S, Guner R, Tasyaran MA, Yilmaz GR, Balci S. Analysis of liver histological findings of HBeAg negative chronic hepatitis B patients with high viral replication and normal ALT levels. IDWeek 2013, October 2-6, San Francisco, CA\n\n\n\nIrkkan C, Balci S, Tezel GG, Akinci B, Yalcin B, Guler G. Correlation of Her2 Protein Expression and Gene Amplification between Endoscopic and Surgical Specimens of Gastric Cancer. Mod Pathol. 2013 Feb;26:157A-A. 102nd Annual Meeting of the United-States-and-Canadian-Academy-of-Pathology (USCAP) Baltimore, MD MAR 02-08, 2013\n\n\n\nDogan HT, Kilicarslan A, Balci S, Aydogdu OB, Guler G. Ki67 Proliferative Index: A Sensitive Indicator of Prognosis in Gastric Neuroendocrine Neoplasms. Mod Pathol. 2013 Feb;26:182A-A. 102nd Annual Meeting of the United-States-and-Canadian-Academy-of-Pathology (USCAP) Baltimore, MD MAR 02-08, 2013\n\n\n\nIrkkan C, Balci S, Tezel GG, Akinci B, Yalcin B, Guler G. The Incidence of EBV and Her2 Positivity in Gastric Cancers. Mod Pathol. 2013 Feb;26:157A-A. 102nd Annual Meeting of the United-States-and-Canadian-Academy-of-Pathology (USCAP) Baltimore, MD MAR 02-08, 2013\n\n\n\nBalci S, Dincer N, Kilicyazgan A, Irkkan C, Guler G. BRAF Mutation Testing in Atypia of Undetermined Significance and Suspicious for Malignant Categories of Thyroid Fine Needle Aspirations in Clinical Practice. Mod Pathol. 2013 Feb;26:130A-A 102nd Annual Meeting of the United-States-and-Canadian-Academy-of-Pathology (USCAP) Baltimore, MD MAR 02-08, 2013\n\n\n\nBalci S, Irkkan C, Shapiro CL, Huebner K, Guler G. Can Triple Negative Breast Tumors Be Further Subdivided by Immunohistochemical Analysis of Expression of Protein Panels? Mod Pathol. 2013 Feb;26:29A-A. 102nd Annual Meeting of the United-States-and-Canadian-Academy-of-Pathology (USCAP) Baltimore, MD. MAR 02-08, 2013\n\n\n\nSungu N, Orhun S, Marali S, Balci S, Kilicarslan A, Altunkaya C, Guler G. Skin Punch Biopsy Sectioning: Before or after Tissue Processing? Mod Pathol. 2013 Feb;26:122A-3A. 102nd Annual Meeting of the United-States-and-Canadian-Academy-of-Pathology (USCAP) Baltimore, MD MAR 02-08, 2013\n\n\n\nSaka B, Bagci P, Krasinskas A, Basturk O, Tajiri T, Ohike N, Kim GE, Balci S, Jang KT, Bandyopadhyay S, Kooby D, Maithel SK, Sarmiento J, Staley C, Ozdemir D, Kong SY, Farris AB, Adsay V. Duodenal Carcinomas of Non-Ampullary Origin Are Significantly More Aggressive Than Ampullary Carcinomas. Mod Pathol. 2013 Feb;26:176A-7A. 102nd Annual Meeting of the United-States-and-Canadian-Academy-of-Pathology (USCAP) Baltimore, MD MAR 02-08, 2013\n\n\n\nKulac I, Balci S, Altundag K, Baykal A, Tezel GG, Guler G. K-ras Mutations in Triple Negative Breast Carcinomas. Mod Pathol. 2012 Feb;25:48A-A. 101st Annual Meeting of the United-States-and-Canadian-Academy-of-Pathology Vancouver, CANADA MAR 17-23, 2012\n\n\n\nBradley K, Jang KT, Kim G, Balci S, Bagci P , Kong SY, Ducato L, Adsay NV. Poorly Cohesive Carcinomas of the Ampulla of Vater: Analysis of 9 Cases Identified among 249 Ampullary Carcinomas Mod Pathol. 2012 Feb;25:156A-A. 101st Annual Meeting of the United-States-and-Canadian-Academy-of-Pathology Vancouver, CANADA MAR 17-23, 2012\n\n\n\nBalci S, Dursun B, Ozyer T. MeSH Term Trends in Pathology, a PubMED Survey of Articles in Pathology Journals. Mod Pathol. 2012 Feb;25:389A-90A 101st Annual Meeting of the United-States-and-Canadian-Academy-of-Pathology Vancouver, CANADA MAR 17-23, 2012\n\n\n\nDogan HT, Yavuz HO, Balci S, Kandemir O, Guler G. The causes of inconsistency in conventional cervical smears with subsequent biopsies. 36th European Congress of Cytology 22-25 September 2011 Istanbul/Turkey (P-062 Cytopathology Volume 22, Issue Supplement s1, p: 55-183, DOI: 10.1111/j.1365-2303.2011.00911.x)\n\n\n\nDincer N, Balci S, Yazgan A, Guney G, Gumuskaya Ocal B, Ersoy R, Cakir B, Guler G. Nodule-based cytopathological correlation of FNAC and thyroidectomy. 36th European Congress of Cytology 22-25 September 2011 Istanbul/Turkey (P-146 Cytopathology Volume 22, Issue Supplement s1, p: 55-183, DOI: 10.1111/j.1365-2303.2011.00911.x)\n\n\n\nYazgan A, Balci S, Dincer N, Kiyak G, Tuzun D, Ersoy R, Cakir B, Guler G. Does the presence of Hürthle cells alter the distribution of Bethesda classification and outcome? 36th European Congress of Cytology 22-25 September 2011 Istanbul/Turkey (P-151 Cytopathology Volume 22, Issue Supplement s1, p: 55-183, DOI: 10.1111/j.1365-2303.2011.00911.x)\n\n\n\nSungu N, Kilicarslan A, Balci S, Kandemir O, Guler G. Bladder washing cytology: Comparison of detailed cytological features with outcome. 36th European Congress of Cytology 22-25 September 2011 Istanbul/Turkey (P-270 Cytopathology Volume 22, Issue Supplement s1, p: 55-183, DOI: 10.1111/j.1365-2303.2011.00911.x)\n\n\n\nBalci S, Tezel GG, Varan A, Soylemezoglu F. Immunohistochemical Evaluation of B-RAF, pMEK1 and pERK1/2 Expressions in Pilocytic and Pilomyxoid Astrocytomas by Localization (PO11-3), XVIIth International Congress of Neuropathology; September 11 - 15, 2010, Salzburg, Austria. Brain Pathology 2010; 20: p. 71-71\n\n\n\nBaydar T, Girgin G, Selmanoglu G, Karacaoglu E, Kilic A, Balci S, Sahin G. Does lycopene play a protective role in low dose aflatoxin B1-induced hepatotoxicity in rats? 32th Mycotoxin Workshop - DTU - Denmark 15th-17th June 2010\n\n\n\nBalci S, Oruckaptan H, Erbas T, Soylemezoglu F. An unusual case of mixed pituitary adenoma-gangliocytoma. 13th Meeting of the European Neuroendocrine Association October 17th-20th 2008 Antalya/Turkey\n\n\n\nYurtiçi kongrelerdeki poster sunumları\nNuran Süngü, Aydan Kılıçarslan, Hayriye Tatlı Doğan, Mehmet Kılıç, Şefika Burçak Polat, Mehmet Tokaç, Soner Akbaba, Ömer Parlak, Serdar Balcı, Betül Öğüt, Bekir Çakır. Paratiroid Karsinom Tanısında CASR, Cyclin-D1, Galaktin-3 ve Ki-67 nin Yeri ve Önemi. P-927. 25. Ulusal Patoloji Kongresi ve 6. Sitopatoloji Kongresi, 14-17 Ekim 2015, Bursa\nÖzge Aydoğdu, Aylin Yazgan, Mustafa Tahtacı, Aylin Demirezer Bolat, Osman Ersoy, Serdar Balcı. Primer Biliyer Siroz Tanılı Karaciğer İğne Biyopsilerinin Retrospektif Değerlendirilmesi. P-715. 25. Ulusal Patoloji Kongresi ve 6. Sitopatoloji Kongresi, 14-17 Ekim 2015, Bursa\nNuran Süngü, Hayriye Tatlı Doğan, Aydan Kılıçarslan, Huban Sibel Orhun Yavuz, Seda Maralı, Serdar Balcı, Akın Aktaş, Ahmet Metin. Deri Punch Biyopsilerinde Klinikopatolojik Uyumluluk Oranlarımız. P-692. 25. Ulusal Patoloji Kongresi ve 6. Sitopatoloji Kongresi, 14-17 Ekim 2015, Bursa\nAylin Yazgan, Kemal Ener, Ayşegül Gözalan, Nilüfer Yıldırım, Nazmiye Dinçer, Sibel Yavuz, Serdar Balcı, Yetkin Ağaçkıran. Pür Testiküler Seminom Tümörlerinde Sodyum İodide Symporter Proteinin Ekspresyonu ve Klinikopatolojik Parametrelerle İlişkisi. P-520. 25. Ulusal Patoloji Kongresi ve 6. Sitopatoloji Kongresi, 14-17 Ekim 2015, Bursa\nHayriye Tatlı Doğan, Vedia Öztürk, Aydan Kılıçarslan, Nuran Süngü Adıyaman, Muhammed Bülent Akıncı, Mehmet Kılıç, Abdüssamed Yalçın, Mehmet Tokaç, Soner Akbaba, Serdar Balcı. Kolorektal Karsinomlarda DNA Yanlış Eşleşme Tamir (Miss-Match Repair) Proteinlerinin Ekspresyonu, Histopatolojik, Klinik Parametrelerle ve BRAF Mutasyonu İle İlişkisi. P-499. 25. Ulusal Patoloji Kongresi ve 6. Sitopatoloji Kongresi, 14-17 Ekim 2015, Bursa\nHayriye Tatlı Doğan, Merve Kıran, Berrak Gümüşkaya Öcal, Nuran Süngü, Aydan Kılıçarslan, Seda Maralı, Serdar Balcı. Küçük Hücreli Dışı Akciğer Karsinomlarında EGFR Mutasyon Analizi Sonuçlarımız. P-395. 25. Ulusal Patoloji Kongresi ve 6. Sitopatoloji Kongresi, 14-17 Ekim 2015, Bursa 7) Seda Maralı, Hayriye Tatlı Doğan, Şule Ayık, Serdar Balcı, Berrak Gümüşkaya. Kliniğimizde İncelenen Kolon Karsinomlarındaki Kras Mutasyonlarının Oranları ve Klinikopatolojik verilerlerle İlişkileri. P-390. 25. Ulusal Patoloji Kongresi ve 6. Sitopatoloji Kongresi, 14-17 Ekim 2015, Bursa\nVedia Öztürk, Özge Başaran Aydoğdu, Hilal Ahsen, Serdar Balcı. Granülomatöz Hipofizit: Hipofizin Nadir Görülen İnflamatuar Hastalığı. P-353. 25. Ulusal Patoloji Kongresi ve 6. Sitopatoloji Kongresi, 14-17 Ekim 2015, Bursa\nAyşegül Aksoy Altınboğa , Hilal Ahsen, Cevdet Aydın , Bekir Çakır, Serdar Balcı. Tiroid İnce İğne Aspirasyon Sitolojilerindeki (TIIAS) Uyumsuzlukların Retrospektif Değerlendirilmesi. P-279. 25. Ulusal Patoloji Kongresi ve 6. Sitopatoloji Kongresi, 14-17 Ekim 2015, Bursa\nVedia Öztürk, Hayriye Tatlı Doğan, Şule Mine Bakanay Öztürk, Serdar Balcı, Aydan Kılıçarslan. Hodgkin Lenfoma Tanılı Lenf Nodu Biyopsilerinin Retrospektif Değerlendirilmesi. P-234. 25. Ulusal Patoloji Kongresi ve 6. Sitopatoloji Kongresi, 14-17 Ekim 2015, Bursa\nAsan FB, Dede DŞ, Balci S, Ulaş A, Şendur MAN, Akıncı MB, Kanat İF, Özer Ö, Yalçın B. Santral sinir sistemi tümörü yanışıyla takip ve tedavi edilen hastaların değerlendirilmesi, tek merkez sonuç. 21. Ulusal Kanser Kongresi, 22-26 Nisan 2015, Antalya\nDede DŞ, Balci S, Özcan MF, Ulaş A, Akıncı MB, Şendur MAN, Mustafayev F, Yüksel L, Yalçın B. Genç mesane kanseri hastaların değerlendirilmesi, tek merkez sonuçları. 21. Ulusal Kanser Kongresi, 22-26 Nisan 2015, Antalya\nKöseoğlu H, Bolat AD, Akın FE, Atalay R, Balci S, Selvi E, Büyükaşık NŞ, Ersoy O. Erişkin yaşta tanı konan Dubin-Johnson Sendromu, 9.Ulusal Hepatoloji Kongresi, 28 Mayıs- 1 Haziran 2013, İstanbul\nAylin Yazgan, Ayşegül Gözalan, Sinem Gümüştaş, Gülten Kıyak, Reyhan Ersoy, Bekir Çakır, Yetkin Ağaçkıran, Serdar Balcı. Bethesda Tiroid Sitopatolojisi Raporlama Sisteminin Tiroid Papiller Karsinomu Klasik ve Folliküler Varyantlarının Tanısındaki Etkinliği. PS-089. 24. Ulusal Patoloji Kongresi, 19-23 Kasım 2014 Trabzon\nAylin Yazgan, Sibel Orhun Yavuz, Gülten Kıyak, Osman Ersoy, Yetkin Ağaçkıran, Serdar Balcı. Kolon Adenomlarında Paneth Hücresi ve Nöroendokrin Hücre Görülme Sıklığı. PS-121. 24. Ulusal Patoloji Kongresi, 19-23 Kasım 2014 Trabzon\nÖzge Başaran Aydoğdu, Berrak Gümüşkaya Öcal, Aylin Yazgan, Koray Ağras, Serkan Altınova, Serdar Balcı. Renal Hücreli Karsinomlarda İntratümöral Granülomlar. PS-174. 24. Ulusal Patoloji Kongresi, 19-23 Kasım 2014 Trabzon\nBilge Saka Baran, Hayriye Tatlı Doğan, Serdar Balcı, Sinem Gümüştaş, Vedia Öztürk, Seda Maralı, Gülnur Güler. Servikste Skuamöz İntraepitelyal Lezyonlarda HPV Tiplendirmesi ve NHERF-1 Protein ve Gen Ekspresyonu ile İlişkisinin İncelenmesi. PS-711. 24. Ulusal Patoloji Kongresi, 19-23 Kasım 2014 Trabzon\nHuban Sibel Orhun Yavuz, Aylin Yazgan, Serdar Balcı, Özge Aydoğdu, Sertaç Şener, Ayşe Akbaş, Fadime Kılınç. Dermatolojide tanısal destek amacı ile kullanılan elastik liflerin saptanmasında boyama metodu olarak kristal violenin kullanımının değerlendirilmesi. PS-790. 24. Ulusal Patoloji Kongresi, 19-23 Kasım 2014 Trabzon\nAylin Yazgan, Nilüfer Yıldırım, Ayşegül Gözalan, Sinem Gümüştaş, Gülten Kıyak, Aydan Kılıçarslan, Cevdet Aydın, Reyhan Ersoy, Bekir Çakır, Serdar Balcı. Klasik Varyant Papiller Tiroid Karsinomlarında Sodyum İyot Symporter Aktivitesinin BRAFV600E Mutasyonu İle İlişkisi. PS-828. 24. Ulusal Patoloji Kongresi, 19-23 Kasım 2014 Trabzon\nSinem Gümüştaş, Aydan Kılıçarslan, Aylin Yazgan, Seda Maralı, Vedia Öztürk, Bilge Saka, Serdar Balcı, Gülnur Güler. Klasik Varyant Papiller Tiroid Karsinomlarında BRAF V600E Mutasyonunun İmmünohistokimyasal Olarak ve Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile Değerlendirilmesi. PS-836. 24. Ulusal Patoloji Kongresi, 19-23 Kasım 2014 Trabzon\nKöseoğlu H, Büyükaşık NŞ, Balci S, Ersoy O. Kolonoskopik biyopsi ile tanı konulan ilk appendiks kaynaklı MALT lenfoma olgusu. 30. Ulusal Gastroenteroloji Haftası, 2013, Antalya\nIrkkan Ç, Balci S, Akıncı B, Yalçın B, Tezel GG, Güler G. Mide karsinomlarında endoskopik biyopsi ve gastrektomi materyallerinde HER2 ekspresyonu ve Her2 ile EBV ekspresyonlarının sağkalım ile ilişkisi. 22. Ulusal Patoloji Kongresi 7-11 Kasım 2012 Antalya\nKılıçarslan A, Süngü N, Balci S, Güler G, Kandemir O. Mesane biyopsi işlemi öncesi ve sonrası yapılan mesane yıkama sitolojisi sitopatoloğa ne kazandırır? Poster-618, 21.Ulusal Patoloji Kongresi, 16-20 Kasım 2011, İzmir\nKösemehmetoğlu K, Süngü N, Balci S, Söylemezoğlu F. İntrakranial mezenkimal kondrosarkom: İki olgu sunumu. Poster, 20.Ulusal Patoloji Kongresi, 29 Eylül-3 Ekim 2010 Eskişehir\nArslankoz S, Balci S, Akyol A. Psödoepitelyomatöz hiperplazi gösteren multiloküler timik kist olgusu. Poster, 20.Ulusal Patoloji Kongresi, 29 Eylül-3 Ekim 2010 Eskişehir\nUsubutun A, Balci S, Al P. Uluslararası dergilerde yer alan patoloji dergilerinde yayınlanan Türkiye adresli yayınların değerlendirilmesi 19.Ulusal Patoloji Kongresi 7-11 Ekim 2009 Girne/Kıbrıs\nBalci S, Tezel GG. Adrenal Bezde Hodgkin lenfoma: Olgu Sunumu 18.Ulusal Patoloji Kongresi 25-29 Ekim 2008 Antalya/ Türkiye\nBalci S, Oruçkaptan H, Erbaş T, Söylemezoğlu F. Gangliositoadenom: Nadir bir intrasellar tümör 18.Ulusal Patoloji Kongresi 25-29 Ekim 2008 Antalya/ Türkiye\nBalci S, Baydar DE. Nadir bir Laringeal Tümör: Atipik Karsinoid 18.Ulusal Patoloji Kongresi 25-29 Ekim 2008 Antalya/ Türkiye\nUzmanlık tezi\nPilositik ve pilomiksoid astrositomlarda histomorfolojik bulgulara ve lokalizasyona göre B-raf, pMEK1 ve pERK1/2 ekspresyonlarının incelenmesi.Immunohistochemical evaluation of B-RAF, pMEK1 and pERK1/2 expression in pilocytic and pilomyxoid astrocytomas according to histomorphologic findings and localization.\nTez Danışmanı: Prof.Dr. Ayşe Figen Söylemezoğlu\nHacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Patoloji Anabilim Dalı, Ankara, 2010.\nKitap Bölümleri\n\nProf. Dr. Alp Usubütün editörlüğünde hazırlanan “Sağlık Bilimleri İçin Patoloji ve Patoloji Laboratuvarını Anlama Kılavuzu 2. Baskı - Ekim 2022 Ankara Nobel Tıp Kitabevleri ISBN: 978-625-7564-70-0” adlı kitaptaki “8. Bölüm: Patolojide Yeni Yöntemler ve Gelecek” adlı bölüm.\nBölümün güncellenen içeriği için: https://www.serdarbalci.com/posts/patolojide-bilisim/\nÇeviriler\nBölüm Çevirisi\n\nKonuşmalar ve Sunumlar\nRutinde Dijital Patoloji: Zorluklar ve Kolaylıklar. 27 Eylül 2023. Türk Patoloji Derneği Dijital Webinar Serisi-3 Dijital Patolojinin Rutinde Kullanımı.\n\nhttps://www.youtube.com/watch?v=xlxfSO-zSrA&ab_channel=SERDARBALCI\n\n\nPatolojide Yapay Zeka. 8 Ekim 2021 Memorial Patoloji Online Toplantı\nKlinikopatolojik çalışmalarda kullanılabilecek Jamovi Modülleri. Haziran 2021. Memorial Şişli Hastanesi Online Toplantı\nKlinikopatolojik çalışmalarda kullanılabilecek Jamovi Modülleri. Mayıs 2021. HÜTF Biyoistatistik Anabilim Dalı Online Seminer\nPankreas Kisti ve Beyaz Elastik Birikimler. 14 Ocak 2016. Hepato-pankreato-bilier sistem çalışma grubu Ankara lokal toplantısı, Başkent Üniversitesi.\nAmpulla Tümörü ve T Evresi. 9 Ocak 2016. Çukurova Patoloji Derneği Slayt Semineri, Adana.\nRecent developments in ampullary carcinomas. Seminar in Medicine, 08.01.2016, Koç Üniversitesi İstanbul\nAmpulla Tümörleri. Pankreatobiliyer Sistem Patolojisinde Gündem Ve Problematik Konular Kursu. Ege Patoloji Derneği 20 Haziran 2015- İzmir\nVaka Sunumu. Hepato-Pankreato-Biliyer Patoloji Çalışma Grubu aylık toplantısı. Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi 9 Şubat 2015\nAmpulla tümörlerindeki sorunlar, Çözüm önerisi olarak Makroskopi. Hepato-Pankreato-Biliyer Patoloji Çalışma Grubu aylık toplantısı. Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi 12 Ocak 2015\nTürkiye’de “patoloji konsültasyonları” bir durum saptama çalışması. 22. Ulusal Patoloji Kongresi 7-11 Kasım 2012 Antalya\nAmpulla Tümörlerinde Güncel Yaklaşım. Bağcı P, Balci S. PDF Hepato-Pankreato-Biliyer Patoloji Çalışma Grubu Etkinliği. Pankreato-biliyer Sistem Patolojisi Kursu 13 Ekim 2012, İstanbul\nOlgu Sunumları: Patolojide Yenilikler ve Ayırıcı Tanı 3-4 Nisan 2010 Hacettepe Üniversitesi Sağlıkta Sürekli Eğitim Etkinlikleri.\nGürel B, Kösemehmetoğlu K, Balci S, Altınok G. Katılımcı Slayt Seminerleri. Bir ekstrofia vezika Olgusu. VI. Pediatrik ve perinatal patoloji kursu. 11-13 Mayıs 2006, İzmir\nKösemehmetoğlu K, Balci S, Gürel B, Altınok G. Katılımcı Slayt Seminerleri. Sellüler diffüz nörofibrom. VI. Pediatrik ve perinatal patoloji kursu. 11-13 Mayıs 2006, İzmir.\nYönettiği Tezler\nEndometrial kanser hastalarında ARID1A (AT-RICH Interactive Domain 1A) ekspresyon kaybının immünohistokimyasal olarak gösterilmesi ve ekspresyon kaybı gösteren olguların klinikopatolojik özellikleri.\nDr. Özge Başaran Aydoğdu, Uzmanlık Tezi, Ankara Atatürk Eğitim ve Araştırma Hastanesi, 2016\nAraştırma Projeleri\nMide karsinomlarında Her2 onkogen amplifikasyonu, Her2 reseptör overekspresyonu ve EBV pozitifliği sıklıkları ve ilişkilerinin araştırılması. Yıldırım Beyazıt Üniversitesi Kapsamlı Araştırma Projesi Proje Kodu:261\nPatoloji Raporlarındaki Serbest Metinlerin Metin Madenciliği Teknikleri Kullanılarak Analiz Edilmesi\nSafra kesesi epitelyal anomalilerinde yeni parça alınmasının tanıya olan katkısının incelenmesi, Hepato-pankreatiko-bilier Patoloji çalışma grubu çok merkezli çalışma\nDiğer Akademik Aktiviteler\nPatoloji Dernekleri Federasyonu Hepato-pankreato-bilier patoloji çalışma grubu, Safra kesesi ve safra yolları rezeksiyon materyallerinde makroskopik değerlendirme klavuzu, Pankreas rezeksiyon materyallerinin makroskopik değerlendirmesi, Mart 2013, http://www.turkpath.org.tr/includes/spaw2/uploads/files/Hepatobiliyer.pdf\nYıldırım Beyazıt Üniversitesi Tıp Fakültesi Multidisipliner Araştırma Topluluğu bünyesinde Tıp Fakültesi öğrencileri ile haftalık makale saati ve proje grubu çalışmaları\nBurslar\nYüksek Öğretim Kurumu Doktora Sonrası Araştırma Bursu: 15 Mart 2013-15 Mart 2014, Emory University School of Medicine, Department of Pathology and Laboratory Medicine\nSınavlar\nBoard Sınavı ve Yeterlilik Belgeleri\n18 Ekim 2015 Patoloji Dernekleri Federasyonu Tıbbi Patoloji Yeterlilik Sınavı\n1 Nisan 2016 Doçentlik Sınavı, Üniversiteler Arası Kurul, Ankara\nKurslar ve Diğer Eğitimler\nDil Kursları\nDeutschkurs im Goethe-Institut Ankara, A1.1, 18.07.2018-03.08.2018\nDeutschkurs im Goethe-Institut Ankara, A1.2, 06.08.2018-29.08.2018\nDeutschkurs im Goethe-Institut Ankara, A2.1, 10.09.2018-26.09.2018\nDeutschkurs im Goethe-Institut Ankara, A2.2, 15.10.2018-10.12.2018\nDeutschkurs im Goethe-Institut Ankara, B1.1-B1.3, 24.12.2018-15.02.2019\nDeutschkurs im Goethe-Institut Ankara, B2.1-B2.3, 04.03.2019-26.04.2019\nDeutschkurs im Goethe-Institut Ankara,\nC1.1-C1.2, 13.05.2019-11.07.2019\nKatıldığı uzaktan eğitim ve Online kurslar\nWhy R? Turkey 2021\nDataCamp Introduction to Data Course\nDataCamp Data Analysis with Spreadsheets\nDataCamp Spreadsheet Basics\nThe Insider’s Guide to Accessing NLM Data: EDirect for PubMed. Medical Library Association Online Continuing Education Course 3/26/2018\nCoursera Turkish Language Coordinator. Language Coordinator Training Course by Coursera Community Team on Coursera. Certificate earned on Friday, February 23, 2018\nInsider’s Guide to Accessing NLM Data: Welcome to E-utilities for PubMed Medical Library Association Online Continuing Education Course 2/13/2018\nDataCamp Introduction to the Tidyverse Course\nDataCamp Working with the RStudio IDE (Part 1)\nDataCamp Data Analyst with R Tract\nDataCamp Introduction to R Course\nDataCamp Intermediate R Course\nDataCamp Intermediate R - Practice Course\nDataCamp Importing Data in R (Part 1) Course\nDataCamp Importing Data in R (Part 2) Course\nDataCamp Cleaning Data in R Course\nDataCamp Importing & Cleaning Data in R: Case Studies\nDataCamp Data Manipulation in R with dplyr Course\nDataCamp Joining Data in R with dplyr Course\nDataCamp SQL DataCamp Intro to SQL for Data Science Course\nOsakaUx MED101x: Introduction to Applied Biostatistics EdX\nKatıldığı Toplantı ve Kurslar\nNöropatoloji Yapılandırılmış Uzmanlık eğitim Kursu (NP-YUEK) Tümör Nöropatolojisi (Temel Düzeyde), Türk Patoloji Derneği, PDF Nöropatoloji Çalışma Grubu, 9-11 Haziran 2023, Acıbadem Üniversitesi, İstanbul\nBibliyometri Eğitimi, 23-24 Mart 2019, Hacettepe Üniversitesi Yaşam Boyu Öğrenme Merkezi, Bilgi ve Belge Yönetimi Bölümü, Ankara\nBöbrek ve Mesane Tümörlerine Güncel Bakış, 18-19 Haziran 2016, Acıbadem, İstanbul\n4th Meeting of the Turkish Division of the International Academy of Pathology. Clinic-pathologic correlation in hepato-pancreato-biliary pathology for better diagnosis and patient management, 7-8 May 2016, İzmir.\nEğiticilerin Eğitimi, Gazi Üniversitesi, 7-8 Nisan 2016, Ankara.\nUSCAP 2016 Annual Meeting, 12-18 Mart 2016, Seattle, Washington.\n5.Patoloji Kış Okulu, 20-21 Şubat 2016, Ankara.\nEScoP Nephropathology course: A Practical Workshop, 26-28 November 2015, Ankara\n25.Ulusal Patoloji Kongresi ve 6. Sitopatoloji Kongresi, 14-17 Ekim 2015, Bursa\nAkciğer Patolojisi Kursu, 25. Ulusal Patoloji Kongresi ve 6. Sitopatoloji Kongresi, 14-17 Ekim 2015, Bursa\nFISH Kursu, 25. Ulusal Patoloji Kongresi ve 6. Sitopatoloji Kongresi, 14-17 Ekim 2015, Bursa\nUpdate in Soft Tissue Pathology, 2nd meeting of Turkish division of IAP, 2-3 May 2015, Ankara\nÇok kesitli BT kursu 2015, Kesitlerde Radyolojik-Patolojik korelasyon, 10-11 Nisan 2015, Ankara\nApplied Short Course in Epidemiology, Ulusal Kanser Haftası Kayıtçılık ve Tarama Eğitimleri, 1-3 Nisan 2015, - Ankara\nUSCAP 2015 Annual Meeting, 21-27 March 2015, Boston, MA, USA\nHepatobilier Sistemin Kolestatik ve Otoimmun Hastalıkları, 7 Mart 2015, İstanbul\nGirişimci Doktor Sertifika Programı, 14 Şubat 2015, 22 Şubat 2015, Ankara\nEuropean Society of Pathology Tumors of the Urinary System and Male Genital Organs Pathology Course, 24-26 May - 2014, Ankara\nNöropatoloji Kursu, 17-18 Mayıs 2014, İstanbul\nSorular ve Olgularla Jinekopatoloji Güncellemesi, 10-11 Mayıs 2014, Ankara\nUSCAP 103rd Annual Meeting, 1-7 March 2014, San Diego, California.\nUSCAP 102nd Annual Meeting, March 2-8, 2013 Baltimore Convention Center, Baltimore, MD, USA\n22.Ulusal Patoloji Kongresi, 7-11 Kasım 2012, Antalya\nTemel Nöropatoloji Kursu, 28-29 Nisan 2012, İstanbul\nUSCAP 101st Annual Meeting, March 17-23, 2012 Vancouver Convention Centre Vancouver, BC, Canada\nPatoloji laboratuvarlarında kalite standartlarının düzenlenmesi ve laboratuvarlar yönetmeliği kursu, 3 Mart 2011, - Ankara\n21.Ulusal Patoloji Kongresi, 16-20 Kasım 2011, İzmir.\nPDF Standardizasyon Komisyonu, Teknik Kurs, 19 Kasım 2011, İzmir.\nKemik-yumuşak Doku Patolojisi Kursu, 16 Kasım 2011, İzmir.\n36th European Congress of Cytology İstanbul, Turkey 22-25.09.2011\nJinekopatoloji Bahar Toplantısı: Olgularla Uterin Korpus ve Over Tümörleri, 21-22 Mayıs 2011, Ankara\nTestis Tümörleri Patolojisi Kursu, 7-8 Mayıs 2011, Ankara\nPatolojide Yenilikler ve Ayırıcı Tanı, 2-3 Nisan 2011, Hacettepe Üniversitesi, Ankara\nUSCAP 100th Annual Meeting, 26 Februrary-4 March 2011, San Antonio, TX USA\nKemik İliği Patolojisi Kursu, Ankara Patoloji Derneği, 8-9 Ocak 2011, Ankara\n20.Ulusal Patoloji Kongresi, 29 Eylül-3 Ekim 2010, Eskişehir\nBaş Boyun Patolojisi Kursu, 20.Ulusal Patoloji Kongresi, 29 Eylül-3 Ekim 2010, Eskişehir\nMoleküler Patoloji-Uygulamalı KRAS Mutasyon Analizi Kursu, 22-23 Ekim 2010, Ankara\n4th AMR International Pathology Slide Seminar Symposium in Anatomic Pathology. 5-6 June 2010, Istanbul, Turkey\nTemel Santral Sinir Sistemi Tümörleri Kursu, Ankara Patoloji Derneği, 29-30 Mayıs 2010, Ankara\nServikal Sitoloji Çalıştayı, 13-14 Şubat 2010, Ankara\nMoleküler Patoloji-I Uygulamalı Eğitim Programı, 10-12 Aralık 2009, Ankara\nPASW Statistics ile İstatistiksel Analiz Eğitimi 17-19 Kasım 2009 Ankara 42) 19.Ulusal Patoloji Kongresi, 7-11 - Ekim 2009 Kıbrıs\nJinekopatoloji Kursu 19.Ulusal Patoloji Kongresi 7-11 Ekim 2009 Girne/Kıbrıs\nTemel Onkolojide Güncel Gelişmeler Sempozyumu, 23 Mayıs 2009, Hacettepe Üniversitesi, Ankara\nPatoloji Laboratuvarı Kuruyoruz kursu, 9-10 Mayıs, 2009, Çukurova Patoloji Derneği, Adana\nUpdate in Gastrointestinal Pathology, European Society of Pathology Course, 1-3 May 2009, Ankara\nPatolojide Yenilikler ve Ayırıcı Tanı, 4-5 Nisan 2009, Hacettepe Üniversitesi Ankara\nIV.Ulusal Sitopatoloji Kongresi, 26-29 Mart 2009, Ankara\nRektum Kanserinde Cerrahi Materyale Patolojik Yaklaşım, 15 Kasım 2008, Ankara.\nJinekopatoloji Kursu, 8-9 Kasım 2008, Ankara Patoloji Derneği, Ankara\n18.Ulusal Patoloji Kongresi, 25-29 Ekim 2008 Antalya\nServikal Sitopatoloji Kursu, I. Ulusal Kolposkopi ve Servikal Patolojiler Kongresi, 8-9 Ekim 2008, Antalya\nDermatopatoloji Kursu, 26-27 Nisan 2008, Ankara\nPatolojide Yenilikler ve Ayırıcı Tanı, 12-13 Nisan 2008, Hacettepe Üniversitesi Ankara\nPatolojide Yenilikler ve Ayırıcı Tanı, 17-18 Mart 2007, Hacettepe Üniversitesi Ankara\nMeme hastalıkları Temel Kursu, 25-26 Kasım 2006, Ankara Patoloji Derneği\nJinekolojik tümörlere yaklaşım Jinekopatoloji Kursu, 4 Kasım 2006 Ankara\nPediatrik ve Perinatal Patoloji Kursu, 11-13 Mayıs 2006, İzmir\nKemik İliği Kursu, 24 Aralık 2005, Hacettepe Üniversitesi Onkoloji Enstitüsü, Ankara\nYumuşak doku tümörleri kursu, 12 Kasım 2005, Ankara Patoloji Derneği, Ankara\nGastrointestinal Sistem ve Karaciğer Hastalıkları Patolojisi kursu, 14-15 Ekim 2005, Hacettepe Üniversitesi, - Ankara\nÖzel Öğrenci Olarak Aldığı Dersler\nBiyoistatistik, (BIS 735), Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Biyoistatistik Anabilim Dalı. Ders Tanımı, Syllabus in English\nR Yazılımına Giriş (BIS 771), Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Biyoistatistik Anabilim Dalı. Ders Tanımı, Syllabus in English\nVeri Madenciliği (BIS 786), Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Biyoistatistik Anabilim Dalı. Ders Tanımı, Syllabus in English\nGenetik Araştırmalarda İstatistiksel Yöntemler (BIS 783), Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Biyoistatistik Anabilim Dalı. Ders Tanımı, Syllabus in English\nBiyoinformatiğe Giriş (BIS761), Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Biyoistatistik Anabilim Dalı. Ders Tanımı, Syllabus in English\nKarar verme Sürecinde istatistiksel yöntemler (BIS 710), Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Biyoistatistik Anabilim Dalı. Ders Tanımı, Syllabus in English\nÇalışma Hayatı\nGörev Dönemi\nÜnvan\nÜniversite/Kurum\nBölüm\n2005-2010\nAraştırma Görevlisi\nHacettepe Üniversitesi\nTıp Fakültesi Patoloji Anabilim Dalı\nHaziran-Ağustos 2009\nVisiting Scholar\nEmory University Atlanta/USA\nEmory University School of Medicine Anatomic Pathology Department\nNisan 2010-Temmuz 2010\nPatoloji Uzmanı\nHacettepe Üniversitesi\nTıp Fakültesi Patoloji Anabilim Dalı\nTemmuz 2010-Haziran 2012\nPatoloji Uzmanı\nAnkara Atatürk Eğitim ve Araştırma Hastanesi\nPatoloji Kliniği\nHaziran 2012 – Ekim 2016\nYrd. Doç. Dr.\nYıldırım Beyazıt Üniversitesi, Ankara Atatürk Eğitim ve Araştırma Hastanesi\nYıldırım Beyazıt Üniversitesi Tıp Fakültesi Patoloji Anabilim Dalı, Ankara Atatürk Eğitim ve Araştırma Hastanesi Patoloji Kliniği\nMart 2013-Mart 2014\nYÖK Doktora Sonrası Araştırma Bursu Visiting Scholar / Postdoctorate researcher\nEmory University Atlanta/USA\nEmory University School of Medicine Anatomic Pathology Department\nMart 2014 – Kasım 2015\nPatoloji AD Başkanı\nYıldırım Beyazıt Üniversitesi\nTıp Fakültesi Patoloji Anabilim Dalı\nNisan 2014 – Kasım 2015\nEğitim Sorumlusu\nAnkara Atatürk Eğitim ve Araştırma Hastanesi\nPatoloji Kliniği\n1 Nisan 2016\nDoç.Dr.\n\n\nAralık 2021 - Halen\nDoç.Dr.\nPatoloji Uzmanı\nMemorial Sağlık Grubu\n\n\nDernek ve Çalışma Grupları\nÜye Olduğu Dernekler ve Çalışma Grupları\nDigital Pathology Association\nEuropean Society for Digital and Integrative Pathology (ESDIP)\nEuropean Society of Pathology (ESP)\nAsian Society of Digital Pathology (ASDP)\nAssociaiton of Pathology Informatics (API)\nAnkara Patoloji Derneği\nSitopatoloji Derneği\nUnited States and Canadian Academy of Pathology (USCAP)\nPancreatobiliary Pathology Society\nPancreatobiliary Pathology Society Membership/Website Committee (2018 - 2025)\n\nAnkara Tabip Odası (Ankara Medical Chamber)\nİstanbul Tabip Odası (İstanbul Medical Chamber)\nPatoloji Dernekleri Federasyonu Standardizasyon Komisyonu\nPatoloji Dernekleri Federasyonu Hepato-Pankreato-Biliyer Patoloji Çalışma Grubu\nHacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Bilimsel Araştırma Topluluğu (HÜTBAT), 2000-2005\nHacettepe Üniversitesi Mezunlar Derneği\nKatkılar\nOdze and Goldblum Surgical Pathology of the GI Tract, Liver, Biliary Tract and Pancreas\n\n\nOutcomes of Tumor-Directed Surgery in Cancers of Head of Pancreas, Ampulla and Extrahepatic Bile Ducts: Influence of Patient Demographics, Disease Characteristics and Geographic Factors\nhttp://pid.emory.edu/ark:/25593/rkcxs\nReviews:\nPublons\nAcknowledgement to reviewers 2018 Virchows Arch (2019)\n\nAcknowledgments\n\n",
- "last_modified": "2024-12-01T20:34:07+03:00"
+ "last_modified": "2024-12-07T23:11:19+03:00"
}
],
"collections": ["posts/posts.json"]
diff --git a/public/sitemap.xml b/public/sitemap.xml
index af31c81..9db8b59 100644
--- a/public/sitemap.xml
+++ b/public/sitemap.xml
@@ -2,78 +2,78 @@
https://www.serdarbalci.com/404.html
- 2024-12-01T20:31:15+03:00
+ 2024-12-07T23:07:58+03:00
https://www.serdarbalci.com/BlogPosts.html
- 2024-12-01T20:31:15+03:00
+ 2024-12-07T23:07:58+03:00
https://www.serdarbalci.com/bussiness-card1.html
- 2024-12-01T20:31:15+03:00
+ 2024-12-07T23:07:59+03:00
https://www.serdarbalci.com/
- 2024-12-01T20:31:16+03:00
+ 2024-12-07T23:08:00+03:00
https://www.serdarbalci.com/posts_RStats.html
- 2024-12-01T20:31:16+03:00
+ 2024-12-07T23:08:00+03:00
https://www.serdarbalci.com/Serdar-Balci-MD-Pathologist-CV.html
- 2024-12-01T20:31:15+03:00
+ 2024-12-07T23:07:58+03:00
https://www.serdarbalci.com/posts/patolojide-bilisim/
- 2024-12-01T20:33:56+03:00
+ 2024-12-07T23:11:08+03:00
https://www.serdarbalci.com/posts/patoloji-calismalarinda-istatistik-icin-nasil-veri-hazirlanir/
- 2024-12-01T20:31:15+03:00
+ 2024-12-07T23:07:58+03:00
https://www.serdarbalci.com/posts/rutinde-dijital-patoloji-zorluklar-kolayliklar/
- 2024-12-01T20:31:15+03:00
+ 2024-12-07T23:07:59+03:00
https://www.serdarbalci.com/posts/klinikopatolojik-calismalar-jamovi-modulleri/
- 2024-12-01T20:31:15+03:00
+ 2024-12-07T23:07:58+03:00
https://www.serdarbalci.com/posts/gelecege-hazirlanan-cocuklar/
- 2024-12-01T20:31:15+03:00
+ 2024-12-07T23:07:58+03:00
https://www.serdarbalci.com/posts/dijital-patoloji-akreditasyonu-ve-quarto-sunumu/
- 2024-12-01T20:31:15+03:00
+ 2024-12-07T23:07:58+03:00
https://www.serdarbalci.com/posts/molekuler-patoloji-hakkinda/
- 2024-12-01T20:31:15+03:00
+ 2024-12-07T23:07:58+03:00
https://www.serdarbalci.com/posts/dijital-patoloji-hakkinda/
- 2024-12-01T20:31:15+03:00
+ 2024-12-07T23:07:58+03:00
https://www.serdarbalci.com/posts/patolojinotlari/
- 2024-12-01T20:31:15+03:00
+ 2024-12-07T23:07:59+03:00
https://www.serdarbalci.com/posts/2021-10-24-apple-m1-r-paket-gfortran/
- 2024-12-01T20:31:15+03:00
+ 2024-12-07T23:07:58+03:00
https://www.serdarbalci.com/posts/2021-09-06-r-ile-topluca-dosya-ismi-degistirme/
- 2024-12-01T20:31:15+03:00
+ 2024-12-07T23:07:58+03:00
https://www.serdarbalci.com/posts/2021-03-15-neden-jamovi-modullerine-ihtiyacim-oldu/
- 2024-12-01T20:31:15+03:00
+ 2024-12-07T23:07:58+03:00
https://www.serdarbalci.com/posts/2020-11-02-github-repository-collections/
- 2024-12-01T20:31:15+03:00
+ 2024-12-07T23:07:58+03:00