diff --git a/DOCS/BIOCOMP.md b/DOCS/BIOCOMP.md index aa46ffa..5790113 100644 --- a/DOCS/BIOCOMP.md +++ b/DOCS/BIOCOMP.md @@ -1,14 +1,13 @@ Dane wejściowe dotyczące biokomputingu zawierają informacje o molekułach, bramkach logicznych, systemach biologicznych i warunkach symulacji. Cały proces przetwarzania danych wejściowych można podzielić na kilka głównych etapów: -1. **Wczytanie i Parsowanie Danych Wejściowych** -2. **Tworzenie Struktury Systemu Biologicznego** -3. **Przygotowanie Symulacji** -4. **Wykonanie i Wizualizacja Symulacji** +1. Wczytanie i Parsowanie Danych Wejściowych +2. Tworzenie Struktury Systemu Biologicznego +3. Przygotowanie Symulacji +4. Wykonanie i Wizualizacja Symulacji ### 1. Wczytanie i Parsowanie Danych Wejściowych -**Algorytm** - Wczytaj dane wejściowe z pliku DSL. - Przeparsuj DSL za pomocą skonfigurowanego parsera (np. `pyparsing`). - Zweryfikuj poprawność i integralność danych wejściowych. @@ -16,25 +15,18 @@ Cały proces przetwarzania danych wejściowych można podzielić na kilka głów ### 2. Parsowanie DSL -**Algorytm** - Użyj parsera do przekształcenia tekstu DSL w struktury danych (molekuły, bramki logiczne, systemy biologiczne, symulacje). - Zweryfikuj poprawność i integralność parsed- danych na poziomie parsera. - - -**Algorytm** -- Na podstawie parsed- danych utwórz obiekty reprezentujące molekuły, bramki logiczne, systemy biologiczne i symulacje. +- Na podstawie sparsowanych danych utwórz obiekty reprezentujące molekuły, bramki logiczne, systemy biologiczne i symulacje. - Przypisz właściwości dla każdego obiektu zgodnie z danymi wejściowymi. +### 3. Wykonanie i Wizualizacja Symulacji - -### 4. Wykonanie i Wizualizacja Symulacji - -**Algorytm** - Wykonaj symulację na podstawie parametrów wejściowych (czas, temperatura, itd.). - Wygeneruj odpowiednie poziomy wyjściowe na podstawie modeli biokomputerowych (np. synteza białka). - Wyświetl wyniki jako wykres. -**Implementacja Python** +**Implementacja Symulacji w Python** ```python import matplotlib.pyplot as plt @@ -65,7 +57,7 @@ def run_simulation(simulation): **Wzór Przetwarzania Danych Wejściowych:** -- **Poziom Wyjściowy:** \[ \text{output\_level} = \frac{\sin(t)}{2} + 0.5 \] -Ten wzór jest przykładowym wzorem, który generuje synusoidalne zmiany poziomu wyjściowego w funkcji czasu. W rzeczywistej implementacji formuła ta będzie zastąpiona bardziej skomplikowanymi równaniami opartymi na modelach biochemicznych i biologicznych. \ No newline at end of file +Ten wzór jest przykładowym wzorem, który generuje synusoidalne zmiany poziomu wyjściowego w funkcji czasu. +W rzeczywistej implementacji formuła ta będzie zastąpiona bardziej skomplikowanymi równaniami opartymi na modelach biochemicznych i biologicznych. \ No newline at end of file diff --git a/README.md b/README.md index 6399db3..6d6b9f9 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -146,9 +146,6 @@ python biocomp.py biocomp.yaml ``` -![obraz](https://github.com/user-attachments/assets/4f3edf66-756a-4844-a3fe-99c39f4d43dd) - - ## Przykłady Te przykłady obejmują różne konfiguracje dla różnych typów biologicznych układów logicznych. Przykłady obejmują różne typy bramek logicznych, takie jak "AND", "OR" i "NOT". Jeśli w twojej klasie `LogicGate` zostały zaimplementowane poprawne działanie dla tych bramek, to te przykłady powinny dawać odpowiednie wyniki na podstawie ustawionych warunków w plikach YAML. @@ -160,7 +157,7 @@ Aby przetestować twoją aplikację z tą funkcjonalnością, należy zapisać k ### BioCompSystem1 + [biocomp.yaml](1/biocomp.yaml) -![bio_system_graph.png](1%2Fbio_system_graph.png) +![bio_system_graph.png](1/bio_system_graph.png) ```py digraph {