From 78aabe6f69dc7fbc0f443a78a95f445b3fe0cf9a Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Laise de Moraes Date: Mon, 27 Nov 2023 13:38:56 -0300 Subject: [PATCH] Update pvm_sarscov2.md --- reports/pvm_sarscov2.md | 667 ++-------------------------------------- 1 file changed, 26 insertions(+), 641 deletions(-) diff --git a/reports/pvm_sarscov2.md b/reports/pvm_sarscov2.md index e9795a8..80ba24a 100644 --- a/reports/pvm_sarscov2.md +++ b/reports/pvm_sarscov2.md @@ -2,27 +2,9 @@ ## Análises do sequenciamento de genoma completo de SARS-CoV-2 -- [Requisitos do sistema][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#requisitos-m%C3%ADnimos-do-sistema] -- [Programas necessários][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#programas-necess%C3%A1rios] -- [Configuração do Linux para as análises de montagem dos genomas e construção dos relatórios][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#configura%C3%A7%C3%A3o-do-linux-para-as-an%C3%A1lises-de-montagem-dos-genomas-e-constru%C3%A7%C3%A3o-dos-relat%C3%B3rios] -- [Atualização das bases de dados utilizadas para os relatórios][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#atualiza%C3%A7%C3%A3o-das-bases-de-dados-utilizadas-para-os-relat%C3%B3rios] -- [Download dos dados da corrida de sequenciamento][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#download-dos-dados-da-corrida-de-sequenciamento] -- [Avaliação da qualidade da corrida de sequenciamento][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#avalia%C3%A7%C3%A3o-da-qualidade-da-corrida-de-sequenciamento] -- [Montagem do genomas de SARS-CoV2][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#montagem-do-genomas-de-sars-cov2] -- [Relatório REDCap][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#relat%C3%B3rio-redcap] -- [Submissão GISAID][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#submiss%C3%A3o-gisaid] -- [Envio do relatório REDCAP para REDCap FIOCRUZ][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#envio-do-relat%C3%B3rio-redcap-para-redcap-fiocruz] -- [Relatório CIEVS][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#relat%C3%B3rio-cievs] - - [E-mail para o CIEVS # somente amostras com requisição GAL][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#e-mail-para-o-cievs--somente-amostras-com-requisi%C3%A7%C3%A3o-gal] - - [E-mail para o CIEVS # amostras com requisição HSR][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#e-mail-para-o-cievs--amostras-com-requisi%C3%A7%C3%A3o-hsr] - - [E-mail para o CIEVS # amostras com requisição LABCOV][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#e-mail-para-o-cievs--amostras-com-requisi%C3%A7%C3%A3o-labcov] -- [Relatório Rede Genômica Fiocruz][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#relat%C3%B3rio-rede-gen%C3%B4mica-fiocruz] - - [E-mail para a Rede Genômica Fiocruz # HSR][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#e-mail-para-a-rede-gen%C3%B4mica-fiocruz--hsr] - - [E-mail para a Rede Genômica Fiocruz # LABCOV][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#e-mail-para-a-rede-gen%C3%B4mica-fiocruz--labcov] - - [E-mail para a Rede Genômica Fiocruz # LACEN-BA / PVM-IGM][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#e-mail-para-a-rede-gen%C3%B4mica-fiocruz--lacen-ba--pvm-igm] -- [Backup dos dados][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#backup-dos-dados] - - [Envio dos dados para os colaboradores # HSR][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#envio-dos-dados-para-os-colaboradores--hsr] - - [Envio dos dados para os colaboradores # LABCOV][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#envio-dos-dados-para-os-colaboradores--labcov] +- [Requisitos do sistema](https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#requisitos-m%C3%ADnimos-do-sistema) +- [Programas necessários](https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#programas-necess%C3%A1rios) +- [Configurações para as análises de montagem dos genomas e construção dos relatórios](https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#configura%C3%A7%C3%B5es-para-as-an%C3%A1lises-de-montagem-dos-genomas-e-constru%C3%A7%C3%A3o-dos-relat%C3%B3rios) ### Requisitos mínimos do sistema @@ -35,25 +17,19 @@ ### Programas necessários -- [Epi Info][https://www.cdc.gov/epiinfo/support/por/pt_downloads.html] -- [Illumina BaseSpace Sequence Hub CLI][https://developer.basespace.illumina.com/docs/content/documentation/cli/cli-overview] -- [Illumina Sequencing Analysis Viewer (SAV)][https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/sequencing_analysis_viewer_sav/downloads.html] -- [Microsoft Office 365 Educação][https://www.microsoft.com/pt-br/education/products/office] -- [Microsoft OneDrive][https://www.microsoft.com/pt-br/microsoft-365/onedrive/download] -- [Microsoft Teams][https://www.microsoft.com/pt-br/microsoft-teams/download-app] -- [Notepadd++][https://notepad-plus-plus.org/downloads] -- [VIral GEnome ASsembly pipelines for WGS (vigeas)][https://github.com/khourious/vigeas] -- [Windows Subsystem for Linux 2 (WSL2)][https://learn.microsoft.com/pt-br/windows/wsl/install] +- [Epi Info](https://www.cdc.gov/epiinfo/support/por/pt_downloads.html) +- [Illumina BaseSpace Sequence Hub CLI](https://developer.basespace.illumina.com/docs/content/documentation/cli/cli-overview) +- [Illumina Sequencing Analysis Viewer (SAV)](https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/sequencing_analysis_viewer_sav/downloads.html) +- [Microsoft Office 365 Educação](https://www.microsoft.com/pt-br/education/products/office) +- [Microsoft OneDrive](https://www.microsoft.com/pt-br/microsoft-365/onedrive/download) +- [Microsoft Teams](https://www.microsoft.com/pt-br/microsoft-teams/download-app) +- [Notepadd++](https://notepad-plus-plus.org/downloads) +- [VIral GEnome ASsembly pipelines for WGS (vigeas)](https://github.com/khourious/vigeas) +- [Windows Subsystem for Linux 2 (WSL2)](https://learn.microsoft.com/pt-br/windows/wsl/install) -### Configuração do Linux para as análises de montagem dos genomas e construção dos relatórios +### Configurações para as análises de montagem dos genomas e construção dos relatórios -Logar no [MS Teams][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#programas-necess%C3%A1rios] e criar atalhos dentro do [OneDrive][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#programas-necess%C3%A1rios] para os seguintes diretórios: - -- **Canal Diagnóstico** - -```text -MS Teams -> RPT01Q -> Diagnóstico -> Arquivos -> Sistemas -> Soroteca -> Adicionar atalho ao OneDrive -``` +Logar no [MS Teams](https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#programas-necess%C3%A1rios) e criar atalhos dentro do [OneDrive](https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#programas-necess%C3%A1rios) para os seguintes diretórios: - **Canal Dados** @@ -67,13 +43,11 @@ MS Teams -> RPT01Q -> Dados -> Arquivos -> Adicionar atalho ao OneDrive MS Teams -> RPT01Q -> NGS -> Arquivos -> Adicionar atalho ao OneDrive ``` -Após criar atalhos no [OneDrive][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#programas-necess%C3%A1rios], checar se há a sincronização: - -- No [WSL2][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#programas-necess%C3%A1rios] +Após criar atalhos no [OneDrive](https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#programas-necess%C3%A1rios), checar se há a sincronização. - No [WSL2](https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#programas-necess%C3%A1rios) ```bash # instalar ferramenta para lidar com banco de dados .mdb -sudo apt-get -y install gnumeric mdbtools +sudo apt -y install gnumeric mdbtools # criar atalho para o diretório OneDrive ln -s /mnt/c/Users/$(cmd.exe /c 'echo %USERNAME%' 2>/dev/null | tr -d '\r')/OneDrive\ -\ FIOCRUZ/ OneDrive @@ -126,22 +100,17 @@ bs auth ### Atualização das bases de dados utilizadas para os relatórios -É necessario copiar o arquivo `ControledeAmostras_FioCruz_be.mdb` localizado na intranet da FIOCRUZ `\IGM-FS\Arquivos\Grupos\DiagCOVID19\Sistemas\Soroteca` para o diretório `\OneDrive\OneDrive - FIOCRUZ\Dados\Bancos_PVM\Soroteca`. - -Após copiar o `ControledeAmostras_FioCruz_be.mdb`, abrir o `Executar do Windows` utiizando o atalho `Windows+R` e rodar o `Prompt de Comando do Windows`: +É necessario copiar o arquivo `ControledeAmostras_FioCruz_be.mdb` localizado na intranet da FIOCRUZ `\IGM-FS\Arquivos\Grupos\DiagCOVID19\Sistemas\Soroteca` para o diretório `\OneDrive\OneDrive - FIOCRUZ\Dados\Bancos_PVM\Soroteca`. Após copiar o `ControledeAmostras_FioCruz_be.mdb`, abrir o [Epi Info](https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#programas-necess%C3%A1rios) e rodar o script: ```text -cmd -``` +READ {C:\Users\lpmor22\OneDrive - FIOCRUZ\Dados\Bancos_PVM\Soroteca\ControledeAmostras_FioCruz_be.mdb}:tbSample +RELATE {Provider=Microsoft.Jet.OLEDB.4.0;Data Source=C:\Users\lpmor22\OneDrive - FIOCRUZ\Dados\Bancos_PVM\Soroteca\ControledeAmostras_FioCruz_be.mdb}:tbFreezer Freezer_ID :: ID +RELATE {Provider=Microsoft.Jet.OLEDB.4.0;Data Source=C:\Users\lpmor22\OneDrive - FIOCRUZ\Dados\Bancos_PVM\Soroteca\ControledeAmostras_FioCruz_be.mdb}:tbBox Box :: Box_ID +WRITE REPLACE "Epi7" {Provider=Microsoft.Jet.OLEDB.4.0;Data Source=C:\Users\lpmor22\OneDrive - FIOCRUZ\Dados\Bancos_PVM\Soroteca;Extended Properties="text;HDR=Yes;FMT=Delimited"} : [ControledeAmostras_FioCruz_be#csv] * -- No `cmd` - -```bash -# rodar script do Epi Info para exportar os dados do da soroteca da PVM -"C:\OneDrive\OneDrive - FIOCRUZ\Dados\scripts\PVM_SOROTECA.pgm7" ``` -- No [WSL2][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#programas-necess%C3%A1rios] +- No [WSL2](https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#programas-necess%C3%A1rios): ```bash # rodar script para exportar e organizar todas as bases de dados utilizadas para os relatórios @@ -150,27 +119,21 @@ PVM_DATABASES.sh ### Download dos dados da corrida de sequenciamento -Informar para o prompt de comando o nome da corrida de sequenciamento - -- No [WSL2][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#programas-necess%C3%A1rios] +- No [WSL2](https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#programas-necess%C3%A1rios): ```bash # criar array com o nome da biblioteca de sequenciamento LIBRARY=IGM_PVM_MISEQ_DNAP_LIBRARYyyyymmdd ``` -Baixar os arquivos de qualidade da corrida - -- No [WSL2][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#programas-necess%C3%A1rios] +#### Baixar os arquivos de qualidade da corrida ```bash # baixar os arquivos de qualidade da corrida bs download run --no-metadata --summary -o $HOME/BaseSpace/"$LIBRARY"_SAV -n "$LIBRARY" ``` -Baixar os arquivos fastQ - -- No [WSL2][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#programas-necess%C3%A1rios] +#### Baixar os arquivos fastQ ```bash # baixar os arquivos fastQ @@ -179,7 +142,7 @@ bs download project --no-metadata --summary --extension=fastq.gz -o $HOME/BaseSp ### Avaliação da qualidade da corrida de sequenciamento -Abrir o [Illumina Sequencing Analysis Viewer (SAV)][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#programas-necess%C3%A1rios] e carregar o diretório da corrida para análise da qualidade: +Abrir o [Illumina Sequencing Analysis Viewer (SAV)](https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#programas-necess%C3%A1rios) e carregar o diretório da corrida para análise da qualidade: ```bash Browse -> This PC -> WINDOWS (C:) -> BaseSpace -> IGM_PVM_MISEQ_DNAP_LIBRARYyyyymmdd_SAV -> OK @@ -206,581 +169,3 @@ Avaliar os seguintes critérios: - `Read 1 / Read 4 -> Legacy Phasing/Prephasing Rate`: taxa das moléculas em um cluster com perda de sincronismo no momento da detecção de fluorescência. *Phasing* é quando o sequenciamento *fica para trás* e *Prephasing*, quando *avança demais*. O esperado são valores iguais ou abaixo de 0.25 para R1 e R4. - `Read 1 / Read 4 -> %>=Q30`: taxa de bases geradas com um índice de qualidade PHRED igual ou maior que 30. A escala PHRED estima a probabilidade de erro na identificação das bases. PHRED 30 quer dizer 1 erro a cada 1000 bases, ou seja, acurácia de 99.90%. O esperado são valores acima de 80% para cartuchos 300-V2, acima de 85% para 150-V3 e acima de 70% para 600-V3. - `Read 1 / Read 4 -> Intensity Cycle 1`: média da intensidade da corrida mensurada após o ciclo 1. O esperado são valores acima de 90. - -### Montagem do genomas de SARS-CoV2 - -Identificar o nome da biblioteca de sequenciamento para utilizar no Linux, editando o array `LIBRARY`: - -- No [WSL2][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#programas-necess%C3%A1rios] - -```bash -# converter quebras de linha do formato DOS para UNIX -dos2unix $HOME/PVM_SEQ/SAMPLE_SHEETS/"$LIBRARY".csv - -# editar samplesheet da biblioteca de sequenciamento -nano $HOME/PVM_SEQ/SAMPLE_SHEETS/"$LIBRARY".csv -``` - -Avaliar a samplesheet do sequenciamento de acordo com os seguintes critérios: - -- As amostras e controles não podem conter `-` ou `_` uma vez que estes caracteres são utilizados pelo script de montagem como delimitadores de arquivos. -- As amostras devem ser identificadas pelo tracking ID biobanco -- Identificador dos contoles devem sempre conter caractere numérico (*i.e.* MOCK01, CNCDNA01, CNPCR01, CP01). -- A coluna descrição deve conter a informação do esquema de primer utilizado (*i.e.* ARTIC_V4_1). - -No [WSL2][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#programas-necess%C3%A1rios] - -```bash -# atualizar lista de pacotes do linux -sudo apt-get -y update - -# atualizar o linux e dependências instaladas -sudo apt-get -y full-upgrade - -# remover dependências que não são mais necessárias -sudo apt-get autoremove - -# remover arquivos de instalações de dependências -sudo apt-get auto-clean - -# remover arquivos de instalações de dependências que o auto-clean não consegue resolver -sudo apt-get -y purge $(dpkg -l | awk '/^rc/ {print $2}') - -# checar se há dependências quebradas -sudo apt-get check - -# limpar o cachê do conda -conda clean -ay - -# atualizar as dependências utililizadas pelos ambientes do vigeas-illumina -vigeas-illumina -u -``` - -No [WSL2][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#programas-necess%C3%A1rios] - -```bash -# rodar o vigeas para realizar a montagem dos genomas de SARS-CoV-2 -vigeas-illumina -w 1 -s $HOME/PVM_SEQ/SAMPLE_SHEETS/"$LIBRARY".csv -i $HOME/BaseSpace/"$LIBRARY" -d 10 -``` - -A montagem dos genoma demora cerca de 2 minutos por genoma em um computador com *hardware* de 9ª geração Intel Core i7 com 16 GB de memória RAM. - -Ao final da montagem dos genomas, avaliar as seguintes situações: - -- `IGM_PVM_MISEQ_DNAP_LIBRARYyyyymmdd.log.*. yyyy-mm-dd.txt`: se há erros na análise. -- `IGM_PVM_MISEQ_DNAP_LIBRARYyyyymmdd.consensus.*.yyyy-mm-dd.fasta`: se quantidade de genomas está em conformidade com a samplesheet. -- `IGM_PVM_MISEQ_DNAP_LIBRARYyyyymmdd.coverage.*.yyyy-mm-dd.pdf`: se quantidade de plots de cobertura e profundidade está em conformidade com a samplesheet e se houve eventuais problemas de montagem. -- `IGM_PVM_MISEQ_DNAP_LIBRARYyyyymmdd.summary.SARS-CoV-2.*.yyyy-mm-dd.txt`: se quantidade de genomas está em conformidade com a samplesheet e se as métricas de montagem estão completas. - -### Relatório REDCap - -No [WSL2][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#programas-necess%C3%A1rios] - -```bash -# entrar no diretório dos documentos da biblioteca de sequenciamento -cd $HOME/PVM_SEQ/DOCUMENTOS_CORRIDAS/"$LIBRARY" - -# renomear os arquivos para não apresentarem espaços -for f in *\ *; do rename=$(echo "$f" | sed 's/ /_/g; s/[^A-Za-z0-9_.]/_/g'); mv "$f" "$rename"; done - -# rodar script para gerar os documentos que serão utilizados na montagem dos relatórios -PVM_DATA.sh $HOME/PVM_SEQ/SAMPLE_SHEETS/"$LIBRARY".csv -``` - -Os arquivos gerados pelo script são: - -- `IGM_PVM_MISEQ_DNAP_LIBRARYyyyymmdd_ASSEMBLY.txt`: contém esquema de sequenciamento e versão dos programas utilizados para montagem dos genomas. -- `IGM_PVM_MISEQ_DNAP_LIBRARYyyyymmdd_BIOBANCO.txt`: contém o tracking ID biobanco das amostras. -- `IGM_PVM_MISEQ_DNAP_LIBRARYyyyymmdd_PRIMERS.txt`: contém o tracking ID biobanco e esquema de primers. -- `IGM_PVM_MISEQ_DNAP_LIBRARYyyyymmdd_REC.txt`: contém o número REC equivalente para cada tracking ID biobanco. -- `PVM-SEQ_REDCap_IGM_PVM_MISEQ_DNAP_LIBRARYyyyymmdd.tsv`: relatório REDCap. -- `SolicitacaoMDB_ViaBiobanco_yyyy-mm-dd.tsv`: arquivo auxiliar para montagem do relatório REDCap. -- `SolicitacaoGal29_ViaGal_yyyy-mm-dd.tsv`: arquivo auxiliar para montagem do relatório REDCap. - -Abrir a planilha `PVM-SEQ_REDCap_IGM_PVM_MISEQ_DNAP_LIBRARYyyyymmdd.tsv` utilizando o [MS Excel][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#programas-necess%C3%A1rios] e manipular o arquivo de acordo com os seguintes critérios: - -- Transformar a disposição dos dados das colunas `gal_id` e `cns` em número e retirar os números decimais adicionados. -- Copiar os dados para [notepadd++][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#programas-necess%C3%A1rios]. -- Transformar a disposição dos dados da planilha em `texto`. -- Colar os dados do [notepadd++][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#programas-necess%C3%A1rios] de volta para a planilha. -- Salvar a planilha `PVM-SEQ_REDCap_IGM_PVM_MISEQ_DNAP_LIBRARYyyyymmdd.tsv` em formato "Excel 97-2003 Workbook (*.xls)" com nome `PVM-SEQ_REDCap_IGM_PVM_MISEQ_DNAP_LIBRARYyyyymmdd.xls`. - -- Completar os dados faltantes: - - **seq_id**: confirmar ID no REDCap utilizando o arquivo `REDCap_SequenciamentoDeSARS_DATA_yyyy-mm-dd` disponível no diretório `\OneDrive\OneDrive - FIOCRUZ\Sequenciamento\BANCO_DE_DADOS` e seguir a númeração para as novas entradas. - - **gal_id**: utilizar as planilhas `SolicitacaoGal29_ViaGal_yyyy-mm-dd.csv` e `SolicitacaoMDB_ViaBiobanco_yyyy-mm-dd` para completar os dados faltantes. - - **req_sequenc**: adicionar a sigla do requisitante do sequenciamento: - - `HSR`: Hospital São Rafael - - `LABCOV`: Laboratório de Diagnóstico Molecular da COVID-19 do CCS/UFRB - - `LACEN-BA`: Laboratório Central da Bahia - - `LAPEM`: Laboratório de Patologia Estrutural e Molecular do IGM/FIOCRUZ - - `LJC`: Laboratório Jaime Cerqueira - - `PVM`: Plataforma de Vigilância Molecular do IGM/FIOCRUZ - - **dt_coleta**: dispor a data de coleta no formato yyyy-mm-dd. - - **biobanco_seq / primer_schem**: utilizar o arquivo `IGM_PVM_MISEQ_DNAP_LIBRARYyyyymmdd_PRIMERS` para obter as informações de biobanco e esquema de primers. - - **pipe_assembly / depth_assembly**: utilizar o arquivo `IGM_PVM_MISEQ_DNAP_LIBRARYyyyymmdd_ASSEMBLY` para obter as informações de sequenciamento, montagem e profundidade utilizada para geração do genoma consenso. - - **num_total_reads / num_mapp_reads / avg_depth / depth_10x / depth_100x / depth_1000x / ref_cov / ncount / ncount_perc / pango_ver / pango_database_ver / pango_lin / nextclade_ver / clade / nucl_substitutions / nucl_deletions / nucl_inserc / nucl_missing / aa_substitutions / aa_deletions**: utilizar o arquivo `IGM_PVM_MISEQ_DNAP_LIBRARYyyyymmdd.summary.SARS-CoV-2.*.yyyy-mm-dd.txt` gerado na montagem dos genomas para obter as informações das métricas de montagem e definição de linhagem e características do vírus. - - **gal_complete**: adicionar o valor 2 para todas as entradas. - - Abrir a planilha `IGM_PVM_MISEQ_DNAP_LIBRARYyyyymmdd.summary.SARS-CoV-2.*.yyyy-mm-dd` utilizando o [MS Excel][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#programas-necess%C3%A1rios] e copiar as métricas de sequenciamento. - - Salvar as modificações e depois exportar a planilha em formato "Text (Tab delimited) (*.txt)" com nome `PVM-SEQ_REDCap_IGM_PVM_MISEQ_DNAP_LIBRARYyyyymmdd.txt`. - -No [WSL2][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#programas-necess%C3%A1rios] - -```bash -# entrar no diretório dos documentos da biblioteca de sequenciamento -cd $HOME/PVM_SEQ/DOCUMENTOS_CORRIDAS/"$LIBRARY" - -# utilizar o relatório RECap e os arquivos fasta dos genomas para poder gerar os demais relatórios -PVM_REPORT.sh PVM-SEQ_REDCap_"$LIBRARY".txt $HOME/vigeas/"$LIBRARY"_ANALYSIS/"$LIBRARY".consensus.ARTIC.*.fasta -``` - -Serão gerados os seguintes arquivos: - -- `RelatorioCIEVS_yyyy-mm-dd.csv`: arquivo que será encaminhada como relatório para o ***Centro de Informações Estratégicas em Vigilância em Saúde (CIEVS)*** da Secretaria de Estado de Saúde da Bahia (SESAB). O arquivo está salvo no diretório `\OneDrive\OneDrive - FIOCRUZ\Dados\Relatorios\CIEVS`. -- `hCoV-19_FIOCRUZ_BA_PVM_yyyymmdd.tsv` / `hCoV-19_FIOCRUZ_BA_PVM_yyyymmdd.fasta`: arquivos que serão utilizados para organizar a submissão dos genomas para o ***GISAID***. Os arquivos estão salvos no diretório `\OneDrive\OneDrive - FIOCRUZ\Dados\Relatorios\GISAID`. -- `RelatorioRedeGenomica_FIOCRUZBahia_SARS-CoV-2_yyyy-mm-dd.csv`: arquivo que será utilizado para organizar o relatório relatório da ***Rede Genômica Fiocruz*** da Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ). O arquivo está salvo no diretório `\OneDrive\OneDrive - FIOCRUZ\Dados\Relatorios\REDE_GENOMICA`. - -### Submissão GISAID - -Para a submissão são necessários um arquivo multifasta com os genomas e uma planilha com os metadados requeridos pelo GISAID. O modelo da planilha está disponível no diretório `\OneDrive\OneDrive - FIOCRUZ\Sequenciamento\RELATORIOS`. - -- Abrir o arquivo `hCoV-19_FIOCRUZ_BA_PVM_yyyymmdd.xlt` utilizando o [MS Excel][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#programas-necess%C3%A1rios] e prencher com os dados presentes no arquivo `hCoV-19_FIOCRUZ_BA_PVM_yyyymmdd.tsv`. -- Salvar a planilha `hCoV-19_FIOCRUZ_BA_PVM_yyyymmdd.xlt` em formato "Excel 97-2003 Workbook (*.xls)" com nome `hCoV-19_FIOCRUZ_BA_PVM_yyyymmdd.xls`. -- Deletar `hCoV-19_FIOCRUZ_BA_PVM_yyyymmdd.tsv`. - -#### Submissão via web - -- Entrar no endereço [https://www.epicov.org/epi3/frontend][https://www.epicov.org/epi3/frontend]. -- Utilizar username RKhour0. -- Acessar o ambiente de submissão dos arquivos: - -```text -EpiCov -> Upload -> Batch Upload -``` - -- Adicionar em **Metadata as Excel or CSV** o arquivo `hCoV-19_FIOCRUZ_BA_PVM_yyyymmdd.xls`. -- Adicionar em **Sequences as FASTA** o arquivo `hCoV-19_FIOCRUZ_BA_PVM_yyyymmdd.fasta`. -- Modificar os arquivos em caso de alguma sequencia já ter sido adicionada previamente no GISAID e enviar novamente. - -#### Submissão via GISAID CLI - -- Checar a validade do login via GISAID CLI: - - No [WSL2][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#programas-necess%C3%A1rios] - -```bash -# abrir arquivo token de login e checar a data de expiração -cat $HOME/PVM_DADOS/Relatorios/GISAID/gisaid.authtoken | awk -F", " '{print $NF}' -``` - -- Em caso de expiração de login, realizar a autenticação utilizando username RKhour0 e client-ID cid-b3382c70dcc41: - - No [WLS2][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#programas-necess%C3%A1rios] - -```bash -# autenticar o GISAID CLI -cd $HOME/PVM_DADOS/Relatorios/GISAID/gisaid.authtoken -source cli3venv/bin/activate -cli3 authenticate -``` - -- Converter o arquivo `hCoV-19_FIOCRUZ_BA_PVM_yyyymmdd.xls` para o formato *.csv: - - No [WLS2][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#programas-necess%C3%A1rios] - -```bash -# entrar no diretório dos relatórios do GISAID -cd $HOME/PVM_DADOS/Relatorios/GISAID/ - -# converter arquivo *.xls para *.csv -ssconvert hCoV-19_FIOCRUZ_BA_PVM_$(date +'%Y%m%d').xls hCoV-19_FIOCRUZ_BA_PVM_$(date +'%Y%m%d').csv -``` - -- Enviar os dados de submissão: - - No [WLS2][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#programas-necess%C3%A1rios] - -```bash -# enviar sequências fasta do SARS-CoV-2 e metadados para o GISAID, e no final, gerar um log com as informações dos IDs GISAID das amostras -cli3 upload --database EpiCoV --metadata $HOME/PVM_DADOS/Relatorios/GISAID/hCoV-19_FIOCRUZ_BA_PVM_$(date +'%Y%m%d').csv --fasta $HOME/PVM_DADOS/Relatorios/GISAID/hCoV-19_FIOCRUZ_BA_PVM_$(date +'%Y%m%d').fasta --log $HOME/PVM_DADOS/Relatorios/GISAID/hCoV-19_FIOCRUZ_BA_PVM_$(date +'%Y%m%d').log -``` - -### Envio do relatório REDCAP para REDCap FIOCRUZ - -Após submissão dos genomas no GISAID, utilizar o log gerado do envio para criar uma lista com informações para completar o relatório REDCap com as variáveis :`seq_virus_name`, `gisaid_login` e `gisaid_login`. - -- No [WLS2][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#programas-necess%C3%A1rios] - -```bash -# gerar lista com seq_virus_name, gisaid_login e gisaid_id -cat $HOME/PVM_DADOS/Relatorios/GISAID/hCoV-19_FIOCRUZ_BA_PVM_$(date +'%Y%m%d').log | grep "epi_isl_id" | sed 's/{"code": "epi_isl_id", "msg": "//g' | sed 's/"}//g' | awk -F";" '{print $1"\t"$1"\t"$2}' | awk -F"\t" '{$1=substr($1,30); print $1"\t"$2"\tRKhour0\t"$3} ' | awk -F"\t" '{$1 = substr($1,0,length($1)-5)}1' OFS="\t" > $HOME/PVM_SEQ/DOCUMENTOS_CORRIDAS/"$LIBRARY"/GISAID_IDS_"$LIBRARY".txt -``` - -Abrir a planilha do relatório REDCAp `PVM-SEQ_REDCap_IGM_PVM_MISEQ_DNAP_LIBRARYyyyymmdd.xls` utilizando o [MS Excel][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#programas-necess%C3%A1rios] e manipular o arquivo de acordo com os seguintes critérios: - -- Completar os dados faltantes: - - **seq_virus_name** / **gisaid_login** / **gisaid_id**: utilizar o arquivo `GISAID_IDS_IGM_PVM_MISEQ_DNAP_LIBRARYyyyymmdd.txt` salvo na etapa anterior no diretório `\OneDrive\OneDrive - FIOCRUZ\Sequenciamento\CORRIDAS\DOCUMENTOS\IGM_PVM_MISEQ_DNAP_LIBRARYyyyymmdd` para completar os dados faltantes. - - - Salvar as modificações da planilha, mantendo formato: "Excel 97-2003 Workbook (*.xls)". - - - Converter a planilha do relatório REDCap para o formato *.csv: - - No [WLS2][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#programas-necess%C3%A1rios] - -```bash -# converter arquivo *.xls para *.csv -ssconvert $HOME/PVM_SEQ/DOCUMENTOS_CORRIDAS/"$LIBRARY"/PVM-SEQ_REDCap_"$LIBRARY".xls $HOME/PVM_SEQ/DOCUMENTOS_CORRIDAS/"$LIBRARY"/PVM-SEQ_REDCap_"$LIBRARY".csv -``` - -- Entrar no endereço [https://bdp.bahia.fiocruz.br][https://bdp.bahia.fiocruz.br], logar, ir para o Projeto `Sequenciamento de SARS-CoV-2` e acessar o ambiente importação de dados: - -```text -My Projects -> SARS-CoV-2 -> Sequenciamento de SARS-CoV-2 -> Applications -> Data Import Tool -``` - -- Em `Upload your CSV file`, clicar em `Choose File`, selecionar o relatório REDCAP em formato *.csv (`PVM-SEQ_REDCap_IGM_PVM_MISEQ_DNAP_LIBRARYyyyymmdd.csv`), clicar em `Open` e por fim, em `Upload File`. - -- Após enviar o arquivo confirmar se os dados carregados estão dispostos corretamente e clicar em `Import Data` para finalizar o processo. - -- Prosseguir para as demais etapas de relatórios (CIEVS e Rede Genômica Fiocruz), backup e envio dos dados para os colaboradores. - -- Obter o banco de dados do REDCAp FIOCRUZ de Sequenciamento de SARS-CoV-2 atualizado: - - No [WLS2][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#programas-necess%C3%A1rios] - -```bash -REDCap-SARSSeq # obter a base de dados do REDCap FIOCRUZ de Sequenciamento de SARS-CoV-2 -``` - -### Relatório CIEVS - -Abrir o arquivo `RelatorioCIEVS_yyyy-mm-dd.csv` utilizando o [MS Excel][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#programas-necess%C3%A1rios] e avaliar de acordo com os seguintes critérios: - -- Checar se a coluna `NUMERO DE REQUISICAO` está devidamente preenchida. -- Checar se a coluna `VOC` contém a informação escrita da VOC em questão. - -#### E-mail para o CIEVS # somente amostras com requisição GAL - -Enviar e-mail para o CIEVS com o arquivo `RelatorioCIEVS_yyyy-mm-dd.csv` em anexo, com as seguintes informações: - -- **Destinatários** - -```text -cievs.notifica@saude.ba.gov.br; divep.covid@saude.ba.gov.br; pvm@fiocruz.br; ricardo_khouri@hotmail.com -``` - -- **Assunto** - -```text -Relatório CIEVS de linhagens de SARS-CoV-2 no estado da Bahia -``` - -- **Corpo do e-mail** - -```text -Prezados colegas, - -Anexamos o relatório referente às linhagens dos genomas do SARS-CoV-2 identificadas a partir de amostras coletadas no estado da Bahia. Estamos à disposição para fornecer esclarecimentos adicionais. - -Além disso, compartilhamos o link seguro da pasta onde armazenamos todos os arquivos previamente enviados e as informações dos Relatórios Epidemiológicos relacionados aos casos anteriores: -https://fiocruzbr.sharepoint.com/:f:/s/PVM-IGM-Dados/EtJAarqETmhAleN09owa0T0B9dvvL9ulq76NagmP028mkw?e=7g3zlR -Este link foi configurado de forma a garantir o acesso exclusivo ao e-mail de vocês (cievs.notifica@saude.ba.gov.br e divep.covid@saude.ba.gov.br). - -Agradecemos imensamente a colaboração de todos na rede de vigilância genômica em nosso país. -``` - -#### E-mail para o CIEVS # amostras com requisição HSR - -Enviar e-mail para o CIEVS com o arquivo `RelatorioCIEVS_yyyy-mm-dd.csv` em anexo, com as seguintes informações: - -- **Destinatários** - -```text -cievs.notifica@saude.ba.gov.br; divep.covid@saude.ba.gov.br; pvm@fiocruz.br; ricardo_khouri@hotmail.com; carolina.nonaka@hsr.com.br; brunosolanosouza@gmail.com -``` - -- **Assunto** - -```text -Relatório CIEVS de linhagens de SARS-CoV-2 no estado da Bahia -``` - -- **Corpo do e-mail** - -```text -Prezados colegas, - -Anexamos o relatório referente às linhagens dos genomas do SARS-CoV-2 identificadas a partir de amostras coletadas no estado da Bahia. No entanto, ressaltamos que, para amostras coletadas no Hospital São Rafael, solicitamos que quaisquer informações adicionais dos pacientes sejam solicitadas diretamente à Dra. Carol Nonaka (carolina.nonaka@hsr.com.br). - -Além disso, compartilhamos o link seguro da pasta onde armazenamos todos os arquivos previamente enviados e as informações dos Relatórios Epidemiológicos relacionados aos casos anteriores: https://fiocruzbr.sharepoint.com/:f:/s/PVM-IGM-Dados/EtJAarqETmhAleN09owa0T0B9dvvL9ulq76NagmP028mkw?e=7g3zlR -Este link foi configurado de forma a garantir o acesso exclusivo ao e-mail de vocês (cievs.notifica@saude.ba.gov.br e divep.covid@saude.ba.gov.br). - -Nossa equipe está à disposição para quaisquer esclarecimentos adicionais sobre o relatório, e ficaremos felizes em ajudá-los da melhor maneira possível. Agradecemos imensamente a colaboração de todos na rede de vigilância genômica em nosso país e, em especial, a contribuição do Hospital São Rafael. -``` - -#### E-mail para o CIEVS # amostras com requisição LABCOV - -Enviar e-mail para o CIEVS com o arquivo `RelatorioCIEVS_yyyy-mm-dd.csv` em anexo, com as seguintes informações: - -- **Destinatários** - -```text -cievs.notifica@saude.ba.gov.br; divep.covid@saude.ba.gov.br; pvm@fiocruz.br; ricardo_khouri@hotmail.com; hermespedreira@ufrb.edu.br -``` - -- **Assunto** - -```text -Relatório CIEVS de linhagens de SARS-CoV-2 no estado da Bahia -``` - -- **Corpo do e-mail** - -```text -Prezados colegas, - -Anexamos o relatório referente às linhagens dos genomas do SARS-CoV-2 identificadas a partir de amostras coletadas no estado da Bahia. No entanto, ressaltamos que, para amostras coletadas no Laboratório de Diagnóstico Molecular da COVID-19 do CCS/UFRB, solicitamos que quaisquer informações adicionais dos pacientes sejam solicitadas diretamente ao Dr. Hermes Pedreira (hermespedreira@ufrb.edu.br). - -Além disso, compartilhamos o link seguro da pasta onde armazenamos todos os arquivos previamente enviados e as informações dos Relatórios Epidemiológicos relacionados aos casos anteriores: https://fiocruzbr.sharepoint.com/:f:/s/PVM-IGM-Dados/EtJAarqETmhAleN09owa0T0B9dvvL9ulq76NagmP028mkw?e=7g3zlR -Este link foi configurado de forma a garantir o acesso exclusivo ao e-mail de vocês (cievs.notifica@saude.ba.gov.br e divep.covid@saude.ba.gov.br). - -Nossa equipe está à disposição para quaisquer esclarecimentos adicionais sobre o relatório, e ficaremos felizes em ajudá-los da melhor maneira possível. Agradecemos imensamente a colaboração de todos na rede de vigilância genômica em nosso país e, em especial, a contribuição do Laboratório de Diagnóstico Molecular da COVID-19 do CCS/UFRB. -``` - -### Relatório Rede Genômica Fiocruz - -Para a submissão são necessários um arquivo `*.pdf` do relatório e uma planilha `*.csv` com os dados que compõem o relatório. O modelo do relatório está disponível no diretório `\OneDrive\OneDrive - FIOCRUZ\Dados\Relatorios`. - -- Abrir o arquivo modelo do relatório utilizando o [MS PowerPoint][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#programas-necess%C3%A1rios]. Utilizar os arquivos de acordo com o requisitante do sequenciamento: - - **HSR**: `RelatorioRedeGenomica_SARS-CoV-2_FIOCRUZBahia_HSR.potx` - - **LABCOV**: `RelatorioRedeGenomica_FIOCRUZBahia_SARS-CoV-2_LABCOV.potx` - - **LACEN-BA**: `RelatorioRedeGenomica_FIOCRUZBahia_SARS-CoV-2_GAL.potx` - - **LAPEM**: `RelatorioRedeGenomica_FIOCRUZBahia_SARS-CoV-2_LAPEM.potx` - - **LJC**: `RelatorioRedeGenomica_FIOCRUZBahia_SARS-CoV-2_LJC.potx` - - **PVM**: `RelatorioRedeGenomica_FIOCRUZBahia_SARS-CoV-2_GAL.potx` - -- Adicionar as seguintes informações adicionais: - - A data do dia da confecção do relatório é informada como `Versão`. - - Especificar o laboratório de origem no caso do `LACEN-BA` ou `PVM-IGM` - - Substituir `XX` pela quantidade de genomas incluídos no relatório em questão. - - Substituir a versao do pangolin e da base de dados pela utilizada na montagem (*i.e.* Pangolin v.4.0.6 / PUSHER-v1.9). - - Abrir o arquivo `RelatorioRedeGenomica_FIOCRUZBahia_SARS-CoV-2_yyyy-mm-dd.csv` e configurar os dados em: ***Arial, fonte tamanho 10, centralizado***. - - Prencher as tabelas com os dados configurados da planilha `RelatorioRedeGenomica_FIOCRUZBahia_SARS-CoV-2_yyyy-mm-dd.csv`. - - Salvar o arquivo em formato `PowerPoint Presentation (*.pptx)` com nome `RelatorioRedeGenomica_FIOCRUZBahia_SARS-CoV-2_yyyy-mm-dd.pptx`. - - Exportar o arquivo em formato `PDF (*.pdf)` com nome `RelatorioRedeGenomica_FIOCRUZBahia_SARS-CoV-2_yyyy-mm-dd.pdf`. - - Na planilha `Produção RGF enviados para o ministério - fechamento toda a quinta-feira`, na aba `IGM`, adicionar a quantidade de genomas submetidos no **GISAID** e nos relatórios da Rede Genômica Fiocruz. A planilha está disponível no [Google Sheets](https://docs.google.com/spreadsheets/d/1UXb4GcDQ7iKnM92Z20iJaxWWgyw536H0By7RdrsqkRc/edit?pli=1#gid=0) - -#### E-mail para a Rede Genômica Fiocruz # HSR - -Enviar e-mail para os integrantes da Rede Genômica Fiocruz com os arquivos `RelatorioRedeGenomica_FIOCRUZBahia_SARS-CoV-2_yyyy-mm-dd_HSR.csv` e `RelatorioRedeGenomica_FIOCRUZBahia_SARS-CoV-2_yyyy-mm-dd_HSR.pdf` em anexo, com as seguintes informações: - -- **Destinatários** - -```text -brunosolanosouza@gmail.com; camila.indiani@fiocruz.br; carolina.nonaka@hsr.com.br; cievs.notifica@saude.ba.gov.br; cglab.informacao@saude.gov.br; elisa.cavalcante@ioc.fiocruz.br; fcm@ioc.fiocruz.br; greice.madeleine@saude.gov.br; gripe@saude.gov.br; helena.franz@saude.gov.br; lacen.clavep@saude.ba.gov.br; marilda.goncalves@fiocruz.br; miriam.livorati@saude.gov.br; mmsiq@ioc.fiocruz.br; nereu@conass.org.br; notificasalvador@gmail.com; paola@ioc.fiocruz.br; pedro.almeida@saude.gov.br; pvm@fiocruz.br; ricardo.riccio@fiocruz.br; ricardo_khouri@hotmail.com; thiago.guedes@saude.gov.br; tiago.graf@fiocruz.br; walquiria.almeida@saude.gov.br -``` - -- **Assunto** - -```text -Relatório Rede Genômica de linhagens de SARS-CoV-2 no estado da Bahia -``` - -- **Corpo do e-mail** - -```text -Prezados colegas, - -Anexamos o relatório da Rede Genômica referente às linhagens dos genomas do SARS-CoV-2 identificadas a partir de amostras coletadas no estado da Bahia. Para maiores informações adicionais dos pacientes, por gentileza, entrem em contato com a Dra. Carol Nonaka (carolina.nonaka@hsr.com.br). - -Nossa equipe está à disposição para quaisquer esclarecimentos adicionais sobre o relatório, e ficaremos felizes em ajudá-los da melhor maneira possível. Agradecemos imensamente a colaboração de todos na rede de vigilância genômica em nosso país e, em especial, a contribuição do Hospital São Rafael. -``` - -#### E-mail para a Rede Genômica Fiocruz # LABCOV - -Enviar e-mail para os integrantes da Rede Genômica Fiocruz com os arquivos `RelatorioRedeGenomica_FIOCRUZBahia_SARS-CoV-2_yyyy-mm-dd_LABCOV.csv` e `RelatorioRedeGenomica_FIOCRUZBahia_SARS-CoV-2_yyyy-mm-dd_LABCOV.pdf` em anexo, com as seguintes informações: - -- **Destinatários** - -```text -camila.indiani@fiocruz.br; cievs.notifica@saude.ba.gov.br; cglab.informacao@saude.gov.br; elisa.cavalcante@ioc.fiocruz.br; fcm@ioc.fiocruz.br; greice.madeleine@saude.gov.br; gripe@saude.gov.br; helena.franz@saude.gov.br; hermespedreira@ufrb.edu.br; lacen.clavep@saude.ba.gov.br; marilda.goncalves@fiocruz.br; miriam.livorati@saude.gov.br; mmsiq@ioc.fiocruz.br; nereu@conass.org.br; notificasalvador@gmail.com; paola@ioc.fiocruz.br; pedro.almeida@saude.gov.br; pvm@fiocruz.br; ricardo.riccio@fiocruz.br; ricardo_khouri@hotmail.com; thiago.guedes@saude.gov.br; tiago.graf@fiocruz.br; walquiria.almeida@saude.gov.br -``` - -- **Assunto** - -```text -Relatório Rede Genômica de linhagens de SARS-CoV-2 no estado da Bahia -``` - -- **Corpo do e-mail** - -```text -Prezados colegas, - -Anexamos o relatório da Rede Genômica referente às linhagens dos genomas do SARS-CoV-2 identificadas a partir de amostras coletadas no estado da Bahia. Nossa equipe está à disposição para quaisquer esclarecimentos adicionais sobre o relatório, e ficaremos felizes em ajudá-los da melhor maneira possível. Agradecemos imensamente a colaboração de todos na rede de vigilância genômica em nosso país. -``` - -#### E-mail para a Rede Genômica Fiocruz # LACEN-BA / PVM-IGM - -Enviar e-mail para os integrantes da Rede Genômica Fiocruz com os arquivos `RelatorioRedeGenomica_FIOCRUZBahia_SARS-CoV-2_yyyy-mm-dd.csv` e `RelatorioRedeGenomica_FIOCRUZBahia_SARS-CoV-2_yyyy-mm-dd.pdf` em anexo, com as seguintes informações: - -- **Destinatários** - -```text -camila.indiani@fiocruz.br; cievs.notifica@saude.ba.gov.br; cglab.informacao@saude.gov.br; elisa.cavalcante@ioc.fiocruz.br; fcm@ioc.fiocruz.br; greice.madeleine@saude.gov.br; gripe@saude.gov.br; helena.franz@saude.gov.br; lacen.clavep@saude.ba.gov.br; marilda.goncalves@fiocruz.br; miriam.livorati@saude.gov.br; mmsiq@ioc.fiocruz.br; nereu@conass.org.br; notificasalvador@gmail.com; paola@ioc.fiocruz.br; pedro.almeida@saude.gov.br; pvm@fiocruz.br; ricardo.riccio@fiocruz.br; ricardo_khouri@hotmail.com; thiago.guedes@saude.gov.br; tiago.graf@fiocruz.br; walquiria.almeida@saude.gov.br -``` - -- **Assunto** - -```text -Relatório Rede Genômica de linhagens de SARS-CoV-2 no estado da Bahia -``` - -- **Corpo do e-mail** - -```text -Prezados colegas, - -Anexamos o relatório da Rede Genômica referente às linhagens dos genomas do SARS-CoV-2 identificadas a partir de amostras coletadas no estado da Bahia. Nossa equipe está à disposição para quaisquer esclarecimentos adicionais sobre o relatório, e ficaremos felizes em ajudá-los da melhor maneira possível. Agradecemos imensamente a colaboração de todos na rede de vigilância genômica em nosso país. -``` - -### Backup dos dados - -Os dados gerados pelo sequenciamento e as análises de montagem são armazenados dentro do canal `Sequenciamento Backup` em diretórios dedicados: - -- No [WSL2][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#programas-necess%C3%A1rios] - -```bash -# mover a análise para o diretório OneDrive -mv $HOME/vigeas/"$LIBRARY"_ANALYSIS $HOME/OneDrive -``` - -#### Envio dos dados para os colaboradores # HSR - -Os dados gerados pelo sequenciamento e as análises de montagem do colaborador HSR são armazenados dentro do canal `Sequenciamento Backup` em diretório dedicado: `\OneDrive\OneDrive - FIOCRUZ\Sequenciamento Backup\PVM_COLAB\HSR`. - -- No [WSL2][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#programas-necess%C3%A1rios] - -```bash -# criar os diretórios do colaborador HSR no diretório de envio para o Teams -mkdir -p $HOME/TEMP/HSR/FASTQ $HOME/TEMP/HSR/RESULTS - -# copiar os arquivos fastQ das amostras do HSR para o diretório de backup -for i in $(cat $HOME/PVM_SEQ/DOCUMENTOS_CORRIDAS/"$LIBRARY"/PVM-SEQ_REDCap_"$LIBRARY".csv | awk -F, '{print $10","$22}' | grep "HSR" | awk -F, '{print $2}'); do cp $HOME/TEMP/"$LIBRARY"/"$i"*/"$i"*.fastq.gz $HOME/TEMP/HSR/FASTQ/; done - -# copiar a análise das amostras do HSR para o diretório de backup -for i in $(cat $HOME/PVM_SEQ/DOCUMENTOS_CORRIDAS/"$LIBRARY"/PVM-SEQ_REDCap_"$LIBRARY".csv | awk -F, '{print $10","$22}' | grep "HSR" | awk -F, '{print $2}'); do cp -r $HOME/TEMP/"$LIBRARY"_ANALYSIS/"$i" $HOME/TEMP/HSR/RESULTS; done -``` - -Enviar e-mail para o colaborador HSR com o link do diretório com os dados: - -- **Destinatários** - -```text -carolina.nonaka@hsr.com.br; brunosolanosouza@gmail.com; pvm@fiocruz.br; ricardo_khouri@hotmail.com -``` - -- **Assunto** - -```text -Plataforma de Vigilância Molecular - Arquivos fastQ e resultados da montagem dos genomas de SARS-CoV-2 -``` - -- **Corpo do e-mail** - -```text -Prezados Dr. Bruno Solano e Dra. Carol Nonaka, - -Estamos disponibilizando o link para acesso aos arquivos FastQ gerados no sequenciamento, juntamente com os arquivos relacionados à montagem dos genomas de SARS-CoV-2. O acesso a este link é restrito e requer a credencial de um dos e-mails solicitantes do sequenciamento (carolina.nonaka@hsr.com.br, brunosolanosouza@gmail.com ou limaf.leticia@gmail.com). - -Link: https://fiocruzbr.sharepoint.com/:f:/s/PVM-IGM-BackupMiseq/Er7QVFwM5dZKsomz_KxsoocBhIqlwaY8HIHNxd8S84H5qQ. - -Além disso, as sequências em formato FASTA estão disponíveis na Plataforma GISAID. Para realizar uma busca direcionada aos genomas do HSR gerados pela PVM, acesse a aba "EpiCoV -> Search" e insira o termo "FIOCRUZ-PVM" no campo "Virus name" e o termo "H.S.R" em "Text Search". - -Estamos à disposição para esclarecer quaisquer dúvidas que possam surgir. -``` - -- **Anexo** - -![HSR GISAID Search][pvm_sarscov2_hsr_gisaid_search.png] - -#### Envio dos dados para os colaboradores # LABCOV - -Os dados gerados pelo sequenciamento e as análises de montagem do colaborador LABCOV são armazenados dentro do canal `Sequenciamento Backup` em diretório dedicado: `\OneDrive\OneDrive - FIOCRUZ\Sequenciamento Backup\PVM_COLAB\LABCOV`. - -- No [WSL2][https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#programas-necess%C3%A1rios] - -```bash -# criar os diretórios do colaborador LABCOV no diretório de envio para o Teams -mkdir -p $HOME/TEMP/LABCOV/FASTQ $HOME/TEMP/LABCOV/RESULTS - -# copiar os arquivos fastQ das amostras do LABCOV para o diretório de backup -for i in $(cat $HOME/PVM_SEQ/DOCUMENTOS_CORRIDAS/"$LIBRARY"/PVM-SEQ_REDCap_"$LIBRARY".csv | awk -F, '{print $10","$22}' | grep "LABCOV" | awk -F, '{print $2}'); do cp $HOME/TEMP/"$LIBRARY"/"$i"*/"$i"*.fastq.gz $HOME/TEMP/LABCOV/FASTQ/; done - -# copiar a análise das amostras do LABCOV para o diretório de backup -for i in $(cat $HOME/PVM_SEQ/DOCUMENTOS_CORRIDAS/"$LIBRARY"/PVM-SEQ_REDCap_"$LIBRARY".csv | awk -F, '{print $10","$22}' | grep "LABCOV" | awk -F, '{print $2}'); do cp -r $HOME/TEMP/"$LIBRARY"_ANALYSIS/"$i" $HOME/TEMP/LABCOV/RESULTS; done -``` - -Enviar e-mail para o colaborador do LABCOV (hermespedreira@ufrb.edu.br) com o link do diretório com os dados: - -- **Destinatários** - -```text -hermespedreira@ufrb.edu.br; pvm@fiocruz.br; ricardo_khouri@hotmail.com -``` - -- **Assunto** - -```text -Plataforma de Vigilância Molecular - Arquivos fastQ e resultados da montagem dos genomas de SARS-CoV-2 -``` - -- **Corpo do e-mail** - -```text -Prezado Dr. Hermes Pedreira, - -Estamos disponibilizando o link para acesso aos arquivos FastQ gerados no sequenciamento, juntamente com os arquivos relacionados à montagem dos genomas de SARS-CoV-2. O acesso a este link é restrito e requer a credencial do e-mail solicitante do sequenciamento (hermespedreira@ufrb.edu.br). - -Link: https://fiocruzbr.sharepoint.com/:f:/s/PVM-IGM-BackupMiseq/EmKDjUM_A69ClAoOrod2rKwB2mewIclQDCrttvPU5LYbPQ?email=hermespedreira%40ufrb.edu.br&e=DpX2Oz. - -Além disso, as sequências em formato FASTA estão disponíveis na Plataforma GISAID. Para realizar uma busca direcionada aos genomas do LABCOV gerados pela PVM, acesse a aba "EpiCoV -> Search" e insira o termo "FIOCRUZ-PVM" no campo "Virus name" e o termo "LABCOV" em "Text Search". - -Estamos à disposição para esclarecer quaisquer dúvidas que possam surgir. -``` - -- **Anexo** - -![LABCOV GISAID Search][pvm_sarscov2_labcov_gisaid_search.png] - -[https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#programas-necess%C3%A1rios]: https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#programas-necess%C3%A1rios -[https://www.cdc.gov/epiinfo/support/por/pt_downloads.html]: https://www.cdc.gov/epiinfo/support/por/pt_downloads.html -[https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/sequencing_analysis_viewer_sav/downloads.html]: https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/sequencing_analysis_viewer_sav/downloads.html -[https://www.microsoft.com/pt-br/education/products/office]: https://www.microsoft.com/pt-br/education/products/office -[https://www.microsoft.com/pt-br/microsoft-365/onedrive/download]: https://www.microsoft.com/pt-br/microsoft-365/onedrive/download -[https://www.microsoft.com/pt-br/microsoft-teams/download-app]: https://www.microsoft.com/pt-br/microsoft-teams/download-app -[https://notepad-plus-plus.org/downloads]: https://notepad-plus-plus.org/downloads -[https://github.com/khourious/vigeas]: https://github.com/khourious/vigeas -[https://learn.microsoft.com/pt-br/windows/wsl/install]: https://learn.microsoft.com/pt-br/windows/wsl/install -[https://www.epicov.org/epi3/frontend]: https://www.epicov.org/epi3/frontend -[https://bdp.bahia.fiocruz.br]: https://bdp.bahia.fiocruz.br -[https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#requisitos-m%C3%ADnimos-do-sistema]: https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#requisitos-m%C3%ADnimos-do-sistema -[https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#programas-necess%C3%A1rios]: https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#programas-necess%C3%A1rios -[https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#configura%C3%A7%C3%A3o-do-linux-para-as-an%C3%A1lises-de-montagem-dos-genomas-e-constru%C3%A7%C3%A3o-dos-relat%C3%B3rios]: https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#configura%C3%A7%C3%A3o-do-linux-para-as-an%C3%A1lises-de-montagem-dos-genomas-e-constru%C3%A7%C3%A3o-dos-relat%C3%B3rios -[https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#atualiza%C3%A7%C3%A3o-das-bases-de-dados-utilizadas-para-os-relat%C3%B3rios]: https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#atualiza%C3%A7%C3%A3o-das-bases-de-dados-utilizadas-para-os-relat%C3%B3rios -[https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#atualiza%C3%A7%C3%A3o-das-bases-de-dados-utilizadas-para-os-relat%C3%B3rios]: https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#atualiza%C3%A7%C3%A3o-das-bases-de-dados-utilizadas-para-os-relat%C3%B3rios -[https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#avalia%C3%A7%C3%A3o-da-qualidade-da-corrida-de-sequenciamento]: https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#avalia%C3%A7%C3%A3o-da-qualidade-da-corrida-de-sequenciamento -[https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#montagem-do-genomas-de-sars-cov2]: https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#montagem-do-genomas-de-sars-cov2 -[https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#relat%C3%B3rio-redcap]: https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#relat%C3%B3rio-redcap -[https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#submiss%C3%A3o-gisaid]: https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#submiss%C3%A3o-gisaid -[https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#envio-do-relat%C3%B3rio-redcap-para-redcap-fiocruz]: https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#envio-do-relat%C3%B3rio-redcap-para-redcap-fiocruz -[https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#relat%C3%B3rio-cievs]: https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#relat%C3%B3rio-cievs -[https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#relat%C3%B3rio-rede-gen%C3%B4mica-fiocruz]: https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#relat%C3%B3rio-rede-gen%C3%B4mica-fiocruz -[https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#e-mail-para-o-cievs]: https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#e-mail-para-o-cievs -[https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#e-mail-para-a-rede-gen%C3%B4mica-fiocruz--hsr]: https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#e-mail-para-a-rede-gen%C3%B4mica-fiocruz--hsr -[https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#e-mail-para-a-rede-gen%C3%B4mica-fiocruz--labcov]: https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#e-mail-para-a-rede-gen%C3%B4mica-fiocruz--labcov -[https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#e-mail-para-a-rede-gen%C3%B4mica-fiocruz--lacen-ba--pvm-igm]: https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#e-mail-para-a-rede-gen%C3%B4mica-fiocruz--lacen-ba--pvm-igm -[https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#backup-dos-dados]: https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#backup-dos-dados -[https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#backup-e-envio-dos-dados-para-os-colaboradores--labcov]: https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#backup-e-envio-dos-dados-para-os-colaboradores--labcov -[https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#download-dos-dados-da-corrida-de-sequenciamento]: https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#download-dos-dados-da-corrida-de-sequenciamento -[https://developer.basespace.illumina.com/docs/content/documentation/cli/cli-overview]:https://developer.basespace.illumina.com/docs/content/documentation/cli/cli-overview -[pvm_sarscov2_labcov_gisaid_search.png]: pvm_sarscov2_labcov_gisaid_search.png -[pvm_sarscov2_hsr_gisaid_search.png]: pvm_sarscov2_hsr_gisaid_search.png -[https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#e-mail-para-o-cievs--somente-amostras-com-requisi%C3%A7%C3%A3o-gal]: https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#e-mail-para-o-cievs--somente-amostras-com-requisi%C3%A7%C3%A3o-gal -[https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#e-mail-para-o-cievs--amostras-com-requisi%C3%A7%C3%A3o-hsr]: https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#e-mail-para-o-cievs--amostras-com-requisi%C3%A7%C3%A3o-hsr -[https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#e-mail-para-o-cievs--amostras-com-requisi%C3%A7%C3%A3o-labcov]: https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#e-mail-para-o-cievs--amostras-com-requisi%C3%A7%C3%A3o-labcov -[https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#envio-dos-dados-para-os-colaboradores--labcov]: https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#envio-dos-dados-para-os-colaboradores--labcov -[https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#envio-dos-dados-para-os-colaboradores--hsr]: https://github.com/pvm-igm/pvm-igm.github.io/blob/main/reports/pvm_sarscov2.md#envio-dos-dados-para-os-colaboradores--hsr