diff --git a/index.Rmd b/index.Rmd index 3e74596..cdf0404 100644 --- a/index.Rmd +++ b/index.Rmd @@ -521,7 +521,7 @@ sc2_variants <- list( "VOC: Omicron (FE.1)" = c("FE.1", "FE.1.2"), "VOC: Omicron (GK.1)" = c("GK.1", unique(gi$pangolin_lineage[grep("^GK\\.1\\.", gi$pangolin_lineage)])), "VOC: Omicron (JD.1)" = c("JD.1", unique(gi$pangolin_lineage[grep("^JD\\.1\\.", gi$pangolin_lineage)])), - "VOC: Omicron (DL.1)" = c("DL.1", unique(gi$pangolin_lineage[grep("^DL\\.1\\.", gi$pangolin_lineage)]))) + "VOC: Omicron (DL.1)" = c("DL.1", unique(gi$pangolin_lineage[grep("^DL\\.1\\.", gi$pangolin_lineage)])), unique(gi$pangolin_lineage[grep("^JN\\.1\\.", gi$pangolin_lineage)]))) sc2_oms <- structure(c(rep(names(sc2_variants), sapply(sc2_variants, length))), @@ -603,6 +603,7 @@ gi_bahia_epiwseq_plot <- plotly::ggplotly( "VOC: Omicron (GK.1)" = "#0000FF", "VOC: Omicron (FE.1)" = "#FFFF00", "VOC: Omicron (JD.1)" = "#FF0066", + "VOC: Omicron (JN.1)" = "#336600", "Others" = "#999999")) + theme_light() + theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, vjust = 1, hjust = 1, size = 8), axis.text.y = element_text(hjust = 1, size = 8), @@ -644,6 +645,7 @@ gi_salvador_epiwseq <- plotly::ggplotly( "VOC: Omicron (GK.1)" = "#0000FF", "VOC: Omicron (FE.1)" = "#FFFF00", "VOC: Omicron (JD.1)" = "#FF0066", + "VOC: Omicron (JN.1)" = "#336600", "Others" = "#999999")) + theme_light() + theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, vjust = 1, hjust = 1, size = 8), axis.text.y = element_text(hjust = 1, size = 8), @@ -685,6 +687,7 @@ gi_irece_epiwseq_plot <- plotly::ggplotly( "VOC: Omicron (GK.1)" = "#0000FF", "VOC: Omicron (FE.1)" = "#FFFF00", "VOC: Omicron (JD.1)" = "#FF0066", + "VOC: Omicron (JN.1)" = "#336600", "Others" = "#999999")) + theme_light() + theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, vjust = 1, hjust = 1, size = 8), axis.text.y = element_text(hjust = 1, size = 8), @@ -882,6 +885,7 @@ gi_hsr_epiwseq_plot <- plotly::ggplotly( "VOC: Omicron (GK.1)" = "#0000FF", "VOC: Omicron (FE.1)" = "#FFFF00", "VOC: Omicron (JD.1)" = "#FF0066", + "VOC: Omicron (JN.1)" = "#336600", "Others" = "#999999")) + theme_light() + theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, vjust = 1, hjust = 1, size = 8), axis.text.y = element_text(hjust = 1, size = 8), @@ -1048,6 +1052,7 @@ gi_labcov_epiwseq <- plotly::ggplotly( "VOC: Omicron (GK.1)" = "#0000FF", "VOC: Omicron (FE.1)" = "#FFFF00", "VOC: Omicron (JD.1)" = "#FF0066", + "VOC: Omicron (JN.1)" = "#336600", "Others" = "#999999")) + theme_light() + theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, vjust = 1, hjust = 1, size = 8), axis.text.y = element_text(hjust = 1, size = 8), @@ -1233,6 +1238,7 @@ gi_lacen_ba_epiwseq_plot <- plotly::ggplotly( "VOC: Omicron (GK.1)" = "#0000FF", "VOC: Omicron (FE.1)" = "#FFFF00", "VOC: Omicron (JD.1)" = "#FF0066", + "VOC: Omicron (JN.1)" = "#336600", "Others" = "#999999")) + theme_light() + theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, vjust = 1, hjust = 1, size = 8), axis.text.y = element_text(hjust = 1, size = 8), @@ -1399,6 +1405,7 @@ gi_ljc_epiwseq_plot <- plotly::ggplotly( "VOC: Omicron (GK.1)" = "#0000FF", "VOC: Omicron (FE.1)" = "#FFFF00", "VOC: Omicron (JD.1)" = "#FF0066", + "VOC: Omicron (JN.1)" = "#336600", "Others" = "#999999")) + theme_light() + theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, vjust = 1, hjust = 1, size = 8), axis.text.y = element_text(hjust = 1, size = 8), diff --git a/index.html b/index.html index 838c1ce..97a11ea 100644 --- a/index.html +++ b/index.html @@ -2904,7 +2904,7 @@ Painéis de Vigilância Plataforma de Vigilância Molecular do Instituto Gonçalo Moniz -(FIOCRUZ-BA) — atualizado em 2024-02-07 às 17:30:48 +(FIOCRUZ-BA) — atualizado em 2024-02-15 às 17:08:50 @@ -4682,16 +4682,16 @@

Distribuição dos resultados de RT-qPCR para SARS-CoV-2 por semana
-
- +
+

Proporção de amostras SARS-CoV-2 positivas e negativas

-
- +
+
@@ -4702,8 +4702,8 @@

Amostras recebidas pela PVM distribuídas por município requisitante
-
- +
+

Amostras recebidas pela PVM distribuídas por município requisitante @@ -4711,8 +4711,8 @@

Amostras recebidas pela PVM distribuídas por município requisitante
-
- +
+

@@ -4724,16 +4724,16 @@

Distribuição dos resultados de RT-qPCR para SARS-CoV-2 por semana
-
- +
+

Proporção de amostras SARS-CoV-2 positivas e negativas

-
- +
+

Amostras recebidas pela PVM distribuídas por município requisitante @@ -4741,8 +4741,8 @@

Amostras recebidas pela PVM distribuídas por município requisitante
-
- +
+

Amostras recebidas pela PVM distribuídas por município requisitante @@ -4750,8 +4750,8 @@

Amostras recebidas pela PVM distribuídas por município requisitante
-
- +
+

@@ -4787,16 +4787,16 @@

Produção de genomas de SARS-CoV-2 da FIOCRUZ-BA

-
- +
+

Genomas de SARS-CoV-2 da Bahia submetidos no GISAID

-
- +
+
@@ -4807,24 +4807,24 @@

Distribuição na Bahia das linhagens de SARS-CoV-2 por semana
-
- +
+

Distribuição em Salvador (BA)

-
- +
+

Distribuição em Irecê (BA)

-
- +
+
@@ -4835,16 +4835,16 @@

Produção de genomas de SARS-CoV-2 da FIOCRUZ-BA

-
- +
+

Genomas de SARS-CoV-2 da Bahia submetidos no GISAID

-
- +
+

Distribuição na Bahia das linhagens de SARS-CoV-2 por semana @@ -4852,8 +4852,8 @@

Distribuição na Bahia das linhagens de SARS-CoV-2 por semana
-
- +
+

Distribuição em Salvador (BA) das linhagens de SARS-CoV-2 por semana @@ -4861,8 +4861,8 @@

Distribuição em Salvador (BA) das linhagens de SARS-CoV-2 por semana
-
- +
+

Distribuição em Irecê (BA) das linhagens de SARS-CoV-2 por semana @@ -4870,8 +4870,8 @@

Distribuição em Irecê (BA) das linhagens de SARS-CoV-2 por semana
-
- +
+

@@ -4907,16 +4907,16 @@

Produção de genomas de SARS-CoV-2 da FIOCRUZ-BA

-
- +
+

Genomas de SARS-CoV-2 da Bahia submetidos no GISAID

-
- +
+
@@ -4927,8 +4927,8 @@

Distribuição na Bahia das linhagens de SARS-CoV-2 por semana
-
- +
+

@@ -4939,16 +4939,16 @@

HSR - Produção de genomas de SARS-CoV-2 da FIOCRUZ-BA

-
- +
+

HSR - Genomas de SARS-CoV-2 da Bahia submetidos no GISAID

-
- +
+

HSR - Distribuição na Bahia das linhagens de SARS-CoV-2 por semana @@ -4956,8 +4956,8 @@

HSR - Distribuição na Bahia das linhagens de SARS-CoV-2 por semana
-
- +
+

@@ -4993,16 +4993,16 @@

Produção de genomas de SARS-CoV-2 da FIOCRUZ-BA

-
- +
+

Genomas de SARS-CoV-2 da Bahia submetidos no GISAID

-
- +
+
@@ -5013,8 +5013,8 @@

Distribuição na Bahia das linhagens de SARS-CoV-2 por semana
-
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@@ -5025,16 +5025,16 @@

LabCoV - Produção de genomas de SARS-CoV-2 da FIOCRUZ-BA

-
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+

LabCoV - Genomas de SARS-CoV-2 da Bahia submetidos no GISAID

-
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+

LabCoV - Distribuição na Bahia das linhagens de SARS-CoV-2 por @@ -5042,8 +5042,8 @@

LabCoV - Distribuição na Bahia das linhagens de SARS-CoV-2 por
-
- +
+

@@ -5079,16 +5079,16 @@

Produção de genomas de SARS-CoV-2 da FIOCRUZ-BA

-
- +
+

Genomas de SARS-CoV-2 da Bahia submetidos no GISAID

-
- +
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@@ -5099,8 +5099,8 @@

Distribuição na Bahia das linhagens de SARS-CoV-2 por semana
-
- +
+

@@ -5111,16 +5111,16 @@

LACEN-BA - Produção de genomas de SARS-CoV-2 da FIOCRUZ-BA

-
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LACEN-BA - Genomas de SARS-CoV-2 da Bahia submetidos no GISAID

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LACEN-BA - Distribuição na Bahia das linhagens de SARS-CoV-2 por @@ -5128,8 +5128,8 @@

LACEN-BA - Distribuição na Bahia das linhagens de SARS-CoV-2 por
-
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@@ -5165,16 +5165,16 @@

LJC - Produção de genomas de SARS-CoV-2 da FIOCRUZ-BA

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LJC - Genomas de SARS-CoV-2 da Bahia submetidos no GISAID

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@@ -5185,8 +5185,8 @@

LabCoV - Distribuição na Bahia das linhagens de SARS-CoV-2 por
-
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@@ -5197,16 +5197,16 @@

LJC - Produção de genomas de SARS-CoV-2 da FIOCRUZ-BA

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LJC - Genomas de SARS-CoV-2 da Bahia submetidos no GISAID

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LJC - Distribuição na Bahia das linhagens de SARS-CoV-2 por semana @@ -5214,8 +5214,8 @@

LJC - Distribuição na Bahia das linhagens de SARS-CoV-2 por semana
-
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