diff --git a/index.Rmd b/index.Rmd
index 3e74596..cdf0404 100644
--- a/index.Rmd
+++ b/index.Rmd
@@ -521,7 +521,7 @@ sc2_variants <- list(
"VOC: Omicron (FE.1)" = c("FE.1", "FE.1.2"),
"VOC: Omicron (GK.1)" = c("GK.1", unique(gi$pangolin_lineage[grep("^GK\\.1\\.", gi$pangolin_lineage)])),
"VOC: Omicron (JD.1)" = c("JD.1", unique(gi$pangolin_lineage[grep("^JD\\.1\\.", gi$pangolin_lineage)])),
- "VOC: Omicron (DL.1)" = c("DL.1", unique(gi$pangolin_lineage[grep("^DL\\.1\\.", gi$pangolin_lineage)])))
+ "VOC: Omicron (DL.1)" = c("DL.1", unique(gi$pangolin_lineage[grep("^DL\\.1\\.", gi$pangolin_lineage)])), unique(gi$pangolin_lineage[grep("^JN\\.1\\.", gi$pangolin_lineage)])))
sc2_oms <- structure(c(rep(names(sc2_variants), sapply(sc2_variants, length))),
@@ -603,6 +603,7 @@ gi_bahia_epiwseq_plot <- plotly::ggplotly(
"VOC: Omicron (GK.1)" = "#0000FF",
"VOC: Omicron (FE.1)" = "#FFFF00",
"VOC: Omicron (JD.1)" = "#FF0066",
+ "VOC: Omicron (JN.1)" = "#336600",
"Others" = "#999999")) + theme_light() +
theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, vjust = 1, hjust = 1, size = 8),
axis.text.y = element_text(hjust = 1, size = 8),
@@ -644,6 +645,7 @@ gi_salvador_epiwseq <- plotly::ggplotly(
"VOC: Omicron (GK.1)" = "#0000FF",
"VOC: Omicron (FE.1)" = "#FFFF00",
"VOC: Omicron (JD.1)" = "#FF0066",
+ "VOC: Omicron (JN.1)" = "#336600",
"Others" = "#999999")) + theme_light() +
theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, vjust = 1, hjust = 1, size = 8),
axis.text.y = element_text(hjust = 1, size = 8),
@@ -685,6 +687,7 @@ gi_irece_epiwseq_plot <- plotly::ggplotly(
"VOC: Omicron (GK.1)" = "#0000FF",
"VOC: Omicron (FE.1)" = "#FFFF00",
"VOC: Omicron (JD.1)" = "#FF0066",
+ "VOC: Omicron (JN.1)" = "#336600",
"Others" = "#999999")) + theme_light() +
theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, vjust = 1, hjust = 1, size = 8),
axis.text.y = element_text(hjust = 1, size = 8),
@@ -882,6 +885,7 @@ gi_hsr_epiwseq_plot <- plotly::ggplotly(
"VOC: Omicron (GK.1)" = "#0000FF",
"VOC: Omicron (FE.1)" = "#FFFF00",
"VOC: Omicron (JD.1)" = "#FF0066",
+ "VOC: Omicron (JN.1)" = "#336600",
"Others" = "#999999")) + theme_light() +
theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, vjust = 1, hjust = 1, size = 8),
axis.text.y = element_text(hjust = 1, size = 8),
@@ -1048,6 +1052,7 @@ gi_labcov_epiwseq <- plotly::ggplotly(
"VOC: Omicron (GK.1)" = "#0000FF",
"VOC: Omicron (FE.1)" = "#FFFF00",
"VOC: Omicron (JD.1)" = "#FF0066",
+ "VOC: Omicron (JN.1)" = "#336600",
"Others" = "#999999")) + theme_light() +
theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, vjust = 1, hjust = 1, size = 8),
axis.text.y = element_text(hjust = 1, size = 8),
@@ -1233,6 +1238,7 @@ gi_lacen_ba_epiwseq_plot <- plotly::ggplotly(
"VOC: Omicron (GK.1)" = "#0000FF",
"VOC: Omicron (FE.1)" = "#FFFF00",
"VOC: Omicron (JD.1)" = "#FF0066",
+ "VOC: Omicron (JN.1)" = "#336600",
"Others" = "#999999")) + theme_light() +
theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, vjust = 1, hjust = 1, size = 8),
axis.text.y = element_text(hjust = 1, size = 8),
@@ -1399,6 +1405,7 @@ gi_ljc_epiwseq_plot <- plotly::ggplotly(
"VOC: Omicron (GK.1)" = "#0000FF",
"VOC: Omicron (FE.1)" = "#FFFF00",
"VOC: Omicron (JD.1)" = "#FF0066",
+ "VOC: Omicron (JN.1)" = "#336600",
"Others" = "#999999")) + theme_light() +
theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, vjust = 1, hjust = 1, size = 8),
axis.text.y = element_text(hjust = 1, size = 8),
diff --git a/index.html b/index.html
index 838c1ce..97a11ea 100644
--- a/index.html
+++ b/index.html
@@ -2904,7 +2904,7 @@
Painéis de Vigilância
Plataforma de Vigilância Molecular do Instituto Gonçalo Moniz
-(FIOCRUZ-BA) — atualizado em 2024-02-07 às 17:30:48
+(FIOCRUZ-BA) — atualizado em 2024-02-15 às 17:08:50
@@ -4682,16 +4682,16 @@
Distribuição dos resultados de RT-qPCR para SARS-CoV-2 por semana
-
-
+
+
Proporção de amostras SARS-CoV-2 positivas e negativas
-
-
+
+
@@ -4702,8 +4702,8 @@
Amostras recebidas pela PVM distribuídas por município requisitante
-
-
+
+
Amostras recebidas pela PVM distribuídas por município requisitante
@@ -4711,8 +4711,8 @@ Amostras recebidas pela PVM distribuídas por município requisitante
-
-
+
+
@@ -4724,16 +4724,16 @@ Distribuição dos resultados de RT-qPCR para SARS-CoV-2 por semana
-
-
+
+
Proporção de amostras SARS-CoV-2 positivas e negativas
-
-
+
+
Amostras recebidas pela PVM distribuídas por município requisitante
@@ -4741,8 +4741,8 @@ Amostras recebidas pela PVM distribuídas por município requisitante
-
-
+
+
Amostras recebidas pela PVM distribuídas por município requisitante
@@ -4750,8 +4750,8 @@ Amostras recebidas pela PVM distribuídas por município requisitante
-
-
+
+
@@ -4787,16 +4787,16 @@
Produção de genomas de SARS-CoV-2 da FIOCRUZ-BA
-
-
+
+
Genomas de SARS-CoV-2 da Bahia submetidos no GISAID
-
-
+
+
@@ -4807,24 +4807,24 @@
Distribuição na Bahia das linhagens de SARS-CoV-2 por semana
-
-
+
+
Distribuição em Salvador (BA)
-
-
+
+
Distribuição em Irecê (BA)
-
-
+
+
@@ -4835,16 +4835,16 @@ Produção de genomas de SARS-CoV-2 da FIOCRUZ-BA
-
-
+
+
Genomas de SARS-CoV-2 da Bahia submetidos no GISAID
-
-
+
+
Distribuição na Bahia das linhagens de SARS-CoV-2 por semana
@@ -4852,8 +4852,8 @@ Distribuição na Bahia das linhagens de SARS-CoV-2 por semana
-
-
+
+
Distribuição em Salvador (BA) das linhagens de SARS-CoV-2 por semana
@@ -4861,8 +4861,8 @@ Distribuição em Salvador (BA) das linhagens de SARS-CoV-2 por semana
-
-
+
+
Distribuição em Irecê (BA) das linhagens de SARS-CoV-2 por semana
@@ -4870,8 +4870,8 @@ Distribuição em Irecê (BA) das linhagens de SARS-CoV-2 por semana
-
-
+
+
@@ -4907,16 +4907,16 @@
Produção de genomas de SARS-CoV-2 da FIOCRUZ-BA
-
-
+
+
Genomas de SARS-CoV-2 da Bahia submetidos no GISAID
-
-
+
+
@@ -4927,8 +4927,8 @@
Distribuição na Bahia das linhagens de SARS-CoV-2 por semana
-
-
+
+
@@ -4939,16 +4939,16 @@ HSR - Produção de genomas de SARS-CoV-2 da FIOCRUZ-BA
-
-
+
+
HSR - Genomas de SARS-CoV-2 da Bahia submetidos no GISAID
-
-
+
+
HSR - Distribuição na Bahia das linhagens de SARS-CoV-2 por semana
@@ -4956,8 +4956,8 @@ HSR - Distribuição na Bahia das linhagens de SARS-CoV-2 por semana
-
-
+
+
@@ -4993,16 +4993,16 @@
Produção de genomas de SARS-CoV-2 da FIOCRUZ-BA
-
-
+
+
Genomas de SARS-CoV-2 da Bahia submetidos no GISAID
-
-
+
+
@@ -5013,8 +5013,8 @@
Distribuição na Bahia das linhagens de SARS-CoV-2 por semana
-
-
+
+
@@ -5025,16 +5025,16 @@ LabCoV - Produção de genomas de SARS-CoV-2 da FIOCRUZ-BA
-
-
+
+
LabCoV - Genomas de SARS-CoV-2 da Bahia submetidos no GISAID
-
-
+
+
LabCoV - Distribuição na Bahia das linhagens de SARS-CoV-2 por
@@ -5042,8 +5042,8 @@ LabCoV - Distribuição na Bahia das linhagens de SARS-CoV-2 por
-
-
+
+
@@ -5079,16 +5079,16 @@
Produção de genomas de SARS-CoV-2 da FIOCRUZ-BA
-
-
+
+
Genomas de SARS-CoV-2 da Bahia submetidos no GISAID
-
-
+
+
@@ -5099,8 +5099,8 @@
Distribuição na Bahia das linhagens de SARS-CoV-2 por semana
-
-
+
+
@@ -5111,16 +5111,16 @@ LACEN-BA - Produção de genomas de SARS-CoV-2 da FIOCRUZ-BA
-
-
+
+
LACEN-BA - Genomas de SARS-CoV-2 da Bahia submetidos no GISAID
-
-
+
+
LACEN-BA - Distribuição na Bahia das linhagens de SARS-CoV-2 por
@@ -5128,8 +5128,8 @@ LACEN-BA - Distribuição na Bahia das linhagens de SARS-CoV-2 por
-
-
+
+
@@ -5165,16 +5165,16 @@
LJC - Produção de genomas de SARS-CoV-2 da FIOCRUZ-BA
-
-
+
+
LJC - Genomas de SARS-CoV-2 da Bahia submetidos no GISAID
-
-
+
+
@@ -5185,8 +5185,8 @@
LabCoV - Distribuição na Bahia das linhagens de SARS-CoV-2 por
-
-
+
+
@@ -5197,16 +5197,16 @@ LJC - Produção de genomas de SARS-CoV-2 da FIOCRUZ-BA
-
-
+
+
LJC - Genomas de SARS-CoV-2 da Bahia submetidos no GISAID
-
-
+
+
LJC - Distribuição na Bahia das linhagens de SARS-CoV-2 por semana
@@ -5214,8 +5214,8 @@ LJC - Distribuição na Bahia das linhagens de SARS-CoV-2 por semana
-
-
+
+