бот.py

from telegram.ext import Updater, CommandHandler, MessageHandler, Filters, CallbackContext
from telegram import Update
import config
TOKEN = config.token
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from Bio.SeqIO import parse
from Bio.SeqRecord import SeqRecord
from Bio import pairwise2

def on_start(update, context):
	chat = update.effective_chat
	context.bot.send_message(chat_id=chat.id, text="Привет")


def on_message(update, context):
    def allalignment(X, Y):
        '''Выравнивание сшитой послеовательности со старой
        '''
        alignments = pairwise2.align.globalms(X, Y, 1, -0.1, -0.2, -0.2)
        MISSMATCH = pairwise2.align.globalms(X, Y, 0, -1, 0, 0)[0].score
        GAP = pairwise2.align.globalms(X, Y, 0, 0, -1, -1)[0].score
        # bot.sendMessage(Name,'миссматчей = ' + str(abs(int(MISSMATCH))), 'разрывов = ' + str(abs(int(GAP))))
        return alignments[0]

    def compare(R1, R2, C1, C2):
        '''выбор наилучшего выравнивания более подходящего для последовательности сравнения
        выравнивание концов прочтений, для получения области их перекрывания
        сшивание ридов в полную последовательность секвенированной кДНК
        '''
        if R1[0] > C1[0]:
            X = [READ1, R1[0], R1[1], R1[2]]
        else:
            X = [READ_CMP1, C1[0], C1[1], C1[2]]
        if R2[0] > C2[0]:
            Y = [READ2, R2[0], R2[1], R2[2]]
        else:
            Y = [READ_CMP2, C2[0], C2[1], C2[2]]
        A = alignment(X[0], Y[0])[0]
        if X[2] < Y[2]:
            Z = str(X[0][X[2]:int(A[3])]) + str(Y[0][:Y[3] + 1])
        else:
            Z = str(Y[0][Y[2]:Y[3]]) + str(X[0][:X[3] + 1])
        ANS = allalignment(Z, GEN)

        '''построение графика выравнивания в стадии разроботки
        '''
        LEN = len(ANS[0])
        ANS1 = ANS[0]
        ANS2 = ANS[1]
        t = np.arange(0, LEN, 1)
        x = []
        for i in range(LEN):
            if ANS1[int(i)] == ANS2[int(i)]:
                x.append(1)
            else:
                x.append(np.nan)
        plt.plot(t, t * x, )
        plt.grid(True)
        plt.savefig('dicpic.png')
        #context.bot.sendPhoto(chat_id=chat.id, photo='dicpic.png')
        return Z, ANS, LEN

    def complement(X):
        '''
        замена рида на обратный коплиментарный для сравнения
        '''
        Y = ''
        for char in X:
            ID = X.index(char)
            if X[ID] == 'A':
                Y += 'T'
            if X[ID] == 'T':
                Y += 'A'
            if X[ID] == 'C':
                Y += 'G'
            if X[ID] == 'G':
                Y += 'C'
        return Y[::-1]

    def alignment(X, Y):
        '''
        локальное выравнивание ридов по последовательности сравнения
        в случае отсутсявия выравнивания возвращает массив из -1 для предотвращения ошибки
        '''
        alignments = pairwise2.align.localms(X, Y, 1, -1, -5, -1)
        if alignments != []:
            return alignments
        else:
            return [[-1, -1, -1, -1, -1, -1]]
    chat = update.effective_chat
    text = update.message.document.file_id
    inpfile = context.bot.getFile(text)
    inpfile.download('filename')
    f = open('filename', 'r')
    mas = [line.strip() for line in f]
    f.close()
    gen_number = mas.index('GEN') + 1
    GEN = mas[gen_number].upper()
    read1_number = mas.index('READ1') + 1
    read2_number = mas.index('READ2') + 1
    READ1 = mas[read1_number].upper()
    READ2 = mas[read2_number].upper()
    GL = len(GEN)
    RL1 = len(READ1)
    RL2 = len(READ2)
    # print(GL, RL1, RL2)

    READ_CMP1 = complement(READ1)
    READ_CMP2 = complement(READ2)

    R1 = alignment(READ1, GEN)[0][2:5]
    R2 = alignment(READ2, GEN)[0][2:5]
    C1 = alignment(READ_CMP1, GEN)[0][2:5]
    C2 = alignment(READ_CMP2, GEN)[0][2:5]

    Z, ANS, LEN = compare(R1, R2, C1, C2)
    delezia = ''
    incerzia = ''
    MissMatch = ''
    for i in range(LEN):
        if ANS[0][i] == '-':
            delezia += 'Делеция в ' + str(i) + '\n'
        elif ANS[1][i] == '-':
            incerzia += 'Инсерция в ' + str(i) + '\n'
        elif ANS[0][i] != ANS[1][i]:
            MissMatch += 'МиссМатч в ' + str(i) + '\n'
    context.bot.send_message(chat_id=chat.id, text=delezia)
    context.bot.send_message(chat_id=chat.id, text=incerzia)
    context.bot.send_message(chat_id=chat.id, text=MissMatch)
    context.bot.send_message(chat_id=chat.id, text=Z)
    context.bot.sendPhoto(chat_id=chat.id,photo=open('dicpic.png','rb'))

updater = Updater(TOKEN, use_context=True)

dispatcher = updater.dispatcher
dispatcher.add_handler(CommandHandler("start", on_start))
dispatcher.add_handler(MessageHandler(Filters.all, on_message))

updater.start_polling()
updater.idle()